# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.021 0.061 0.846 2 M 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.030 0.096 0.805 3 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.017 0.101 0.850 4 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.006 0.008 0.007 0.009 0.006 0.423 0.052 0.066 0.401 5 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.017 0.087 0.800 6 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.047 0.030 0.747 0.035 0.016 0.103 7 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.263 0.044 0.058 0.607 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.925 0.028 0.005 0.033 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.437 0.075 0.041 0.407 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.054 0.058 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.627 0.052 0.023 0.140 11 T 0.017 0.002 0.001 0.009 0.115 0.077 0.079 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.064 0.064 0.352 12 K 0.067 0.001 0.001 0.003 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.045 0.095 0.648 13 N 0.223 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.066 0.086 0.578 14 V 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.045 0.129 0.717 15 Q 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.043 0.136 0.719 16 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.087 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.064 0.119 0.502 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.026 0.018 0.009 0.022 0.004 0.003 0.001 0.320 0.078 0.093 0.405 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.032 0.039 0.223 0.215 0.024 0.012 0.326 0.057 0.010 0.051 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.116 0.029 0.010 0.607 0.047 0.027 0.129 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.038 0.013 0.812 0.052 0.010 0.044 21 I 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.619 0.069 0.054 0.216 22 A 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.069 0.053 0.151 23 G 0.033 0.005 0.002 0.002 0.007 0.012 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.050 0.129 0.511 24 Y 0.057 0.008 0.003 0.003 0.022 0.011 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.067 0.124 0.423 25 I 0.071 0.014 0.004 0.005 0.003 0.006 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.039 0.137 0.578 26 G 0.126 0.020 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.048 0.101 0.665 27 D 0.211 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.084 0.090 0.536 28 K 0.178 0.015 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.034 0.086 0.643 29 K 0.054 0.005 0.003 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.023 0.007 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.059 0.073 0.724 30 L 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.003 0.005 0.007 0.003 0.002 0.001 0.028 0.045 0.091 0.777 31 E 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.004 0.031 0.015 0.007 0.002 0.034 0.034 0.102 0.623 32 P 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.006 0.003 0.005 0.058 0.024 0.157 0.719 33 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.012 0.005 0.224 0.036 0.135 0.575 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.010 0.002 0.009 0.019 0.017 0.513 0.067 0.064 0.284 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.745 0.034 0.031 0.179 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.005 0.007 0.864 0.043 0.009 0.054 37 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.522 0.062 0.051 0.351 38 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.745 0.034 0.036 0.173 39 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.048 0.114 0.524 40 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.309 0.048 0.116 0.519 41 T 0.230 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.134 0.071 0.390 42 K 0.059 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.038 0.111 0.705 43 S 0.044 0.105 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.026 0.094 0.673 44 S 0.158 0.372 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.128 0.063 0.223 45 A 0.149 0.319 0.020 0.005 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.169 0.051 0.230 46 V 0.061 0.062 0.103 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.023 0.226 0.069 0.414 47 E 0.489 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 0.062 0.060 0.343 48 H 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.032 0.094 0.662 49 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.098 0.865 50 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.044 0.126 0.643 51 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.058 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.032 0.122 0.599 52 I 0.009 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.024 0.084 0.392 53 Q 0.415 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.005 0.003 0.161 0.094 0.045 0.237 54 I 0.135 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.207 0.077 0.105 0.451 55 G 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.034 0.148 0.618 56 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.670 0.061 0.048 0.202 57 Q 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.638 0.115 0.029 0.177 58 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.871 0.048 0.006 0.055 59 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.569 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.319 0.036 0.006 0.054 60 A 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.850 0.009 0.012 0.099 61 V 0.500 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.038 0.040 0.242 62 D 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.019 0.121 0.795 63 G 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.028 0.071 0.789 64 T 0.006 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.756 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.012 0.017 0.149 65 N 0.204 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.032 0.058 0.533 66 L 0.243 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.001 0.006 0.001 0.023 0.062 0.070 0.390 67 Q 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.061 0.007 0.015 0.068 0.046 0.119 0.642 68 G 0.011 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.113 0.754 69 F 0.008 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.046 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.050 0.122 0.533 70 T 0.012 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.010 0.067 71 N 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.016 72 Q 0.003 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.017 73 Q 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 74 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 75 V 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.017 76 E 0.014 0.758 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.012 0.057 77 V 0.065 0.176 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.597 0.045 0.095 78 L 0.138 0.024 0.085 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.579 0.034 0.135 79 R 0.200 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.074 0.681 80 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.039 0.948 81 T 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.130 0.804 82 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.201 0.758 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.247 0.054 0.117 0.581 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.070 0.091 0.376 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.874 0.031 0.019 0.073 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.869 0.063 0.007 0.048 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.033 0.007 0.032 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.068 0.003 0.018 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.014 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.627 0.105 0.030 0.168 90 M 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.729 0.065 0.029 0.153 91 R 0.171 0.002 0.001 0.007 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.140 0.086 0.095 0.483 92 R 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.062 0.088 0.783 93 G 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.076 0.865 94 E 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.019 0.081 0.839 95 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.085 0.869 96 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 0.014 0.080 0.863 97 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.009 0.004 0.003 0.017 0.014 0.091 0.847