# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.033 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.015 0.100 0.688 2 T 0.057 0.032 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.013 0.122 0.687 3 Q 0.047 0.024 0.010 0.003 0.010 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.009 0.095 0.647 4 S 0.033 0.018 0.004 0.002 0.006 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.009 0.142 0.628 5 V 0.106 0.021 0.004 0.002 0.012 0.007 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.280 0.010 0.095 0.436 6 L 0.084 0.045 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.276 0.012 0.082 0.474 7 L 0.106 0.038 0.008 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.004 0.006 0.394 0.012 0.044 0.363 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.002 0.133 0.712 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.060 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.004 0.114 0.722 13 T 0.200 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.007 0.115 0.557 14 R 0.049 0.197 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.005 0.058 0.585 15 R 0.053 0.166 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.011 0.228 0.498 16 Q 0.091 0.317 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.011 0.206 0.318 17 A 0.029 0.691 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.008 0.016 0.191 18 Q 0.018 0.641 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.005 0.021 0.144 19 A 0.024 0.698 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.005 0.016 0.145 20 V 0.022 0.679 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.176 0.006 0.007 0.090 21 T 0.014 0.681 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.170 0.005 0.007 0.108 22 T 0.024 0.610 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.127 0.013 0.017 0.170 23 T 0.059 0.252 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.391 0.030 0.034 0.214 24 Y 0.101 0.207 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.189 0.029 0.058 0.373 25 S 0.066 0.095 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.450 0.035 0.045 0.277 26 N 0.053 0.021 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.352 0.028 0.098 0.424 27 I 0.127 0.010 0.020 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.461 0.012 0.040 0.313 28 T 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.016 0.009 0.638 0.002 0.055 0.232 29 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.077 0.277 0.137 0.030 0.219 0.002 0.026 0.204 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.008 0.021 0.007 0.006 0.004 0.648 0.003 0.057 0.220 31 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.312 0.065 0.012 0.018 0.004 0.002 0.001 0.105 0.004 0.034 0.288 32 D 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.166 0.007 0.183 0.601 33 Q 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.505 0.429 34 G 0.194 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.120 0.233 0.376 35 S 0.111 0.041 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.017 0.338 0.394 36 H 0.025 0.035 0.015 0.004 0.174 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.007 0.110 0.389 37 F 0.017 0.021 0.004 0.001 0.014 0.420 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.003 0.057 0.170 38 R 0.010 0.016 0.001 0.001 0.026 0.015 0.112 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.590 0.003 0.051 0.145 39 L 0.012 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.786 0.003 0.021 0.126 40 V 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.024 0.016 0.772 0.002 0.021 0.097 41 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.144 0.518 0.167 0.019 0.113 0.001 0.003 0.025 42 R 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.027 0.009 0.033 0.006 0.001 0.001 0.708 0.002 0.016 0.167 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.843 0.045 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.022 44 T 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.013 0.177 0.555 45 E 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.674 0.294 46 G 0.264 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.430 0.104 0.151 47 R 0.105 0.028 0.032 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.033 0.445 0.261 48 M 0.005 0.004 0.053 0.006 0.079 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.002 0.094 0.433 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.889 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.009 0.025 50 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.084 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.639 0.001 0.029 0.207 51 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.858 0.003 0.024 0.094 52 A 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.656 0.008 0.048 0.251 53 W 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.018 0.650 0.010 0.047 0.227 54 N 0.024 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.087 0.022 0.434 0.018 0.066 0.307 55 F 0.131 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.010 0.004 0.006 0.269 0.021 0.066 0.452 56 E 0.025 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.050 0.007 0.015 0.007 0.009 0.004 0.171 0.008 0.231 0.427 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 D 0.051 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.008 0.235 0.627 59 A 0.454 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.066 0.399 60 G 0.070 0.134 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.217 0.542 61 E 0.147 0.048 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.141 0.610 62 G 0.079 0.202 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.095 0.572 63 L 0.113 0.355 0.012 0.001 0.005 0.005 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.012 0.061 0.367 64 N 0.030 0.648 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.007 0.034 0.184 65 R 0.057 0.689 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.022 0.173 66 Y 0.037 0.815 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.008 0.013 0.097 67 I 0.022 0.852 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 0.008 0.063 68 R 0.021 0.801 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.007 0.010 0.082 69 T 0.040 0.737 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.015 0.011 0.150 70 S 0.078 0.518 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.052 0.019 0.275 71 G 0.260 0.130 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.056 0.057 0.377 72 I 0.036 0.041 0.282 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 0.005 0.172 0.374 73 R 0.024 0.034 0.003 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.201 0.004 0.115 0.588 74 T 0.037 0.050 0.002 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.005 0.085 0.709 75 D 0.032 0.084 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.008 0.073 0.601 76 T 0.071 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.017 0.157 0.584 77 A 0.083 0.199 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.018 0.181 0.386 78 T 0.025 0.240 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.011 0.127 0.500 79 R 0.044 0.300 0.007 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.012 0.091 0.428 80 L 0.048 0.419 0.011 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.007 0.066 0.301 81 E 0.052 0.403 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.135 0.010 0.075 0.303 82 H 0.090 0.400 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.018 0.040 0.340 83 H 0.131 0.395 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.017 0.035 0.315 84 H 0.099 0.303 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.074 0.019 0.045 0.424 85 H 0.104 0.200 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.086 0.020 0.051 0.490 86 H 0.121 0.128 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 0.020 0.069 0.546 87 H 0.110 0.090 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.070 0.615