# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.177 0.177 0.338 0.136 0.126 0.010 0.007 0.010 0.006 0.013 0.001 2 M 0.141 0.125 0.174 0.140 0.165 0.016 0.079 0.067 0.027 0.066 0.001 3 S 0.076 0.218 0.531 0.027 0.092 0.012 0.009 0.003 0.019 0.012 0.002 4 E 0.078 0.185 0.651 0.012 0.018 0.039 0.003 0.001 0.008 0.001 0.004 5 T 0.058 0.446 0.414 0.027 0.018 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 6 F 0.010 0.722 0.126 0.009 0.097 0.011 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 7 D 0.005 0.555 0.379 0.002 0.016 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 8 V 0.006 0.821 0.099 0.004 0.028 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 9 E 0.007 0.705 0.217 0.002 0.020 0.023 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 10 L 0.014 0.336 0.551 0.004 0.010 0.064 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 11 T 0.035 0.574 0.254 0.024 0.036 0.038 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 12 K 0.061 0.322 0.292 0.071 0.116 0.035 0.026 0.006 0.044 0.026 0.001 13 N 0.045 0.106 0.346 0.086 0.167 0.056 0.088 0.032 0.026 0.045 0.002 14 V 0.357 0.126 0.094 0.251 0.042 0.026 0.049 0.033 0.013 0.009 0.001 15 Q 0.135 0.173 0.192 0.309 0.066 0.010 0.066 0.015 0.025 0.009 0.001 16 G 0.049 0.030 0.116 0.021 0.186 0.004 0.038 0.254 0.003 0.298 0.002 17 L 0.055 0.397 0.253 0.138 0.105 0.016 0.013 0.002 0.016 0.003 0.002 18 G 0.010 0.191 0.131 0.028 0.520 0.009 0.019 0.028 0.006 0.058 0.001 19 I 0.002 0.805 0.099 0.002 0.085 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 T 0.002 0.861 0.081 0.001 0.033 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 I 0.005 0.775 0.140 0.002 0.020 0.037 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 22 A 0.023 0.639 0.117 0.038 0.083 0.029 0.011 0.001 0.057 0.001 0.001 23 G 0.019 0.072 0.081 0.013 0.517 0.004 0.055 0.106 0.004 0.128 0.001 24 Y 0.093 0.281 0.316 0.083 0.149 0.021 0.016 0.012 0.014 0.012 0.003 25 I 0.088 0.424 0.307 0.084 0.043 0.015 0.008 0.002 0.024 0.004 0.001 26 G 0.052 0.028 0.096 0.019 0.149 0.006 0.033 0.101 0.003 0.513 0.001 27 D 0.189 0.126 0.286 0.197 0.052 0.063 0.028 0.005 0.044 0.005 0.006 28 K 0.491 0.082 0.119 0.190 0.029 0.019 0.035 0.013 0.014 0.005 0.002 29 K 0.334 0.129 0.212 0.206 0.027 0.032 0.031 0.007 0.018 0.003 0.001 30 L 0.189 0.165 0.265 0.245 0.020 0.055 0.025 0.006 0.026 0.002 0.002 31 E 0.055 0.226 0.461 0.006 0.055 0.018 0.023 0.002 0.146 0.008 0.001 32 P 0.243 0.009 0.612 0.016 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 33 S 0.176 0.105 0.413 0.219 0.027 0.016 0.023 0.006 0.010 0.002 0.002 34 G 0.024 0.019 0.085 0.023 0.138 0.003 0.045 0.409 0.002 0.251 0.001 35 I 0.009 0.646 0.263 0.006 0.057 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 F 0.006 0.620 0.311 0.003 0.008 0.041 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 37 V 0.008 0.539 0.346 0.002 0.008 0.081 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 38 K 0.490 0.174 0.040 0.247 0.031 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 S 0.003 0.558 0.048 0.005 0.360 0.006 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 40 I 0.018 0.677 0.245 0.007 0.017 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 41 T 0.011 0.601 0.200 0.005 0.058 0.024 0.002 0.001 0.097 0.001 0.001 42 K 0.119 0.075 0.728 0.030 0.011 0.023 0.004 0.001 0.003 0.006 0.001 43 S 0.114 0.028 0.096 0.318 0.044 0.015 0.100 0.257 0.013 0.015 0.001 44 S 0.033 0.142 0.626 0.016 0.119 0.016 0.008 0.004 0.015 0.022 0.001 45 A 0.524 0.065 0.236 0.087 0.024 0.025 0.009 0.010 0.007 0.005 0.007 46 V 0.449 0.179 0.193 0.097 0.031 0.023 0.005 0.003 0.013 0.006 0.001 47 E 0.473 0.161 0.195 0.102 0.030 0.020 0.005 0.002 0.009 0.002 0.001 48 H 0.523 0.147 0.092 0.132 0.030 0.022 0.022 0.003 0.026 0.003 0.001 49 D 0.099 0.050 0.219 0.391 0.023 0.018 0.165 0.008 0.020 0.004 0.001 50 G 0.007 0.004 0.019 0.011 0.041 0.001 0.087 0.703 0.001 0.126 0.001 51 R 0.057 0.429 0.370 0.052 0.032 0.039 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 52 I 0.012 0.383 0.542 0.004 0.009 0.035 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 Q 0.009 0.455 0.465 0.003 0.014 0.023 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 54 I 0.059 0.032 0.888 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 G 0.028 0.003 0.018 0.010 0.021 0.001 0.024 0.594 0.001 0.300 0.001 56 D 0.056 0.104 0.573 0.110 0.035 0.047 0.053 0.004 0.016 0.001 0.002 57 Q 0.013 0.649 0.281 0.008 0.019 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 58 I 0.006 0.463 0.477 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 59 I 0.252 0.559 0.050 0.087 0.016 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 60 A 0.008 0.699 0.124 0.002 0.153 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 V 0.059 0.763 0.036 0.016 0.010 0.030 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 62 D 0.027 0.139 0.104 0.189 0.043 0.056 0.240 0.002 0.195 0.005 0.001 63 G 0.008 0.003 0.019 0.013 0.036 0.003 0.138 0.698 0.001 0.080 0.001 64 T 0.090 0.532 0.255 0.054 0.048 0.008 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 65 N 0.044 0.115 0.583 0.013 0.027 0.140 0.029 0.002 0.037 0.007 0.002 66 L 0.364 0.158 0.199 0.165 0.017 0.064 0.011 0.002 0.019 0.001 0.002 67 Q 0.231 0.115 0.416 0.179 0.014 0.015 0.016 0.001 0.012 0.001 0.001 68 G 0.018 0.003 0.008 0.070 0.020 0.001 0.099 0.736 0.002 0.043 0.001 69 F 0.004 0.204 0.686 0.011 0.025 0.041 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 70 T 0.003 0.100 0.834 0.001 0.022 0.029 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 71 N 0.934 0.005 0.022 0.009 0.003 0.016 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 72 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.980 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.717 0.007 0.016 0.240 0.003 0.003 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 81 T 0.377 0.024 0.165 0.399 0.005 0.007 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 82 G 0.022 0.001 0.013 0.010 0.012 0.001 0.065 0.588 0.001 0.288 0.001 83 Q 0.082 0.060 0.324 0.324 0.040 0.048 0.095 0.012 0.007 0.006 0.003 84 T 0.012 0.592 0.288 0.022 0.062 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 85 V 0.001 0.782 0.180 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 86 L 0.002 0.852 0.109 0.002 0.013 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 87 L 0.001 0.769 0.196 0.001 0.021 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 88 T 0.001 0.876 0.080 0.001 0.016 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 89 L 0.001 0.729 0.237 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 90 M 0.002 0.861 0.060 0.002 0.039 0.011 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 91 R 0.005 0.324 0.608 0.001 0.008 0.040 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 92 R 0.047 0.267 0.529 0.051 0.019 0.041 0.009 0.001 0.034 0.001 0.001 93 G 0.024 0.042 0.130 0.008 0.257 0.006 0.038 0.131 0.006 0.358 0.001 94 E 0.336 0.131 0.263 0.174 0.035 0.027 0.006 0.004 0.012 0.005 0.005 95 T 0.195 0.197 0.284 0.156 0.101 0.018 0.017 0.006 0.017 0.009 0.001 96 S 0.192 0.120 0.344 0.133 0.093 0.040 0.022 0.022 0.016 0.013 0.005 97 V 0.167 0.381 0.238 0.097 0.052 0.027 0.005 0.003 0.027 0.003 0.001