# TARGET T0359 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1518 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.803 0.134 0.040 0.016 0.005 0.002 0.001 2 M 0.554 0.214 0.124 0.072 0.027 0.008 0.001 3 S 0.475 0.220 0.122 0.092 0.065 0.023 0.003 4 E 0.352 0.239 0.135 0.122 0.092 0.051 0.009 5 T 0.286 0.199 0.211 0.197 0.073 0.028 0.005 6 F 0.338 0.228 0.170 0.138 0.091 0.032 0.003 7 D 0.403 0.188 0.141 0.133 0.104 0.030 0.001 8 V 0.298 0.198 0.161 0.180 0.120 0.041 0.002 9 E 0.193 0.237 0.221 0.219 0.100 0.028 0.002 10 L 0.247 0.293 0.205 0.169 0.073 0.013 0.001 11 T 0.429 0.286 0.168 0.092 0.022 0.003 0.001 12 K 0.744 0.169 0.055 0.024 0.006 0.001 0.001 13 N 0.798 0.153 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 14 V 0.674 0.240 0.063 0.019 0.004 0.001 0.001 15 Q 0.241 0.389 0.234 0.110 0.023 0.003 0.001 16 G 0.042 0.199 0.261 0.295 0.158 0.042 0.003 17 L 0.002 0.008 0.032 0.138 0.332 0.420 0.068 18 G 0.002 0.013 0.056 0.164 0.301 0.372 0.092 19 I 0.001 0.001 0.005 0.019 0.080 0.448 0.446 20 T 0.001 0.009 0.051 0.158 0.268 0.374 0.139 21 I 0.001 0.002 0.007 0.033 0.161 0.557 0.241 22 A 0.001 0.022 0.091 0.241 0.363 0.247 0.034 23 G 0.006 0.045 0.133 0.287 0.347 0.172 0.011 24 Y 0.035 0.164 0.235 0.265 0.219 0.078 0.003 25 I 0.153 0.277 0.231 0.211 0.099 0.027 0.001 26 G 0.430 0.302 0.154 0.078 0.028 0.008 0.001 27 D 0.514 0.270 0.121 0.069 0.020 0.005 0.001 28 K 0.614 0.246 0.089 0.036 0.012 0.003 0.001 29 K 0.563 0.236 0.115 0.064 0.018 0.003 0.001 30 L 0.527 0.231 0.125 0.078 0.031 0.007 0.001 31 E 0.382 0.332 0.173 0.084 0.024 0.004 0.001 32 P 0.170 0.303 0.253 0.185 0.073 0.016 0.001 33 S 0.035 0.141 0.221 0.314 0.212 0.071 0.005 34 G 0.006 0.042 0.116 0.249 0.351 0.215 0.020 35 I 0.001 0.004 0.015 0.079 0.251 0.533 0.117 36 F 0.001 0.008 0.031 0.127 0.341 0.424 0.067 37 V 0.001 0.002 0.007 0.028 0.133 0.549 0.281 38 K 0.004 0.041 0.121 0.281 0.296 0.209 0.048 39 S 0.010 0.080 0.218 0.307 0.238 0.129 0.020 40 I 0.003 0.018 0.054 0.197 0.432 0.273 0.023 41 T 0.048 0.187 0.272 0.302 0.153 0.036 0.002 42 K 0.337 0.383 0.182 0.071 0.021 0.006 0.001 43 S 0.426 0.347 0.135 0.062 0.023 0.007 0.001 44 S 0.176 0.236 0.223 0.214 0.116 0.033 0.003 45 A 0.254 0.268 0.214 0.158 0.077 0.026 0.003 46 V 0.258 0.223 0.177 0.187 0.118 0.034 0.003 47 E 0.306 0.329 0.204 0.114 0.039 0.008 0.001 48 H 0.344 0.295 0.192 0.122 0.038 0.008 0.001 49 D 0.355 0.283 0.177 0.117 0.052 0.015 0.001 50 G 0.317 0.319 0.185 0.116 0.048 0.014 0.001 51 R 0.153 0.309 0.259 0.181 0.076 0.021 0.002 52 I 0.029 0.045 0.095 0.244 0.371 0.200 0.017 53 Q 0.095 0.272 0.287 0.219 0.101 0.025 0.002 54 I 0.052 0.138 0.214 0.307 0.202 0.080 0.007 55 G 0.043 0.156 0.206 0.289 0.222 0.078 0.006 56 D 0.018 0.058 0.113 0.227 0.332 0.222 0.029 57 Q 0.016 0.101 0.169 0.229 0.239 0.206 0.039 58 I 0.003 0.005 0.017 0.076 0.212 0.538 0.149 59 I 0.011 0.050 0.092 0.197 0.295 0.294 0.060 60 A 0.049 0.163 0.252 0.254 0.162 0.104 0.017 61 V 0.022 0.043 0.085 0.211 0.377 0.233 0.029 62 D 0.126 0.313 0.284 0.184 0.072 0.020 0.002 63 G 0.275 0.310 0.202 0.142 0.057 0.014 0.001 64 T 0.276 0.358 0.205 0.112 0.039 0.010 0.001 65 N 0.260 0.369 0.223 0.105 0.036 0.007 0.001 66 L 0.045 0.066 0.168 0.344 0.295 0.079 0.003 67 Q 0.279 0.371 0.202 0.109 0.033 0.006 0.001 68 G 0.345 0.362 0.180 0.081 0.025 0.005 0.001 69 F 0.091 0.172 0.229 0.266 0.178 0.060 0.004 70 T 0.151 0.401 0.251 0.143 0.045 0.009 0.001 71 N 0.016 0.103 0.268 0.333 0.223 0.054 0.003 72 Q 0.406 0.426 0.135 0.028 0.004 0.001 0.001 73 Q 0.066 0.410 0.357 0.135 0.027 0.004 0.001 74 A 0.001 0.004 0.018 0.121 0.513 0.331 0.012 75 V 0.003 0.067 0.246 0.408 0.233 0.041 0.001 76 E 0.074 0.603 0.235 0.065 0.018 0.005 0.001 77 V 0.001 0.024 0.239 0.514 0.196 0.025 0.001 78 L 0.002 0.007 0.017 0.122 0.480 0.361 0.009 79 R 0.077 0.413 0.344 0.136 0.027 0.003 0.001 80 H 0.465 0.421 0.093 0.018 0.002 0.001 0.001 81 T 0.107 0.266 0.321 0.245 0.056 0.004 0.001 82 G 0.361 0.376 0.170 0.074 0.017 0.002 0.001 83 Q 0.641 0.286 0.057 0.014 0.002 0.001 0.001 84 T 0.200 0.493 0.223 0.071 0.011 0.001 0.001 85 V 0.012 0.056 0.149 0.344 0.352 0.083 0.003 86 L 0.010 0.110 0.292 0.346 0.192 0.047 0.003 87 L 0.002 0.005 0.017 0.091 0.323 0.490 0.073 88 T 0.004 0.046 0.215 0.374 0.279 0.079 0.003 89 L 0.003 0.012 0.036 0.123 0.375 0.423 0.028 90 M 0.008 0.074 0.262 0.391 0.219 0.045 0.001 91 R 0.056 0.182 0.287 0.303 0.149 0.022 0.001 92 R 0.224 0.335 0.263 0.140 0.035 0.003 0.001 93 G 0.679 0.237 0.062 0.018 0.003 0.001 0.001 94 E 0.816 0.140 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 95 T 0.776 0.162 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 96 S 0.846 0.110 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 97 V 0.742 0.153 0.058 0.033 0.011 0.002 0.001