# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.023 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.107 0.018 0.090 0.644 2 M 0.119 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.015 0.111 0.615 3 S 0.035 0.011 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.007 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 0.005 0.182 0.598 4 E 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.003 0.095 0.654 5 T 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.006 0.455 0.421 6 F 0.073 0.013 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.466 0.025 0.139 0.260 7 D 0.020 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.573 0.008 0.067 0.300 8 V 0.014 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.660 0.006 0.053 0.240 9 E 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.025 0.026 0.811 0.001 0.018 0.086 10 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.145 0.205 0.024 0.346 0.001 0.021 0.185 11 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.042 0.096 0.144 0.021 0.006 0.475 0.003 0.027 0.162 12 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.031 0.137 0.021 0.264 0.031 0.010 0.003 0.173 0.002 0.032 0.237 13 N 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.067 0.005 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.189 0.007 0.063 0.609 14 V 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.005 0.081 0.594 15 Q 0.172 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.012 0.135 0.609 16 G 0.051 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.015 0.108 0.741 17 L 0.102 0.005 0.044 0.019 0.088 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.024 0.123 0.437 18 G 0.015 0.001 0.002 0.003 0.059 0.090 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.471 0.004 0.092 0.242 19 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.035 0.044 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.649 0.001 0.036 0.147 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.001 0.010 0.034 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.869 0.001 0.014 0.102 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.922 0.002 0.013 0.048 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.003 0.008 0.008 0.003 0.009 0.483 0.005 0.078 0.390 24 Y 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.005 0.438 0.016 0.103 0.408 25 I 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.004 0.005 0.014 0.013 0.035 0.046 0.213 0.005 0.109 0.517 26 G 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.005 0.004 0.008 0.015 0.004 0.141 0.005 0.091 0.640 27 D 0.116 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.018 0.007 0.017 0.003 0.004 0.003 0.002 0.073 0.008 0.093 0.631 28 K 0.135 0.015 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.007 0.008 0.003 0.003 0.001 0.037 0.010 0.152 0.600 29 K 0.164 0.017 0.003 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.020 0.221 0.526 30 L 0.288 0.031 0.010 0.007 0.008 0.005 0.017 0.004 0.010 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.021 0.116 0.429 31 E 0.184 0.049 0.006 0.003 0.008 0.008 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.013 0.147 0.509 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 33 S 0.031 0.002 0.002 0.001 0.005 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.008 0.090 0.697 34 G 0.087 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.294 0.013 0.094 0.460 35 I 0.013 0.002 0.004 0.002 0.006 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.531 0.002 0.097 0.321 36 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.001 0.027 0.079 37 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.665 0.002 0.046 0.275 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.938 0.001 0.014 0.040 39 S 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.326 0.004 0.077 0.568 40 I 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.720 0.004 0.039 0.219 41 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.012 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.331 0.004 0.141 0.474 42 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.020 0.942 43 S 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.006 0.265 0.590 44 S 0.277 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.122 0.554 45 A 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.102 0.837 46 V 0.032 0.012 0.003 0.002 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.083 0.009 0.220 0.603 47 E 0.149 0.029 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.239 0.520 48 H 0.206 0.280 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.009 0.032 0.405 49 D 0.123 0.240 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.033 0.046 0.500 50 G 0.253 0.077 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.063 0.035 0.476 51 R 0.212 0.018 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.041 0.118 0.535 52 I 0.042 0.008 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.204 0.002 0.085 0.599 53 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.119 0.001 0.671 0.184 54 I 0.014 0.008 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.002 0.085 0.593 55 G 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.853 0.002 0.017 0.118 56 D 0.821 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.006 0.139 57 Q 0.174 0.056 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.377 0.014 0.101 0.264 58 I 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.915 0.001 0.017 0.045 59 I 0.001 0.010 0.001 0.001 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.172 0.077 0.004 0.001 0.628 0.001 0.021 0.056 60 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.017 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.882 0.001 0.012 0.046 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.793 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.145 0.001 0.007 0.038 62 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.581 0.020 0.052 0.307 63 G 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.081 0.028 0.130 0.723 64 T 0.281 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.034 0.010 0.360 0.288 65 N 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.006 0.147 0.746 66 L 0.004 0.003 0.001 0.003 0.723 0.018 0.005 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.019 0.138 67 Q 0.024 0.011 0.003 0.001 0.011 0.075 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.041 0.003 0.358 0.452 68 G 0.091 0.008 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.027 0.114 0.695 69 F 0.596 0.009 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 0.063 0.255 70 T 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.517 0.434 71 N 0.014 0.008 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.045 0.855 72 Q 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.175 0.787 73 Q 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.828 0.159 74 A 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.054 75 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 76 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 V 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 78 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 79 R 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 80 H 0.081 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.035 81 T 0.117 0.654 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.002 0.108 82 G 0.245 0.146 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.059 0.019 0.513 83 Q 0.009 0.005 0.360 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.226 0.375 84 T 0.084 0.002 0.005 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.004 0.142 0.600 85 V 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.665 0.002 0.089 0.229 86 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.078 0.019 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.629 0.001 0.071 0.175 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.001 0.010 0.050 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.006 0.019 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.001 0.011 0.089 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.965 0.001 0.004 0.018 91 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.589 0.003 0.047 0.350 92 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.645 0.005 0.043 0.291 93 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.202 0.005 0.084 0.697 94 E 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.003 0.047 0.855 95 T 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.117 0.005 0.088 0.721 96 S 0.018 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.060 0.844 97 V 0.036 0.013 0.003 0.002 0.013 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.104 0.005 0.141 0.661