# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.147 0.144 0.073 0.035 0.258 0.022 0.030 0.061 0.052 0.108 0.070 2 T 0.134 0.233 0.091 0.023 0.287 0.019 0.022 0.054 0.042 0.051 0.044 3 Q 0.178 0.154 0.057 0.023 0.305 0.012 0.014 0.065 0.058 0.067 0.066 4 S 0.162 0.125 0.041 0.015 0.316 0.011 0.027 0.108 0.081 0.069 0.045 5 V 0.115 0.182 0.063 0.016 0.276 0.013 0.035 0.098 0.063 0.095 0.043 6 L 0.089 0.291 0.123 0.022 0.266 0.007 0.019 0.051 0.028 0.062 0.040 7 L 0.061 0.364 0.295 0.029 0.133 0.008 0.010 0.024 0.020 0.030 0.026 8 P 0.033 0.276 0.154 0.028 0.103 0.041 0.117 0.165 0.053 0.015 0.014 9 P 0.078 0.118 0.058 0.036 0.091 0.038 0.055 0.069 0.092 0.296 0.069 10 G 0.012 0.178 0.394 0.239 0.043 0.048 0.014 0.024 0.016 0.020 0.011 11 P 0.112 0.171 0.051 0.006 0.155 0.016 0.028 0.162 0.094 0.122 0.082 12 F 0.137 0.202 0.052 0.005 0.240 0.004 0.008 0.082 0.059 0.147 0.063 13 T 0.044 0.447 0.133 0.009 0.092 0.006 0.010 0.178 0.043 0.024 0.014 14 R 0.004 0.004 0.005 0.009 0.005 0.009 0.005 0.773 0.166 0.016 0.004 15 R 0.003 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.006 0.897 0.070 0.005 0.003 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.895 0.082 0.013 0.001 17 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.083 0.002 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.912 0.075 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.928 0.050 0.004 0.001 20 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.909 0.059 0.004 0.001 21 T 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.023 0.805 0.132 0.010 0.003 22 T 0.009 0.031 0.018 0.015 0.027 0.027 0.064 0.689 0.097 0.022 0.002 23 T 0.050 0.053 0.021 0.004 0.115 0.011 0.113 0.466 0.084 0.065 0.019 24 Y 0.298 0.061 0.011 0.006 0.214 0.016 0.037 0.158 0.067 0.046 0.087 25 S 0.017 0.132 0.035 0.062 0.090 0.194 0.229 0.170 0.041 0.027 0.005 26 N 0.379 0.033 0.005 0.008 0.252 0.010 0.015 0.054 0.034 0.096 0.115 27 I 0.178 0.145 0.016 0.031 0.445 0.026 0.027 0.036 0.022 0.033 0.041 28 T 0.223 0.138 0.024 0.003 0.497 0.002 0.005 0.017 0.007 0.022 0.062 29 L 0.216 0.155 0.041 0.018 0.324 0.020 0.023 0.048 0.031 0.048 0.076 30 E 0.103 0.132 0.097 0.088 0.167 0.072 0.076 0.091 0.062 0.061 0.051 31 D 0.103 0.105 0.049 0.031 0.126 0.053 0.086 0.086 0.094 0.195 0.072 32 D 0.166 0.163 0.108 0.030 0.298 0.013 0.018 0.037 0.033 0.073 0.060 33 Q 0.043 0.204 0.126 0.069 0.092 0.060 0.071 0.107 0.116 0.087 0.024 34 G 0.054 0.096 0.106 0.074 0.096 0.038 0.047 0.161 0.155 0.138 0.037 35 S 0.116 0.150 0.045 0.008 0.217 0.011 0.034 0.167 0.117 0.093 0.042 36 H 0.204 0.089 0.027 0.010 0.367 0.015 0.034 0.085 0.050 0.067 0.053 37 F 0.335 0.067 0.010 0.005 0.469 0.003 0.003 0.019 0.009 0.023 0.058 38 R 0.158 0.152 0.023 0.010 0.550 0.026 0.025 0.026 0.007 0.009 0.014 39 L 0.329 0.060 0.004 0.001 0.578 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.018 40 V 0.306 0.080 0.008 0.001 0.562 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.029 41 V 0.210 0.217 0.040 0.002 0.462 0.004 0.006 0.010 0.001 0.007 0.042 42 R 0.063 0.358 0.031 0.017 0.432 0.018 0.007 0.017 0.003 0.016 0.038 43 D 0.023 0.135 0.658 0.104 0.018 0.022 0.009 0.016 0.008 0.003 0.005 44 T 0.001 0.003 0.028 0.017 0.001 0.028 0.055 0.512 0.337 0.014 0.002 45 E 0.001 0.747 0.203 0.015 0.019 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 46 G 0.012 0.012 0.008 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.005 0.446 0.498 47 R 0.046 0.514 0.043 0.005 0.264 0.022 0.039 0.030 0.009 0.019 0.009 48 M 0.377 0.079 0.006 0.001 0.495 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.026 49 V 0.238 0.154 0.028 0.036 0.462 0.032 0.018 0.012 0.003 0.002 0.014 50 W 0.348 0.092 0.012 0.003 0.501 0.005 0.004 0.005 0.002 0.002 0.027 51 R 0.255 0.092 0.040 0.008 0.398 0.006 0.011 0.012 0.010 0.019 0.149 52 A 0.210 0.180 0.063 0.021 0.361 0.032 0.026 0.028 0.022 0.024 0.031 53 W 0.202 0.091 0.028 0.037 0.284 0.052 0.060 0.047 0.050 0.076 0.073 54 N 0.196 0.082 0.049 0.053 0.243 0.013 0.021 0.042 0.056 0.118 0.128 55 F 0.070 0.151 0.113 0.089 0.157 0.027 0.043 0.124 0.096 0.102 0.029 56 E 0.070 0.300 0.324 0.044 0.172 0.013 0.017 0.023 0.010 0.014 0.014 57 P 0.025 0.097 0.025 0.026 0.057 0.069 0.234 0.315 0.105 0.034 0.015 58 D 0.045 0.015 0.021 0.035 0.033 0.040 0.047 0.056 0.051 0.564 0.093 59 A 0.054 0.270 0.090 0.039 0.099 0.031 0.036 0.205 0.101 0.053 0.022 60 G 0.030 0.013 0.031 0.049 0.019 0.042 0.021 0.261 0.124 0.334 0.077 61 E 0.024 0.079 0.048 0.026 0.043 0.012 0.031 0.561 0.134 0.029 0.012 62 G 0.033 0.028 0.014 0.007 0.045 0.007 0.014 0.751 0.073 0.021 0.008 63 L 0.009 0.028 0.013 0.006 0.018 0.007 0.017 0.711 0.142 0.045 0.004 64 N 0.039 0.013 0.006 0.005 0.036 0.005 0.016 0.675 0.116 0.075 0.015 65 R 0.026 0.040 0.012 0.007 0.047 0.005 0.015 0.741 0.078 0.020 0.009 66 Y 0.020 0.029 0.008 0.002 0.080 0.004 0.015 0.773 0.053 0.012 0.005 67 I 0.039 0.019 0.004 0.003 0.055 0.006 0.024 0.720 0.089 0.029 0.012 68 R 0.031 0.031 0.026 0.015 0.029 0.027 0.089 0.548 0.147 0.042 0.013 69 T 0.014 0.059 0.032 0.026 0.028 0.052 0.182 0.495 0.086 0.021 0.006 70 S 0.017 0.409 0.286 0.041 0.075 0.005 0.005 0.018 0.020 0.096 0.029 71 G 0.068 0.095 0.096 0.161 0.070 0.057 0.027 0.045 0.043 0.203 0.136 72 I 0.160 0.247 0.035 0.006 0.342 0.008 0.014 0.063 0.039 0.045 0.041 73 R 0.183 0.201 0.061 0.021 0.315 0.019 0.030 0.052 0.025 0.037 0.057 74 T 0.114 0.243 0.105 0.035 0.217 0.032 0.021 0.079 0.043 0.060 0.052 75 D 0.158 0.088 0.046 0.020 0.239 0.019 0.037 0.216 0.070 0.047 0.060 76 T 0.031 0.086 0.055 0.015 0.044 0.009 0.018 0.429 0.176 0.118 0.020 77 A 0.049 0.037 0.013 0.006 0.063 0.007 0.016 0.614 0.134 0.042 0.018 78 T 0.025 0.081 0.021 0.008 0.059 0.007 0.021 0.661 0.095 0.016 0.007 79 R 0.044 0.017 0.007 0.004 0.062 0.005 0.017 0.701 0.104 0.024 0.015 80 L 0.031 0.018 0.006 0.006 0.047 0.007 0.014 0.718 0.131 0.016 0.008 81 E 0.028 0.022 0.008 0.005 0.044 0.009 0.040 0.682 0.132 0.021 0.010 82 H 0.038 0.032 0.015 0.012 0.053 0.020 0.061 0.585 0.120 0.048 0.016 83 H 0.042 0.048 0.028 0.025 0.066 0.026 0.077 0.458 0.146 0.065 0.021 84 H 0.054 0.062 0.030 0.026 0.080 0.038 0.092 0.350 0.143 0.096 0.028 85 H 0.064 0.089 0.053 0.041 0.114 0.043 0.091 0.249 0.105 0.117 0.036 86 H 0.081 0.103 0.052 0.042 0.127 0.043 0.064 0.186 0.108 0.139 0.054 87 H 0.112 0.117 0.062 0.031 0.167 0.019 0.031 0.139 0.095 0.158 0.069