# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.075 0.010 0.059 0.090 0.136 0.097 0.006 0.003 0.079 0.427 2 T 0.129 0.062 0.003 0.022 0.049 0.093 0.093 0.010 0.002 0.056 0.480 3 Q 0.067 0.037 0.005 0.068 0.105 0.135 0.081 0.028 0.002 0.072 0.400 4 S 0.047 0.010 0.001 0.051 0.045 0.104 0.127 0.003 0.001 0.048 0.565 5 V 0.011 0.002 0.002 0.075 0.079 0.112 0.112 0.001 0.001 0.048 0.558 6 L 0.004 0.001 0.001 0.106 0.046 0.072 0.157 0.002 0.001 0.029 0.581 7 L 0.180 0.005 0.002 0.064 0.041 0.040 0.106 0.005 0.002 0.084 0.470 8 P 0.073 0.007 0.002 0.040 0.014 0.017 0.139 0.004 0.001 0.080 0.623 9 P 0.016 0.004 0.001 0.009 0.006 0.010 0.117 0.002 0.001 0.037 0.797 10 G 0.091 0.095 0.002 0.019 0.020 0.030 0.131 0.019 0.001 0.060 0.532 11 P 0.114 0.144 0.004 0.011 0.010 0.013 0.082 0.007 0.001 0.057 0.556 12 F 0.058 0.274 0.007 0.009 0.019 0.030 0.075 0.015 0.003 0.056 0.454 13 T 0.123 0.626 0.001 0.003 0.006 0.010 0.029 0.006 0.001 0.026 0.171 14 R 0.060 0.585 0.009 0.009 0.008 0.016 0.037 0.005 0.004 0.052 0.215 15 R 0.038 0.530 0.004 0.012 0.021 0.042 0.060 0.004 0.001 0.056 0.232 16 Q 0.025 0.599 0.003 0.011 0.020 0.033 0.046 0.003 0.001 0.064 0.195 17 A 0.018 0.350 0.002 0.025 0.048 0.068 0.057 0.002 0.001 0.309 0.121 18 Q 0.006 0.200 0.001 0.032 0.028 0.072 0.025 0.001 0.001 0.568 0.066 19 A 0.004 0.179 0.004 0.037 0.070 0.072 0.030 0.002 0.001 0.470 0.133 20 V 0.010 0.562 0.014 0.038 0.066 0.090 0.021 0.009 0.001 0.079 0.109 21 T 0.068 0.151 0.009 0.038 0.055 0.069 0.028 0.009 0.003 0.351 0.220 22 T 0.043 0.050 0.024 0.041 0.038 0.048 0.066 0.006 0.018 0.350 0.315 23 T 0.263 0.050 0.009 0.032 0.022 0.041 0.107 0.014 0.008 0.100 0.353 24 Y 0.102 0.026 0.012 0.068 0.019 0.025 0.128 0.013 0.010 0.062 0.534 25 S 0.042 0.018 0.001 0.050 0.028 0.029 0.200 0.004 0.001 0.034 0.592 26 N 0.012 0.014 0.001 0.108 0.023 0.042 0.177 0.004 0.001 0.060 0.558 27 I 0.020 0.008 0.002 0.143 0.052 0.066 0.193 0.006 0.001 0.099 0.410 28 T 0.020 0.015 0.002 0.369 0.028 0.068 0.111 0.003 0.001 0.096 0.288 29 L 0.100 0.031 0.005 0.204 0.032 0.061 0.101 0.002 0.003 0.098 0.364 30 E 0.035 0.021 0.007 0.119 0.026 0.061 0.146 0.004 0.004 0.069 0.508 31 D 0.108 0.033 0.004 0.034 0.011 0.023 0.121 0.006 0.004 0.073 0.584 32 D 0.272 0.064 0.006 0.019 0.012 0.021 0.104 0.012 0.004 0.145 0.342 33 Q 0.096 0.014 0.005 0.014 0.013 0.032 0.130 0.004 0.003 0.071 0.618 34 G 0.034 0.006 0.003 0.014 0.065 0.155 0.129 0.004 0.001 0.062 0.529 35 S 0.018 0.002 0.001 0.020 0.138 0.245 0.124 0.002 0.001 0.065 0.386 36 H 0.003 0.001 0.001 0.043 0.126 0.401 0.089 0.001 0.001 0.060 0.275 37 F 0.001 0.001 0.001 0.040 0.207 0.543 0.036 0.001 0.001 0.061 0.111 38 R 0.001 0.001 0.001 0.046 0.265 0.546 0.016 0.001 0.001 0.046 0.079 39 L 0.001 0.001 0.001 0.066 0.310 0.543 0.007 0.001 0.001 0.033 0.041 40 V 0.001 0.001 0.001 0.080 0.369 0.444 0.008 0.001 0.001 0.046 0.052 41 V 0.001 0.001 0.001 0.088 0.409 0.396 0.013 0.001 0.001 0.038 0.055 42 R 0.015 0.001 0.002 0.074 0.235 0.349 0.047 0.001 0.003 0.060 0.212 43 D 0.312 0.011 0.003 0.037 0.054 0.070 0.072 0.011 0.005 0.079 0.347 44 T 0.207 0.014 0.003 0.015 0.012 0.024 0.092 0.006 0.003 0.061 0.563 45 E 0.030 0.021 0.002 0.023 0.024 0.058 0.117 0.003 0.001 0.030 0.690 46 G 0.033 0.040 0.002 0.022 0.139 0.193 0.104 0.005 0.001 0.049 0.414 47 R 0.018 0.032 0.002 0.040 0.228 0.197 0.075 0.003 0.001 0.090 0.316 48 M 0.009 0.045 0.002 0.047 0.202 0.322 0.058 0.003 0.001 0.072 0.240 49 V 0.022 0.043 0.003 0.044 0.265 0.358 0.039 0.003 0.001 0.049 0.173 50 W 0.020 0.034 0.005 0.067 0.229 0.332 0.048 0.002 0.002 0.057 0.203 51 R 0.040 0.043 0.005 0.061 0.210 0.300 0.060 0.008 0.003 0.079 0.192 52 A 0.116 0.048 0.004 0.061 0.100 0.175 0.083 0.015 0.003 0.078 0.316 53 W 0.093 0.009 0.001 0.052 0.087 0.146 0.112 0.005 0.001 0.062 0.432 54 N 0.009 0.008 0.001 0.069 0.065 0.166 0.120 0.001 0.001 0.035 0.527 55 F 0.011 0.012 0.004 0.070 0.039 0.055 0.115 0.001 0.002 0.037 0.654 56 E 0.174 0.027 0.005 0.025 0.064 0.043 0.137 0.012 0.004 0.123 0.385 57 P 0.083 0.031 0.002 0.013 0.005 0.008 0.103 0.006 0.001 0.058 0.690 58 D 0.313 0.072 0.003 0.009 0.004 0.009 0.089 0.008 0.002 0.056 0.434 59 A 0.083 0.108 0.003 0.015 0.005 0.012 0.101 0.008 0.001 0.070 0.595 60 G 0.094 0.100 0.003 0.011 0.015 0.025 0.121 0.003 0.001 0.093 0.533 61 E 0.027 0.194 0.002 0.034 0.086 0.096 0.100 0.008 0.001 0.063 0.389 62 G 0.061 0.418 0.003 0.018 0.033 0.053 0.079 0.007 0.001 0.033 0.293 63 L 0.036 0.599 0.003 0.022 0.060 0.073 0.039 0.013 0.001 0.012 0.143 64 N 0.040 0.318 0.002 0.033 0.045 0.118 0.055 0.010 0.001 0.081 0.299 65 R 0.023 0.074 0.009 0.048 0.094 0.121 0.044 0.004 0.002 0.425 0.155 66 Y 0.031 0.049 0.027 0.098 0.083 0.152 0.086 0.005 0.010 0.239 0.220 67 I 0.092 0.018 0.047 0.077 0.090 0.113 0.077 0.007 0.022 0.128 0.330 68 R 0.178 0.013 0.003 0.057 0.057 0.071 0.077 0.008 0.002 0.075 0.459 69 T 0.095 0.011 0.001 0.022 0.013 0.029 0.114 0.005 0.001 0.053 0.658 70 S 0.017 0.003 0.001 0.030 0.014 0.042 0.158 0.007 0.001 0.045 0.683 71 G 0.020 0.008 0.001 0.076 0.023 0.053 0.172 0.003 0.001 0.065 0.578 72 I 0.038 0.008 0.002 0.105 0.047 0.056 0.122 0.002 0.001 0.064 0.556 73 R 0.055 0.043 0.002 0.128 0.042 0.073 0.140 0.005 0.001 0.075 0.436 74 T 0.106 0.035 0.003 0.063 0.018 0.029 0.118 0.004 0.002 0.152 0.470 75 D 0.045 0.165 0.005 0.060 0.017 0.034 0.138 0.016 0.002 0.126 0.391 76 T 0.176 0.284 0.005 0.020 0.009 0.018 0.076 0.011 0.002 0.047 0.352 77 A 0.118 0.212 0.010 0.029 0.033 0.048 0.082 0.015 0.004 0.060 0.391 78 T 0.099 0.211 0.002 0.013 0.034 0.058 0.093 0.009 0.001 0.046 0.434 79 R 0.096 0.241 0.017 0.018 0.028 0.053 0.079 0.016 0.008 0.061 0.383 80 L 0.195 0.156 0.011 0.013 0.036 0.046 0.093 0.014 0.006 0.041 0.390 81 E 0.119 0.097 0.006 0.011 0.032 0.064 0.091 0.007 0.003 0.042 0.529 82 H 0.065 0.049 0.008 0.016 0.018 0.036 0.094 0.006 0.003 0.041 0.666 83 H 0.141 0.027 0.007 0.017 0.024 0.043 0.087 0.011 0.003 0.070 0.571 84 H 0.089 0.009 0.002 0.011 0.015 0.025 0.079 0.003 0.001 0.044 0.721 85 H 0.034 0.005 0.001 0.011 0.016 0.024 0.083 0.002 0.001 0.029 0.795 86 H 0.023 0.007 0.001 0.012 0.017 0.020 0.112 0.002 0.001 0.028 0.778 87 H 0.037 0.008 0.001 0.012 0.026 0.028 0.144 0.008 0.001 0.039 0.697