# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0358/T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.072 0.174 0.332 0.005 0.061 0.014 0.005 0.008 0.003 0.027 0.061 0.147 0.003 0.005 0.023 2 T 0.022 0.080 0.238 0.298 0.005 0.146 0.008 0.007 0.003 0.002 0.020 0.035 0.116 0.002 0.005 0.012 3 Q 0.012 0.063 0.116 0.445 0.004 0.091 0.003 0.011 0.003 0.002 0.096 0.018 0.116 0.003 0.004 0.012 4 S 0.016 0.081 0.108 0.472 0.009 0.073 0.007 0.005 0.004 0.002 0.031 0.049 0.124 0.005 0.004 0.010 5 V 0.016 0.054 0.134 0.493 0.012 0.038 0.014 0.012 0.004 0.002 0.032 0.018 0.133 0.010 0.011 0.017 6 L 0.011 0.066 0.194 0.519 0.011 0.033 0.017 0.007 0.007 0.002 0.008 0.011 0.067 0.006 0.008 0.034 7 L 0.025 0.037 0.178 0.623 0.012 0.037 0.011 0.003 0.004 0.004 0.005 0.006 0.035 0.001 0.003 0.016 8 P 0.016 0.022 0.053 0.181 0.339 0.216 0.089 0.004 0.002 0.006 0.021 0.007 0.017 0.020 0.001 0.007 9 P 0.007 0.326 0.044 0.376 0.005 0.014 0.001 0.157 0.004 0.001 0.024 0.008 0.007 0.001 0.021 0.003 10 G 0.008 0.019 0.027 0.170 0.027 0.251 0.015 0.006 0.122 0.247 0.018 0.048 0.019 0.002 0.002 0.021 11 P 0.192 0.177 0.084 0.119 0.007 0.057 0.005 0.023 0.004 0.002 0.249 0.025 0.045 0.001 0.005 0.006 12 F 0.016 0.061 0.087 0.217 0.008 0.078 0.005 0.011 0.017 0.016 0.068 0.359 0.040 0.003 0.002 0.011 13 T 0.019 0.030 0.049 0.062 0.009 0.378 0.005 0.013 0.003 0.005 0.061 0.143 0.213 0.001 0.006 0.003 14 R 0.003 0.012 0.010 0.023 0.003 0.067 0.002 0.005 0.004 0.002 0.565 0.048 0.249 0.002 0.001 0.005 15 R 0.003 0.051 0.011 0.025 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.651 0.215 0.001 0.003 0.002 16 Q 0.004 0.007 0.038 0.036 0.001 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.014 0.025 0.817 0.003 0.003 0.027 17 A 0.004 0.011 0.081 0.030 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.790 0.001 0.003 0.004 18 Q 0.003 0.111 0.050 0.187 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.567 0.001 0.002 0.014 19 A 0.012 0.007 0.051 0.430 0.002 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.417 0.002 0.001 0.010 20 V 0.003 0.104 0.174 0.272 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.388 0.001 0.001 0.004 21 T 0.001 0.025 0.027 0.785 0.003 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.109 0.002 0.001 0.005 22 T 0.005 0.031 0.084 0.608 0.014 0.064 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.160 0.001 0.004 0.005 23 T 0.006 0.057 0.067 0.566 0.054 0.082 0.006 0.007 0.003 0.003 0.020 0.007 0.093 0.006 0.002 0.022 24 Y 0.008 0.025 0.018 0.149 0.490 0.087 0.066 0.008 0.001 0.001 0.019 0.007 0.025 0.089 0.003 0.004 25 S 0.004 0.134 0.032 0.130 0.003 0.033 0.004 0.462 0.006 0.004 0.013 0.009 0.019 0.001 0.141 0.006 26 N 0.011 0.069 0.035 0.257 0.001 0.008 0.001 0.003 0.352 0.040 0.007 0.007 0.010 0.001 0.002 0.197 27 I 0.612 0.005 0.148 0.215 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 28 T 0.008 0.008 0.513 0.410 0.007 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.022 0.010 0.639 0.141 0.156 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.001 0.165 0.008 0.416 0.064 0.173 0.004 0.082 0.008 0.004 0.040 0.019 0.009 0.002 0.003 0.002 31 D 0.008 0.119 0.026 0.105 0.071 0.219 0.016 0.045 0.073 0.067 0.108 0.078 0.043 0.003 0.007 0.012 32 D 0.033 0.046 0.045 0.021 0.188 0.057 0.132 0.030 0.010 0.011 0.235 0.072 0.030 0.068 0.011 0.010 33 Q 0.013 0.069 0.060 0.027 0.001 0.010 0.003 0.288 0.009 0.003 0.045 0.048 0.017 0.002 0.389 0.015 34 G 0.035 0.024 0.070 0.044 0.002 0.025 0.006 0.002 0.313 0.065 0.011 0.022 0.028 0.002 0.004 0.346 35 S 0.601 0.081 0.119 0.080 0.001 0.037 0.004 0.002 0.002 0.001 0.014 0.020 0.032 0.001 0.002 0.005 36 H 0.011 0.195 0.429 0.286 0.001 0.033 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.015 0.012 0.001 0.001 0.006 37 F 0.007 0.011 0.163 0.768 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 38 R 0.001 0.016 0.164 0.804 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.009 0.981 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 40 V 0.001 0.009 0.026 0.940 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.016 0.004 0.906 0.028 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.071 0.016 0.713 0.031 0.122 0.002 0.031 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.023 0.002 0.022 0.024 0.866 0.001 0.010 0.004 0.012 0.025 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 44 T 0.003 0.030 0.002 0.004 0.029 0.006 0.010 0.008 0.002 0.001 0.869 0.016 0.003 0.015 0.001 0.001 45 E 0.004 0.081 0.020 0.017 0.001 0.007 0.001 0.099 0.008 0.001 0.009 0.374 0.010 0.001 0.366 0.003 46 G 0.014 0.006 0.082 0.018 0.001 0.009 0.003 0.001 0.126 0.026 0.013 0.007 0.070 0.001 0.003 0.621 47 R 0.533 0.098 0.152 0.139 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.029 0.001 0.001 0.007 48 M 0.015 0.007 0.413 0.433 0.001 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.033 0.001 0.001 0.002 49 V 0.001 0.098 0.119 0.693 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.007 0.007 0.946 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 51 R 0.003 0.019 0.057 0.675 0.053 0.094 0.005 0.004 0.001 0.001 0.011 0.008 0.066 0.002 0.001 0.002 52 A 0.005 0.054 0.027 0.555 0.080 0.104 0.012 0.020 0.002 0.003 0.030 0.009 0.072 0.013 0.005 0.008 53 W 0.009 0.100 0.035 0.422 0.040 0.111 0.023 0.053 0.014 0.009 0.042 0.033 0.056 0.015 0.022 0.016 54 N 0.024 0.189 0.082 0.290 0.009 0.114 0.016 0.027 0.034 0.015 0.020 0.029 0.066 0.003 0.017 0.064 55 F 0.072 0.104 0.192 0.423 0.003 0.021 0.004 0.007 0.019 0.010 0.038 0.021 0.036 0.001 0.004 0.044 56 E 0.056 0.020 0.141 0.123 0.115 0.348 0.060 0.002 0.003 0.006 0.016 0.037 0.049 0.017 0.001 0.007 57 P 0.007 0.102 0.056 0.141 0.011 0.084 0.004 0.135 0.001 0.002 0.328 0.023 0.082 0.002 0.020 0.003 58 D 0.002 0.052 0.008 0.062 0.089 0.139 0.043 0.007 0.064 0.041 0.055 0.300 0.067 0.045 0.002 0.023 59 A 0.039 0.043 0.039 0.039 0.003 0.028 0.007 0.123 0.003 0.002 0.140 0.077 0.304 0.002 0.145 0.006 60 G 0.008 0.018 0.072 0.018 0.018 0.042 0.055 0.006 0.072 0.060 0.057 0.143 0.212 0.070 0.005 0.145 61 E 0.160 0.020 0.039 0.038 0.002 0.016 0.007 0.044 0.002 0.002 0.096 0.080 0.385 0.003 0.100 0.008 62 G 0.006 0.024 0.071 0.023 0.006 0.064 0.017 0.003 0.031 0.025 0.035 0.110 0.391 0.020 0.004 0.170 63 L 0.045 0.014 0.027 0.027 0.002 0.060 0.014 0.006 0.001 0.001 0.058 0.079 0.644 0.003 0.015 0.004 64 N 0.003 0.031 0.061 0.029 0.001 0.040 0.006 0.007 0.005 0.003 0.052 0.113 0.615 0.004 0.010 0.020 65 R 0.014 0.012 0.019 0.077 0.001 0.011 0.002 0.003 0.004 0.001 0.077 0.047 0.711 0.002 0.004 0.016 66 Y 0.011 0.019 0.096 0.054 0.001 0.019 0.017 0.001 0.003 0.001 0.010 0.055 0.677 0.009 0.002 0.024 67 I 0.003 0.023 0.114 0.101 0.004 0.037 0.049 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.623 0.003 0.007 0.009 68 R 0.003 0.046 0.080 0.119 0.035 0.111 0.028 0.009 0.002 0.002 0.019 0.014 0.473 0.017 0.009 0.035 69 T 0.006 0.013 0.012 0.021 0.108 0.021 0.136 0.009 0.002 0.002 0.032 0.005 0.049 0.568 0.007 0.010 70 S 0.004 0.047 0.030 0.019 0.001 0.004 0.006 0.118 0.005 0.001 0.009 0.013 0.027 0.002 0.703 0.009 71 G 0.018 0.011 0.047 0.028 0.001 0.004 0.006 0.001 0.140 0.027 0.005 0.007 0.027 0.002 0.003 0.675 72 I 0.785 0.011 0.109 0.066 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.006 73 R 0.011 0.028 0.407 0.222 0.043 0.225 0.019 0.002 0.001 0.003 0.004 0.009 0.016 0.004 0.001 0.005 74 T 0.005 0.072 0.026 0.295 0.015 0.380 0.002 0.051 0.002 0.003 0.113 0.007 0.023 0.001 0.005 0.001 75 D 0.004 0.237 0.016 0.162 0.006 0.117 0.002 0.011 0.044 0.021 0.190 0.153 0.029 0.001 0.001 0.007 76 T 0.046 0.072 0.058 0.127 0.004 0.099 0.004 0.008 0.008 0.003 0.116 0.311 0.131 0.001 0.005 0.006 77 A 0.010 0.030 0.263 0.084 0.010 0.072 0.019 0.006 0.004 0.002 0.108 0.103 0.263 0.008 0.005 0.014 78 T 0.008 0.107 0.067 0.197 0.003 0.054 0.006 0.013 0.003 0.001 0.034 0.121 0.361 0.002 0.015 0.009 79 R 0.009 0.030 0.047 0.220 0.008 0.080 0.011 0.004 0.013 0.005 0.039 0.032 0.441 0.010 0.004 0.048 80 L 0.017 0.028 0.106 0.131 0.010 0.056 0.019 0.007 0.001 0.001 0.061 0.044 0.496 0.005 0.010 0.008 81 E 0.007 0.062 0.092 0.185 0.020 0.054 0.021 0.017 0.005 0.003 0.031 0.050 0.374 0.031 0.013 0.034 82 H 0.016 0.029 0.056 0.207 0.023 0.073 0.027 0.021 0.008 0.004 0.035 0.027 0.379 0.026 0.036 0.032 83 H 0.016 0.058 0.120 0.111 0.022 0.062 0.040 0.023 0.011 0.008 0.056 0.032 0.327 0.025 0.029 0.060 84 H 0.047 0.063 0.090 0.133 0.020 0.071 0.036 0.032 0.016 0.009 0.061 0.067 0.247 0.023 0.032 0.052 85 H 0.045 0.080 0.142 0.115 0.030 0.067 0.043 0.023 0.018 0.011 0.057 0.059 0.195 0.030 0.026 0.060 86 H 0.038 0.066 0.139 0.099 0.051 0.087 0.079 0.030 0.012 0.010 0.059 0.060 0.160 0.036 0.034 0.040 87 H 0.030 0.088 0.124 0.095 0.028 0.093 0.045 0.065 0.017 0.013 0.085 0.069 0.138 0.020 0.050 0.039