# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.034 0.078 0.091 0.175 0.005 0.065 0.077 0.004 0.001 0.005 0.004 0.010 0.006 0.054 0.028 0.114 0.049 0.081 0.088 0.003 2 T 0.036 0.038 0.110 0.089 0.162 0.007 0.054 0.084 0.007 0.001 0.007 0.007 0.015 0.014 0.062 0.026 0.084 0.037 0.082 0.071 0.006 3 Q 0.034 0.044 0.063 0.093 0.203 0.006 0.055 0.062 0.009 0.002 0.006 0.009 0.015 0.015 0.055 0.037 0.145 0.030 0.061 0.048 0.006 4 S 0.035 0.057 0.073 0.083 0.175 0.016 0.130 0.069 0.008 0.003 0.006 0.008 0.020 0.019 0.075 0.031 0.077 0.032 0.028 0.049 0.004 5 V 0.040 0.054 0.131 0.171 0.101 0.018 0.065 0.029 0.004 0.002 0.009 0.008 0.017 0.018 0.078 0.026 0.069 0.038 0.044 0.073 0.008 6 L 0.039 0.037 0.041 0.061 0.328 0.003 0.043 0.006 0.004 0.001 0.009 0.009 0.025 0.018 0.039 0.056 0.071 0.048 0.090 0.067 0.006 7 L 0.016 0.015 0.133 0.111 0.048 0.001 0.017 0.003 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.007 0.101 0.017 0.046 0.032 0.118 0.311 0.002 8 P 0.002 0.002 0.019 0.027 0.097 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.035 0.085 0.037 0.139 0.520 0.001 9 P 0.002 0.003 0.022 0.026 0.052 0.005 0.073 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.027 0.239 0.101 0.154 0.250 0.001 10 G 0.001 0.002 0.045 0.036 0.020 0.008 0.052 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.015 0.133 0.046 0.136 0.452 0.001 11 P 0.002 0.003 0.013 0.013 0.086 0.006 0.069 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.299 0.107 0.137 0.151 0.001 12 F 0.003 0.005 0.047 0.045 0.028 0.010 0.086 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 0.018 0.232 0.065 0.072 0.147 0.001 13 T 0.003 0.005 0.012 0.019 0.082 0.005 0.071 0.398 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.086 0.044 0.092 0.141 0.001 14 R 0.003 0.003 0.022 0.016 0.024 0.002 0.027 0.421 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.380 0.024 0.033 0.019 0.001 15 R 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.009 0.115 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.060 0.006 0.005 0.008 0.001 16 Q 0.004 0.004 0.007 0.013 0.019 0.004 0.072 0.731 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.093 0.012 0.012 0.008 0.001 17 A 0.005 0.005 0.008 0.011 0.017 0.003 0.029 0.786 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.080 0.012 0.014 0.009 0.001 18 Q 0.005 0.008 0.008 0.013 0.012 0.008 0.050 0.773 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.075 0.009 0.005 0.009 0.001 19 A 0.010 0.017 0.009 0.021 0.036 0.009 0.053 0.713 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.009 0.059 0.011 0.009 0.009 0.001 20 V 0.033 0.028 0.040 0.050 0.026 0.010 0.039 0.575 0.014 0.003 0.002 0.004 0.007 0.015 0.029 0.006 0.070 0.015 0.018 0.011 0.002 21 T 0.049 0.044 0.029 0.082 0.057 0.017 0.064 0.349 0.033 0.011 0.003 0.007 0.013 0.032 0.030 0.013 0.108 0.016 0.021 0.016 0.004 22 T 0.031 0.047 0.030 0.067 0.066 0.022 0.102 0.171 0.033 0.016 0.003 0.007 0.016 0.059 0.123 0.024 0.097 0.024 0.021 0.035 0.005 23 T 0.025 0.031 0.039 0.061 0.069 0.009 0.090 0.091 0.028 0.010 0.012 0.009 0.015 0.069 0.096 0.033 0.119 0.065 0.058 0.057 0.013 24 Y 0.030 0.026 0.041 0.037 0.106 0.008 0.071 0.042 0.025 0.008 0.013 0.013 0.017 0.068 0.083 0.073 0.100 0.067 0.093 0.068 0.012 25 S 0.028 0.026 0.073 0.053 0.048 0.016 0.089 0.019 0.012 0.004 0.010 0.010 0.025 0.123 0.198 0.036 0.084 0.024 0.035 0.074 0.012 26 N 0.026 0.030 0.021 0.039 0.075 0.004 0.055 0.005 0.005 0.002 0.025 0.022 0.050 0.268 0.099 0.072 0.024 0.030 0.061 0.038 0.050 27 I 0.028 0.031 0.040 0.030 0.058 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.039 0.035 0.064 0.282 0.124 0.087 0.010 0.020 0.064 0.032 0.042 28 T 0.039 0.040 0.067 0.053 0.080 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.032 0.032 0.062 0.261 0.084 0.101 0.016 0.021 0.043 0.032 0.026 29 L 0.029 0.033 0.031 0.041 0.130 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.022 0.021 0.045 0.218 0.146 0.159 0.021 0.015 0.030 0.025 0.018 30 E 0.027 0.026 0.053 0.060 0.051 0.003 0.022 0.004 0.001 0.001 0.017 0.018 0.053 0.224 0.253 0.064 0.030 0.014 0.039 0.030 0.011 31 D 0.026 0.022 0.044 0.071 0.146 0.002 0.026 0.003 0.001 0.001 0.012 0.014 0.027 0.098 0.096 0.143 0.055 0.045 0.078 0.084 0.006 32 D 0.013 0.012 0.079 0.058 0.097 0.003 0.029 0.006 0.004 0.003 0.006 0.007 0.008 0.018 0.090 0.073 0.109 0.067 0.121 0.194 0.003 33 Q 0.006 0.008 0.044 0.033 0.094 0.006 0.069 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.054 0.037 0.391 0.057 0.034 0.146 0.001 34 G 0.015 0.025 0.056 0.063 0.144 0.014 0.266 0.018 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.003 0.025 0.024 0.093 0.092 0.049 0.094 0.001 35 S 0.058 0.077 0.169 0.138 0.126 0.005 0.059 0.018 0.002 0.002 0.005 0.005 0.010 0.004 0.027 0.018 0.114 0.044 0.042 0.076 0.003 36 H 0.152 0.232 0.066 0.088 0.243 0.002 0.030 0.016 0.001 0.001 0.007 0.010 0.023 0.006 0.014 0.013 0.036 0.015 0.019 0.019 0.007 37 F 0.267 0.407 0.042 0.062 0.097 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.006 0.011 0.030 0.008 0.018 0.008 0.008 0.003 0.005 0.004 0.005 38 R 0.347 0.393 0.041 0.070 0.032 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.010 0.012 0.040 0.008 0.012 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 39 L 0.363 0.419 0.020 0.025 0.055 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 0.020 0.033 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 40 V 0.334 0.456 0.038 0.056 0.023 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.010 0.033 0.007 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 41 V 0.319 0.404 0.024 0.073 0.079 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.010 0.011 0.022 0.006 0.010 0.004 0.003 0.002 0.003 0.002 0.020 42 R 0.233 0.284 0.060 0.106 0.139 0.001 0.007 0.009 0.002 0.001 0.006 0.009 0.025 0.009 0.049 0.009 0.016 0.006 0.010 0.011 0.010 43 D 0.126 0.093 0.090 0.168 0.240 0.001 0.016 0.009 0.006 0.003 0.005 0.005 0.009 0.005 0.050 0.013 0.060 0.014 0.032 0.052 0.004 44 T 0.026 0.015 0.049 0.044 0.200 0.003 0.061 0.012 0.009 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.038 0.021 0.359 0.035 0.026 0.089 0.001 45 E 0.007 0.012 0.031 0.044 0.067 0.006 0.430 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.012 0.133 0.060 0.035 0.115 0.001 46 G 0.023 0.043 0.037 0.046 0.270 0.005 0.166 0.021 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.012 0.033 0.048 0.161 0.051 0.067 0.002 47 R 0.082 0.093 0.294 0.186 0.068 0.002 0.012 0.038 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.003 0.043 0.007 0.066 0.016 0.032 0.030 0.006 48 M 0.133 0.163 0.014 0.020 0.489 0.001 0.009 0.040 0.001 0.001 0.011 0.013 0.021 0.004 0.006 0.018 0.016 0.006 0.017 0.005 0.010 49 V 0.164 0.295 0.146 0.132 0.031 0.001 0.007 0.062 0.001 0.001 0.004 0.007 0.028 0.007 0.084 0.004 0.012 0.003 0.004 0.004 0.004 50 W 0.185 0.340 0.013 0.052 0.185 0.001 0.008 0.070 0.002 0.001 0.017 0.015 0.036 0.012 0.008 0.012 0.015 0.005 0.006 0.002 0.016 51 R 0.213 0.241 0.130 0.078 0.033 0.003 0.012 0.107 0.005 0.001 0.009 0.016 0.028 0.014 0.065 0.004 0.022 0.003 0.005 0.004 0.007 52 A 0.132 0.264 0.022 0.091 0.142 0.008 0.068 0.069 0.014 0.006 0.004 0.006 0.020 0.013 0.034 0.014 0.057 0.009 0.006 0.014 0.005 53 W 0.096 0.098 0.095 0.108 0.081 0.012 0.142 0.038 0.015 0.004 0.010 0.007 0.015 0.013 0.073 0.013 0.078 0.028 0.020 0.045 0.008 54 N 0.032 0.030 0.059 0.051 0.106 0.007 0.105 0.023 0.007 0.002 0.008 0.007 0.012 0.012 0.024 0.028 0.137 0.097 0.129 0.118 0.005 55 F 0.009 0.011 0.046 0.036 0.098 0.004 0.062 0.012 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.035 0.150 0.084 0.103 0.289 0.002 56 E 0.002 0.003 0.039 0.020 0.043 0.004 0.033 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.019 0.220 0.056 0.170 0.316 0.001 57 P 0.001 0.002 0.016 0.016 0.043 0.010 0.059 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.034 0.312 0.076 0.108 0.243 0.001 58 D 0.001 0.002 0.024 0.014 0.030 0.013 0.172 0.070 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.023 0.275 0.071 0.104 0.169 0.001 59 A 0.001 0.001 0.018 0.011 0.024 0.004 0.104 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.018 0.469 0.064 0.064 0.151 0.001 60 G 0.001 0.002 0.010 0.008 0.027 0.012 0.247 0.149 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.190 0.118 0.046 0.138 0.001 61 E 0.002 0.002 0.031 0.008 0.017 0.005 0.083 0.226 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.459 0.050 0.036 0.055 0.001 62 G 0.003 0.005 0.010 0.009 0.030 0.015 0.214 0.473 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.013 0.102 0.047 0.025 0.036 0.001 63 L 0.006 0.007 0.029 0.020 0.019 0.004 0.118 0.437 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.019 0.012 0.207 0.031 0.045 0.027 0.001 64 N 0.009 0.010 0.018 0.021 0.018 0.007 0.057 0.623 0.010 0.002 0.002 0.003 0.006 0.010 0.012 0.006 0.128 0.017 0.025 0.014 0.001 65 R 0.003 0.010 0.009 0.010 0.017 0.013 0.072 0.734 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.008 0.071 0.012 0.007 0.010 0.001 66 Y 0.008 0.015 0.011 0.020 0.033 0.006 0.045 0.715 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.006 0.086 0.013 0.008 0.008 0.001 67 I 0.012 0.015 0.019 0.019 0.034 0.009 0.040 0.652 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.028 0.011 0.086 0.019 0.019 0.014 0.001 68 R 0.013 0.011 0.038 0.031 0.029 0.025 0.079 0.441 0.026 0.006 0.001 0.001 0.003 0.009 0.036 0.008 0.195 0.011 0.012 0.021 0.001 69 T 0.008 0.008 0.012 0.044 0.032 0.013 0.196 0.059 0.158 0.096 0.001 0.003 0.005 0.012 0.024 0.018 0.196 0.028 0.032 0.053 0.001 70 S 0.002 0.002 0.009 0.008 0.046 0.005 0.394 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.021 0.190 0.037 0.048 0.182 0.001 71 G 0.002 0.002 0.032 0.013 0.028 0.005 0.162 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.014 0.048 0.535 0.063 0.049 0.002 72 I 0.006 0.007 0.058 0.029 0.121 0.003 0.022 0.018 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.006 0.040 0.126 0.070 0.057 0.234 0.183 0.004 73 R 0.006 0.008 0.099 0.070 0.070 0.004 0.016 0.026 0.003 0.001 0.004 0.004 0.011 0.012 0.186 0.021 0.072 0.033 0.172 0.177 0.004 74 T 0.005 0.005 0.020 0.037 0.212 0.003 0.023 0.027 0.003 0.001 0.005 0.003 0.004 0.006 0.066 0.105 0.222 0.030 0.086 0.134 0.003 75 D 0.007 0.007 0.070 0.057 0.071 0.006 0.122 0.092 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.012 0.152 0.030 0.134 0.047 0.067 0.103 0.002 76 T 0.008 0.010 0.042 0.056 0.084 0.008 0.099 0.152 0.004 0.001 0.004 0.004 0.005 0.011 0.054 0.060 0.194 0.066 0.069 0.070 0.002 77 A 0.012 0.014 0.041 0.043 0.094 0.009 0.111 0.269 0.005 0.002 0.003 0.003 0.007 0.008 0.047 0.029 0.165 0.040 0.055 0.041 0.001 78 T 0.010 0.022 0.045 0.069 0.052 0.019 0.116 0.365 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.005 0.052 0.017 0.095 0.035 0.030 0.057 0.001 79 R 0.011 0.017 0.021 0.049 0.134 0.008 0.089 0.354 0.006 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.027 0.026 0.108 0.048 0.044 0.039 0.002 80 L 0.016 0.016 0.061 0.060 0.066 0.007 0.065 0.333 0.010 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.060 0.016 0.125 0.033 0.060 0.052 0.002 81 E 0.012 0.012 0.036 0.049 0.086 0.013 0.105 0.293 0.011 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.031 0.015 0.192 0.032 0.042 0.058 0.001 82 H 0.010 0.011 0.030 0.053 0.101 0.015 0.168 0.181 0.013 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.033 0.020 0.146 0.059 0.068 0.076 0.001 83 H 0.007 0.008 0.046 0.048 0.073 0.009 0.128 0.138 0.011 0.003 0.002 0.002 0.003 0.003 0.037 0.015 0.187 0.076 0.099 0.104 0.001 84 H 0.007 0.007 0.043 0.051 0.091 0.012 0.134 0.108 0.010 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.029 0.022 0.173 0.076 0.099 0.122 0.001 85 H 0.005 0.006 0.043 0.050 0.092 0.014 0.149 0.075 0.010 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.038 0.027 0.152 0.082 0.101 0.140 0.001 86 H 0.005 0.006 0.045 0.050 0.102 0.008 0.121 0.056 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.041 0.027 0.153 0.078 0.115 0.174 0.001 87 H 0.005 0.007 0.057 0.056 0.119 0.007 0.087 0.056 0.004 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.044 0.033 0.109 0.091 0.136 0.171 0.002