# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.062 0.046 0.085 0.072 0.082 0.118 0.111 0.130 0.112 0.094 2 T 0.096 0.126 0.083 0.151 0.119 0.106 0.109 0.074 0.064 0.043 0.030 3 Q 0.089 0.081 0.084 0.145 0.139 0.131 0.132 0.084 0.064 0.034 0.018 4 S 0.120 0.088 0.074 0.129 0.120 0.110 0.130 0.088 0.068 0.045 0.028 5 V 0.056 0.063 0.062 0.118 0.128 0.123 0.149 0.104 0.096 0.064 0.036 6 L 0.038 0.052 0.029 0.094 0.121 0.119 0.174 0.127 0.116 0.077 0.054 7 L 0.020 0.020 0.019 0.039 0.050 0.069 0.145 0.162 0.187 0.163 0.125 8 P 0.170 0.119 0.059 0.140 0.142 0.107 0.127 0.063 0.041 0.020 0.011 9 P 0.535 0.173 0.058 0.123 0.052 0.027 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 10 G 0.161 0.112 0.025 0.085 0.084 0.099 0.143 0.099 0.086 0.067 0.038 11 P 0.352 0.188 0.092 0.151 0.081 0.055 0.042 0.018 0.012 0.006 0.003 12 F 0.023 0.019 0.010 0.023 0.039 0.068 0.150 0.150 0.196 0.187 0.136 13 T 0.039 0.288 0.173 0.240 0.108 0.061 0.049 0.021 0.012 0.006 0.003 14 R 0.299 0.101 0.062 0.195 0.175 0.091 0.049 0.016 0.008 0.003 0.001 15 R 0.472 0.139 0.194 0.108 0.045 0.023 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.005 0.015 0.069 0.128 0.116 0.177 0.263 0.117 0.068 0.031 0.010 17 A 0.028 0.018 0.140 0.063 0.068 0.096 0.218 0.152 0.114 0.071 0.032 18 Q 0.019 0.037 0.549 0.227 0.096 0.045 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 19 A 0.006 0.027 0.339 0.116 0.121 0.114 0.120 0.059 0.050 0.034 0.015 20 V 0.006 0.008 0.051 0.033 0.030 0.041 0.123 0.130 0.183 0.204 0.191 21 T 0.025 0.049 0.209 0.159 0.157 0.147 0.148 0.056 0.029 0.014 0.007 22 T 0.031 0.055 0.324 0.125 0.097 0.076 0.093 0.066 0.058 0.046 0.029 23 T 0.073 0.121 0.170 0.189 0.156 0.107 0.105 0.037 0.024 0.012 0.007 24 Y 0.013 0.012 0.027 0.022 0.022 0.029 0.089 0.106 0.200 0.221 0.258 25 S 0.102 0.106 0.152 0.222 0.169 0.112 0.084 0.028 0.015 0.007 0.004 26 N 0.050 0.107 0.097 0.214 0.160 0.134 0.128 0.056 0.033 0.016 0.007 27 I 0.008 0.006 0.008 0.012 0.014 0.024 0.073 0.119 0.222 0.249 0.265 28 T 0.054 0.135 0.097 0.233 0.183 0.126 0.097 0.034 0.021 0.011 0.008 29 L 0.017 0.021 0.016 0.035 0.040 0.045 0.107 0.145 0.209 0.207 0.158 30 E 0.145 0.155 0.068 0.188 0.159 0.109 0.088 0.040 0.026 0.013 0.010 31 D 0.128 0.107 0.048 0.138 0.117 0.094 0.128 0.086 0.071 0.047 0.034 32 D 0.090 0.113 0.043 0.155 0.162 0.144 0.131 0.070 0.045 0.029 0.017 33 Q 0.250 0.278 0.082 0.184 0.090 0.050 0.034 0.013 0.009 0.006 0.003 34 G 0.266 0.082 0.030 0.094 0.087 0.091 0.119 0.075 0.069 0.053 0.034 35 S 0.179 0.133 0.052 0.154 0.112 0.102 0.125 0.059 0.045 0.024 0.015 36 H 0.013 0.027 0.032 0.111 0.111 0.136 0.223 0.139 0.107 0.065 0.036 37 F 0.006 0.006 0.011 0.026 0.031 0.051 0.133 0.166 0.206 0.204 0.160 38 R 0.005 0.016 0.032 0.164 0.187 0.186 0.167 0.109 0.071 0.043 0.019 39 L 0.003 0.010 0.020 0.048 0.065 0.100 0.184 0.186 0.191 0.136 0.055 40 V 0.002 0.005 0.014 0.031 0.042 0.057 0.155 0.188 0.225 0.174 0.107 41 V 0.002 0.006 0.013 0.030 0.038 0.046 0.153 0.187 0.224 0.193 0.108 42 R 0.004 0.020 0.033 0.119 0.159 0.150 0.202 0.143 0.099 0.048 0.022 43 D 0.092 0.149 0.120 0.228 0.163 0.110 0.083 0.032 0.016 0.005 0.002 44 T 0.352 0.170 0.077 0.172 0.091 0.060 0.047 0.018 0.008 0.004 0.001 45 E 0.337 0.212 0.056 0.125 0.082 0.058 0.060 0.029 0.021 0.012 0.006 46 G 0.118 0.101 0.041 0.102 0.090 0.112 0.158 0.111 0.085 0.052 0.030 47 R 0.030 0.077 0.041 0.186 0.203 0.187 0.149 0.064 0.037 0.018 0.008 48 M 0.034 0.034 0.050 0.088 0.087 0.108 0.184 0.144 0.135 0.089 0.048 49 V 0.016 0.020 0.031 0.146 0.178 0.155 0.166 0.111 0.085 0.056 0.036 50 W 0.007 0.008 0.030 0.024 0.022 0.030 0.094 0.148 0.233 0.234 0.170 51 R 0.002 0.005 0.025 0.077 0.109 0.141 0.214 0.175 0.134 0.078 0.040 52 A 0.006 0.013 0.088 0.043 0.040 0.063 0.156 0.154 0.177 0.154 0.106 53 W 0.007 0.010 0.024 0.052 0.071 0.107 0.218 0.181 0.167 0.108 0.055 54 N 0.006 0.009 0.012 0.018 0.019 0.032 0.100 0.150 0.226 0.241 0.187 55 F 0.014 0.030 0.034 0.059 0.065 0.076 0.132 0.144 0.170 0.157 0.120 56 E 0.050 0.058 0.050 0.104 0.103 0.117 0.179 0.132 0.105 0.062 0.041 57 P 0.106 0.077 0.047 0.121 0.131 0.131 0.145 0.093 0.072 0.049 0.028 58 D 0.212 0.212 0.082 0.165 0.122 0.078 0.061 0.029 0.020 0.012 0.007 59 A 0.028 0.034 0.015 0.041 0.041 0.054 0.108 0.117 0.171 0.196 0.195 60 G 0.193 0.188 0.069 0.140 0.138 0.112 0.091 0.033 0.021 0.009 0.006 61 E 0.419 0.192 0.104 0.161 0.062 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 62 G 0.053 0.049 0.039 0.117 0.138 0.170 0.206 0.090 0.065 0.043 0.030 63 L 0.003 0.005 0.007 0.016 0.017 0.027 0.091 0.132 0.222 0.246 0.234 64 N 0.004 0.013 0.043 0.119 0.181 0.234 0.202 0.095 0.058 0.033 0.019 65 R 0.022 0.058 0.355 0.198 0.123 0.098 0.073 0.032 0.022 0.012 0.007 66 Y 0.002 0.005 0.010 0.035 0.068 0.122 0.298 0.204 0.131 0.083 0.041 67 I 0.002 0.002 0.007 0.008 0.008 0.010 0.043 0.081 0.188 0.297 0.353 68 R 0.005 0.019 0.076 0.172 0.259 0.206 0.155 0.060 0.031 0.012 0.006 69 T 0.077 0.119 0.307 0.227 0.113 0.079 0.049 0.017 0.008 0.003 0.001 70 S 0.094 0.082 0.043 0.113 0.130 0.147 0.203 0.102 0.050 0.027 0.009 71 G 0.286 0.147 0.045 0.107 0.084 0.081 0.097 0.054 0.045 0.031 0.024 72 I 0.015 0.020 0.012 0.028 0.034 0.040 0.091 0.124 0.198 0.224 0.213 73 R 0.055 0.125 0.070 0.176 0.141 0.125 0.135 0.070 0.051 0.031 0.021 74 T 0.109 0.077 0.047 0.103 0.095 0.095 0.142 0.115 0.101 0.068 0.048 75 D 0.214 0.158 0.066 0.159 0.137 0.105 0.075 0.037 0.024 0.015 0.009 76 T 0.101 0.160 0.074 0.164 0.125 0.096 0.101 0.061 0.055 0.040 0.023 77 A 0.160 0.080 0.068 0.118 0.105 0.103 0.129 0.078 0.075 0.052 0.032 78 T 0.242 0.150 0.166 0.176 0.095 0.063 0.060 0.023 0.014 0.007 0.004 79 R 0.073 0.105 0.121 0.185 0.135 0.122 0.124 0.063 0.041 0.023 0.010 80 L 0.063 0.045 0.077 0.081 0.079 0.097 0.139 0.118 0.129 0.105 0.068 81 E 0.142 0.143 0.224 0.186 0.121 0.073 0.061 0.026 0.016 0.007 0.003 82 H 0.104 0.115 0.189 0.177 0.124 0.096 0.094 0.048 0.031 0.017 0.006 83 H 0.129 0.125 0.095 0.142 0.115 0.098 0.115 0.072 0.053 0.037 0.018 84 H 0.178 0.132 0.114 0.144 0.113 0.090 0.100 0.057 0.041 0.023 0.010 85 H 0.219 0.133 0.121 0.138 0.104 0.078 0.086 0.051 0.037 0.022 0.010 86 H 0.219 0.164 0.088 0.139 0.106 0.081 0.085 0.051 0.038 0.022 0.009 87 H 0.323 0.164 0.061 0.114 0.088 0.065 0.068 0.047 0.037 0.023 0.011