# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0359/T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.096 0.059 0.180 0.199 0.035 0.234 0.027 0.015 0.014 0.021 0.021 0.026 0.038 0.006 0.006 0.024 2 M 0.049 0.084 0.100 0.150 0.018 0.197 0.014 0.060 0.008 0.008 0.234 0.023 0.034 0.004 0.009 0.008 3 S 0.018 0.424 0.077 0.235 0.002 0.041 0.003 0.014 0.045 0.005 0.018 0.082 0.012 0.001 0.006 0.015 4 E 0.084 0.060 0.208 0.527 0.002 0.031 0.005 0.002 0.016 0.003 0.011 0.011 0.013 0.001 0.002 0.026 5 T 0.034 0.039 0.619 0.281 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 6 F 0.006 0.033 0.143 0.804 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.001 0.002 0.039 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.027 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.002 0.002 0.918 0.032 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.001 0.034 0.001 0.491 0.138 0.312 0.001 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.245 0.003 0.401 0.052 0.060 0.001 0.104 0.014 0.007 0.101 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.009 0.145 0.030 0.135 0.066 0.250 0.007 0.050 0.075 0.049 0.046 0.118 0.008 0.002 0.005 0.004 14 V 0.027 0.055 0.070 0.052 0.182 0.077 0.082 0.037 0.016 0.013 0.279 0.030 0.022 0.036 0.008 0.014 15 Q 0.021 0.171 0.069 0.090 0.009 0.031 0.005 0.240 0.020 0.007 0.039 0.097 0.014 0.002 0.174 0.010 16 G 0.052 0.039 0.078 0.058 0.048 0.027 0.065 0.005 0.204 0.058 0.014 0.015 0.017 0.055 0.005 0.261 17 L 0.385 0.062 0.201 0.157 0.001 0.016 0.008 0.082 0.005 0.003 0.012 0.013 0.013 0.001 0.037 0.006 18 G 0.013 0.051 0.391 0.397 0.001 0.008 0.001 0.002 0.068 0.009 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.048 19 I 0.119 0.005 0.082 0.788 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.002 0.003 0.216 0.733 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.005 0.004 0.305 0.501 0.166 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.225 0.005 0.374 0.083 0.024 0.002 0.249 0.005 0.001 0.016 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 23 G 0.004 0.060 0.018 0.363 0.009 0.063 0.003 0.048 0.265 0.105 0.010 0.015 0.009 0.001 0.008 0.020 24 Y 0.205 0.041 0.105 0.117 0.100 0.112 0.064 0.010 0.027 0.060 0.085 0.027 0.018 0.007 0.002 0.021 25 I 0.048 0.186 0.118 0.190 0.013 0.091 0.004 0.145 0.005 0.003 0.084 0.074 0.017 0.002 0.017 0.004 26 G 0.008 0.073 0.071 0.244 0.041 0.147 0.016 0.020 0.058 0.085 0.058 0.105 0.034 0.012 0.005 0.024 27 D 0.043 0.060 0.033 0.108 0.012 0.341 0.012 0.030 0.008 0.007 0.113 0.087 0.115 0.003 0.023 0.006 28 K 0.011 0.083 0.058 0.068 0.005 0.032 0.008 0.016 0.020 0.011 0.388 0.132 0.122 0.007 0.007 0.032 29 K 0.075 0.067 0.077 0.095 0.013 0.050 0.033 0.008 0.025 0.004 0.029 0.310 0.131 0.029 0.020 0.032 30 L 0.021 0.068 0.437 0.100 0.005 0.021 0.032 0.011 0.005 0.002 0.021 0.015 0.154 0.006 0.039 0.065 31 E 0.032 0.035 0.227 0.107 0.040 0.220 0.046 0.010 0.012 0.015 0.020 0.035 0.131 0.008 0.009 0.054 32 P 0.057 0.082 0.070 0.050 0.080 0.074 0.169 0.019 0.004 0.004 0.155 0.016 0.054 0.145 0.007 0.014 33 S 0.015 0.287 0.079 0.143 0.001 0.014 0.006 0.142 0.019 0.003 0.013 0.076 0.019 0.002 0.171 0.013 34 G 0.035 0.023 0.232 0.264 0.001 0.005 0.002 0.001 0.139 0.011 0.005 0.004 0.016 0.001 0.002 0.260 35 I 0.254 0.009 0.372 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 36 F 0.002 0.002 0.175 0.624 0.003 0.190 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.008 0.003 0.153 0.020 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.513 0.002 0.280 0.002 0.012 0.001 0.024 0.003 0.001 0.090 0.069 0.004 0.001 0.001 0.001 39 S 0.005 0.030 0.042 0.647 0.007 0.031 0.005 0.005 0.049 0.003 0.016 0.055 0.073 0.003 0.003 0.024 40 I 0.016 0.023 0.661 0.182 0.007 0.009 0.024 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.049 0.002 0.003 0.011 41 T 0.006 0.017 0.063 0.166 0.141 0.427 0.059 0.012 0.001 0.006 0.011 0.011 0.053 0.017 0.003 0.008 42 K 0.006 0.102 0.017 0.091 0.025 0.173 0.008 0.128 0.006 0.006 0.335 0.008 0.050 0.009 0.025 0.011 43 S 0.013 0.479 0.026 0.139 0.001 0.010 0.002 0.014 0.102 0.022 0.018 0.103 0.014 0.003 0.013 0.043 44 S 0.143 0.010 0.092 0.041 0.003 0.419 0.013 0.004 0.008 0.012 0.018 0.069 0.145 0.001 0.006 0.016 45 A 0.010 0.038 0.108 0.017 0.002 0.053 0.004 0.005 0.001 0.001 0.628 0.022 0.103 0.002 0.001 0.006 46 V 0.005 0.058 0.021 0.102 0.004 0.018 0.006 0.005 0.003 0.001 0.028 0.626 0.116 0.003 0.003 0.004 47 E 0.005 0.010 0.060 0.047 0.023 0.112 0.020 0.009 0.004 0.002 0.013 0.030 0.627 0.008 0.011 0.021 48 H 0.002 0.003 0.017 0.004 0.070 0.003 0.171 0.005 0.001 0.001 0.045 0.002 0.032 0.629 0.004 0.011 49 D 0.002 0.018 0.018 0.008 0.001 0.003 0.004 0.089 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.829 0.002 50 G 0.006 0.005 0.022 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.192 0.030 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.713 51 R 0.928 0.005 0.031 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 52 I 0.009 0.006 0.833 0.131 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 55 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 56 D 0.985 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 Q 0.010 0.039 0.839 0.012 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.012 0.001 0.001 0.014 58 I 0.017 0.015 0.141 0.329 0.011 0.142 0.004 0.003 0.001 0.001 0.277 0.011 0.043 0.004 0.001 0.002 59 I 0.001 0.189 0.233 0.458 0.009 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.032 0.050 0.001 0.003 0.003 60 A 0.007 0.008 0.043 0.532 0.137 0.037 0.036 0.003 0.008 0.006 0.002 0.004 0.100 0.033 0.001 0.040 61 V 0.004 0.005 0.057 0.031 0.467 0.041 0.301 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.058 0.004 0.001 62 D 0.001 0.078 0.006 0.039 0.002 0.032 0.001 0.737 0.007 0.008 0.014 0.005 0.005 0.001 0.061 0.004 63 G 0.013 0.024 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.042 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.111 64 T 0.752 0.014 0.134 0.063 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.005 0.001 0.002 0.002 65 N 0.003 0.019 0.280 0.034 0.009 0.608 0.003 0.003 0.001 0.003 0.010 0.009 0.014 0.001 0.001 0.003 66 L 0.003 0.032 0.004 0.036 0.369 0.049 0.044 0.003 0.001 0.001 0.387 0.015 0.006 0.050 0.001 0.001 67 Q 0.002 0.091 0.014 0.030 0.002 0.006 0.003 0.428 0.005 0.001 0.009 0.197 0.007 0.001 0.203 0.001 68 G 0.003 0.008 0.023 0.016 0.001 0.008 0.003 0.001 0.274 0.086 0.004 0.005 0.029 0.001 0.003 0.534 69 F 0.752 0.022 0.126 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 0.017 0.001 0.001 0.008 70 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.018 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.017 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.002 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.003 0.002 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.006 0.010 80 H 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.802 0.004 0.068 81 T 0.004 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.025 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.106 0.005 0.800 0.007 82 G 0.007 0.026 0.042 0.007 0.001 0.005 0.006 0.003 0.036 0.011 0.004 0.002 0.053 0.004 0.008 0.784 83 Q 0.822 0.035 0.027 0.079 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.013 84 T 0.025 0.028 0.815 0.121 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 85 V 0.003 0.007 0.187 0.799 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.038 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.940 0.022 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.001 0.039 0.001 0.898 0.025 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.001 0.026 0.001 0.255 0.510 0.180 0.005 0.006 0.002 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.002 0.281 0.016 0.198 0.017 0.063 0.002 0.352 0.006 0.003 0.045 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 93 G 0.006 0.098 0.019 0.224 0.012 0.063 0.004 0.018 0.265 0.172 0.041 0.053 0.004 0.001 0.002 0.018 94 E 0.257 0.132 0.107 0.215 0.028 0.055 0.023 0.012 0.017 0.007 0.059 0.053 0.016 0.004 0.005 0.010 95 T 0.021 0.109 0.317 0.351 0.006 0.045 0.005 0.027 0.010 0.005 0.022 0.043 0.018 0.001 0.009 0.010 96 S 0.020 0.031 0.086 0.237 0.082 0.341 0.023 0.007 0.019 0.029 0.034 0.042 0.033 0.005 0.002 0.010 97 V 0.033 0.163 0.063 0.227 0.032 0.065 0.013 0.058 0.005 0.003 0.236 0.043 0.042 0.006 0.008 0.005