# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.025 0.087 0.105 0.126 0.004 0.056 0.031 0.003 0.001 0.005 0.004 0.009 0.005 0.058 0.027 0.089 0.054 0.129 0.162 0.003 2 T 0.022 0.028 0.088 0.071 0.192 0.005 0.036 0.036 0.004 0.001 0.007 0.006 0.012 0.012 0.064 0.035 0.076 0.041 0.116 0.142 0.006 3 Q 0.024 0.034 0.080 0.094 0.179 0.005 0.042 0.038 0.006 0.001 0.008 0.007 0.012 0.012 0.068 0.044 0.159 0.033 0.085 0.063 0.007 4 S 0.033 0.052 0.068 0.063 0.221 0.013 0.126 0.052 0.005 0.002 0.007 0.008 0.021 0.018 0.077 0.043 0.071 0.030 0.034 0.051 0.005 5 V 0.040 0.053 0.170 0.208 0.073 0.016 0.051 0.021 0.003 0.001 0.009 0.009 0.018 0.018 0.093 0.023 0.051 0.026 0.040 0.070 0.008 6 L 0.038 0.037 0.026 0.045 0.412 0.002 0.034 0.004 0.002 0.001 0.009 0.009 0.029 0.022 0.033 0.084 0.054 0.041 0.069 0.045 0.006 7 L 0.022 0.019 0.176 0.149 0.034 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.012 0.012 0.139 0.014 0.033 0.026 0.094 0.233 0.003 8 P 0.002 0.003 0.016 0.022 0.128 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.050 0.062 0.033 0.151 0.505 0.001 9 P 0.002 0.002 0.025 0.027 0.040 0.004 0.055 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.054 0.022 0.266 0.099 0.126 0.265 0.001 10 G 0.001 0.002 0.038 0.029 0.024 0.009 0.069 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.142 0.051 0.165 0.400 0.001 11 P 0.002 0.003 0.017 0.014 0.061 0.007 0.067 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.366 0.103 0.110 0.138 0.001 12 F 0.003 0.007 0.035 0.036 0.036 0.014 0.121 0.213 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.021 0.221 0.060 0.062 0.124 0.001 13 T 0.004 0.007 0.016 0.022 0.074 0.005 0.073 0.386 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.023 0.123 0.049 0.077 0.115 0.001 14 R 0.004 0.004 0.022 0.019 0.028 0.003 0.039 0.457 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.007 0.311 0.026 0.031 0.024 0.001 15 R 0.003 0.005 0.007 0.013 0.021 0.009 0.124 0.683 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.083 0.010 0.010 0.013 0.001 16 Q 0.005 0.006 0.009 0.015 0.025 0.004 0.075 0.687 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.111 0.015 0.015 0.009 0.001 17 A 0.006 0.006 0.010 0.013 0.018 0.004 0.031 0.761 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.092 0.012 0.015 0.010 0.001 18 Q 0.005 0.010 0.008 0.014 0.016 0.008 0.051 0.756 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.084 0.009 0.005 0.009 0.001 19 A 0.010 0.020 0.010 0.022 0.036 0.008 0.052 0.717 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 0.008 0.055 0.011 0.008 0.009 0.001 20 V 0.036 0.031 0.039 0.048 0.028 0.008 0.033 0.597 0.012 0.002 0.002 0.004 0.007 0.011 0.026 0.005 0.067 0.014 0.016 0.009 0.002 21 T 0.055 0.048 0.031 0.077 0.056 0.015 0.058 0.381 0.032 0.009 0.003 0.007 0.012 0.025 0.029 0.011 0.103 0.013 0.018 0.014 0.003 22 T 0.035 0.054 0.029 0.070 0.066 0.022 0.108 0.192 0.032 0.016 0.003 0.006 0.015 0.048 0.111 0.020 0.098 0.022 0.018 0.031 0.004 23 T 0.030 0.037 0.040 0.068 0.069 0.010 0.095 0.103 0.027 0.011 0.011 0.009 0.015 0.061 0.088 0.029 0.118 0.064 0.053 0.051 0.013 24 Y 0.037 0.032 0.042 0.040 0.112 0.008 0.075 0.047 0.025 0.008 0.013 0.013 0.018 0.064 0.075 0.064 0.098 0.066 0.088 0.062 0.012 25 S 0.035 0.033 0.081 0.059 0.049 0.016 0.089 0.020 0.013 0.004 0.010 0.010 0.026 0.118 0.185 0.032 0.083 0.023 0.032 0.068 0.012 26 N 0.030 0.035 0.022 0.042 0.079 0.004 0.054 0.005 0.005 0.002 0.025 0.023 0.052 0.262 0.093 0.067 0.023 0.028 0.059 0.038 0.051 27 I 0.032 0.036 0.041 0.031 0.063 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.039 0.036 0.066 0.272 0.118 0.082 0.010 0.021 0.063 0.031 0.044 28 T 0.046 0.047 0.072 0.056 0.081 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.033 0.033 0.066 0.251 0.080 0.093 0.015 0.020 0.039 0.030 0.028 29 L 0.036 0.040 0.033 0.045 0.149 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.022 0.022 0.049 0.207 0.134 0.143 0.019 0.014 0.029 0.023 0.022 30 E 0.032 0.030 0.058 0.063 0.056 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.018 0.019 0.058 0.218 0.243 0.059 0.027 0.013 0.037 0.026 0.013 31 D 0.031 0.026 0.050 0.081 0.157 0.002 0.023 0.003 0.002 0.001 0.013 0.015 0.029 0.097 0.094 0.127 0.053 0.040 0.073 0.076 0.006 32 D 0.014 0.013 0.078 0.060 0.106 0.003 0.033 0.006 0.005 0.004 0.006 0.007 0.008 0.018 0.090 0.077 0.120 0.066 0.106 0.179 0.003 33 Q 0.007 0.009 0.041 0.035 0.107 0.006 0.095 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.052 0.038 0.350 0.052 0.033 0.155 0.001 34 G 0.016 0.025 0.066 0.064 0.160 0.011 0.252 0.012 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.022 0.023 0.076 0.117 0.049 0.086 0.002 35 S 0.061 0.079 0.193 0.147 0.138 0.003 0.039 0.011 0.002 0.001 0.005 0.005 0.010 0.004 0.027 0.019 0.100 0.037 0.042 0.077 0.003 36 H 0.146 0.237 0.064 0.088 0.275 0.002 0.022 0.010 0.001 0.001 0.007 0.010 0.022 0.005 0.014 0.012 0.028 0.012 0.018 0.018 0.007 37 F 0.252 0.421 0.042 0.064 0.107 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.006 0.010 0.028 0.006 0.019 0.008 0.007 0.003 0.004 0.004 0.004 38 R 0.346 0.405 0.038 0.069 0.032 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.010 0.012 0.041 0.007 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 39 L 0.377 0.417 0.019 0.021 0.053 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.020 0.032 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 40 V 0.352 0.458 0.036 0.051 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.009 0.032 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.328 0.417 0.022 0.067 0.074 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.011 0.021 0.005 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.020 42 R 0.243 0.311 0.058 0.103 0.125 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 0.009 0.025 0.008 0.044 0.007 0.014 0.005 0.008 0.009 0.010 43 D 0.140 0.108 0.089 0.172 0.236 0.001 0.015 0.008 0.005 0.003 0.004 0.005 0.009 0.005 0.046 0.012 0.053 0.012 0.028 0.045 0.004 44 T 0.030 0.017 0.051 0.046 0.208 0.003 0.061 0.012 0.009 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.039 0.020 0.351 0.032 0.023 0.084 0.001 45 E 0.007 0.012 0.032 0.044 0.068 0.006 0.445 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.012 0.125 0.057 0.033 0.112 0.001 46 G 0.024 0.043 0.038 0.046 0.276 0.005 0.163 0.019 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.012 0.033 0.046 0.163 0.050 0.066 0.002 47 R 0.082 0.093 0.301 0.188 0.068 0.002 0.011 0.033 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.003 0.043 0.007 0.062 0.015 0.031 0.030 0.006 48 M 0.130 0.161 0.014 0.019 0.503 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 0.011 0.013 0.021 0.004 0.006 0.018 0.015 0.006 0.017 0.005 0.010 49 V 0.165 0.293 0.151 0.135 0.031 0.001 0.007 0.055 0.001 0.001 0.004 0.007 0.029 0.007 0.085 0.003 0.011 0.003 0.004 0.004 0.004 50 W 0.187 0.338 0.013 0.051 0.194 0.001 0.008 0.062 0.001 0.001 0.017 0.015 0.037 0.012 0.008 0.012 0.014 0.005 0.006 0.002 0.016 51 R 0.216 0.242 0.134 0.081 0.033 0.003 0.011 0.096 0.004 0.001 0.009 0.016 0.029 0.014 0.066 0.004 0.021 0.003 0.006 0.004 0.007 52 A 0.134 0.263 0.022 0.091 0.152 0.008 0.064 0.065 0.013 0.006 0.004 0.006 0.020 0.012 0.034 0.015 0.057 0.009 0.007 0.015 0.005 53 W 0.096 0.099 0.097 0.110 0.083 0.011 0.140 0.037 0.013 0.004 0.010 0.007 0.015 0.012 0.074 0.012 0.077 0.027 0.020 0.046 0.008 54 N 0.032 0.030 0.060 0.052 0.109 0.007 0.104 0.023 0.007 0.002 0.008 0.007 0.012 0.011 0.024 0.028 0.139 0.097 0.127 0.117 0.005 55 F 0.009 0.011 0.046 0.037 0.097 0.004 0.061 0.012 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.034 0.148 0.083 0.105 0.294 0.002 56 E 0.002 0.003 0.039 0.020 0.042 0.003 0.032 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.018 0.224 0.055 0.167 0.319 0.001 57 P 0.001 0.002 0.016 0.015 0.041 0.010 0.061 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.033 0.320 0.075 0.106 0.240 0.001 58 D 0.001 0.002 0.023 0.014 0.029 0.013 0.182 0.071 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.022 0.276 0.072 0.100 0.164 0.001 59 A 0.001 0.001 0.018 0.010 0.024 0.004 0.105 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.464 0.066 0.064 0.152 0.001 60 G 0.001 0.002 0.010 0.008 0.027 0.012 0.238 0.150 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.194 0.116 0.047 0.144 0.001 61 E 0.001 0.002 0.028 0.008 0.016 0.005 0.084 0.227 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.463 0.051 0.035 0.053 0.001 62 G 0.002 0.004 0.009 0.008 0.025 0.014 0.217 0.485 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.100 0.045 0.024 0.036 0.001 63 L 0.006 0.006 0.025 0.018 0.017 0.004 0.120 0.454 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.012 0.201 0.031 0.045 0.027 0.001 64 N 0.008 0.008 0.017 0.019 0.015 0.007 0.052 0.644 0.009 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.012 0.006 0.127 0.016 0.025 0.014 0.001 65 R 0.003 0.008 0.007 0.007 0.013 0.012 0.064 0.759 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.007 0.073 0.011 0.007 0.009 0.001 66 Y 0.004 0.010 0.008 0.012 0.019 0.005 0.039 0.776 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.079 0.010 0.006 0.007 0.001 67 I 0.007 0.010 0.011 0.013 0.024 0.007 0.037 0.724 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.010 0.078 0.016 0.013 0.011 0.001 68 R 0.009 0.008 0.031 0.025 0.017 0.023 0.069 0.535 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.006 0.179 0.009 0.009 0.016 0.001 69 T 0.007 0.007 0.009 0.043 0.026 0.015 0.224 0.106 0.118 0.073 0.001 0.003 0.005 0.010 0.017 0.015 0.217 0.028 0.027 0.049 0.001 70 S 0.001 0.002 0.007 0.007 0.041 0.004 0.390 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.208 0.045 0.040 0.150 0.001 71 G 0.002 0.002 0.031 0.014 0.026 0.006 0.151 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.069 0.471 0.066 0.058 0.001 72 I 0.005 0.005 0.053 0.022 0.110 0.006 0.034 0.085 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.027 0.073 0.161 0.072 0.194 0.136 0.002 73 R 0.004 0.007 0.062 0.053 0.065 0.010 0.053 0.117 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.123 0.018 0.122 0.041 0.141 0.163 0.002 74 T 0.003 0.003 0.017 0.030 0.118 0.005 0.057 0.071 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.042 0.034 0.394 0.032 0.071 0.107 0.001 75 D 0.003 0.004 0.033 0.035 0.057 0.012 0.257 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.054 0.020 0.135 0.067 0.064 0.102 0.001 76 T 0.004 0.005 0.034 0.036 0.069 0.007 0.160 0.145 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.031 0.034 0.187 0.114 0.081 0.075 0.001 77 A 0.007 0.007 0.058 0.048 0.076 0.006 0.070 0.210 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.038 0.019 0.171 0.043 0.129 0.099 0.001 78 T 0.003 0.009 0.030 0.044 0.066 0.021 0.116 0.325 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.018 0.130 0.047 0.041 0.100 0.001 79 R 0.006 0.010 0.026 0.055 0.096 0.011 0.109 0.325 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 0.023 0.117 0.054 0.067 0.054 0.001 80 L 0.011 0.010 0.054 0.056 0.072 0.007 0.072 0.300 0.008 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.048 0.018 0.130 0.037 0.089 0.068 0.002 81 E 0.009 0.009 0.040 0.049 0.072 0.014 0.117 0.287 0.009 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.033 0.017 0.181 0.032 0.051 0.065 0.001 82 H 0.008 0.009 0.029 0.053 0.104 0.015 0.162 0.176 0.012 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.034 0.026 0.133 0.063 0.077 0.081 0.001 83 H 0.007 0.007 0.049 0.049 0.072 0.009 0.118 0.140 0.010 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.042 0.018 0.174 0.073 0.109 0.111 0.001 84 H 0.006 0.007 0.043 0.052 0.090 0.013 0.130 0.112 0.009 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.032 0.026 0.168 0.074 0.100 0.121 0.001 85 H 0.005 0.006 0.044 0.052 0.094 0.014 0.146 0.076 0.010 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.030 0.148 0.079 0.100 0.139 0.001 86 H 0.005 0.006 0.046 0.051 0.102 0.008 0.120 0.057 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.043 0.029 0.152 0.077 0.113 0.172 0.001 87 H 0.006 0.008 0.058 0.057 0.120 0.007 0.086 0.056 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.046 0.035 0.107 0.089 0.134 0.170 0.002