# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.876 0.091 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 2 M 0.782 0.145 0.048 0.019 0.005 0.001 0.001 3 S 0.811 0.144 0.035 0.009 0.001 0.001 0.001 4 E 0.682 0.226 0.070 0.019 0.003 0.001 0.001 5 T 0.460 0.321 0.162 0.047 0.009 0.001 0.001 6 F 0.119 0.243 0.286 0.239 0.098 0.013 0.001 7 D 0.064 0.312 0.390 0.191 0.040 0.004 0.001 8 V 0.022 0.033 0.074 0.247 0.420 0.195 0.008 9 E 0.027 0.240 0.385 0.268 0.070 0.010 0.001 10 L 0.025 0.048 0.082 0.271 0.396 0.169 0.008 11 T 0.067 0.304 0.387 0.204 0.035 0.003 0.001 12 K 0.204 0.402 0.239 0.124 0.027 0.003 0.001 13 N 0.597 0.285 0.090 0.023 0.004 0.001 0.001 14 V 0.575 0.282 0.106 0.031 0.006 0.001 0.001 15 Q 0.426 0.357 0.155 0.050 0.010 0.002 0.001 16 G 0.151 0.443 0.258 0.116 0.027 0.004 0.001 17 L 0.007 0.051 0.147 0.276 0.341 0.163 0.014 18 G 0.003 0.065 0.252 0.409 0.209 0.054 0.008 19 I 0.001 0.002 0.007 0.038 0.202 0.575 0.175 20 T 0.001 0.026 0.160 0.378 0.314 0.103 0.018 21 I 0.001 0.005 0.016 0.075 0.251 0.517 0.135 22 A 0.004 0.054 0.195 0.336 0.258 0.131 0.022 23 G 0.023 0.095 0.170 0.261 0.258 0.166 0.027 24 Y 0.072 0.201 0.263 0.242 0.141 0.070 0.011 25 I 0.148 0.197 0.240 0.239 0.133 0.040 0.004 26 G 0.474 0.293 0.134 0.065 0.024 0.009 0.001 27 D 0.492 0.267 0.135 0.073 0.027 0.006 0.001 28 K 0.581 0.265 0.096 0.040 0.014 0.003 0.001 29 K 0.569 0.258 0.104 0.049 0.016 0.003 0.001 30 L 0.330 0.275 0.211 0.130 0.048 0.006 0.001 31 E 0.533 0.273 0.125 0.055 0.013 0.002 0.001 32 P 0.473 0.337 0.131 0.046 0.011 0.001 0.001 33 S 0.056 0.187 0.295 0.293 0.138 0.030 0.002 34 G 0.006 0.040 0.157 0.342 0.315 0.130 0.010 35 I 0.001 0.004 0.014 0.053 0.235 0.569 0.125 36 F 0.001 0.002 0.012 0.067 0.274 0.517 0.128 37 V 0.001 0.001 0.002 0.016 0.128 0.571 0.283 38 K 0.005 0.065 0.142 0.251 0.275 0.208 0.054 39 S 0.002 0.063 0.232 0.364 0.230 0.100 0.009 40 I 0.001 0.006 0.030 0.158 0.438 0.341 0.025 41 T 0.042 0.189 0.313 0.296 0.133 0.026 0.002 42 K 0.397 0.343 0.163 0.069 0.022 0.006 0.001 43 S 0.313 0.331 0.218 0.096 0.031 0.010 0.001 44 S 0.225 0.207 0.201 0.200 0.122 0.041 0.003 45 A 0.313 0.269 0.170 0.134 0.078 0.034 0.004 46 V 0.192 0.154 0.191 0.243 0.170 0.047 0.003 47 E 0.389 0.338 0.177 0.073 0.019 0.004 0.001 48 H 0.467 0.326 0.138 0.055 0.012 0.002 0.001 49 D 0.365 0.272 0.196 0.114 0.044 0.009 0.001 50 G 0.378 0.306 0.180 0.091 0.035 0.008 0.001 51 R 0.095 0.252 0.312 0.227 0.090 0.022 0.002 52 I 0.017 0.024 0.055 0.189 0.380 0.304 0.032 53 Q 0.086 0.224 0.266 0.208 0.131 0.071 0.016 54 I 0.051 0.102 0.158 0.238 0.229 0.181 0.041 55 G 0.047 0.079 0.123 0.207 0.247 0.224 0.074 56 D 0.017 0.039 0.078 0.177 0.289 0.320 0.081 57 Q 0.023 0.051 0.108 0.206 0.249 0.270 0.093 58 I 0.022 0.037 0.049 0.093 0.187 0.412 0.201 59 I 0.037 0.068 0.090 0.151 0.224 0.294 0.136 60 A 0.037 0.130 0.214 0.264 0.200 0.130 0.025 61 V 0.022 0.037 0.070 0.178 0.343 0.291 0.060 62 D 0.119 0.234 0.266 0.216 0.116 0.044 0.005 63 G 0.264 0.288 0.211 0.142 0.071 0.021 0.002 64 T 0.318 0.293 0.205 0.126 0.044 0.012 0.001 65 N 0.217 0.294 0.248 0.156 0.066 0.018 0.001 66 L 0.129 0.100 0.139 0.256 0.254 0.112 0.010 67 Q 0.282 0.340 0.222 0.110 0.036 0.009 0.001 68 G 0.538 0.301 0.101 0.040 0.014 0.005 0.001 69 F 0.185 0.220 0.243 0.217 0.106 0.026 0.002 70 T 0.144 0.349 0.259 0.157 0.069 0.020 0.002 71 N 0.031 0.072 0.144 0.314 0.304 0.122 0.012 72 Q 0.240 0.422 0.226 0.082 0.024 0.005 0.001 73 Q 0.061 0.286 0.382 0.209 0.053 0.008 0.001 74 A 0.004 0.008 0.023 0.123 0.385 0.423 0.034 75 V 0.007 0.051 0.189 0.391 0.287 0.071 0.003 76 E 0.158 0.524 0.226 0.074 0.015 0.003 0.001 77 V 0.007 0.057 0.221 0.425 0.237 0.052 0.002 78 L 0.009 0.014 0.041 0.173 0.454 0.294 0.014 79 R 0.113 0.391 0.313 0.147 0.032 0.003 0.001 80 H 0.394 0.435 0.127 0.037 0.007 0.001 0.001 81 T 0.088 0.204 0.324 0.274 0.098 0.012 0.001 82 G 0.503 0.347 0.117 0.028 0.004 0.001 0.001 83 Q 0.320 0.440 0.168 0.058 0.013 0.002 0.001 84 T 0.074 0.414 0.354 0.133 0.022 0.002 0.001 85 V 0.003 0.025 0.098 0.321 0.406 0.141 0.005 86 L 0.001 0.062 0.344 0.436 0.137 0.018 0.001 87 L 0.001 0.002 0.006 0.046 0.291 0.603 0.052 88 T 0.001 0.043 0.255 0.464 0.208 0.028 0.001 89 L 0.003 0.012 0.037 0.182 0.430 0.319 0.018 90 M 0.018 0.151 0.369 0.328 0.112 0.022 0.001 91 R 0.126 0.324 0.301 0.190 0.052 0.006 0.001 92 R 0.441 0.341 0.163 0.047 0.008 0.001 0.001 93 G 0.671 0.232 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 94 E 0.734 0.188 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 95 T 0.783 0.160 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 96 S 0.839 0.119 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 97 V 0.732 0.170 0.063 0.028 0.007 0.001 0.001