# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.003 0.006 0.013 0.018 0.050 0.002 0.894 2 M 0.011 0.004 0.007 0.013 0.028 0.035 0.002 0.899 3 S 0.028 0.007 0.010 0.031 0.042 0.120 0.010 0.752 4 E 0.103 0.008 0.014 0.030 0.033 0.124 0.021 0.668 5 T 0.133 0.008 0.021 0.045 0.062 0.115 0.012 0.605 6 F 0.100 0.005 0.068 0.267 0.255 0.104 0.010 0.190 7 D 0.020 0.001 0.054 0.187 0.260 0.050 0.002 0.426 8 V 0.005 0.001 0.059 0.390 0.508 0.009 0.001 0.029 9 E 0.004 0.001 0.048 0.352 0.504 0.010 0.001 0.081 10 L 0.001 0.001 0.076 0.384 0.462 0.008 0.001 0.069 11 T 0.002 0.001 0.085 0.330 0.480 0.023 0.001 0.078 12 K 0.004 0.001 0.074 0.225 0.409 0.039 0.002 0.246 13 N 0.008 0.002 0.038 0.073 0.247 0.151 0.004 0.476 14 V 0.042 0.003 0.025 0.038 0.076 0.154 0.013 0.649 15 Q 0.025 0.004 0.014 0.021 0.020 0.182 0.015 0.718 16 G 0.089 0.006 0.023 0.029 0.033 0.153 0.038 0.627 17 L 0.156 0.011 0.090 0.074 0.075 0.165 0.015 0.412 18 G 0.074 0.004 0.124 0.170 0.277 0.127 0.009 0.214 19 I 0.033 0.004 0.144 0.217 0.325 0.044 0.003 0.232 20 T 0.004 0.002 0.216 0.316 0.357 0.020 0.002 0.084 21 I 0.006 0.003 0.119 0.208 0.388 0.033 0.002 0.242 22 A 0.004 0.004 0.199 0.235 0.411 0.034 0.002 0.111 23 G 0.020 0.005 0.099 0.161 0.251 0.085 0.011 0.369 24 Y 0.072 0.004 0.141 0.066 0.137 0.139 0.013 0.427 25 I 0.032 0.005 0.091 0.079 0.110 0.136 0.005 0.542 26 G 0.014 0.005 0.024 0.036 0.071 0.132 0.006 0.713 27 D 0.054 0.007 0.016 0.025 0.048 0.106 0.007 0.736 28 K 0.046 0.009 0.017 0.019 0.026 0.153 0.007 0.723 29 K 0.063 0.007 0.007 0.014 0.027 0.533 0.013 0.335 30 L 0.243 0.037 0.019 0.027 0.044 0.173 0.024 0.433 31 E 0.072 0.040 0.018 0.034 0.056 0.203 0.012 0.564 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 33 S 0.035 0.007 0.026 0.073 0.094 0.110 0.012 0.642 34 G 0.292 0.004 0.057 0.063 0.087 0.058 0.025 0.415 35 I 0.065 0.002 0.289 0.225 0.211 0.037 0.004 0.167 36 F 0.010 0.001 0.149 0.235 0.337 0.042 0.001 0.225 37 V 0.005 0.001 0.158 0.184 0.525 0.028 0.001 0.098 38 K 0.002 0.001 0.209 0.376 0.354 0.018 0.001 0.040 39 S 0.007 0.003 0.115 0.258 0.326 0.030 0.003 0.258 40 I 0.017 0.002 0.303 0.120 0.284 0.035 0.005 0.235 41 T 0.011 0.006 0.108 0.186 0.264 0.138 0.004 0.283 42 K 0.004 0.003 0.018 0.016 0.054 0.039 0.003 0.863 43 S 0.029 0.013 0.026 0.028 0.054 0.148 0.019 0.682 44 S 0.347 0.006 0.013 0.014 0.012 0.119 0.033 0.455 45 A 0.033 0.007 0.027 0.022 0.027 0.082 0.004 0.798 46 V 0.061 0.025 0.019 0.088 0.253 0.142 0.005 0.407 47 E 0.122 0.051 0.029 0.114 0.313 0.110 0.009 0.254 48 H 0.112 0.109 0.020 0.081 0.150 0.096 0.020 0.412 49 D 0.133 0.118 0.034 0.061 0.065 0.084 0.040 0.464 50 G 0.412 0.049 0.020 0.107 0.034 0.017 0.163 0.199 51 R 0.500 0.004 0.067 0.033 0.075 0.129 0.019 0.173 52 I 0.013 0.004 0.054 0.135 0.177 0.050 0.004 0.563 53 Q 0.020 0.006 0.035 0.199 0.412 0.188 0.003 0.137 54 I 0.002 0.001 0.009 0.028 0.024 0.015 0.001 0.921 55 G 0.006 0.009 0.079 0.232 0.299 0.084 0.008 0.283 56 D 0.420 0.002 0.025 0.064 0.117 0.176 0.017 0.178 57 Q 0.053 0.005 0.211 0.312 0.242 0.089 0.005 0.083 58 I 0.011 0.002 0.044 0.310 0.577 0.026 0.001 0.028 59 I 0.004 0.002 0.209 0.346 0.399 0.008 0.001 0.030 60 A 0.002 0.003 0.131 0.371 0.427 0.011 0.001 0.053 61 V 0.003 0.004 0.155 0.274 0.428 0.022 0.002 0.112 62 D 0.003 0.005 0.092 0.134 0.293 0.077 0.004 0.393 63 G 0.021 0.007 0.092 0.100 0.190 0.093 0.020 0.478 64 T 0.215 0.004 0.054 0.039 0.070 0.292 0.012 0.315 65 N 0.019 0.004 0.032 0.030 0.039 0.119 0.006 0.750 66 L 0.067 0.033 0.078 0.111 0.190 0.091 0.007 0.423 67 Q 0.047 0.016 0.081 0.058 0.095 0.353 0.012 0.338 68 G 0.190 0.013 0.017 0.027 0.056 0.140 0.017 0.539 69 F 0.232 0.035 0.068 0.043 0.058 0.160 0.008 0.396 70 T 0.017 0.030 0.019 0.021 0.032 0.390 0.005 0.486 71 N 0.041 0.039 0.015 0.009 0.049 0.075 0.006 0.767 72 Q 0.016 0.046 0.004 0.002 0.010 0.331 0.002 0.589 73 Q 0.024 0.076 0.001 0.001 0.002 0.478 0.003 0.415 74 A 0.011 0.855 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.113 75 V 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 76 E 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 77 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 78 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 79 R 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 80 H 0.057 0.871 0.002 0.003 0.002 0.002 0.037 0.025 81 T 0.268 0.462 0.010 0.006 0.004 0.007 0.164 0.080 82 G 0.229 0.146 0.031 0.021 0.008 0.017 0.308 0.239 83 Q 0.119 0.021 0.168 0.056 0.033 0.113 0.100 0.390 84 T 0.047 0.002 0.068 0.067 0.070 0.128 0.013 0.605 85 V 0.056 0.001 0.111 0.284 0.401 0.094 0.003 0.050 86 L 0.009 0.001 0.114 0.353 0.440 0.032 0.001 0.050 87 L 0.001 0.001 0.087 0.509 0.392 0.003 0.001 0.008 88 T 0.001 0.001 0.061 0.422 0.505 0.001 0.001 0.010 89 L 0.001 0.001 0.079 0.360 0.541 0.003 0.001 0.016 90 M 0.001 0.001 0.112 0.258 0.598 0.008 0.001 0.022 91 R 0.001 0.001 0.061 0.246 0.504 0.036 0.001 0.150 92 R 0.006 0.001 0.043 0.054 0.203 0.063 0.003 0.627 93 G 0.026 0.002 0.013 0.019 0.040 0.111 0.010 0.780 94 E 0.109 0.002 0.010 0.013 0.017 0.146 0.017 0.685 95 T 0.024 0.003 0.008 0.008 0.009 0.050 0.005 0.893 96 S 0.019 0.006 0.009 0.012 0.021 0.065 0.004 0.863 97 V 0.031 0.006 0.016 0.015 0.030 0.061 0.003 0.837