# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.196 0.170 0.212 0.061 0.021 0.091 0.011 0.003 0.002 0.005 0.006 0.003 0.004 0.004 0.008 0.010 0.076 0.022 0.006 0.010 0.031 2 M 0.017 0.148 0.396 0.185 0.013 0.066 0.042 0.008 0.005 0.002 0.003 0.013 0.006 0.004 0.002 0.015 0.016 0.011 0.021 0.005 0.010 0.012 3 S 0.022 0.164 0.172 0.239 0.022 0.021 0.198 0.011 0.005 0.003 0.005 0.007 0.004 0.005 0.004 0.008 0.013 0.031 0.013 0.004 0.009 0.039 4 E 0.027 0.178 0.125 0.224 0.013 0.020 0.076 0.010 0.018 0.006 0.006 0.021 0.016 0.009 0.004 0.058 0.070 0.011 0.051 0.011 0.029 0.018 5 T 0.021 0.176 0.037 0.141 0.003 0.011 0.045 0.006 0.016 0.012 0.012 0.008 0.024 0.013 0.075 0.043 0.085 0.006 0.030 0.006 0.019 0.209 6 F 0.002 0.058 0.011 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.040 0.024 0.044 0.021 0.016 0.007 0.107 0.343 0.007 0.041 0.068 0.147 0.015 7 D 0.008 0.021 0.006 0.018 0.002 0.001 0.005 0.001 0.042 0.020 0.028 0.017 0.050 0.027 0.084 0.133 0.149 0.002 0.037 0.015 0.030 0.305 8 V 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.065 0.051 0.038 0.023 0.030 0.021 0.108 0.186 0.017 0.013 0.155 0.216 0.038 9 E 0.001 0.012 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.038 0.057 0.042 0.053 0.031 0.024 0.102 0.170 0.019 0.006 0.171 0.109 0.106 10 L 0.001 0.024 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.053 0.030 0.020 0.024 0.021 0.050 0.101 0.035 0.105 0.002 0.236 0.132 0.128 11 T 0.002 0.048 0.012 0.018 0.004 0.003 0.003 0.001 0.028 0.028 0.035 0.032 0.039 0.019 0.015 0.088 0.051 0.265 0.002 0.135 0.110 0.061 12 K 0.005 0.097 0.049 0.099 0.007 0.007 0.009 0.002 0.015 0.022 0.036 0.018 0.013 0.015 0.011 0.059 0.032 0.133 0.003 0.168 0.092 0.106 13 N 0.023 0.165 0.064 0.143 0.055 0.010 0.017 0.005 0.009 0.012 0.008 0.020 0.010 0.007 0.006 0.034 0.021 0.271 0.005 0.028 0.054 0.033 14 V 0.019 0.067 0.447 0.085 0.018 0.096 0.064 0.007 0.006 0.003 0.011 0.007 0.005 0.004 0.002 0.017 0.012 0.031 0.005 0.016 0.023 0.053 15 Q 0.055 0.131 0.173 0.131 0.025 0.012 0.235 0.012 0.009 0.004 0.005 0.009 0.004 0.007 0.001 0.044 0.030 0.026 0.018 0.018 0.036 0.015 16 G 0.172 0.097 0.048 0.103 0.046 0.031 0.161 0.009 0.011 0.003 0.006 0.005 0.008 0.006 0.010 0.042 0.039 0.004 0.068 0.009 0.030 0.091 17 L 0.004 0.248 0.045 0.102 0.001 0.005 0.012 0.003 0.015 0.023 0.016 0.009 0.012 0.017 0.008 0.101 0.129 0.008 0.105 0.023 0.086 0.029 18 G 0.018 0.027 0.011 0.023 0.011 0.003 0.013 0.003 0.028 0.014 0.015 0.031 0.033 0.017 0.014 0.126 0.155 0.006 0.158 0.063 0.081 0.151 19 I 0.001 0.031 0.004 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 0.029 0.039 0.012 0.019 0.025 0.036 0.146 0.238 0.013 0.072 0.042 0.104 0.152 20 T 0.001 0.008 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 0.032 0.032 0.085 0.053 0.030 0.011 0.106 0.174 0.030 0.019 0.193 0.116 0.068 21 I 0.002 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.024 0.043 0.027 0.018 0.016 0.049 0.099 0.107 0.048 0.004 0.239 0.117 0.161 22 A 0.005 0.023 0.018 0.016 0.004 0.004 0.007 0.002 0.030 0.044 0.057 0.057 0.056 0.028 0.012 0.100 0.101 0.096 0.004 0.185 0.103 0.048 23 G 0.057 0.041 0.027 0.037 0.059 0.007 0.030 0.004 0.012 0.016 0.027 0.022 0.014 0.019 0.021 0.068 0.079 0.087 0.009 0.180 0.113 0.070 24 Y 0.037 0.149 0.088 0.062 0.019 0.031 0.043 0.010 0.009 0.016 0.018 0.020 0.018 0.012 0.020 0.049 0.045 0.064 0.026 0.068 0.055 0.142 25 I 0.011 0.274 0.123 0.184 0.006 0.013 0.021 0.007 0.003 0.007 0.008 0.008 0.006 0.004 0.004 0.032 0.036 0.104 0.019 0.040 0.050 0.041 26 G 0.127 0.111 0.131 0.150 0.085 0.024 0.086 0.016 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.003 0.004 0.015 0.015 0.045 0.039 0.023 0.021 0.089 27 D 0.026 0.289 0.155 0.148 0.015 0.053 0.065 0.016 0.002 0.002 0.004 0.005 0.002 0.002 0.003 0.013 0.018 0.043 0.085 0.012 0.018 0.024 28 K 0.024 0.078 0.379 0.129 0.028 0.035 0.102 0.038 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.008 0.009 0.036 0.032 0.023 0.008 0.055 29 K 0.060 0.144 0.180 0.125 0.014 0.016 0.200 0.043 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.003 0.013 0.014 0.067 0.035 0.025 0.015 0.032 30 L 0.088 0.123 0.162 0.119 0.015 0.041 0.182 0.010 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.009 0.007 0.031 0.046 0.016 0.016 0.124 31 E 0.038 0.233 0.106 0.160 0.042 0.012 0.036 0.008 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.027 0.020 0.048 0.156 0.042 0.039 0.017 32 P 0.030 0.079 0.209 0.269 0.023 0.041 0.056 0.008 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.002 0.005 0.011 0.011 0.009 0.054 0.011 0.012 0.154 33 S 0.016 0.158 0.091 0.168 0.008 0.011 0.121 0.007 0.012 0.006 0.006 0.011 0.007 0.008 0.002 0.076 0.103 0.009 0.041 0.047 0.076 0.018 34 G 0.076 0.051 0.013 0.116 0.031 0.009 0.045 0.005 0.015 0.003 0.004 0.006 0.015 0.012 0.018 0.075 0.079 0.003 0.168 0.037 0.044 0.174 35 I 0.001 0.048 0.004 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.030 0.021 0.016 0.017 0.014 0.012 0.122 0.203 0.006 0.059 0.150 0.222 0.043 36 F 0.001 0.016 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.029 0.021 0.038 0.047 0.039 0.017 0.132 0.132 0.003 0.025 0.163 0.130 0.160 37 V 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.054 0.052 0.020 0.023 0.019 0.028 0.149 0.144 0.009 0.008 0.146 0.265 0.044 38 K 0.001 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.054 0.056 0.067 0.097 0.063 0.035 0.133 0.050 0.026 0.006 0.139 0.133 0.062 39 S 0.003 0.012 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.029 0.056 0.072 0.050 0.042 0.035 0.021 0.070 0.026 0.048 0.002 0.366 0.123 0.029 40 I 0.004 0.085 0.036 0.023 0.001 0.007 0.005 0.002 0.056 0.067 0.051 0.031 0.074 0.072 0.052 0.103 0.075 0.010 0.006 0.053 0.069 0.116 41 T 0.004 0.290 0.037 0.120 0.008 0.007 0.005 0.005 0.019 0.040 0.028 0.040 0.036 0.023 0.012 0.061 0.018 0.064 0.006 0.062 0.098 0.017 42 K 0.019 0.109 0.243 0.332 0.023 0.055 0.025 0.010 0.008 0.012 0.019 0.009 0.016 0.013 0.018 0.019 0.007 0.013 0.003 0.007 0.016 0.023 43 S 0.049 0.176 0.182 0.100 0.026 0.024 0.277 0.010 0.004 0.010 0.007 0.020 0.005 0.013 0.003 0.018 0.006 0.002 0.010 0.016 0.037 0.008 44 S 0.006 0.494 0.025 0.338 0.020 0.037 0.010 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.006 0.014 0.003 0.006 0.003 45 A 0.004 0.031 0.424 0.101 0.007 0.317 0.007 0.062 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.002 0.002 0.002 0.013 46 V 0.003 0.023 0.057 0.015 0.001 0.026 0.238 0.586 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.003 0.002 0.002 0.011 47 E 0.004 0.054 0.073 0.035 0.001 0.024 0.146 0.543 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.010 0.028 0.006 0.007 0.008 0.037 48 H 0.012 0.133 0.311 0.090 0.002 0.009 0.102 0.224 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.002 0.009 0.012 0.036 0.004 0.010 0.011 0.017 49 D 0.049 0.076 0.172 0.162 0.004 0.008 0.452 0.008 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.006 0.008 0.005 0.013 0.005 50 G 0.532 0.008 0.009 0.007 0.260 0.002 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.023 0.002 0.006 0.002 51 R 0.004 0.074 0.017 0.076 0.001 0.005 0.007 0.003 0.003 0.002 0.006 0.003 0.003 0.004 0.008 0.005 0.004 0.006 0.736 0.006 0.007 0.021 52 I 0.005 0.220 0.057 0.118 0.003 0.007 0.008 0.004 0.019 0.014 0.016 0.078 0.042 0.031 0.004 0.029 0.043 0.018 0.021 0.021 0.043 0.200 53 Q 0.004 0.345 0.058 0.154 0.004 0.006 0.007 0.002 0.023 0.009 0.010 0.010 0.013 0.012 0.030 0.035 0.011 0.036 0.120 0.007 0.023 0.080 54 I 0.005 0.156 0.082 0.357 0.008 0.017 0.010 0.003 0.027 0.021 0.017 0.029 0.054 0.017 0.016 0.036 0.020 0.045 0.020 0.007 0.030 0.023 55 G 0.030 0.053 0.066 0.102 0.084 0.015 0.122 0.009 0.027 0.013 0.025 0.104 0.045 0.029 0.012 0.035 0.030 0.007 0.005 0.103 0.045 0.038 56 D 0.006 0.122 0.041 0.111 0.002 0.013 0.037 0.009 0.064 0.040 0.027 0.020 0.050 0.023 0.020 0.142 0.140 0.003 0.015 0.029 0.056 0.029 57 Q 0.005 0.033 0.021 0.021 0.003 0.004 0.015 0.007 0.033 0.028 0.019 0.015 0.039 0.030 0.020 0.120 0.424 0.002 0.007 0.026 0.073 0.056 58 I 0.002 0.025 0.006 0.005 0.001 0.002 0.005 0.004 0.031 0.033 0.046 0.025 0.032 0.023 0.024 0.178 0.198 0.038 0.018 0.086 0.145 0.075 59 I 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 0.044 0.048 0.030 0.039 0.047 0.017 0.111 0.055 0.200 0.014 0.060 0.106 0.184 60 A 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.037 0.035 0.056 0.018 0.031 0.009 0.090 0.057 0.123 0.006 0.196 0.176 0.118 61 V 0.002 0.059 0.017 0.015 0.001 0.002 0.001 0.003 0.030 0.054 0.036 0.015 0.032 0.015 0.064 0.045 0.028 0.474 0.002 0.019 0.040 0.047 62 D 0.038 0.032 0.114 0.109 0.017 0.009 0.058 0.004 0.027 0.051 0.077 0.046 0.056 0.022 0.021 0.055 0.033 0.110 0.001 0.056 0.048 0.016 63 G 0.549 0.008 0.004 0.003 0.211 0.003 0.171 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.003 0.008 0.003 0.003 0.007 0.004 64 T 0.007 0.106 0.033 0.060 0.005 0.011 0.010 0.003 0.002 0.007 0.009 0.005 0.005 0.006 0.002 0.010 0.009 0.016 0.658 0.007 0.013 0.014 65 N 0.013 0.301 0.068 0.209 0.010 0.011 0.011 0.013 0.004 0.004 0.006 0.014 0.016 0.006 0.005 0.013 0.016 0.028 0.025 0.006 0.015 0.207 66 L 0.021 0.130 0.421 0.067 0.006 0.047 0.023 0.016 0.003 0.002 0.008 0.006 0.004 0.005 0.011 0.012 0.016 0.013 0.120 0.004 0.010 0.053 67 Q 0.036 0.099 0.184 0.124 0.011 0.009 0.279 0.029 0.003 0.001 0.005 0.013 0.005 0.004 0.002 0.010 0.005 0.008 0.148 0.005 0.010 0.008 68 G 0.273 0.063 0.034 0.046 0.084 0.038 0.334 0.017 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.005 0.007 0.005 0.001 0.002 0.045 0.014 0.006 0.015 69 F 0.021 0.264 0.164 0.193 0.009 0.065 0.048 0.028 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.008 0.002 0.012 0.003 0.001 0.118 0.024 0.016 0.009 70 T 0.010 0.300 0.051 0.490 0.012 0.032 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.010 0.012 0.007 71 N 0.009 0.023 0.074 0.041 0.010 0.771 0.007 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.003 0.023 0.005 0.001 0.473 0.010 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.086 0.002 0.001 0.002 0.022 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.009 0.004 0.134 0.002 0.001 0.006 0.127 0.695 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.005 80 H 0.008 0.009 0.576 0.004 0.001 0.006 0.244 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.002 0.008 81 T 0.090 0.099 0.355 0.156 0.003 0.011 0.222 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.021 0.005 0.001 0.004 0.003 82 G 0.699 0.014 0.032 0.019 0.109 0.006 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 0.003 83 Q 0.010 0.152 0.039 0.158 0.005 0.007 0.033 0.002 0.007 0.010 0.008 0.005 0.011 0.009 0.007 0.027 0.024 0.009 0.450 0.002 0.017 0.010 84 T 0.006 0.067 0.020 0.047 0.004 0.004 0.012 0.002 0.037 0.021 0.021 0.067 0.172 0.036 0.015 0.083 0.137 0.001 0.038 0.007 0.028 0.176 85 V 0.001 0.057 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.157 0.068 0.029 0.044 0.034 0.078 0.104 0.200 0.006 0.051 0.008 0.081 0.035 86 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.051 0.039 0.083 0.264 0.043 0.028 0.168 0.129 0.001 0.022 0.012 0.035 0.042 87 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.123 0.177 0.046 0.054 0.062 0.089 0.079 0.155 0.006 0.004 0.076 0.066 0.028 88 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.103 0.061 0.114 0.133 0.053 0.013 0.108 0.084 0.011 0.001 0.120 0.081 0.033 89 L 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.156 0.067 0.013 0.053 0.037 0.102 0.083 0.033 0.130 0.001 0.068 0.092 0.112 90 M 0.001 0.011 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.080 0.048 0.063 0.063 0.043 0.008 0.089 0.042 0.086 0.001 0.210 0.167 0.040 91 R 0.003 0.147 0.021 0.086 0.004 0.003 0.005 0.002 0.023 0.077 0.049 0.018 0.029 0.017 0.045 0.068 0.029 0.140 0.002 0.072 0.094 0.068 92 R 0.024 0.109 0.124 0.225 0.027 0.018 0.023 0.003 0.021 0.052 0.034 0.020 0.027 0.019 0.011 0.046 0.027 0.056 0.003 0.036 0.069 0.025 93 G 0.140 0.113 0.075 0.121 0.146 0.014 0.174 0.008 0.007 0.007 0.017 0.012 0.008 0.015 0.007 0.023 0.018 0.009 0.012 0.017 0.041 0.017 94 E 0.025 0.276 0.131 0.176 0.011 0.034 0.072 0.008 0.009 0.009 0.011 0.008 0.009 0.010 0.010 0.025 0.017 0.008 0.060 0.015 0.030 0.046 95 T 0.015 0.303 0.125 0.224 0.015 0.017 0.041 0.013 0.009 0.006 0.009 0.012 0.010 0.012 0.004 0.034 0.025 0.010 0.040 0.014 0.037 0.027 96 S 0.023 0.239 0.092 0.277 0.017 0.021 0.062 0.013 0.009 0.005 0.007 0.008 0.008 0.011 0.018 0.021 0.013 0.005 0.054 0.010 0.023 0.064 97 V 0.007 0.327 0.091 0.224 0.008 0.026 0.030 0.012 0.012 0.009 0.009 0.015 0.011 0.013 0.007 0.033 0.021 0.013 0.053 0.021 0.041 0.017