# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.071 0.001 0.001 0.005 0.011 0.015 0.094 0.002 0.001 0.040 0.758 2 M 0.019 0.001 0.001 0.007 0.019 0.029 0.128 0.003 0.001 0.034 0.760 3 S 0.008 0.001 0.001 0.010 0.025 0.044 0.133 0.001 0.001 0.034 0.746 4 E 0.003 0.001 0.001 0.037 0.141 0.219 0.117 0.002 0.001 0.046 0.435 5 T 0.002 0.001 0.001 0.054 0.075 0.146 0.090 0.001 0.001 0.039 0.593 6 F 0.001 0.001 0.001 0.112 0.310 0.424 0.021 0.001 0.001 0.035 0.096 7 D 0.001 0.001 0.001 0.162 0.178 0.370 0.029 0.001 0.001 0.059 0.200 8 V 0.001 0.001 0.001 0.232 0.385 0.254 0.010 0.001 0.001 0.021 0.098 9 E 0.002 0.001 0.001 0.158 0.302 0.385 0.021 0.001 0.001 0.034 0.097 10 L 0.002 0.001 0.001 0.067 0.312 0.279 0.032 0.001 0.001 0.019 0.289 11 T 0.020 0.002 0.001 0.096 0.228 0.292 0.062 0.001 0.002 0.046 0.251 12 K 0.013 0.001 0.004 0.033 0.034 0.075 0.090 0.002 0.004 0.034 0.710 13 N 0.382 0.005 0.003 0.017 0.027 0.036 0.060 0.007 0.004 0.061 0.400 14 V 0.112 0.001 0.004 0.013 0.008 0.016 0.089 0.001 0.002 0.097 0.655 15 Q 0.005 0.001 0.001 0.014 0.024 0.066 0.116 0.001 0.001 0.042 0.729 16 G 0.008 0.001 0.001 0.020 0.087 0.118 0.101 0.001 0.001 0.068 0.595 17 L 0.002 0.001 0.001 0.041 0.237 0.196 0.072 0.001 0.001 0.063 0.387 18 G 0.001 0.001 0.001 0.074 0.206 0.369 0.046 0.001 0.001 0.078 0.224 19 I 0.001 0.001 0.001 0.189 0.279 0.211 0.037 0.001 0.001 0.061 0.220 20 T 0.007 0.001 0.001 0.456 0.151 0.198 0.031 0.001 0.001 0.074 0.080 21 I 0.050 0.002 0.001 0.263 0.128 0.150 0.055 0.002 0.001 0.091 0.258 22 A 0.011 0.001 0.001 0.278 0.072 0.138 0.110 0.001 0.001 0.033 0.353 23 G 0.005 0.002 0.001 0.130 0.023 0.088 0.154 0.003 0.001 0.024 0.570 24 Y 0.327 0.024 0.002 0.058 0.059 0.057 0.091 0.003 0.002 0.074 0.304 25 I 0.037 0.017 0.003 0.023 0.018 0.027 0.145 0.003 0.002 0.052 0.671 26 G 0.041 0.029 0.004 0.008 0.008 0.017 0.105 0.006 0.002 0.028 0.753 27 D 0.364 0.051 0.003 0.005 0.013 0.020 0.074 0.019 0.001 0.092 0.357 28 K 0.084 0.005 0.001 0.003 0.008 0.014 0.082 0.002 0.001 0.061 0.739 29 K 0.023 0.003 0.002 0.007 0.016 0.036 0.091 0.001 0.001 0.035 0.785 30 L 0.021 0.001 0.001 0.006 0.021 0.025 0.109 0.001 0.001 0.033 0.781 31 E 0.128 0.002 0.001 0.006 0.026 0.032 0.178 0.013 0.001 0.070 0.545 32 P 0.029 0.001 0.001 0.011 0.008 0.016 0.155 0.002 0.001 0.044 0.732 33 S 0.002 0.001 0.001 0.042 0.065 0.202 0.144 0.001 0.001 0.052 0.492 34 G 0.001 0.001 0.001 0.094 0.143 0.392 0.058 0.001 0.001 0.094 0.217 35 I 0.001 0.001 0.001 0.185 0.281 0.321 0.023 0.001 0.001 0.053 0.136 36 F 0.001 0.001 0.001 0.180 0.309 0.351 0.013 0.001 0.001 0.051 0.094 37 V 0.007 0.001 0.001 0.110 0.271 0.291 0.027 0.001 0.001 0.081 0.211 38 K 0.007 0.001 0.001 0.172 0.193 0.251 0.051 0.001 0.001 0.068 0.257 39 S 0.007 0.001 0.001 0.085 0.149 0.243 0.101 0.001 0.001 0.057 0.355 40 I 0.006 0.001 0.001 0.115 0.106 0.146 0.101 0.002 0.001 0.029 0.492 41 T 0.578 0.007 0.001 0.036 0.028 0.024 0.053 0.004 0.001 0.052 0.216 42 K 0.048 0.007 0.001 0.021 0.008 0.012 0.121 0.003 0.001 0.041 0.738 43 S 0.012 0.013 0.001 0.008 0.005 0.013 0.111 0.003 0.001 0.012 0.823 44 S 0.068 0.090 0.001 0.017 0.059 0.089 0.125 0.018 0.001 0.083 0.449 45 A 0.072 0.227 0.007 0.019 0.033 0.063 0.098 0.004 0.004 0.111 0.361 46 V 0.100 0.139 0.064 0.013 0.053 0.081 0.070 0.007 0.024 0.064 0.385 47 E 0.392 0.048 0.005 0.005 0.022 0.031 0.058 0.015 0.004 0.047 0.374 48 H 0.461 0.041 0.001 0.005 0.008 0.014 0.049 0.012 0.001 0.041 0.368 49 D 0.033 0.040 0.001 0.012 0.006 0.025 0.091 0.003 0.001 0.017 0.770 50 G 0.012 0.015 0.001 0.019 0.073 0.143 0.084 0.003 0.001 0.027 0.622 51 R 0.009 0.007 0.001 0.022 0.255 0.170 0.101 0.001 0.001 0.041 0.392 52 I 0.006 0.002 0.002 0.057 0.097 0.087 0.089 0.001 0.001 0.023 0.634 53 Q 0.457 0.013 0.002 0.030 0.058 0.082 0.068 0.010 0.002 0.100 0.177 54 I 0.155 0.004 0.004 0.030 0.007 0.018 0.118 0.003 0.002 0.058 0.600 55 G 0.010 0.003 0.001 0.035 0.026 0.104 0.128 0.005 0.001 0.031 0.658 56 D 0.005 0.003 0.001 0.068 0.109 0.241 0.110 0.001 0.001 0.067 0.394 57 Q 0.001 0.001 0.001 0.072 0.268 0.498 0.023 0.001 0.001 0.058 0.078 58 I 0.001 0.001 0.001 0.080 0.285 0.392 0.021 0.001 0.001 0.050 0.169 59 I 0.001 0.001 0.001 0.118 0.403 0.351 0.015 0.001 0.001 0.028 0.084 60 A 0.007 0.001 0.001 0.124 0.206 0.379 0.028 0.001 0.001 0.105 0.148 61 V 0.062 0.001 0.001 0.083 0.144 0.133 0.077 0.004 0.001 0.100 0.396 62 D 0.049 0.002 0.001 0.073 0.050 0.066 0.121 0.003 0.001 0.053 0.581 63 G 0.014 0.001 0.001 0.035 0.029 0.055 0.147 0.003 0.001 0.035 0.681 64 T 0.014 0.001 0.001 0.081 0.083 0.088 0.163 0.004 0.001 0.043 0.522 65 N 0.084 0.006 0.002 0.135 0.040 0.066 0.120 0.006 0.001 0.101 0.440 66 L 0.183 0.010 0.001 0.070 0.015 0.025 0.136 0.004 0.001 0.092 0.464 67 Q 0.023 0.004 0.001 0.036 0.014 0.031 0.174 0.003 0.001 0.034 0.682 68 G 0.023 0.020 0.001 0.020 0.008 0.017 0.163 0.001 0.001 0.034 0.713 69 F 0.016 0.028 0.001 0.022 0.023 0.029 0.195 0.005 0.001 0.099 0.581 70 T 0.035 0.472 0.001 0.007 0.005 0.006 0.067 0.005 0.001 0.158 0.244 71 N 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.022 72 Q 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.018 73 Q 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 0.011 74 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 V 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 0.009 76 E 0.015 0.678 0.011 0.003 0.001 0.002 0.010 0.003 0.004 0.229 0.042 77 V 0.100 0.297 0.048 0.005 0.002 0.003 0.043 0.011 0.018 0.341 0.132 78 L 0.113 0.031 0.201 0.009 0.002 0.003 0.058 0.023 0.136 0.231 0.193 79 R 0.240 0.007 0.006 0.005 0.002 0.003 0.072 0.003 0.008 0.028 0.626 80 H 0.046 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.016 0.869 81 T 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.158 0.003 0.001 0.023 0.792 82 G 0.013 0.001 0.001 0.011 0.003 0.011 0.160 0.001 0.001 0.027 0.772 83 Q 0.002 0.001 0.001 0.101 0.076 0.170 0.128 0.001 0.001 0.043 0.478 84 T 0.001 0.001 0.001 0.151 0.067 0.347 0.054 0.001 0.001 0.106 0.273 85 V 0.001 0.001 0.001 0.260 0.278 0.328 0.013 0.001 0.001 0.039 0.081 86 L 0.001 0.001 0.001 0.186 0.295 0.444 0.007 0.001 0.001 0.027 0.041 87 L 0.001 0.001 0.001 0.117 0.456 0.355 0.003 0.001 0.001 0.022 0.045 88 T 0.001 0.001 0.001 0.101 0.368 0.463 0.005 0.001 0.001 0.031 0.032 89 L 0.002 0.001 0.001 0.060 0.344 0.474 0.016 0.001 0.001 0.032 0.071 90 M 0.020 0.001 0.001 0.080 0.288 0.372 0.034 0.001 0.001 0.047 0.155 91 R 0.060 0.001 0.001 0.042 0.159 0.213 0.068 0.002 0.001 0.071 0.381 92 R 0.009 0.001 0.001 0.024 0.023 0.048 0.089 0.001 0.001 0.020 0.784 93 G 0.069 0.001 0.002 0.011 0.034 0.041 0.088 0.009 0.001 0.054 0.691 94 E 0.105 0.001 0.001 0.006 0.007 0.007 0.079 0.002 0.001 0.046 0.745 95 T 0.020 0.001 0.001 0.003 0.011 0.014 0.090 0.003 0.001 0.020 0.838 96 S 0.027 0.002 0.001 0.006 0.010 0.013 0.101 0.002 0.001 0.016 0.823 97 V 0.021 0.002 0.001 0.008 0.029 0.034 0.151 0.010 0.001 0.026 0.718