# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.014 0.029 0.054 0.071 0.120 0.077 0.604 2 T 0.108 0.032 0.039 0.046 0.072 0.107 0.127 0.468 3 Q 0.082 0.022 0.042 0.053 0.111 0.139 0.076 0.475 4 S 0.029 0.006 0.049 0.037 0.079 0.097 0.067 0.637 5 V 0.014 0.004 0.124 0.114 0.162 0.146 0.064 0.372 6 L 0.014 0.003 0.070 0.028 0.075 0.112 0.035 0.661 7 L 0.100 0.008 0.089 0.091 0.070 0.153 0.076 0.413 8 P 0.040 0.009 0.026 0.012 0.020 0.129 0.030 0.734 9 P 0.063 0.012 0.013 0.007 0.015 0.110 0.082 0.698 10 G 0.112 0.070 0.022 0.017 0.018 0.133 0.166 0.461 11 P 0.082 0.127 0.016 0.012 0.020 0.160 0.046 0.537 12 F 0.052 0.155 0.022 0.017 0.021 0.093 0.059 0.581 13 T 0.111 0.624 0.006 0.007 0.012 0.032 0.062 0.147 14 R 0.069 0.716 0.008 0.005 0.008 0.030 0.035 0.128 15 R 0.013 0.809 0.007 0.010 0.012 0.022 0.019 0.108 16 Q 0.018 0.903 0.003 0.003 0.006 0.008 0.018 0.041 17 A 0.013 0.504 0.010 0.015 0.024 0.024 0.332 0.079 18 Q 0.001 0.068 0.007 0.012 0.020 0.010 0.864 0.017 19 A 0.003 0.205 0.008 0.014 0.021 0.013 0.708 0.029 20 V 0.021 0.739 0.015 0.042 0.059 0.014 0.068 0.042 21 T 0.054 0.197 0.040 0.060 0.149 0.049 0.233 0.217 22 T 0.013 0.055 0.070 0.058 0.066 0.094 0.446 0.198 23 T 0.072 0.089 0.103 0.055 0.090 0.106 0.216 0.269 24 Y 0.042 0.022 0.066 0.042 0.041 0.175 0.103 0.508 25 S 0.013 0.018 0.117 0.041 0.085 0.153 0.082 0.490 26 N 0.024 0.015 0.179 0.050 0.118 0.110 0.109 0.394 27 I 0.011 0.006 0.267 0.108 0.116 0.105 0.085 0.301 28 T 0.023 0.007 0.345 0.075 0.114 0.081 0.071 0.284 29 L 0.099 0.012 0.127 0.092 0.105 0.117 0.096 0.351 30 E 0.034 0.008 0.089 0.037 0.068 0.140 0.064 0.561 31 D 0.103 0.007 0.022 0.014 0.036 0.137 0.065 0.615 32 D 0.134 0.017 0.019 0.027 0.032 0.151 0.124 0.495 33 Q 0.047 0.030 0.015 0.019 0.058 0.166 0.023 0.641 34 G 0.038 0.039 0.025 0.036 0.165 0.117 0.033 0.547 35 S 0.016 0.039 0.037 0.222 0.361 0.073 0.043 0.210 36 H 0.012 0.042 0.056 0.179 0.430 0.047 0.053 0.181 37 F 0.005 0.017 0.026 0.332 0.488 0.018 0.033 0.081 38 R 0.002 0.005 0.030 0.350 0.531 0.012 0.030 0.040 39 L 0.002 0.003 0.031 0.327 0.577 0.009 0.016 0.036 40 V 0.001 0.001 0.025 0.386 0.553 0.005 0.010 0.019 41 V 0.003 0.002 0.038 0.384 0.488 0.012 0.024 0.051 42 R 0.015 0.004 0.040 0.286 0.420 0.037 0.033 0.165 43 D 0.303 0.012 0.015 0.060 0.085 0.070 0.036 0.419 44 T 0.201 0.036 0.009 0.023 0.025 0.094 0.030 0.582 45 E 0.024 0.043 0.009 0.011 0.049 0.100 0.012 0.753 46 G 0.017 0.078 0.025 0.053 0.194 0.093 0.100 0.442 47 R 0.005 0.065 0.029 0.358 0.331 0.038 0.071 0.102 48 M 0.006 0.058 0.045 0.284 0.379 0.022 0.070 0.136 49 V 0.005 0.039 0.060 0.378 0.397 0.015 0.055 0.052 50 W 0.010 0.021 0.104 0.237 0.443 0.017 0.087 0.081 51 R 0.039 0.024 0.040 0.375 0.338 0.027 0.070 0.087 52 A 0.058 0.024 0.045 0.130 0.255 0.084 0.038 0.366 53 W 0.048 0.019 0.023 0.083 0.152 0.120 0.032 0.524 54 N 0.021 0.019 0.031 0.065 0.112 0.118 0.058 0.575 55 F 0.114 0.051 0.017 0.034 0.046 0.131 0.041 0.567 56 E 0.158 0.074 0.028 0.066 0.060 0.119 0.081 0.414 57 P 0.077 0.042 0.009 0.008 0.014 0.111 0.018 0.722 58 D 0.225 0.152 0.019 0.022 0.025 0.092 0.101 0.364 59 A 0.074 0.224 0.006 0.008 0.014 0.097 0.030 0.548 60 G 0.100 0.276 0.020 0.015 0.028 0.066 0.153 0.343 61 E 0.041 0.421 0.020 0.047 0.041 0.085 0.073 0.271 62 G 0.074 0.536 0.022 0.017 0.033 0.057 0.043 0.219 63 L 0.071 0.548 0.016 0.029 0.041 0.047 0.062 0.185 64 N 0.047 0.514 0.016 0.019 0.049 0.044 0.127 0.184 65 R 0.026 0.165 0.039 0.062 0.081 0.048 0.372 0.208 66 Y 0.014 0.063 0.072 0.085 0.118 0.063 0.468 0.118 67 I 0.067 0.064 0.127 0.097 0.124 0.082 0.174 0.266 68 R 0.297 0.034 0.037 0.038 0.062 0.079 0.046 0.407 69 T 0.084 0.014 0.011 0.012 0.019 0.067 0.047 0.746 70 S 0.013 0.007 0.022 0.014 0.036 0.163 0.044 0.700 71 G 0.032 0.013 0.033 0.030 0.059 0.177 0.076 0.581 72 I 0.035 0.014 0.029 0.057 0.035 0.128 0.073 0.628 73 R 0.071 0.056 0.028 0.020 0.033 0.082 0.064 0.646 74 T 0.085 0.067 0.020 0.020 0.031 0.083 0.189 0.505 75 D 0.044 0.132 0.043 0.033 0.034 0.107 0.110 0.497 76 T 0.071 0.365 0.023 0.018 0.033 0.068 0.047 0.375 77 A 0.081 0.383 0.032 0.027 0.034 0.071 0.044 0.328 78 T 0.058 0.363 0.040 0.036 0.056 0.060 0.104 0.284 79 R 0.092 0.316 0.034 0.030 0.039 0.069 0.135 0.285 80 L 0.112 0.226 0.045 0.040 0.046 0.075 0.132 0.324 81 E 0.094 0.120 0.036 0.040 0.050 0.088 0.092 0.481 82 H 0.085 0.064 0.030 0.024 0.042 0.094 0.088 0.573 83 H 0.103 0.042 0.035 0.041 0.058 0.115 0.081 0.524 84 H 0.111 0.015 0.019 0.027 0.042 0.101 0.051 0.634 85 H 0.062 0.010 0.013 0.024 0.035 0.111 0.043 0.701 86 H 0.030 0.008 0.015 0.019 0.038 0.117 0.037 0.736 87 H 0.044 0.011 0.021 0.032 0.054 0.115 0.049 0.673