# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.913 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 0.030 0.005 0.016 0.014 2 T 0.001 0.075 0.786 0.006 0.009 0.026 0.001 0.001 0.009 0.022 0.014 0.004 0.048 3 Q 0.003 0.025 0.485 0.006 0.064 0.082 0.002 0.001 0.021 0.159 0.065 0.066 0.022 4 S 0.005 0.007 0.354 0.035 0.135 0.057 0.006 0.002 0.024 0.140 0.156 0.009 0.069 5 V 0.018 0.042 0.327 0.005 0.138 0.039 0.022 0.005 0.063 0.075 0.122 0.090 0.053 6 L 0.022 0.082 0.322 0.004 0.054 0.046 0.017 0.008 0.048 0.136 0.101 0.023 0.137 7 L 0.003 0.021 0.609 0.002 0.014 0.019 0.001 0.001 0.044 0.175 0.038 0.047 0.025 8 P 0.001 0.008 0.406 0.003 0.027 0.022 0.001 0.001 0.005 0.280 0.228 0.004 0.015 9 P 0.001 0.017 0.274 0.008 0.029 0.016 0.001 0.001 0.002 0.309 0.339 0.001 0.004 10 G 0.001 0.013 0.474 0.001 0.029 0.021 0.001 0.001 0.005 0.344 0.096 0.010 0.007 11 P 0.001 0.027 0.588 0.006 0.022 0.047 0.001 0.001 0.005 0.162 0.108 0.003 0.031 12 F 0.001 0.052 0.469 0.001 0.025 0.074 0.001 0.001 0.005 0.258 0.065 0.038 0.012 13 T 0.001 0.029 0.475 0.001 0.012 0.207 0.001 0.001 0.004 0.205 0.025 0.001 0.042 14 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 15 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 21 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.060 0.001 0.001 23 T 0.001 0.007 0.041 0.001 0.011 0.814 0.001 0.001 0.002 0.032 0.082 0.001 0.007 24 Y 0.004 0.008 0.117 0.006 0.052 0.613 0.001 0.001 0.003 0.056 0.119 0.009 0.010 25 S 0.007 0.008 0.134 0.010 0.079 0.372 0.001 0.002 0.009 0.145 0.197 0.018 0.017 26 N 0.009 0.012 0.182 0.019 0.074 0.277 0.003 0.003 0.020 0.145 0.199 0.012 0.048 27 I 0.022 0.021 0.281 0.008 0.057 0.193 0.011 0.009 0.050 0.131 0.097 0.056 0.065 28 T 0.044 0.060 0.262 0.006 0.038 0.113 0.027 0.038 0.090 0.069 0.073 0.073 0.107 29 L 0.042 0.049 0.260 0.009 0.056 0.079 0.025 0.026 0.091 0.100 0.089 0.037 0.137 30 E 0.021 0.031 0.286 0.028 0.035 0.051 0.006 0.009 0.051 0.190 0.168 0.061 0.061 31 D 0.006 0.034 0.297 0.008 0.025 0.014 0.002 0.001 0.012 0.282 0.242 0.025 0.052 32 D 0.001 0.016 0.483 0.004 0.011 0.005 0.001 0.001 0.003 0.331 0.103 0.011 0.031 33 Q 0.001 0.010 0.146 0.010 0.036 0.012 0.001 0.001 0.001 0.274 0.486 0.011 0.014 34 G 0.003 0.013 0.184 0.011 0.060 0.012 0.001 0.001 0.001 0.256 0.416 0.012 0.032 35 S 0.019 0.026 0.429 0.015 0.053 0.019 0.004 0.001 0.006 0.209 0.102 0.038 0.079 36 H 0.218 0.021 0.220 0.008 0.016 0.009 0.056 0.001 0.026 0.073 0.028 0.122 0.201 37 F 0.440 0.011 0.067 0.022 0.004 0.005 0.052 0.002 0.031 0.014 0.005 0.091 0.258 38 R 0.512 0.003 0.035 0.080 0.001 0.003 0.072 0.004 0.020 0.011 0.002 0.169 0.089 39 L 0.747 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.061 0.006 0.007 0.003 0.001 0.060 0.099 40 V 0.688 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.053 0.004 0.009 0.002 0.001 0.063 0.158 41 V 0.572 0.006 0.051 0.008 0.003 0.002 0.055 0.006 0.022 0.004 0.002 0.109 0.160 42 R 0.233 0.021 0.123 0.036 0.003 0.001 0.032 0.001 0.044 0.039 0.008 0.071 0.390 43 D 0.009 0.014 0.632 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.117 0.049 0.031 0.122 44 T 0.001 0.003 0.045 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.777 0.004 0.004 45 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.835 0.001 0.002 46 G 0.004 0.004 0.242 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.506 0.183 0.008 0.039 47 R 0.075 0.029 0.565 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.008 0.072 0.008 0.123 0.103 48 M 0.107 0.018 0.049 0.010 0.001 0.004 0.031 0.001 0.007 0.007 0.001 0.016 0.749 49 V 0.138 0.004 0.041 0.146 0.001 0.003 0.051 0.002 0.005 0.004 0.001 0.555 0.049 50 W 0.244 0.007 0.029 0.004 0.001 0.003 0.133 0.004 0.011 0.006 0.002 0.070 0.486 51 R 0.261 0.007 0.129 0.009 0.009 0.005 0.099 0.002 0.012 0.012 0.005 0.260 0.190 52 A 0.179 0.011 0.246 0.033 0.013 0.004 0.051 0.002 0.038 0.035 0.017 0.050 0.323 53 W 0.112 0.014 0.236 0.021 0.019 0.007 0.014 0.001 0.026 0.148 0.073 0.207 0.123 54 N 0.066 0.024 0.266 0.013 0.033 0.009 0.009 0.002 0.015 0.199 0.184 0.030 0.151 55 F 0.014 0.045 0.319 0.006 0.016 0.006 0.002 0.001 0.006 0.402 0.067 0.078 0.039 56 E 0.001 0.019 0.630 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.003 0.253 0.044 0.003 0.021 57 P 0.001 0.003 0.090 0.001 0.079 0.033 0.001 0.001 0.001 0.144 0.644 0.001 0.004 58 D 0.001 0.009 0.099 0.001 0.100 0.029 0.001 0.001 0.001 0.102 0.655 0.001 0.004 59 A 0.001 0.018 0.273 0.001 0.189 0.114 0.001 0.001 0.001 0.216 0.177 0.002 0.008 60 G 0.002 0.017 0.205 0.001 0.116 0.246 0.001 0.001 0.001 0.171 0.227 0.007 0.008 61 E 0.006 0.028 0.228 0.003 0.129 0.310 0.001 0.001 0.001 0.138 0.125 0.006 0.024 62 G 0.011 0.015 0.250 0.003 0.079 0.405 0.001 0.001 0.002 0.078 0.116 0.013 0.026 63 L 0.030 0.026 0.106 0.003 0.072 0.565 0.002 0.003 0.008 0.056 0.075 0.017 0.039 64 N 0.033 0.008 0.076 0.012 0.051 0.661 0.002 0.005 0.011 0.052 0.037 0.016 0.037 65 R 0.033 0.002 0.039 0.004 0.030 0.772 0.005 0.009 0.013 0.024 0.031 0.017 0.021 66 Y 0.085 0.008 0.040 0.003 0.021 0.666 0.014 0.019 0.030 0.016 0.032 0.022 0.045 67 I 0.069 0.009 0.062 0.006 0.023 0.623 0.015 0.024 0.015 0.017 0.048 0.029 0.061 68 R 0.045 0.011 0.092 0.013 0.017 0.570 0.010 0.015 0.017 0.046 0.075 0.047 0.041 69 T 0.018 0.009 0.091 0.007 0.018 0.474 0.004 0.003 0.009 0.094 0.210 0.016 0.047 70 S 0.006 0.005 0.187 0.012 0.022 0.230 0.002 0.002 0.009 0.149 0.351 0.009 0.017 71 G 0.006 0.013 0.396 0.010 0.031 0.075 0.003 0.002 0.014 0.207 0.199 0.022 0.022 72 I 0.011 0.074 0.361 0.005 0.049 0.085 0.012 0.018 0.052 0.140 0.091 0.019 0.083 73 R 0.011 0.048 0.364 0.004 0.037 0.104 0.008 0.021 0.051 0.159 0.092 0.064 0.038 74 T 0.007 0.022 0.355 0.005 0.033 0.172 0.003 0.007 0.033 0.179 0.123 0.011 0.049 75 D 0.003 0.013 0.396 0.003 0.022 0.209 0.001 0.002 0.015 0.219 0.080 0.018 0.020 76 T 0.002 0.017 0.210 0.005 0.037 0.368 0.001 0.001 0.008 0.178 0.148 0.003 0.021 77 A 0.004 0.011 0.119 0.003 0.040 0.619 0.001 0.001 0.007 0.103 0.071 0.012 0.010 78 T 0.006 0.007 0.092 0.005 0.035 0.702 0.001 0.002 0.010 0.059 0.050 0.009 0.022 79 R 0.005 0.008 0.069 0.002 0.033 0.758 0.001 0.003 0.010 0.035 0.051 0.010 0.016 80 L 0.003 0.007 0.057 0.005 0.034 0.795 0.001 0.002 0.007 0.037 0.034 0.004 0.014 81 E 0.005 0.005 0.058 0.003 0.040 0.782 0.001 0.001 0.004 0.030 0.051 0.010 0.010 82 H 0.006 0.006 0.070 0.001 0.047 0.718 0.002 0.001 0.005 0.039 0.087 0.006 0.012 83 H 0.007 0.011 0.120 0.001 0.046 0.579 0.001 0.001 0.005 0.073 0.134 0.009 0.015 84 H 0.006 0.012 0.153 0.002 0.041 0.413 0.001 0.001 0.004 0.145 0.195 0.014 0.014 85 H 0.003 0.020 0.314 0.001 0.027 0.209 0.001 0.001 0.005 0.182 0.209 0.009 0.019 86 H 0.001 0.020 0.701 0.001 0.012 0.070 0.001 0.001 0.007 0.057 0.114 0.004 0.013 87 H 0.001 0.002 0.959 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.001 0.002