# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.876 0.093 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 2 M 0.735 0.172 0.063 0.023 0.005 0.001 0.001 3 S 0.732 0.194 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 4 E 0.650 0.258 0.070 0.019 0.003 0.001 0.001 5 T 0.272 0.411 0.238 0.066 0.011 0.001 0.001 6 F 0.064 0.173 0.291 0.293 0.152 0.027 0.001 7 D 0.035 0.256 0.415 0.230 0.057 0.008 0.001 8 V 0.006 0.017 0.040 0.139 0.394 0.377 0.027 9 E 0.014 0.146 0.368 0.350 0.104 0.018 0.001 10 L 0.010 0.034 0.070 0.225 0.410 0.239 0.012 11 T 0.049 0.300 0.394 0.220 0.034 0.003 0.001 12 K 0.097 0.263 0.277 0.259 0.091 0.013 0.001 13 N 0.490 0.359 0.115 0.031 0.005 0.001 0.001 14 V 0.460 0.322 0.145 0.062 0.011 0.001 0.001 15 Q 0.329 0.449 0.174 0.042 0.007 0.001 0.001 16 G 0.073 0.361 0.333 0.179 0.049 0.005 0.001 17 L 0.003 0.021 0.085 0.230 0.391 0.258 0.012 18 G 0.001 0.030 0.162 0.293 0.306 0.186 0.021 19 I 0.001 0.005 0.010 0.035 0.169 0.548 0.233 20 T 0.001 0.019 0.132 0.350 0.322 0.152 0.023 21 I 0.001 0.002 0.007 0.044 0.239 0.546 0.162 22 A 0.003 0.051 0.196 0.322 0.255 0.154 0.019 23 G 0.008 0.062 0.144 0.280 0.300 0.188 0.019 24 Y 0.043 0.169 0.281 0.275 0.169 0.057 0.006 25 I 0.112 0.186 0.262 0.265 0.132 0.040 0.003 26 G 0.499 0.279 0.121 0.060 0.028 0.010 0.001 27 D 0.526 0.250 0.128 0.067 0.023 0.006 0.001 28 K 0.661 0.211 0.081 0.033 0.011 0.003 0.001 29 K 0.591 0.266 0.091 0.037 0.012 0.002 0.001 30 L 0.335 0.200 0.186 0.174 0.084 0.020 0.001 31 E 0.535 0.270 0.121 0.055 0.016 0.003 0.001 32 P 0.425 0.310 0.152 0.077 0.027 0.007 0.001 33 S 0.085 0.232 0.283 0.255 0.113 0.030 0.003 34 G 0.008 0.048 0.143 0.275 0.303 0.198 0.024 35 I 0.001 0.005 0.016 0.062 0.202 0.535 0.178 36 F 0.001 0.004 0.026 0.118 0.286 0.466 0.099 37 V 0.001 0.004 0.009 0.029 0.132 0.529 0.297 38 K 0.020 0.101 0.158 0.231 0.231 0.201 0.058 39 S 0.010 0.091 0.228 0.308 0.232 0.116 0.015 40 I 0.004 0.011 0.036 0.170 0.426 0.319 0.034 41 T 0.091 0.278 0.299 0.216 0.089 0.025 0.002 42 K 0.264 0.373 0.219 0.101 0.032 0.009 0.001 43 S 0.308 0.316 0.200 0.113 0.047 0.015 0.001 44 S 0.187 0.199 0.221 0.206 0.131 0.052 0.004 45 A 0.208 0.248 0.209 0.168 0.111 0.051 0.006 46 V 0.241 0.173 0.168 0.211 0.153 0.050 0.003 47 E 0.391 0.346 0.177 0.068 0.015 0.003 0.001 48 H 0.386 0.288 0.170 0.107 0.039 0.009 0.001 49 D 0.271 0.230 0.191 0.163 0.098 0.043 0.005 50 G 0.353 0.275 0.180 0.123 0.050 0.015 0.002 51 R 0.189 0.326 0.269 0.150 0.052 0.013 0.001 52 I 0.032 0.049 0.087 0.203 0.340 0.260 0.029 53 Q 0.107 0.223 0.249 0.203 0.125 0.074 0.019 54 I 0.028 0.088 0.144 0.224 0.247 0.215 0.054 55 G 0.027 0.069 0.142 0.270 0.258 0.180 0.054 56 D 0.009 0.044 0.078 0.163 0.289 0.329 0.088 57 Q 0.002 0.012 0.048 0.138 0.230 0.371 0.198 58 I 0.003 0.009 0.018 0.041 0.130 0.467 0.332 59 I 0.006 0.027 0.058 0.117 0.209 0.377 0.205 60 A 0.008 0.057 0.154 0.261 0.285 0.193 0.041 61 V 0.007 0.015 0.033 0.130 0.368 0.368 0.078 62 D 0.055 0.240 0.296 0.254 0.115 0.037 0.003 63 G 0.292 0.323 0.196 0.128 0.049 0.011 0.001 64 T 0.192 0.361 0.289 0.128 0.026 0.003 0.001 65 N 0.194 0.378 0.275 0.121 0.027 0.004 0.001 66 L 0.070 0.088 0.132 0.254 0.313 0.134 0.008 67 Q 0.219 0.322 0.245 0.143 0.055 0.015 0.001 68 G 0.304 0.325 0.200 0.115 0.043 0.012 0.001 69 F 0.088 0.157 0.217 0.278 0.192 0.063 0.005 70 T 0.105 0.395 0.290 0.146 0.049 0.014 0.001 71 N 0.019 0.081 0.234 0.371 0.233 0.060 0.003 72 Q 0.263 0.436 0.205 0.070 0.021 0.005 0.001 73 Q 0.035 0.256 0.400 0.243 0.058 0.007 0.001 74 A 0.001 0.004 0.011 0.090 0.422 0.448 0.023 75 V 0.006 0.090 0.302 0.398 0.176 0.027 0.001 76 E 0.121 0.579 0.237 0.053 0.008 0.002 0.001 77 V 0.004 0.039 0.225 0.451 0.238 0.041 0.001 78 L 0.004 0.009 0.029 0.160 0.447 0.335 0.015 79 R 0.084 0.455 0.324 0.115 0.019 0.002 0.001 80 H 0.356 0.449 0.143 0.044 0.007 0.001 0.001 81 T 0.080 0.210 0.302 0.298 0.097 0.013 0.001 82 G 0.510 0.346 0.110 0.029 0.004 0.001 0.001 83 Q 0.285 0.437 0.194 0.070 0.012 0.001 0.001 84 T 0.067 0.410 0.366 0.131 0.025 0.002 0.001 85 V 0.003 0.029 0.100 0.267 0.418 0.180 0.003 86 L 0.002 0.048 0.307 0.437 0.177 0.028 0.001 87 L 0.001 0.007 0.013 0.050 0.242 0.604 0.083 88 T 0.003 0.064 0.289 0.445 0.168 0.031 0.001 89 L 0.003 0.015 0.042 0.184 0.449 0.294 0.013 90 M 0.022 0.191 0.389 0.294 0.088 0.016 0.001 91 R 0.105 0.279 0.291 0.237 0.077 0.011 0.001 92 R 0.333 0.377 0.210 0.067 0.012 0.001 0.001 93 G 0.614 0.238 0.101 0.039 0.007 0.001 0.001 94 E 0.805 0.152 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 95 T 0.733 0.184 0.060 0.020 0.003 0.001 0.001 96 S 0.771 0.165 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 97 V 0.571 0.196 0.117 0.079 0.031 0.006 0.001