# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.672 0.200 0.085 0.033 0.008 0.001 0.001 2 T 0.595 0.215 0.100 0.061 0.024 0.005 0.001 3 Q 0.620 0.206 0.084 0.053 0.027 0.009 0.001 4 S 0.606 0.195 0.097 0.061 0.029 0.010 0.002 5 V 0.534 0.219 0.121 0.077 0.033 0.012 0.003 6 L 0.471 0.184 0.116 0.108 0.073 0.038 0.010 7 L 0.487 0.204 0.146 0.097 0.050 0.014 0.002 8 P 0.493 0.265 0.128 0.077 0.029 0.007 0.001 9 P 0.549 0.263 0.119 0.052 0.014 0.003 0.001 10 G 0.447 0.256 0.141 0.104 0.041 0.011 0.001 11 P 0.425 0.294 0.155 0.087 0.031 0.007 0.001 12 F 0.332 0.183 0.148 0.181 0.119 0.035 0.003 13 T 0.352 0.317 0.196 0.101 0.029 0.004 0.001 14 R 0.454 0.321 0.148 0.061 0.014 0.002 0.001 15 R 0.456 0.320 0.143 0.060 0.017 0.004 0.001 16 Q 0.150 0.168 0.178 0.244 0.191 0.064 0.004 17 A 0.173 0.247 0.244 0.201 0.103 0.029 0.002 18 Q 0.325 0.373 0.189 0.084 0.023 0.006 0.001 19 A 0.120 0.152 0.184 0.242 0.201 0.090 0.011 20 V 0.089 0.100 0.122 0.202 0.267 0.190 0.028 21 T 0.080 0.149 0.201 0.261 0.197 0.091 0.019 22 T 0.157 0.182 0.171 0.186 0.172 0.111 0.021 23 T 0.085 0.111 0.116 0.179 0.237 0.218 0.054 24 Y 0.108 0.112 0.132 0.210 0.224 0.165 0.049 25 S 0.144 0.248 0.213 0.192 0.125 0.062 0.016 26 N 0.171 0.216 0.186 0.203 0.130 0.076 0.018 27 I 0.134 0.119 0.117 0.196 0.204 0.183 0.048 28 T 0.190 0.181 0.157 0.184 0.178 0.093 0.017 29 L 0.195 0.139 0.137 0.168 0.159 0.157 0.044 30 E 0.203 0.227 0.173 0.179 0.132 0.075 0.010 31 D 0.155 0.220 0.245 0.220 0.116 0.040 0.004 32 D 0.195 0.238 0.208 0.203 0.117 0.035 0.004 33 Q 0.279 0.306 0.226 0.133 0.045 0.010 0.001 34 G 0.270 0.308 0.204 0.137 0.062 0.018 0.002 35 S 0.051 0.171 0.229 0.271 0.211 0.061 0.006 36 H 0.027 0.113 0.193 0.302 0.247 0.104 0.014 37 F 0.003 0.010 0.019 0.059 0.191 0.480 0.238 38 R 0.009 0.045 0.133 0.275 0.250 0.196 0.091 39 L 0.011 0.021 0.040 0.109 0.232 0.423 0.165 40 V 0.010 0.024 0.058 0.177 0.323 0.350 0.058 41 V 0.030 0.038 0.047 0.113 0.238 0.428 0.106 42 R 0.069 0.193 0.227 0.270 0.183 0.053 0.005 43 D 0.146 0.358 0.302 0.151 0.036 0.006 0.001 44 T 0.252 0.249 0.184 0.192 0.098 0.024 0.002 45 E 0.239 0.324 0.214 0.136 0.060 0.024 0.004 46 G 0.241 0.224 0.215 0.181 0.099 0.035 0.004 47 R 0.160 0.232 0.206 0.180 0.150 0.062 0.010 48 M 0.107 0.138 0.155 0.209 0.231 0.138 0.022 49 V 0.047 0.107 0.162 0.253 0.221 0.155 0.055 50 W 0.013 0.021 0.042 0.115 0.226 0.376 0.207 51 R 0.027 0.058 0.077 0.142 0.232 0.279 0.183 52 A 0.043 0.046 0.060 0.109 0.182 0.317 0.245 53 W 0.037 0.054 0.076 0.141 0.187 0.302 0.202 54 N 0.072 0.084 0.089 0.136 0.173 0.248 0.198 55 F 0.086 0.070 0.075 0.147 0.213 0.265 0.145 56 E 0.094 0.164 0.184 0.209 0.189 0.120 0.040 57 P 0.151 0.226 0.211 0.196 0.128 0.065 0.023 58 D 0.153 0.229 0.193 0.196 0.140 0.070 0.019 59 A 0.078 0.078 0.115 0.198 0.242 0.227 0.063 60 G 0.098 0.144 0.128 0.183 0.192 0.184 0.070 61 E 0.072 0.196 0.269 0.243 0.147 0.059 0.013 62 G 0.039 0.073 0.127 0.231 0.286 0.196 0.048 63 L 0.016 0.021 0.020 0.049 0.144 0.432 0.318 64 N 0.016 0.041 0.092 0.216 0.299 0.274 0.061 65 R 0.031 0.127 0.212 0.276 0.215 0.122 0.018 66 Y 0.014 0.033 0.081 0.220 0.334 0.266 0.052 67 I 0.020 0.026 0.041 0.099 0.284 0.411 0.120 68 R 0.114 0.239 0.238 0.234 0.117 0.049 0.009 69 T 0.167 0.320 0.212 0.166 0.085 0.038 0.012 70 S 0.043 0.128 0.211 0.268 0.200 0.115 0.037 71 G 0.046 0.084 0.110 0.202 0.282 0.215 0.060 72 I 0.047 0.058 0.096 0.158 0.242 0.266 0.132 73 R 0.137 0.126 0.099 0.149 0.184 0.211 0.094 74 T 0.148 0.168 0.174 0.174 0.150 0.130 0.056 75 D 0.275 0.202 0.153 0.134 0.106 0.089 0.040 76 T 0.335 0.238 0.156 0.136 0.081 0.041 0.014 77 A 0.405 0.207 0.132 0.129 0.083 0.035 0.009 78 T 0.539 0.263 0.115 0.055 0.021 0.006 0.001 79 R 0.449 0.279 0.146 0.087 0.030 0.007 0.001 80 L 0.281 0.190 0.173 0.177 0.121 0.049 0.008 81 E 0.402 0.268 0.141 0.094 0.065 0.026 0.004 82 H 0.415 0.254 0.178 0.095 0.040 0.015 0.003 83 H 0.421 0.276 0.158 0.087 0.040 0.015 0.002 84 H 0.432 0.289 0.152 0.087 0.032 0.007 0.001 85 H 0.496 0.257 0.142 0.078 0.021 0.004 0.001 86 H 0.633 0.228 0.086 0.041 0.011 0.002 0.001 87 H 0.655 0.217 0.077 0.040 0.010 0.001 0.001