# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.131 0.088 0.029 0.070 0.063 0.076 0.133 0.123 0.124 0.099 0.063 2 M 0.082 0.055 0.021 0.067 0.064 0.074 0.117 0.132 0.148 0.136 0.106 3 S 0.145 0.142 0.057 0.128 0.115 0.095 0.104 0.077 0.069 0.043 0.024 4 E 0.153 0.090 0.053 0.143 0.120 0.108 0.127 0.087 0.063 0.037 0.018 5 T 0.158 0.107 0.079 0.184 0.150 0.107 0.096 0.054 0.034 0.020 0.010 6 F 0.034 0.043 0.044 0.110 0.108 0.129 0.191 0.130 0.109 0.067 0.035 7 D 0.044 0.102 0.107 0.265 0.179 0.128 0.090 0.042 0.025 0.013 0.005 8 V 0.016 0.019 0.029 0.044 0.057 0.085 0.188 0.167 0.178 0.135 0.081 9 E 0.048 0.100 0.118 0.260 0.191 0.112 0.095 0.039 0.022 0.010 0.005 10 L 0.010 0.019 0.018 0.046 0.063 0.083 0.182 0.167 0.176 0.142 0.094 11 T 0.040 0.111 0.109 0.257 0.185 0.126 0.090 0.040 0.025 0.011 0.006 12 K 0.234 0.174 0.106 0.150 0.111 0.085 0.072 0.032 0.020 0.010 0.005 13 N 0.331 0.249 0.087 0.169 0.080 0.042 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 14 V 0.209 0.126 0.060 0.119 0.110 0.096 0.103 0.065 0.052 0.036 0.023 15 Q 0.214 0.245 0.092 0.236 0.116 0.051 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 16 G 0.063 0.102 0.068 0.211 0.203 0.162 0.108 0.045 0.022 0.011 0.005 17 L 0.001 0.003 0.003 0.017 0.034 0.061 0.162 0.206 0.217 0.175 0.121 18 G 0.013 0.044 0.034 0.184 0.206 0.196 0.164 0.074 0.043 0.024 0.017 19 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.041 0.105 0.239 0.297 0.303 20 T 0.017 0.048 0.029 0.181 0.189 0.145 0.169 0.098 0.056 0.035 0.034 21 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.035 0.080 0.188 0.316 0.366 22 A 0.006 0.026 0.024 0.146 0.164 0.164 0.199 0.104 0.077 0.049 0.041 23 G 0.022 0.032 0.018 0.075 0.089 0.103 0.180 0.151 0.139 0.120 0.071 24 Y 0.031 0.047 0.038 0.127 0.123 0.128 0.170 0.109 0.087 0.081 0.058 25 I 0.096 0.100 0.051 0.141 0.123 0.095 0.138 0.082 0.074 0.060 0.039 26 G 0.254 0.146 0.036 0.107 0.094 0.090 0.098 0.060 0.052 0.038 0.025 27 D 0.212 0.213 0.075 0.188 0.105 0.062 0.056 0.031 0.026 0.019 0.014 28 K 0.391 0.150 0.056 0.118 0.074 0.061 0.059 0.028 0.026 0.021 0.015 29 K 0.430 0.200 0.067 0.139 0.073 0.039 0.027 0.012 0.008 0.004 0.002 30 L 0.202 0.097 0.040 0.099 0.077 0.088 0.117 0.084 0.081 0.064 0.052 31 E 0.247 0.207 0.087 0.161 0.101 0.070 0.056 0.028 0.022 0.013 0.009 32 P 0.332 0.157 0.095 0.152 0.095 0.064 0.047 0.026 0.017 0.011 0.005 33 S 0.053 0.088 0.039 0.183 0.189 0.151 0.145 0.074 0.044 0.025 0.009 34 G 0.009 0.038 0.032 0.171 0.220 0.197 0.161 0.085 0.046 0.026 0.013 35 I 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.048 0.143 0.209 0.239 0.208 0.124 36 F 0.001 0.009 0.012 0.092 0.163 0.176 0.248 0.147 0.085 0.044 0.023 37 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.038 0.110 0.211 0.279 0.348 38 K 0.012 0.025 0.020 0.169 0.239 0.182 0.185 0.088 0.049 0.020 0.011 39 S 0.071 0.221 0.046 0.245 0.170 0.098 0.088 0.033 0.017 0.008 0.003 40 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.033 0.073 0.166 0.286 0.426 41 T 0.046 0.146 0.063 0.232 0.230 0.131 0.096 0.030 0.015 0.006 0.005 42 K 0.300 0.249 0.079 0.187 0.085 0.045 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 43 S 0.399 0.118 0.052 0.136 0.096 0.074 0.058 0.026 0.019 0.013 0.009 44 S 0.147 0.176 0.043 0.110 0.084 0.084 0.096 0.073 0.081 0.059 0.047 45 A 0.143 0.121 0.042 0.113 0.107 0.100 0.119 0.085 0.080 0.055 0.036 46 V 0.154 0.059 0.030 0.064 0.059 0.076 0.128 0.103 0.122 0.103 0.101 47 E 0.124 0.100 0.079 0.181 0.153 0.117 0.102 0.060 0.044 0.026 0.015 48 H 0.141 0.139 0.110 0.213 0.148 0.100 0.060 0.034 0.026 0.016 0.013 49 D 0.205 0.112 0.064 0.106 0.095 0.090 0.105 0.077 0.066 0.047 0.032 50 G 0.487 0.120 0.046 0.100 0.077 0.061 0.054 0.025 0.015 0.009 0.005 51 R 0.074 0.131 0.061 0.189 0.159 0.123 0.136 0.057 0.039 0.021 0.011 52 I 0.004 0.002 0.002 0.006 0.006 0.010 0.034 0.067 0.147 0.219 0.503 53 Q 0.098 0.190 0.165 0.246 0.142 0.083 0.050 0.014 0.007 0.003 0.002 54 I 0.091 0.123 0.095 0.194 0.131 0.119 0.125 0.060 0.035 0.019 0.007 55 G 0.521 0.166 0.074 0.117 0.059 0.029 0.015 0.007 0.005 0.003 0.004 56 D 0.001 0.010 0.013 0.073 0.119 0.152 0.245 0.162 0.127 0.068 0.030 57 Q 0.010 0.066 0.057 0.234 0.250 0.186 0.128 0.037 0.018 0.008 0.005 58 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.045 0.090 0.183 0.273 0.383 59 I 0.002 0.004 0.009 0.040 0.077 0.120 0.246 0.192 0.160 0.098 0.052 60 A 0.005 0.044 0.040 0.175 0.152 0.128 0.156 0.107 0.092 0.057 0.043 61 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 0.025 0.081 0.129 0.250 0.264 0.226 62 D 0.034 0.108 0.075 0.302 0.244 0.115 0.080 0.026 0.010 0.003 0.001 63 G 0.408 0.208 0.062 0.159 0.079 0.035 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 64 T 0.082 0.159 0.086 0.250 0.183 0.121 0.071 0.027 0.012 0.006 0.003 65 N 0.210 0.350 0.080 0.203 0.100 0.037 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 66 L 0.003 0.002 0.001 0.003 0.007 0.013 0.055 0.097 0.249 0.242 0.328 67 Q 0.098 0.201 0.082 0.267 0.165 0.090 0.067 0.018 0.007 0.003 0.001 68 G 0.452 0.203 0.056 0.131 0.067 0.042 0.031 0.008 0.005 0.002 0.001 69 F 0.008 0.008 0.005 0.022 0.035 0.065 0.140 0.176 0.180 0.190 0.172 70 T 0.054 0.714 0.052 0.090 0.038 0.021 0.014 0.006 0.004 0.003 0.002 71 N 0.016 0.027 0.018 0.098 0.209 0.260 0.215 0.087 0.047 0.017 0.007 72 Q 0.815 0.113 0.022 0.026 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.002 0.024 0.056 0.389 0.281 0.146 0.075 0.019 0.006 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.092 0.216 0.333 0.323 75 V 0.001 0.001 0.012 0.046 0.132 0.341 0.299 0.101 0.042 0.017 0.008 76 E 0.002 0.018 0.639 0.229 0.072 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.031 0.116 0.389 0.216 0.117 0.078 0.041 78 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.022 0.073 0.205 0.332 0.360 79 R 0.001 0.008 0.144 0.215 0.316 0.176 0.100 0.027 0.008 0.003 0.002 80 H 0.013 0.057 0.618 0.149 0.085 0.053 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 81 T 0.006 0.013 0.008 0.024 0.043 0.104 0.336 0.198 0.132 0.091 0.046 82 G 0.643 0.180 0.029 0.057 0.029 0.021 0.021 0.010 0.006 0.003 0.002 83 Q 0.294 0.184 0.142 0.174 0.090 0.057 0.035 0.012 0.006 0.004 0.002 84 T 0.108 0.166 0.131 0.245 0.141 0.095 0.068 0.023 0.012 0.006 0.003 85 V 0.009 0.006 0.006 0.017 0.025 0.064 0.227 0.222 0.204 0.137 0.083 86 L 0.012 0.054 0.095 0.342 0.248 0.147 0.067 0.020 0.009 0.004 0.002 87 L 0.003 0.005 0.016 0.016 0.019 0.038 0.123 0.174 0.249 0.212 0.146 88 T 0.013 0.048 0.081 0.370 0.285 0.118 0.057 0.017 0.007 0.002 0.001 89 L 0.006 0.010 0.010 0.016 0.023 0.031 0.117 0.149 0.256 0.231 0.151 90 M 0.016 0.052 0.088 0.263 0.260 0.139 0.105 0.041 0.025 0.007 0.003 91 R 0.079 0.096 0.060 0.101 0.115 0.118 0.209 0.110 0.072 0.029 0.010 92 R 0.132 0.177 0.085 0.222 0.153 0.089 0.074 0.038 0.018 0.010 0.003 93 G 0.507 0.279 0.052 0.077 0.041 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 94 E 0.570 0.138 0.061 0.105 0.056 0.031 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 95 T 0.334 0.210 0.067 0.113 0.079 0.064 0.064 0.033 0.021 0.011 0.004 96 S 0.243 0.278 0.080 0.155 0.095 0.053 0.041 0.025 0.016 0.009 0.004 97 V 0.383 0.112 0.032 0.075 0.086 0.070 0.078 0.060 0.047 0.036 0.021