# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.122 0.007 0.002 0.020 0.029 0.048 0.132 0.003 0.002 0.094 0.541 2 M 0.040 0.006 0.002 0.033 0.051 0.094 0.144 0.008 0.001 0.083 0.540 3 S 0.046 0.004 0.001 0.022 0.031 0.072 0.140 0.002 0.001 0.043 0.638 4 E 0.009 0.005 0.001 0.065 0.168 0.263 0.095 0.003 0.001 0.040 0.349 5 T 0.009 0.006 0.001 0.048 0.106 0.205 0.096 0.002 0.001 0.050 0.478 6 F 0.003 0.003 0.001 0.088 0.311 0.344 0.039 0.002 0.001 0.036 0.174 7 D 0.006 0.004 0.001 0.119 0.154 0.310 0.049 0.001 0.001 0.063 0.293 8 V 0.005 0.002 0.001 0.097 0.338 0.320 0.025 0.001 0.001 0.047 0.162 9 E 0.008 0.004 0.001 0.102 0.198 0.335 0.053 0.001 0.001 0.044 0.254 10 L 0.008 0.003 0.001 0.047 0.217 0.264 0.062 0.002 0.001 0.027 0.367 11 T 0.074 0.008 0.004 0.029 0.149 0.185 0.082 0.004 0.005 0.053 0.408 12 K 0.044 0.002 0.004 0.010 0.021 0.040 0.081 0.005 0.003 0.039 0.751 13 N 0.228 0.005 0.002 0.009 0.016 0.030 0.076 0.006 0.002 0.065 0.560 14 V 0.053 0.002 0.004 0.015 0.011 0.028 0.098 0.001 0.001 0.086 0.702 15 Q 0.005 0.001 0.001 0.018 0.053 0.127 0.116 0.002 0.001 0.059 0.620 16 G 0.006 0.001 0.001 0.021 0.111 0.137 0.099 0.001 0.001 0.068 0.556 17 L 0.001 0.001 0.001 0.055 0.251 0.267 0.066 0.001 0.001 0.062 0.295 18 G 0.001 0.001 0.001 0.083 0.201 0.416 0.038 0.001 0.001 0.084 0.177 19 I 0.001 0.001 0.001 0.186 0.310 0.269 0.025 0.001 0.001 0.054 0.154 20 T 0.005 0.001 0.001 0.345 0.219 0.265 0.024 0.001 0.001 0.064 0.075 21 I 0.031 0.001 0.001 0.164 0.230 0.239 0.038 0.001 0.001 0.070 0.225 22 A 0.011 0.002 0.001 0.191 0.097 0.193 0.107 0.001 0.001 0.034 0.362 23 G 0.010 0.004 0.002 0.081 0.035 0.114 0.134 0.004 0.002 0.023 0.592 24 Y 0.405 0.024 0.002 0.026 0.056 0.054 0.067 0.005 0.002 0.062 0.298 25 I 0.042 0.016 0.003 0.014 0.019 0.028 0.116 0.003 0.002 0.042 0.716 26 G 0.027 0.025 0.004 0.007 0.007 0.015 0.077 0.004 0.002 0.019 0.813 27 D 0.275 0.054 0.002 0.004 0.021 0.026 0.072 0.021 0.001 0.088 0.435 28 K 0.071 0.006 0.001 0.003 0.011 0.017 0.075 0.002 0.001 0.065 0.750 29 K 0.016 0.004 0.003 0.009 0.019 0.038 0.094 0.001 0.001 0.037 0.779 30 L 0.018 0.001 0.001 0.007 0.030 0.033 0.112 0.001 0.001 0.036 0.759 31 E 0.209 0.003 0.001 0.007 0.027 0.031 0.158 0.015 0.001 0.092 0.457 32 P 0.041 0.001 0.001 0.012 0.006 0.014 0.151 0.001 0.001 0.049 0.723 33 S 0.002 0.001 0.001 0.038 0.053 0.172 0.146 0.001 0.001 0.047 0.539 34 G 0.001 0.001 0.001 0.092 0.141 0.370 0.068 0.001 0.001 0.094 0.233 35 I 0.001 0.001 0.001 0.193 0.267 0.301 0.026 0.001 0.001 0.055 0.156 36 F 0.001 0.001 0.001 0.195 0.302 0.337 0.014 0.001 0.001 0.054 0.097 37 V 0.006 0.001 0.001 0.119 0.253 0.268 0.029 0.001 0.001 0.077 0.245 38 K 0.006 0.001 0.001 0.181 0.196 0.238 0.051 0.001 0.001 0.065 0.262 39 S 0.008 0.001 0.001 0.095 0.133 0.216 0.110 0.001 0.001 0.059 0.375 40 I 0.007 0.001 0.001 0.120 0.094 0.141 0.108 0.003 0.001 0.031 0.494 41 T 0.575 0.007 0.001 0.037 0.024 0.022 0.055 0.003 0.001 0.050 0.224 42 K 0.037 0.006 0.001 0.022 0.008 0.013 0.129 0.003 0.001 0.038 0.741 43 S 0.013 0.015 0.001 0.008 0.005 0.012 0.113 0.003 0.001 0.012 0.818 44 S 0.075 0.105 0.001 0.016 0.058 0.083 0.118 0.020 0.001 0.090 0.433 45 A 0.069 0.262 0.008 0.016 0.027 0.052 0.095 0.004 0.004 0.118 0.346 46 V 0.117 0.144 0.075 0.011 0.047 0.071 0.067 0.008 0.027 0.068 0.366 47 E 0.412 0.042 0.005 0.004 0.020 0.028 0.056 0.016 0.003 0.049 0.365 48 H 0.457 0.037 0.001 0.005 0.007 0.014 0.049 0.011 0.001 0.038 0.380 49 D 0.030 0.038 0.001 0.012 0.005 0.024 0.093 0.003 0.001 0.016 0.778 50 G 0.009 0.012 0.001 0.017 0.079 0.151 0.088 0.003 0.001 0.027 0.612 51 R 0.010 0.007 0.001 0.025 0.248 0.169 0.103 0.001 0.001 0.044 0.392 52 I 0.006 0.002 0.002 0.068 0.100 0.091 0.087 0.001 0.001 0.024 0.618 53 Q 0.432 0.011 0.002 0.035 0.062 0.093 0.069 0.010 0.002 0.109 0.175 54 I 0.151 0.004 0.004 0.034 0.007 0.018 0.118 0.003 0.002 0.060 0.599 55 G 0.009 0.002 0.001 0.036 0.027 0.102 0.129 0.004 0.001 0.031 0.658 56 D 0.005 0.002 0.001 0.074 0.106 0.240 0.113 0.001 0.001 0.064 0.395 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.075 0.265 0.497 0.023 0.001 0.001 0.060 0.078 58 I 0.001 0.001 0.001 0.084 0.295 0.384 0.020 0.001 0.001 0.049 0.166 59 I 0.001 0.001 0.001 0.118 0.400 0.354 0.015 0.001 0.001 0.028 0.084 60 A 0.007 0.001 0.001 0.123 0.211 0.380 0.027 0.001 0.001 0.105 0.146 61 V 0.062 0.001 0.001 0.088 0.146 0.137 0.076 0.004 0.001 0.102 0.383 62 D 0.053 0.002 0.001 0.073 0.051 0.067 0.122 0.003 0.001 0.053 0.576 63 G 0.015 0.001 0.001 0.034 0.028 0.054 0.146 0.003 0.001 0.033 0.685 64 T 0.015 0.001 0.001 0.078 0.084 0.086 0.164 0.004 0.001 0.042 0.525 65 N 0.075 0.006 0.002 0.135 0.040 0.068 0.124 0.006 0.001 0.095 0.448 66 L 0.180 0.011 0.001 0.072 0.017 0.027 0.136 0.004 0.001 0.091 0.460 67 Q 0.023 0.005 0.001 0.040 0.016 0.035 0.175 0.003 0.001 0.036 0.667 68 G 0.022 0.025 0.001 0.022 0.008 0.019 0.161 0.001 0.001 0.037 0.704 69 F 0.019 0.040 0.001 0.025 0.024 0.029 0.186 0.005 0.001 0.110 0.559 70 T 0.033 0.517 0.001 0.006 0.004 0.005 0.060 0.005 0.001 0.153 0.215 71 N 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.021 72 Q 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 73 Q 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 74 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 V 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.020 0.010 76 E 0.018 0.647 0.015 0.004 0.001 0.002 0.012 0.004 0.005 0.246 0.047 77 V 0.130 0.234 0.046 0.005 0.002 0.003 0.049 0.012 0.018 0.350 0.151 78 L 0.135 0.042 0.130 0.012 0.002 0.004 0.073 0.022 0.087 0.242 0.250 79 R 0.173 0.010 0.006 0.006 0.002 0.003 0.081 0.003 0.007 0.027 0.683 80 H 0.049 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.070 0.001 0.001 0.020 0.849 81 T 0.024 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.148 0.003 0.001 0.030 0.780 82 G 0.023 0.001 0.001 0.012 0.004 0.012 0.157 0.001 0.001 0.028 0.761 83 Q 0.003 0.001 0.001 0.083 0.058 0.144 0.137 0.001 0.001 0.038 0.534 84 T 0.001 0.001 0.001 0.132 0.068 0.328 0.066 0.001 0.001 0.105 0.299 85 V 0.001 0.001 0.001 0.241 0.256 0.358 0.017 0.001 0.001 0.039 0.088 86 L 0.001 0.001 0.001 0.146 0.266 0.499 0.009 0.001 0.001 0.029 0.050 87 L 0.001 0.001 0.001 0.076 0.412 0.450 0.003 0.001 0.001 0.020 0.039 88 T 0.001 0.001 0.001 0.051 0.350 0.549 0.003 0.001 0.001 0.023 0.024 89 L 0.001 0.001 0.001 0.026 0.423 0.491 0.006 0.001 0.001 0.020 0.035 90 M 0.002 0.001 0.001 0.041 0.375 0.481 0.011 0.001 0.001 0.026 0.062 91 R 0.119 0.001 0.002 0.025 0.226 0.299 0.030 0.003 0.002 0.076 0.219 92 R 0.076 0.001 0.001 0.021 0.031 0.058 0.062 0.002 0.001 0.039 0.709 93 G 0.019 0.001 0.001 0.005 0.016 0.028 0.056 0.002 0.001 0.020 0.853 94 E 0.008 0.001 0.001 0.006 0.011 0.013 0.082 0.001 0.001 0.011 0.868 95 T 0.007 0.001 0.001 0.007 0.065 0.035 0.079 0.002 0.001 0.016 0.789 96 S 0.005 0.001 0.001 0.013 0.037 0.026 0.092 0.001 0.001 0.012 0.813 97 V 0.002 0.001 0.001 0.012 0.043 0.039 0.103 0.004 0.001 0.008 0.788