# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.011 0.004 0.010 0.154 0.768 2 T 0.143 0.043 0.016 0.020 0.184 0.594 3 Q 0.193 0.016 0.061 0.028 0.245 0.456 4 S 0.172 0.011 0.140 0.032 0.265 0.379 5 V 0.294 0.041 0.059 0.022 0.211 0.373 6 L 0.216 0.040 0.016 0.012 0.165 0.552 7 L 0.069 0.023 0.006 0.005 0.185 0.713 8 P 0.043 0.022 0.008 0.006 0.432 0.489 9 P 0.023 0.016 0.013 0.008 0.456 0.484 10 G 0.014 0.010 0.005 0.010 0.494 0.467 11 P 0.012 0.009 0.003 0.009 0.222 0.746 12 F 0.034 0.068 0.004 0.035 0.121 0.738 13 T 0.019 0.016 0.004 0.131 0.071 0.759 14 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.004 0.005 15 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 20 V 0.002 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 21 T 0.007 0.001 0.003 0.978 0.006 0.006 22 T 0.013 0.001 0.008 0.953 0.012 0.013 23 T 0.032 0.001 0.013 0.878 0.030 0.046 24 Y 0.198 0.006 0.031 0.584 0.083 0.097 25 S 0.200 0.005 0.024 0.374 0.169 0.228 26 N 0.252 0.006 0.018 0.272 0.161 0.291 27 I 0.609 0.016 0.006 0.096 0.079 0.194 28 T 0.609 0.019 0.008 0.061 0.093 0.210 29 L 0.610 0.023 0.012 0.033 0.133 0.189 30 E 0.499 0.019 0.016 0.023 0.264 0.179 31 D 0.169 0.017 0.018 0.018 0.509 0.270 32 D 0.047 0.012 0.006 0.005 0.813 0.118 33 Q 0.034 0.011 0.019 0.012 0.745 0.179 34 G 0.096 0.015 0.010 0.013 0.681 0.185 35 S 0.314 0.007 0.012 0.009 0.483 0.175 36 H 0.835 0.012 0.002 0.002 0.052 0.097 37 F 0.945 0.006 0.003 0.002 0.022 0.023 38 R 0.972 0.001 0.003 0.001 0.012 0.012 39 L 0.970 0.001 0.002 0.001 0.010 0.016 40 V 0.961 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 41 V 0.952 0.004 0.001 0.002 0.017 0.025 42 R 0.912 0.017 0.001 0.001 0.024 0.045 43 D 0.449 0.029 0.002 0.001 0.479 0.040 44 T 0.042 0.004 0.010 0.002 0.915 0.027 45 E 0.037 0.004 0.006 0.001 0.915 0.036 46 G 0.118 0.010 0.011 0.004 0.802 0.056 47 R 0.480 0.006 0.001 0.003 0.110 0.400 48 M 0.918 0.016 0.001 0.001 0.019 0.045 49 V 0.951 0.003 0.001 0.001 0.015 0.029 50 W 0.957 0.003 0.001 0.001 0.013 0.026 51 R 0.918 0.002 0.001 0.002 0.026 0.051 52 A 0.910 0.005 0.002 0.003 0.028 0.053 53 W 0.785 0.013 0.003 0.004 0.087 0.109 54 N 0.586 0.022 0.004 0.006 0.149 0.233 55 F 0.203 0.026 0.005 0.006 0.213 0.547 56 E 0.027 0.022 0.006 0.014 0.397 0.533 57 P 0.007 0.003 0.044 0.099 0.476 0.371 58 D 0.003 0.007 0.043 0.134 0.590 0.223 59 A 0.003 0.014 0.078 0.413 0.386 0.106 60 G 0.003 0.005 0.034 0.536 0.194 0.228 61 E 0.003 0.004 0.051 0.769 0.095 0.078 62 G 0.004 0.019 0.035 0.855 0.033 0.054 63 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.005 64 N 0.002 0.001 0.001 0.989 0.005 0.003 65 R 0.002 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 66 Y 0.003 0.001 0.001 0.986 0.007 0.003 67 I 0.004 0.001 0.003 0.967 0.017 0.009 68 R 0.010 0.002 0.007 0.919 0.038 0.024 69 T 0.010 0.003 0.013 0.823 0.070 0.081 70 S 0.022 0.006 0.010 0.485 0.127 0.350 71 G 0.032 0.005 0.011 0.048 0.184 0.721 72 I 0.114 0.033 0.014 0.065 0.226 0.548 73 R 0.205 0.036 0.017 0.054 0.249 0.439 74 T 0.171 0.037 0.011 0.043 0.278 0.460 75 D 0.093 0.011 0.008 0.033 0.383 0.473 76 T 0.025 0.008 0.024 0.308 0.391 0.244 77 A 0.016 0.004 0.032 0.700 0.163 0.085 78 T 0.034 0.012 0.047 0.728 0.139 0.040 79 R 0.040 0.009 0.049 0.758 0.095 0.049 80 L 0.073 0.021 0.058 0.657 0.134 0.057 81 E 0.095 0.012 0.059 0.535 0.218 0.082 82 H 0.045 0.007 0.077 0.422 0.314 0.134 83 H 0.048 0.020 0.056 0.234 0.448 0.194 84 H 0.044 0.022 0.052 0.200 0.395 0.287 85 H 0.024 0.020 0.028 0.110 0.330 0.488 86 H 0.017 0.018 0.008 0.052 0.226 0.679 87 H 0.001 0.002 0.001 0.004 0.025 0.968