# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.099 0.002 0.005 0.016 0.023 0.058 0.043 0.753 2 M 0.085 0.002 0.005 0.013 0.031 0.098 0.034 0.731 3 S 0.034 0.002 0.013 0.017 0.039 0.093 0.041 0.762 4 E 0.038 0.002 0.035 0.064 0.181 0.117 0.026 0.536 5 T 0.005 0.001 0.059 0.061 0.173 0.063 0.028 0.609 6 F 0.002 0.001 0.128 0.264 0.380 0.038 0.015 0.172 7 D 0.001 0.001 0.135 0.206 0.474 0.015 0.030 0.139 8 V 0.001 0.001 0.110 0.436 0.306 0.014 0.018 0.116 9 E 0.001 0.001 0.139 0.405 0.393 0.008 0.010 0.044 10 L 0.005 0.001 0.058 0.332 0.304 0.024 0.015 0.262 11 T 0.020 0.003 0.091 0.307 0.310 0.036 0.053 0.180 12 K 0.035 0.001 0.037 0.113 0.107 0.075 0.023 0.609 13 N 0.344 0.005 0.014 0.035 0.043 0.069 0.048 0.443 14 V 0.074 0.003 0.020 0.016 0.021 0.107 0.039 0.719 15 Q 0.055 0.002 0.023 0.015 0.055 0.172 0.020 0.658 16 G 0.020 0.002 0.024 0.029 0.053 0.092 0.067 0.712 17 L 0.003 0.002 0.146 0.118 0.206 0.142 0.034 0.348 18 G 0.003 0.002 0.274 0.107 0.318 0.041 0.064 0.192 19 I 0.003 0.001 0.255 0.301 0.200 0.031 0.047 0.162 20 T 0.004 0.002 0.662 0.101 0.129 0.017 0.034 0.050 21 I 0.032 0.005 0.233 0.170 0.207 0.066 0.073 0.214 22 A 0.019 0.004 0.319 0.080 0.124 0.077 0.049 0.329 23 G 0.033 0.008 0.141 0.063 0.136 0.118 0.055 0.445 24 Y 0.062 0.014 0.075 0.053 0.076 0.135 0.066 0.519 25 I 0.042 0.012 0.046 0.063 0.068 0.125 0.042 0.602 26 G 0.075 0.016 0.022 0.026 0.044 0.109 0.060 0.648 27 D 0.157 0.021 0.016 0.035 0.043 0.110 0.075 0.543 28 K 0.096 0.008 0.012 0.029 0.034 0.103 0.043 0.676 29 K 0.029 0.005 0.013 0.030 0.064 0.121 0.067 0.670 30 L 0.016 0.003 0.017 0.025 0.049 0.121 0.044 0.724 31 E 0.179 0.008 0.020 0.040 0.058 0.122 0.063 0.510 32 P 0.061 0.009 0.017 0.024 0.036 0.106 0.044 0.703 33 S 0.014 0.014 0.060 0.041 0.154 0.131 0.024 0.562 34 G 0.007 0.009 0.120 0.081 0.281 0.075 0.049 0.378 35 I 0.002 0.004 0.196 0.315 0.277 0.034 0.049 0.123 36 F 0.006 0.011 0.246 0.213 0.306 0.026 0.072 0.120 37 V 0.014 0.010 0.197 0.262 0.219 0.034 0.117 0.147 38 K 0.019 0.011 0.170 0.215 0.250 0.043 0.085 0.206 39 S 0.022 0.011 0.133 0.114 0.225 0.062 0.081 0.353 40 I 0.036 0.008 0.067 0.104 0.139 0.089 0.041 0.516 41 T 0.274 0.022 0.042 0.089 0.084 0.087 0.048 0.356 42 K 0.027 0.033 0.005 0.012 0.027 0.100 0.008 0.789 43 S 0.016 0.071 0.011 0.008 0.018 0.069 0.008 0.800 44 S 0.117 0.467 0.016 0.073 0.029 0.049 0.050 0.199 45 A 0.164 0.306 0.059 0.049 0.037 0.057 0.087 0.241 46 V 0.207 0.069 0.095 0.055 0.063 0.055 0.168 0.288 47 E 0.604 0.015 0.017 0.012 0.015 0.044 0.070 0.223 48 H 0.152 0.011 0.003 0.005 0.008 0.046 0.025 0.749 49 D 0.006 0.004 0.006 0.006 0.028 0.091 0.006 0.852 50 G 0.019 0.010 0.038 0.058 0.155 0.115 0.051 0.555 51 R 0.010 0.009 0.047 0.246 0.171 0.091 0.062 0.362 52 I 0.023 0.006 0.112 0.095 0.099 0.081 0.042 0.541 53 Q 0.256 0.021 0.067 0.108 0.075 0.083 0.115 0.275 54 I 0.081 0.027 0.040 0.021 0.035 0.081 0.036 0.678 55 G 0.040 0.031 0.035 0.032 0.150 0.105 0.059 0.549 56 D 0.011 0.014 0.038 0.146 0.303 0.079 0.085 0.323 57 Q 0.003 0.004 0.065 0.374 0.406 0.028 0.026 0.094 58 I 0.005 0.002 0.053 0.263 0.446 0.029 0.039 0.163 59 I 0.002 0.001 0.075 0.359 0.448 0.021 0.026 0.069 60 A 0.017 0.001 0.064 0.191 0.426 0.043 0.030 0.228 61 V 0.160 0.003 0.027 0.235 0.163 0.069 0.106 0.237 62 D 0.026 0.004 0.016 0.035 0.077 0.130 0.012 0.701 63 G 0.023 0.003 0.013 0.012 0.048 0.098 0.013 0.789 64 T 0.022 0.006 0.050 0.116 0.083 0.144 0.059 0.520 65 N 0.127 0.018 0.039 0.047 0.063 0.109 0.057 0.540 66 L 0.284 0.012 0.026 0.044 0.036 0.070 0.109 0.420 67 Q 0.023 0.014 0.039 0.030 0.054 0.104 0.070 0.666 68 G 0.020 0.033 0.016 0.011 0.036 0.085 0.035 0.763 69 F 0.024 0.090 0.032 0.086 0.053 0.139 0.051 0.525 70 T 0.026 0.753 0.009 0.010 0.014 0.026 0.033 0.130 71 N 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 72 Q 0.005 0.925 0.005 0.005 0.005 0.007 0.025 0.024 73 Q 0.002 0.970 0.001 0.003 0.003 0.002 0.014 0.005 74 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 75 V 0.008 0.943 0.006 0.003 0.003 0.001 0.031 0.004 76 E 0.034 0.742 0.016 0.025 0.018 0.009 0.084 0.072 77 V 0.061 0.062 0.030 0.017 0.017 0.028 0.686 0.100 78 L 0.066 0.026 0.038 0.052 0.028 0.041 0.582 0.167 79 R 0.278 0.004 0.005 0.007 0.015 0.036 0.040 0.615 80 H 0.048 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.015 0.896 81 T 0.041 0.001 0.009 0.006 0.017 0.160 0.019 0.746 82 G 0.017 0.001 0.013 0.004 0.020 0.116 0.013 0.815 83 Q 0.007 0.001 0.101 0.101 0.211 0.111 0.024 0.444 84 T 0.001 0.001 0.283 0.104 0.257 0.034 0.032 0.287 85 V 0.001 0.001 0.171 0.435 0.323 0.007 0.011 0.051 86 L 0.001 0.001 0.281 0.356 0.313 0.004 0.012 0.033 87 L 0.001 0.001 0.192 0.389 0.343 0.005 0.009 0.059 88 T 0.001 0.001 0.173 0.427 0.373 0.003 0.009 0.013 89 L 0.004 0.001 0.111 0.340 0.419 0.013 0.024 0.088 90 M 0.018 0.002 0.095 0.348 0.381 0.021 0.027 0.107 91 R 0.083 0.003 0.023 0.187 0.203 0.053 0.041 0.407 92 R 0.019 0.002 0.014 0.039 0.066 0.101 0.032 0.727 93 G 0.029 0.003 0.010 0.031 0.052 0.086 0.025 0.765 94 E 0.103 0.005 0.010 0.031 0.033 0.104 0.049 0.665 95 T 0.046 0.005 0.009 0.022 0.027 0.088 0.029 0.773 96 S 0.053 0.010 0.013 0.025 0.052 0.107 0.044 0.696 97 V 0.034 0.009 0.018 0.034 0.054 0.103 0.043 0.706