# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.929 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.018 0.005 0.010 0.018 2 T 0.002 0.025 0.816 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.013 0.024 0.008 0.030 0.061 3 Q 0.009 0.020 0.467 0.016 0.026 0.040 0.005 0.002 0.038 0.137 0.021 0.108 0.109 4 S 0.022 0.014 0.355 0.017 0.061 0.071 0.012 0.004 0.053 0.079 0.042 0.041 0.229 5 V 0.039 0.025 0.191 0.006 0.053 0.076 0.027 0.008 0.071 0.075 0.043 0.290 0.094 6 L 0.048 0.065 0.300 0.008 0.015 0.028 0.023 0.006 0.055 0.062 0.034 0.031 0.325 7 L 0.004 0.025 0.640 0.013 0.003 0.006 0.003 0.001 0.020 0.170 0.013 0.067 0.034 8 P 0.001 0.008 0.620 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.004 0.241 0.089 0.006 0.013 9 P 0.001 0.010 0.352 0.002 0.023 0.016 0.001 0.001 0.002 0.325 0.260 0.001 0.007 10 G 0.001 0.016 0.410 0.001 0.023 0.038 0.001 0.001 0.002 0.426 0.069 0.013 0.003 11 P 0.001 0.011 0.362 0.001 0.064 0.169 0.001 0.001 0.002 0.146 0.231 0.001 0.012 12 F 0.002 0.032 0.266 0.001 0.063 0.244 0.001 0.001 0.003 0.135 0.236 0.011 0.006 13 T 0.003 0.017 0.244 0.001 0.058 0.478 0.001 0.001 0.004 0.085 0.077 0.006 0.024 14 R 0.001 0.002 0.051 0.001 0.049 0.810 0.001 0.001 0.001 0.028 0.052 0.003 0.003 15 R 0.003 0.003 0.036 0.001 0.025 0.857 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.005 0.006 16 Q 0.006 0.003 0.035 0.001 0.016 0.878 0.001 0.001 0.002 0.014 0.028 0.004 0.011 17 A 0.004 0.001 0.024 0.001 0.005 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.005 0.007 18 Q 0.009 0.001 0.019 0.002 0.007 0.921 0.002 0.001 0.002 0.007 0.015 0.008 0.009 19 A 0.022 0.001 0.013 0.001 0.007 0.896 0.004 0.001 0.003 0.006 0.018 0.008 0.019 20 V 0.031 0.001 0.018 0.003 0.008 0.871 0.004 0.001 0.003 0.011 0.020 0.013 0.016 21 T 0.032 0.003 0.032 0.006 0.014 0.777 0.006 0.002 0.008 0.016 0.050 0.026 0.029 22 T 0.033 0.002 0.048 0.004 0.020 0.675 0.006 0.007 0.008 0.033 0.100 0.025 0.038 23 T 0.101 0.009 0.138 0.005 0.029 0.335 0.016 0.016 0.025 0.062 0.176 0.039 0.050 24 Y 0.093 0.017 0.198 0.004 0.054 0.158 0.023 0.017 0.062 0.070 0.106 0.046 0.154 25 S 0.034 0.007 0.209 0.188 0.037 0.087 0.008 0.007 0.033 0.130 0.157 0.056 0.047 26 N 0.063 0.003 0.161 0.147 0.035 0.022 0.011 0.010 0.031 0.237 0.120 0.085 0.074 27 I 0.121 0.005 0.301 0.017 0.011 0.011 0.041 0.037 0.081 0.050 0.012 0.057 0.255 28 T 0.170 0.018 0.089 0.005 0.004 0.011 0.087 0.154 0.173 0.007 0.007 0.211 0.064 29 L 0.159 0.014 0.102 0.007 0.005 0.011 0.133 0.149 0.176 0.013 0.010 0.043 0.179 30 E 0.107 0.018 0.205 0.027 0.007 0.009 0.073 0.092 0.145 0.069 0.036 0.100 0.111 31 D 0.006 0.014 0.389 0.018 0.006 0.003 0.003 0.002 0.031 0.354 0.051 0.055 0.068 32 D 0.001 0.006 0.257 0.006 0.014 0.004 0.001 0.001 0.005 0.505 0.168 0.009 0.025 33 Q 0.001 0.007 0.081 0.008 0.027 0.011 0.001 0.001 0.002 0.300 0.551 0.005 0.008 34 G 0.005 0.007 0.188 0.003 0.054 0.034 0.001 0.001 0.003 0.307 0.346 0.032 0.018 35 S 0.045 0.026 0.360 0.013 0.032 0.039 0.011 0.002 0.008 0.189 0.090 0.020 0.166 36 H 0.320 0.038 0.134 0.013 0.010 0.015 0.044 0.003 0.008 0.047 0.021 0.196 0.151 37 F 0.497 0.005 0.046 0.011 0.011 0.015 0.023 0.002 0.005 0.014 0.008 0.091 0.273 38 R 0.588 0.001 0.022 0.114 0.009 0.013 0.020 0.001 0.003 0.008 0.004 0.131 0.085 39 L 0.736 0.001 0.006 0.016 0.002 0.006 0.025 0.001 0.003 0.002 0.001 0.069 0.131 40 V 0.836 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.059 0.064 41 V 0.784 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.116 42 R 0.550 0.007 0.026 0.019 0.001 0.003 0.023 0.001 0.004 0.007 0.003 0.163 0.195 43 D 0.056 0.004 0.306 0.010 0.006 0.007 0.003 0.001 0.003 0.075 0.089 0.026 0.415 44 T 0.007 0.002 0.077 0.003 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.168 0.635 0.049 0.021 45 E 0.001 0.001 0.046 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.118 0.805 0.003 0.004 46 G 0.001 0.001 0.253 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.499 0.219 0.006 0.009 47 R 0.046 0.019 0.442 0.001 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.113 0.054 0.163 0.144 48 M 0.219 0.015 0.059 0.003 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.011 0.003 0.024 0.640 49 V 0.490 0.002 0.026 0.031 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.042 50 W 0.574 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.324 51 R 0.542 0.002 0.021 0.029 0.005 0.015 0.031 0.001 0.003 0.005 0.003 0.260 0.084 52 A 0.402 0.002 0.063 0.020 0.022 0.020 0.026 0.001 0.005 0.019 0.018 0.122 0.278 53 W 0.202 0.006 0.153 0.012 0.059 0.031 0.019 0.003 0.009 0.089 0.118 0.092 0.206 54 N 0.050 0.020 0.314 0.016 0.040 0.023 0.007 0.002 0.011 0.187 0.173 0.098 0.058 55 F 0.007 0.034 0.394 0.004 0.018 0.020 0.002 0.001 0.005 0.367 0.096 0.013 0.040 56 E 0.001 0.023 0.622 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 0.002 0.254 0.041 0.008 0.010 57 P 0.001 0.011 0.161 0.001 0.077 0.069 0.001 0.001 0.001 0.162 0.512 0.001 0.004 58 D 0.001 0.011 0.153 0.001 0.082 0.062 0.001 0.001 0.001 0.181 0.506 0.002 0.003 59 A 0.001 0.025 0.213 0.001 0.118 0.196 0.001 0.001 0.003 0.117 0.316 0.003 0.007 60 G 0.001 0.006 0.244 0.001 0.066 0.322 0.001 0.001 0.001 0.145 0.208 0.002 0.003 61 E 0.001 0.003 0.097 0.001 0.044 0.591 0.001 0.001 0.001 0.105 0.153 0.002 0.002 62 G 0.001 0.018 0.122 0.001 0.042 0.642 0.001 0.001 0.002 0.054 0.106 0.003 0.008 63 L 0.001 0.009 0.063 0.001 0.029 0.809 0.001 0.001 0.004 0.024 0.048 0.003 0.007 64 N 0.003 0.003 0.058 0.007 0.045 0.807 0.001 0.001 0.002 0.027 0.038 0.005 0.006 65 R 0.004 0.001 0.033 0.002 0.029 0.851 0.001 0.001 0.004 0.022 0.035 0.008 0.009 66 Y 0.009 0.004 0.034 0.001 0.027 0.823 0.003 0.003 0.007 0.016 0.048 0.009 0.016 67 I 0.012 0.008 0.049 0.002 0.017 0.796 0.004 0.009 0.013 0.022 0.038 0.009 0.021 68 R 0.011 0.010 0.078 0.009 0.023 0.718 0.003 0.006 0.015 0.028 0.067 0.014 0.017 69 T 0.004 0.004 0.081 0.003 0.033 0.617 0.001 0.002 0.005 0.051 0.180 0.008 0.011 70 S 0.001 0.002 0.071 0.003 0.026 0.265 0.001 0.001 0.002 0.098 0.525 0.002 0.005 71 G 0.003 0.009 0.225 0.004 0.027 0.094 0.001 0.001 0.004 0.116 0.494 0.014 0.009 72 I 0.011 0.038 0.524 0.002 0.021 0.080 0.004 0.003 0.016 0.101 0.085 0.029 0.086 73 R 0.020 0.035 0.435 0.008 0.033 0.115 0.006 0.006 0.027 0.105 0.080 0.057 0.072 74 T 0.010 0.012 0.235 0.008 0.096 0.231 0.004 0.002 0.013 0.141 0.181 0.022 0.045 75 D 0.005 0.005 0.217 0.006 0.077 0.225 0.002 0.001 0.006 0.154 0.259 0.020 0.024 76 T 0.009 0.011 0.260 0.007 0.069 0.349 0.003 0.001 0.011 0.088 0.134 0.014 0.045 77 A 0.011 0.012 0.264 0.005 0.031 0.477 0.003 0.002 0.009 0.063 0.042 0.038 0.044 78 T 0.016 0.010 0.191 0.006 0.030 0.546 0.004 0.002 0.012 0.038 0.052 0.041 0.053 79 R 0.032 0.011 0.146 0.009 0.040 0.543 0.006 0.002 0.012 0.044 0.054 0.028 0.071 80 L 0.034 0.014 0.174 0.010 0.038 0.474 0.006 0.002 0.014 0.044 0.054 0.060 0.076 81 E 0.027 0.011 0.169 0.011 0.048 0.416 0.005 0.002 0.008 0.060 0.128 0.050 0.067 82 H 0.025 0.011 0.146 0.003 0.053 0.387 0.004 0.001 0.005 0.086 0.192 0.031 0.055 83 H 0.021 0.015 0.218 0.004 0.055 0.305 0.003 0.001 0.004 0.120 0.176 0.037 0.041 84 H 0.012 0.018 0.260 0.003 0.053 0.215 0.002 0.001 0.003 0.146 0.216 0.026 0.046 85 H 0.009 0.014 0.285 0.003 0.043 0.143 0.001 0.001 0.003 0.148 0.284 0.029 0.038 86 H 0.006 0.014 0.518 0.002 0.026 0.069 0.001 0.001 0.002 0.139 0.179 0.013 0.031 87 H 0.001 0.007 0.862 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.076 0.014 0.009 0.012