# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.069 0.001 0.001 0.005 0.011 0.014 0.096 0.002 0.001 0.037 0.764 2 M 0.020 0.001 0.001 0.007 0.020 0.030 0.134 0.003 0.001 0.037 0.748 3 S 0.009 0.001 0.001 0.010 0.022 0.042 0.134 0.001 0.001 0.035 0.748 4 E 0.003 0.001 0.001 0.036 0.143 0.234 0.114 0.002 0.001 0.047 0.420 5 T 0.002 0.001 0.001 0.053 0.075 0.149 0.089 0.001 0.001 0.040 0.592 6 F 0.001 0.001 0.001 0.102 0.318 0.434 0.020 0.001 0.001 0.035 0.091 7 D 0.001 0.001 0.001 0.154 0.185 0.374 0.028 0.001 0.001 0.059 0.199 8 V 0.001 0.001 0.001 0.219 0.391 0.259 0.010 0.001 0.001 0.021 0.099 9 E 0.002 0.001 0.001 0.153 0.305 0.386 0.021 0.001 0.001 0.034 0.098 10 L 0.001 0.001 0.001 0.063 0.315 0.284 0.032 0.001 0.001 0.018 0.286 11 T 0.018 0.002 0.001 0.096 0.230 0.295 0.062 0.001 0.002 0.045 0.250 12 K 0.013 0.001 0.005 0.034 0.034 0.075 0.090 0.002 0.004 0.034 0.708 13 N 0.401 0.004 0.003 0.016 0.026 0.035 0.058 0.007 0.004 0.063 0.384 14 V 0.107 0.001 0.004 0.013 0.008 0.016 0.088 0.001 0.002 0.096 0.665 15 Q 0.004 0.001 0.001 0.014 0.024 0.068 0.116 0.001 0.001 0.042 0.729 16 G 0.007 0.001 0.001 0.020 0.096 0.134 0.099 0.001 0.001 0.069 0.574 17 L 0.001 0.001 0.001 0.038 0.252 0.227 0.064 0.001 0.001 0.065 0.351 18 G 0.001 0.001 0.001 0.065 0.219 0.408 0.038 0.001 0.001 0.074 0.194 19 I 0.001 0.001 0.001 0.161 0.315 0.255 0.029 0.001 0.001 0.060 0.177 20 T 0.007 0.001 0.001 0.398 0.171 0.228 0.030 0.001 0.001 0.077 0.086 21 I 0.048 0.001 0.001 0.211 0.167 0.197 0.048 0.002 0.001 0.091 0.234 22 A 0.014 0.002 0.001 0.202 0.071 0.142 0.114 0.001 0.001 0.033 0.421 23 G 0.004 0.002 0.001 0.085 0.026 0.097 0.147 0.003 0.001 0.021 0.612 24 Y 0.391 0.024 0.002 0.038 0.053 0.050 0.080 0.004 0.002 0.071 0.285 25 I 0.035 0.011 0.003 0.021 0.018 0.027 0.132 0.003 0.002 0.048 0.701 26 G 0.045 0.017 0.003 0.007 0.008 0.017 0.094 0.005 0.001 0.027 0.776 27 D 0.280 0.031 0.002 0.006 0.015 0.020 0.083 0.013 0.001 0.092 0.456 28 K 0.042 0.003 0.001 0.004 0.009 0.017 0.090 0.002 0.001 0.051 0.781 29 K 0.026 0.003 0.002 0.009 0.020 0.041 0.099 0.001 0.001 0.043 0.755 30 L 0.024 0.001 0.001 0.007 0.026 0.030 0.117 0.002 0.001 0.040 0.752 31 E 0.147 0.002 0.001 0.007 0.025 0.033 0.166 0.011 0.001 0.067 0.543 32 P 0.028 0.001 0.001 0.012 0.009 0.018 0.162 0.002 0.001 0.040 0.727 33 S 0.002 0.001 0.001 0.040 0.060 0.190 0.149 0.001 0.001 0.048 0.508 34 G 0.001 0.001 0.001 0.100 0.152 0.393 0.058 0.001 0.001 0.088 0.206 35 I 0.001 0.001 0.001 0.185 0.281 0.321 0.023 0.001 0.001 0.050 0.138 36 F 0.001 0.001 0.001 0.181 0.312 0.352 0.013 0.001 0.001 0.050 0.090 37 V 0.006 0.001 0.001 0.114 0.267 0.294 0.027 0.001 0.001 0.081 0.210 38 K 0.006 0.001 0.001 0.167 0.206 0.257 0.049 0.001 0.001 0.071 0.243 39 S 0.008 0.001 0.001 0.089 0.150 0.241 0.102 0.001 0.001 0.061 0.347 40 I 0.006 0.001 0.001 0.116 0.103 0.148 0.104 0.002 0.001 0.030 0.487 41 T 0.573 0.007 0.001 0.036 0.027 0.024 0.054 0.003 0.001 0.051 0.220 42 K 0.043 0.007 0.001 0.021 0.008 0.013 0.125 0.003 0.001 0.040 0.739 43 S 0.012 0.014 0.001 0.008 0.005 0.012 0.112 0.003 0.001 0.012 0.820 44 S 0.072 0.102 0.001 0.016 0.058 0.085 0.120 0.020 0.001 0.084 0.441 45 A 0.069 0.257 0.008 0.017 0.029 0.056 0.095 0.004 0.004 0.114 0.349 46 V 0.112 0.145 0.075 0.012 0.048 0.072 0.067 0.008 0.027 0.068 0.367 47 E 0.404 0.045 0.005 0.004 0.020 0.029 0.056 0.016 0.004 0.049 0.368 48 H 0.466 0.038 0.001 0.005 0.007 0.014 0.048 0.011 0.001 0.039 0.372 49 D 0.031 0.038 0.001 0.012 0.005 0.023 0.091 0.003 0.001 0.017 0.779 50 G 0.010 0.013 0.001 0.018 0.073 0.138 0.086 0.003 0.001 0.027 0.632 51 R 0.009 0.007 0.001 0.023 0.248 0.164 0.104 0.001 0.001 0.042 0.400 52 I 0.006 0.002 0.002 0.062 0.092 0.085 0.088 0.001 0.001 0.023 0.638 53 Q 0.459 0.011 0.002 0.032 0.057 0.082 0.067 0.010 0.002 0.104 0.174 54 I 0.145 0.004 0.004 0.032 0.007 0.017 0.118 0.003 0.002 0.058 0.611 55 G 0.009 0.003 0.001 0.034 0.025 0.100 0.129 0.004 0.001 0.030 0.664 56 D 0.005 0.002 0.001 0.073 0.105 0.239 0.112 0.001 0.001 0.065 0.396 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.070 0.264 0.507 0.023 0.001 0.001 0.059 0.076 58 I 0.001 0.001 0.001 0.079 0.294 0.394 0.020 0.001 0.001 0.049 0.163 59 I 0.001 0.001 0.001 0.109 0.403 0.366 0.014 0.001 0.001 0.027 0.080 60 A 0.007 0.001 0.001 0.115 0.209 0.392 0.026 0.001 0.001 0.105 0.144 61 V 0.063 0.001 0.001 0.082 0.144 0.135 0.075 0.004 0.001 0.100 0.396 62 D 0.051 0.001 0.001 0.068 0.051 0.063 0.118 0.003 0.001 0.051 0.592 63 G 0.012 0.001 0.001 0.030 0.028 0.051 0.142 0.003 0.001 0.030 0.703 64 T 0.012 0.001 0.001 0.073 0.085 0.086 0.163 0.004 0.001 0.038 0.537 65 N 0.075 0.005 0.002 0.148 0.040 0.067 0.119 0.005 0.001 0.096 0.442 66 L 0.165 0.009 0.001 0.079 0.017 0.028 0.134 0.003 0.001 0.090 0.473 67 Q 0.021 0.004 0.001 0.041 0.016 0.033 0.174 0.003 0.001 0.033 0.674 68 G 0.023 0.022 0.001 0.023 0.008 0.017 0.162 0.001 0.001 0.035 0.707 69 F 0.018 0.032 0.001 0.025 0.022 0.028 0.191 0.005 0.001 0.110 0.567 70 T 0.033 0.493 0.001 0.006 0.004 0.005 0.063 0.005 0.001 0.162 0.227 71 N 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 0.020 72 Q 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.017 73 Q 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.011 74 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 V 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.019 0.010 76 E 0.016 0.654 0.013 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.005 0.244 0.047 77 V 0.110 0.273 0.053 0.005 0.002 0.003 0.045 0.011 0.020 0.335 0.143 78 L 0.119 0.029 0.190 0.008 0.002 0.003 0.059 0.023 0.134 0.225 0.208 79 R 0.236 0.006 0.005 0.004 0.002 0.003 0.069 0.003 0.007 0.027 0.639 80 H 0.044 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 0.015 0.876 81 T 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.156 0.002 0.001 0.021 0.799 82 G 0.012 0.001 0.001 0.010 0.003 0.011 0.157 0.001 0.001 0.026 0.778 83 Q 0.002 0.001 0.001 0.106 0.078 0.170 0.126 0.001 0.001 0.044 0.472 84 T 0.001 0.001 0.001 0.163 0.069 0.345 0.052 0.001 0.001 0.103 0.267 85 V 0.001 0.001 0.001 0.271 0.270 0.326 0.013 0.001 0.001 0.039 0.080 86 L 0.001 0.001 0.001 0.191 0.294 0.439 0.007 0.001 0.001 0.028 0.041 87 L 0.001 0.001 0.001 0.115 0.444 0.371 0.003 0.001 0.001 0.022 0.044 88 T 0.001 0.001 0.001 0.099 0.365 0.470 0.005 0.001 0.001 0.027 0.033 89 L 0.002 0.001 0.001 0.053 0.364 0.466 0.015 0.001 0.001 0.030 0.069 90 M 0.018 0.001 0.001 0.070 0.296 0.372 0.033 0.001 0.002 0.046 0.160 91 R 0.146 0.001 0.002 0.034 0.118 0.163 0.063 0.004 0.002 0.078 0.389 92 R 0.029 0.001 0.001 0.023 0.018 0.040 0.084 0.002 0.001 0.032 0.769 93 G 0.037 0.001 0.001 0.011 0.028 0.044 0.082 0.004 0.001 0.042 0.749 94 E 0.031 0.001 0.001 0.009 0.015 0.016 0.088 0.002 0.001 0.031 0.807 95 T 0.013 0.001 0.001 0.006 0.042 0.036 0.096 0.003 0.001 0.023 0.779 96 S 0.019 0.002 0.001 0.010 0.019 0.021 0.107 0.002 0.001 0.018 0.803 97 V 0.018 0.001 0.001 0.011 0.035 0.039 0.143 0.010 0.001 0.023 0.721