# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.127 0.280 0.249 0.089 0.113 0.032 0.039 0.018 0.037 0.015 0.001 2 M 0.168 0.204 0.343 0.097 0.066 0.040 0.026 0.008 0.033 0.015 0.002 3 S 0.261 0.101 0.268 0.181 0.087 0.016 0.022 0.029 0.010 0.021 0.004 4 E 0.058 0.316 0.304 0.070 0.137 0.035 0.036 0.006 0.029 0.009 0.001 5 T 0.021 0.484 0.403 0.016 0.037 0.020 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 6 F 0.007 0.731 0.094 0.013 0.101 0.016 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 7 D 0.002 0.402 0.538 0.001 0.008 0.038 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 8 V 0.001 0.829 0.085 0.001 0.034 0.015 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 9 E 0.001 0.693 0.243 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 10 L 0.008 0.599 0.301 0.004 0.015 0.050 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 11 T 0.011 0.656 0.187 0.013 0.029 0.059 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 12 K 0.056 0.382 0.318 0.073 0.066 0.044 0.014 0.003 0.037 0.007 0.001 13 N 0.021 0.121 0.431 0.035 0.166 0.071 0.054 0.016 0.044 0.039 0.001 14 V 0.431 0.094 0.128 0.191 0.032 0.021 0.036 0.042 0.012 0.011 0.002 15 Q 0.228 0.099 0.154 0.288 0.073 0.010 0.061 0.041 0.019 0.028 0.001 16 G 0.073 0.029 0.110 0.036 0.138 0.007 0.056 0.209 0.006 0.334 0.002 17 L 0.081 0.269 0.228 0.290 0.057 0.022 0.026 0.003 0.017 0.002 0.004 18 G 0.014 0.138 0.171 0.022 0.413 0.012 0.049 0.070 0.008 0.101 0.001 19 I 0.003 0.806 0.099 0.003 0.078 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 20 T 0.003 0.816 0.102 0.001 0.039 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 21 I 0.007 0.663 0.238 0.003 0.017 0.050 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 22 A 0.038 0.634 0.107 0.052 0.093 0.028 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 23 G 0.024 0.089 0.112 0.017 0.436 0.006 0.056 0.083 0.009 0.167 0.001 24 Y 0.104 0.221 0.366 0.064 0.161 0.019 0.016 0.014 0.014 0.017 0.004 25 I 0.100 0.398 0.306 0.086 0.050 0.019 0.009 0.003 0.023 0.005 0.001 26 G 0.047 0.022 0.083 0.020 0.110 0.006 0.034 0.133 0.004 0.540 0.001 27 D 0.192 0.133 0.304 0.176 0.053 0.068 0.021 0.004 0.038 0.005 0.006 28 K 0.556 0.063 0.105 0.177 0.021 0.019 0.029 0.011 0.011 0.005 0.002 29 K 0.382 0.101 0.168 0.226 0.027 0.028 0.038 0.007 0.019 0.003 0.002 30 L 0.253 0.142 0.237 0.247 0.026 0.041 0.018 0.008 0.023 0.003 0.002 31 E 0.089 0.185 0.438 0.008 0.053 0.024 0.046 0.002 0.141 0.013 0.001 32 P 0.293 0.006 0.563 0.023 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.090 33 S 0.254 0.073 0.327 0.270 0.026 0.015 0.011 0.010 0.006 0.004 0.004 34 G 0.043 0.040 0.142 0.023 0.178 0.005 0.047 0.268 0.004 0.250 0.001 35 I 0.028 0.629 0.253 0.011 0.050 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 36 F 0.013 0.554 0.331 0.005 0.012 0.061 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 37 V 0.007 0.441 0.393 0.001 0.007 0.132 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 38 K 0.752 0.027 0.009 0.204 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 S 0.005 0.536 0.031 0.006 0.395 0.005 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 40 I 0.014 0.757 0.151 0.007 0.025 0.015 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 41 T 0.018 0.589 0.220 0.010 0.061 0.031 0.002 0.001 0.068 0.001 0.001 42 K 0.083 0.091 0.706 0.024 0.015 0.040 0.014 0.003 0.008 0.015 0.001 43 S 0.158 0.033 0.104 0.358 0.047 0.025 0.092 0.145 0.025 0.014 0.001 44 S 0.038 0.115 0.624 0.018 0.146 0.012 0.009 0.004 0.011 0.023 0.001 45 A 0.457 0.074 0.277 0.102 0.024 0.027 0.011 0.010 0.010 0.003 0.005 46 V 0.297 0.221 0.259 0.102 0.044 0.034 0.006 0.004 0.025 0.008 0.001 47 E 0.398 0.156 0.263 0.078 0.037 0.033 0.009 0.004 0.015 0.006 0.001 48 H 0.494 0.167 0.110 0.129 0.029 0.021 0.019 0.005 0.020 0.004 0.001 49 D 0.130 0.047 0.198 0.382 0.020 0.022 0.152 0.007 0.032 0.009 0.001 50 G 0.007 0.003 0.015 0.007 0.030 0.001 0.108 0.723 0.001 0.106 0.001 51 R 0.065 0.417 0.330 0.073 0.043 0.037 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 52 I 0.019 0.402 0.514 0.007 0.014 0.027 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 53 Q 0.019 0.499 0.383 0.005 0.023 0.036 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 54 I 0.091 0.049 0.814 0.012 0.002 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 55 G 0.048 0.003 0.026 0.018 0.030 0.003 0.047 0.652 0.003 0.170 0.001 56 D 0.135 0.106 0.461 0.186 0.032 0.036 0.026 0.004 0.012 0.001 0.002 57 Q 0.014 0.695 0.206 0.012 0.032 0.018 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 58 I 0.004 0.493 0.443 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 59 I 0.161 0.654 0.048 0.082 0.012 0.020 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 60 A 0.005 0.679 0.195 0.002 0.087 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 61 V 0.037 0.806 0.037 0.014 0.016 0.020 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 62 D 0.026 0.062 0.137 0.102 0.022 0.081 0.450 0.001 0.111 0.008 0.001 63 G 0.009 0.001 0.010 0.008 0.022 0.002 0.094 0.810 0.001 0.042 0.001 64 T 0.189 0.451 0.245 0.053 0.033 0.013 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 65 N 0.066 0.122 0.610 0.012 0.007 0.125 0.019 0.001 0.031 0.004 0.002 66 L 0.439 0.138 0.090 0.266 0.014 0.032 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 67 Q 0.236 0.122 0.406 0.167 0.020 0.018 0.012 0.001 0.016 0.002 0.001 68 G 0.020 0.003 0.007 0.130 0.012 0.003 0.148 0.646 0.005 0.025 0.001 69 F 0.002 0.174 0.761 0.003 0.013 0.027 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 70 T 0.004 0.114 0.824 0.001 0.020 0.028 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 71 N 0.965 0.003 0.012 0.005 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.982 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.787 0.003 0.006 0.196 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 81 T 0.349 0.016 0.100 0.504 0.002 0.009 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 82 G 0.047 0.002 0.025 0.031 0.016 0.002 0.086 0.583 0.003 0.205 0.001 83 Q 0.061 0.108 0.561 0.128 0.052 0.028 0.044 0.006 0.008 0.004 0.001 84 T 0.008 0.572 0.341 0.011 0.036 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 85 V 0.001 0.801 0.159 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 86 L 0.002 0.826 0.122 0.002 0.009 0.025 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 87 L 0.001 0.819 0.145 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 88 T 0.001 0.877 0.062 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 89 L 0.001 0.665 0.293 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 90 M 0.008 0.830 0.075 0.005 0.042 0.016 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 91 R 0.012 0.352 0.514 0.004 0.019 0.061 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 92 R 0.104 0.177 0.481 0.092 0.027 0.040 0.026 0.003 0.045 0.004 0.002 93 G 0.058 0.033 0.113 0.018 0.229 0.006 0.034 0.193 0.004 0.311 0.001 94 E 0.263 0.165 0.287 0.171 0.050 0.023 0.009 0.007 0.015 0.006 0.003 95 T 0.179 0.235 0.296 0.136 0.067 0.038 0.017 0.005 0.019 0.007 0.001 96 S 0.143 0.263 0.275 0.118 0.067 0.050 0.035 0.011 0.031 0.007 0.001 97 V 0.126 0.353 0.267 0.080 0.082 0.037 0.010 0.004 0.034 0.006 0.001