# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.280 0.085 0.049 0.081 0.063 0.064 0.087 0.075 0.092 0.070 0.053 2 T 0.156 0.172 0.062 0.128 0.108 0.095 0.104 0.067 0.055 0.034 0.020 3 Q 0.193 0.178 0.097 0.171 0.123 0.091 0.070 0.034 0.025 0.013 0.006 4 S 0.190 0.107 0.049 0.112 0.101 0.094 0.117 0.080 0.073 0.046 0.029 5 V 0.082 0.077 0.069 0.147 0.134 0.127 0.147 0.084 0.070 0.042 0.020 6 L 0.062 0.088 0.050 0.152 0.138 0.121 0.138 0.086 0.082 0.052 0.031 7 L 0.023 0.019 0.014 0.033 0.043 0.060 0.132 0.152 0.196 0.182 0.145 8 P 0.132 0.159 0.078 0.151 0.125 0.106 0.115 0.059 0.042 0.021 0.012 9 P 0.506 0.179 0.060 0.121 0.060 0.032 0.023 0.009 0.006 0.003 0.002 10 G 0.216 0.122 0.034 0.111 0.113 0.111 0.119 0.069 0.054 0.033 0.018 11 P 0.251 0.150 0.072 0.132 0.097 0.080 0.082 0.049 0.045 0.026 0.016 12 F 0.045 0.048 0.019 0.050 0.061 0.090 0.160 0.136 0.156 0.131 0.103 13 T 0.064 0.178 0.087 0.176 0.126 0.104 0.109 0.062 0.049 0.028 0.017 14 R 0.303 0.119 0.076 0.197 0.147 0.082 0.046 0.015 0.009 0.004 0.001 15 R 0.262 0.173 0.171 0.180 0.099 0.057 0.037 0.012 0.007 0.003 0.001 16 Q 0.015 0.024 0.044 0.097 0.101 0.142 0.226 0.137 0.114 0.066 0.034 17 A 0.022 0.021 0.069 0.068 0.076 0.126 0.240 0.148 0.120 0.073 0.036 18 Q 0.034 0.068 0.459 0.235 0.113 0.054 0.025 0.006 0.003 0.002 0.001 19 A 0.008 0.030 0.163 0.128 0.105 0.115 0.170 0.091 0.091 0.064 0.036 20 V 0.009 0.015 0.036 0.037 0.025 0.034 0.108 0.125 0.201 0.220 0.191 21 T 0.017 0.041 0.146 0.188 0.184 0.171 0.147 0.050 0.031 0.017 0.008 22 T 0.021 0.039 0.191 0.095 0.084 0.093 0.141 0.104 0.103 0.077 0.052 23 T 0.043 0.075 0.102 0.198 0.150 0.137 0.159 0.060 0.041 0.022 0.012 24 Y 0.018 0.022 0.029 0.027 0.018 0.026 0.081 0.109 0.201 0.231 0.237 25 S 0.038 0.089 0.147 0.235 0.186 0.133 0.097 0.036 0.023 0.011 0.006 26 N 0.060 0.131 0.131 0.188 0.124 0.097 0.110 0.062 0.051 0.030 0.017 27 I 0.025 0.018 0.021 0.030 0.026 0.036 0.103 0.127 0.209 0.210 0.193 28 T 0.079 0.172 0.102 0.214 0.159 0.111 0.090 0.034 0.021 0.011 0.007 29 L 0.032 0.037 0.026 0.053 0.046 0.055 0.113 0.120 0.185 0.177 0.154 30 E 0.132 0.165 0.088 0.207 0.148 0.093 0.074 0.034 0.027 0.016 0.014 31 D 0.120 0.120 0.062 0.142 0.114 0.104 0.122 0.076 0.062 0.044 0.035 32 D 0.099 0.113 0.051 0.144 0.131 0.119 0.134 0.075 0.060 0.043 0.031 33 Q 0.238 0.216 0.071 0.204 0.114 0.067 0.045 0.018 0.014 0.008 0.005 34 G 0.223 0.085 0.041 0.108 0.095 0.095 0.106 0.067 0.071 0.060 0.049 35 S 0.131 0.128 0.061 0.161 0.115 0.095 0.111 0.066 0.062 0.040 0.028 36 H 0.021 0.037 0.031 0.110 0.112 0.128 0.189 0.139 0.118 0.073 0.041 37 F 0.005 0.009 0.011 0.034 0.046 0.061 0.132 0.154 0.215 0.184 0.150 38 R 0.006 0.025 0.050 0.181 0.194 0.179 0.164 0.084 0.064 0.036 0.017 39 L 0.003 0.009 0.019 0.052 0.058 0.084 0.171 0.173 0.203 0.155 0.071 40 V 0.004 0.009 0.014 0.037 0.048 0.062 0.152 0.175 0.206 0.168 0.125 41 V 0.002 0.007 0.009 0.023 0.028 0.038 0.107 0.150 0.234 0.229 0.173 42 R 0.004 0.019 0.023 0.122 0.168 0.166 0.199 0.127 0.099 0.051 0.023 43 D 0.090 0.149 0.087 0.230 0.171 0.127 0.088 0.032 0.017 0.007 0.003 44 T 0.297 0.160 0.077 0.186 0.115 0.074 0.053 0.019 0.011 0.005 0.002 45 E 0.460 0.223 0.060 0.119 0.059 0.033 0.024 0.009 0.007 0.004 0.003 46 G 0.199 0.120 0.035 0.103 0.092 0.101 0.121 0.079 0.072 0.049 0.029 47 R 0.068 0.138 0.068 0.245 0.193 0.130 0.087 0.033 0.021 0.011 0.006 48 M 0.027 0.034 0.043 0.074 0.091 0.117 0.164 0.133 0.141 0.105 0.072 49 V 0.016 0.036 0.051 0.189 0.175 0.151 0.157 0.082 0.067 0.044 0.032 50 W 0.015 0.015 0.020 0.030 0.027 0.037 0.099 0.144 0.215 0.229 0.169 51 R 0.009 0.017 0.037 0.110 0.135 0.141 0.188 0.131 0.122 0.072 0.039 52 A 0.016 0.024 0.038 0.049 0.048 0.066 0.136 0.142 0.182 0.171 0.128 53 W 0.014 0.024 0.031 0.090 0.093 0.110 0.184 0.146 0.153 0.103 0.052 54 N 0.025 0.029 0.022 0.040 0.041 0.060 0.123 0.141 0.184 0.177 0.157 55 F 0.041 0.069 0.046 0.091 0.083 0.085 0.125 0.106 0.133 0.122 0.098 56 E 0.062 0.081 0.052 0.137 0.142 0.140 0.159 0.092 0.071 0.040 0.025 57 P 0.189 0.114 0.061 0.140 0.111 0.100 0.113 0.063 0.052 0.035 0.022 58 D 0.309 0.213 0.088 0.153 0.102 0.058 0.039 0.016 0.011 0.006 0.004 59 A 0.045 0.046 0.019 0.047 0.041 0.050 0.097 0.096 0.166 0.185 0.208 60 G 0.194 0.186 0.065 0.151 0.136 0.111 0.083 0.032 0.022 0.012 0.008 61 E 0.371 0.212 0.127 0.168 0.064 0.029 0.017 0.005 0.003 0.002 0.001 62 G 0.078 0.070 0.054 0.119 0.132 0.156 0.186 0.090 0.061 0.035 0.021 63 L 0.006 0.007 0.009 0.023 0.026 0.044 0.126 0.148 0.235 0.207 0.168 64 N 0.008 0.018 0.043 0.096 0.142 0.193 0.223 0.104 0.086 0.055 0.032 65 R 0.023 0.058 0.347 0.201 0.119 0.081 0.067 0.035 0.031 0.023 0.015 66 Y 0.004 0.009 0.018 0.047 0.063 0.107 0.264 0.186 0.159 0.096 0.047 67 I 0.002 0.003 0.008 0.010 0.008 0.011 0.038 0.079 0.195 0.299 0.347 68 R 0.005 0.029 0.096 0.173 0.246 0.200 0.148 0.054 0.030 0.013 0.005 69 T 0.067 0.117 0.228 0.210 0.132 0.101 0.079 0.033 0.019 0.009 0.004 70 S 0.141 0.085 0.052 0.126 0.115 0.130 0.189 0.082 0.047 0.024 0.009 71 G 0.298 0.203 0.064 0.127 0.086 0.068 0.065 0.031 0.027 0.018 0.012 72 I 0.034 0.032 0.015 0.037 0.036 0.044 0.094 0.110 0.194 0.198 0.207 73 R 0.097 0.178 0.079 0.179 0.142 0.118 0.100 0.046 0.032 0.017 0.011 74 T 0.161 0.156 0.084 0.196 0.142 0.098 0.081 0.038 0.025 0.012 0.006 75 D 0.366 0.143 0.061 0.125 0.098 0.075 0.062 0.028 0.021 0.013 0.008 76 T 0.145 0.198 0.091 0.183 0.119 0.088 0.078 0.040 0.031 0.017 0.010 77 A 0.182 0.079 0.045 0.085 0.083 0.094 0.140 0.094 0.094 0.065 0.039 78 T 0.331 0.208 0.137 0.155 0.074 0.041 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 79 R 0.099 0.127 0.115 0.187 0.128 0.110 0.110 0.055 0.040 0.021 0.009 80 L 0.103 0.067 0.059 0.089 0.081 0.099 0.148 0.109 0.115 0.081 0.048 81 E 0.175 0.181 0.201 0.192 0.111 0.066 0.043 0.016 0.010 0.004 0.002 82 H 0.127 0.123 0.162 0.158 0.117 0.101 0.098 0.049 0.038 0.020 0.008 83 H 0.171 0.131 0.098 0.133 0.102 0.093 0.107 0.062 0.053 0.033 0.017 84 H 0.206 0.143 0.093 0.124 0.104 0.094 0.102 0.056 0.044 0.024 0.010 85 H 0.254 0.150 0.110 0.133 0.094 0.076 0.075 0.043 0.036 0.020 0.009 86 H 0.273 0.163 0.076 0.122 0.094 0.079 0.079 0.046 0.038 0.022 0.010 87 H 0.366 0.154 0.053 0.106 0.078 0.068 0.067 0.042 0.036 0.021 0.010