# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.015 0.004 0.007 0.013 0.019 0.057 0.003 0.882 2 M 0.016 0.005 0.009 0.015 0.032 0.040 0.003 0.880 3 S 0.027 0.008 0.010 0.028 0.039 0.132 0.010 0.748 4 E 0.102 0.009 0.012 0.027 0.030 0.134 0.021 0.666 5 T 0.175 0.010 0.022 0.043 0.061 0.123 0.014 0.553 6 F 0.108 0.006 0.071 0.260 0.238 0.107 0.012 0.198 7 D 0.018 0.001 0.056 0.176 0.237 0.047 0.002 0.463 8 V 0.005 0.001 0.063 0.374 0.513 0.009 0.001 0.034 9 E 0.004 0.001 0.053 0.350 0.496 0.011 0.001 0.086 10 L 0.001 0.001 0.083 0.376 0.447 0.009 0.001 0.084 11 T 0.002 0.001 0.093 0.327 0.467 0.025 0.001 0.084 12 K 0.004 0.001 0.077 0.215 0.392 0.043 0.002 0.265 13 N 0.009 0.002 0.038 0.071 0.235 0.158 0.004 0.483 14 V 0.044 0.003 0.025 0.037 0.073 0.152 0.013 0.653 15 Q 0.025 0.004 0.014 0.021 0.021 0.187 0.015 0.712 16 G 0.088 0.006 0.022 0.028 0.034 0.155 0.038 0.628 17 L 0.160 0.011 0.089 0.077 0.079 0.163 0.015 0.407 18 G 0.072 0.004 0.125 0.178 0.285 0.126 0.009 0.200 19 I 0.032 0.004 0.140 0.215 0.317 0.042 0.002 0.248 20 T 0.004 0.002 0.229 0.323 0.352 0.017 0.002 0.072 21 I 0.006 0.002 0.108 0.204 0.385 0.033 0.001 0.260 22 A 0.003 0.004 0.221 0.231 0.412 0.029 0.002 0.098 23 G 0.016 0.005 0.094 0.158 0.245 0.086 0.009 0.387 24 Y 0.072 0.004 0.144 0.064 0.140 0.128 0.012 0.436 25 I 0.031 0.004 0.077 0.068 0.103 0.130 0.005 0.581 26 G 0.017 0.005 0.023 0.037 0.076 0.134 0.007 0.701 27 D 0.062 0.006 0.017 0.024 0.049 0.106 0.007 0.728 28 K 0.059 0.012 0.021 0.028 0.031 0.161 0.009 0.678 29 K 0.087 0.008 0.009 0.018 0.031 0.443 0.016 0.387 30 L 0.270 0.032 0.032 0.041 0.065 0.134 0.025 0.402 31 E 0.051 0.025 0.025 0.044 0.074 0.209 0.009 0.562 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 33 S 0.032 0.007 0.032 0.080 0.101 0.111 0.013 0.625 34 G 0.312 0.003 0.069 0.058 0.070 0.059 0.029 0.399 35 I 0.058 0.002 0.349 0.194 0.171 0.038 0.004 0.184 36 F 0.009 0.001 0.187 0.225 0.320 0.042 0.001 0.215 37 V 0.005 0.001 0.180 0.176 0.502 0.030 0.001 0.106 38 K 0.002 0.001 0.248 0.350 0.342 0.017 0.001 0.040 39 S 0.006 0.003 0.127 0.255 0.313 0.030 0.003 0.263 40 I 0.015 0.002 0.303 0.117 0.279 0.034 0.005 0.245 41 T 0.011 0.006 0.109 0.177 0.259 0.145 0.003 0.290 42 K 0.004 0.003 0.018 0.017 0.054 0.042 0.003 0.859 43 S 0.029 0.013 0.026 0.027 0.052 0.151 0.019 0.682 44 S 0.342 0.006 0.013 0.014 0.013 0.126 0.032 0.455 45 A 0.032 0.007 0.026 0.021 0.027 0.082 0.004 0.800 46 V 0.060 0.028 0.019 0.083 0.247 0.141 0.005 0.417 47 E 0.124 0.060 0.027 0.104 0.294 0.117 0.010 0.265 48 H 0.123 0.130 0.019 0.075 0.138 0.092 0.021 0.402 49 D 0.144 0.141 0.034 0.059 0.061 0.079 0.043 0.439 50 G 0.438 0.048 0.018 0.096 0.030 0.015 0.170 0.184 51 R 0.508 0.005 0.074 0.033 0.072 0.116 0.019 0.173 52 I 0.013 0.004 0.056 0.133 0.175 0.048 0.004 0.568 53 Q 0.020 0.006 0.038 0.196 0.406 0.190 0.004 0.140 54 I 0.002 0.001 0.009 0.027 0.023 0.015 0.001 0.922 55 G 0.006 0.009 0.087 0.231 0.291 0.085 0.008 0.283 56 D 0.408 0.002 0.027 0.064 0.119 0.181 0.016 0.182 57 Q 0.050 0.005 0.219 0.312 0.240 0.086 0.004 0.084 58 I 0.011 0.002 0.046 0.310 0.578 0.026 0.001 0.027 59 I 0.004 0.002 0.213 0.345 0.398 0.008 0.001 0.029 60 A 0.002 0.002 0.132 0.369 0.428 0.011 0.001 0.054 61 V 0.003 0.004 0.158 0.272 0.427 0.023 0.002 0.111 62 D 0.003 0.004 0.089 0.131 0.285 0.079 0.004 0.405 63 G 0.020 0.007 0.092 0.098 0.188 0.095 0.021 0.478 64 T 0.223 0.003 0.052 0.038 0.068 0.300 0.012 0.305 65 N 0.019 0.004 0.032 0.030 0.038 0.115 0.006 0.756 66 L 0.066 0.030 0.079 0.114 0.195 0.092 0.007 0.417 67 Q 0.047 0.016 0.094 0.065 0.102 0.315 0.012 0.350 68 G 0.168 0.012 0.019 0.029 0.061 0.136 0.016 0.559 69 F 0.221 0.030 0.075 0.045 0.062 0.156 0.008 0.403 70 T 0.016 0.023 0.018 0.020 0.030 0.383 0.005 0.506 71 N 0.038 0.031 0.015 0.008 0.046 0.077 0.006 0.781 72 Q 0.015 0.039 0.004 0.002 0.010 0.325 0.002 0.603 73 Q 0.023 0.067 0.001 0.001 0.002 0.477 0.003 0.427 74 A 0.013 0.833 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.131 75 V 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 76 E 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 77 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 79 R 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 80 H 0.063 0.856 0.003 0.004 0.003 0.003 0.041 0.029 81 T 0.273 0.436 0.010 0.007 0.004 0.008 0.171 0.091 82 G 0.224 0.132 0.032 0.022 0.008 0.017 0.316 0.249 83 Q 0.122 0.018 0.174 0.059 0.035 0.115 0.096 0.382 84 T 0.037 0.002 0.064 0.065 0.066 0.113 0.010 0.642 85 V 0.049 0.001 0.108 0.284 0.418 0.089 0.002 0.050 86 L 0.008 0.001 0.116 0.356 0.432 0.030 0.001 0.056 87 L 0.001 0.001 0.096 0.503 0.389 0.003 0.001 0.009 88 T 0.001 0.001 0.068 0.415 0.504 0.002 0.001 0.011 89 L 0.001 0.001 0.089 0.350 0.540 0.003 0.001 0.018 90 M 0.001 0.001 0.128 0.249 0.588 0.009 0.001 0.025 91 R 0.001 0.001 0.073 0.228 0.502 0.038 0.001 0.156 92 R 0.007 0.002 0.052 0.054 0.203 0.072 0.004 0.607 93 G 0.030 0.002 0.015 0.020 0.039 0.109 0.011 0.774 94 E 0.114 0.003 0.015 0.013 0.018 0.128 0.017 0.694 95 T 0.080 0.010 0.031 0.030 0.029 0.119 0.015 0.688 96 S 0.044 0.008 0.023 0.019 0.031 0.074 0.007 0.795 97 V 0.028 0.009 0.038 0.027 0.048 0.058 0.003 0.788