# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.021 0.011 0.015 0.013 0.018 0.032 0.004 0.001 0.003 0.799 2 T 0.032 0.008 0.006 0.020 0.024 0.032 0.109 0.002 0.001 0.004 0.763 3 Q 0.061 0.006 0.006 0.030 0.022 0.030 0.118 0.001 0.001 0.006 0.720 4 S 0.054 0.012 0.002 0.050 0.030 0.040 0.137 0.001 0.001 0.004 0.669 5 V 0.109 0.020 0.002 0.119 0.081 0.097 0.197 0.002 0.001 0.010 0.363 6 L 0.184 0.036 0.005 0.075 0.031 0.061 0.120 0.002 0.001 0.008 0.478 7 L 0.081 0.026 0.009 0.190 0.072 0.138 0.080 0.004 0.001 0.006 0.393 8 P 0.010 0.001 0.002 0.023 0.009 0.017 0.023 0.001 0.001 0.001 0.914 9 P 0.004 0.001 0.002 0.012 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 10 G 0.030 0.001 0.001 0.058 0.009 0.032 0.171 0.001 0.001 0.003 0.695 11 P 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.970 12 F 0.047 0.011 0.001 0.068 0.015 0.029 0.265 0.001 0.001 0.003 0.561 13 T 0.132 0.056 0.001 0.046 0.011 0.022 0.198 0.001 0.001 0.004 0.529 14 R 0.068 0.346 0.001 0.048 0.015 0.016 0.071 0.001 0.001 0.003 0.431 15 R 0.080 0.413 0.004 0.004 0.004 0.012 0.084 0.001 0.001 0.005 0.394 16 Q 0.074 0.635 0.004 0.012 0.016 0.034 0.052 0.007 0.001 0.004 0.164 17 A 0.042 0.831 0.004 0.007 0.005 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.079 18 Q 0.014 0.855 0.002 0.006 0.009 0.014 0.003 0.010 0.001 0.001 0.087 19 A 0.032 0.889 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.056 20 V 0.015 0.926 0.003 0.004 0.007 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 21 T 0.020 0.867 0.004 0.006 0.019 0.038 0.006 0.008 0.001 0.001 0.031 22 T 0.032 0.802 0.006 0.010 0.033 0.051 0.009 0.012 0.001 0.001 0.044 23 T 0.073 0.669 0.008 0.020 0.048 0.067 0.014 0.030 0.001 0.002 0.068 24 Y 0.078 0.384 0.066 0.040 0.070 0.092 0.031 0.036 0.001 0.005 0.198 25 S 0.063 0.131 0.044 0.102 0.130 0.183 0.072 0.034 0.001 0.011 0.229 26 N 0.143 0.040 0.071 0.085 0.090 0.144 0.096 0.023 0.001 0.018 0.290 27 I 0.071 0.023 0.058 0.154 0.230 0.181 0.051 0.005 0.001 0.006 0.221 28 T 0.012 0.007 0.012 0.161 0.210 0.262 0.078 0.001 0.001 0.003 0.253 29 L 0.007 0.002 0.003 0.083 0.343 0.344 0.036 0.001 0.001 0.002 0.180 30 E 0.005 0.002 0.001 0.085 0.213 0.363 0.052 0.001 0.001 0.002 0.277 31 D 0.010 0.002 0.001 0.055 0.192 0.308 0.203 0.001 0.001 0.008 0.221 32 D 0.057 0.005 0.001 0.032 0.048 0.052 0.317 0.001 0.001 0.036 0.450 33 Q 0.053 0.007 0.001 0.010 0.015 0.017 0.503 0.001 0.001 0.039 0.353 34 G 0.279 0.010 0.004 0.011 0.013 0.013 0.327 0.002 0.001 0.110 0.230 35 S 0.256 0.027 0.025 0.014 0.033 0.029 0.338 0.001 0.001 0.042 0.236 36 H 0.018 0.018 0.012 0.019 0.112 0.164 0.176 0.001 0.001 0.007 0.473 37 F 0.005 0.005 0.001 0.023 0.219 0.618 0.032 0.001 0.001 0.002 0.095 38 R 0.003 0.006 0.001 0.027 0.233 0.636 0.016 0.001 0.001 0.001 0.076 39 L 0.003 0.006 0.001 0.036 0.403 0.480 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 40 V 0.005 0.008 0.001 0.085 0.310 0.484 0.014 0.001 0.001 0.001 0.090 41 V 0.003 0.004 0.001 0.090 0.349 0.487 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 42 R 0.004 0.005 0.001 0.105 0.261 0.499 0.024 0.002 0.001 0.002 0.098 43 D 0.012 0.007 0.001 0.073 0.315 0.390 0.065 0.002 0.001 0.004 0.131 44 T 0.011 0.006 0.002 0.028 0.081 0.096 0.129 0.001 0.001 0.006 0.639 45 E 0.019 0.003 0.001 0.009 0.017 0.030 0.375 0.001 0.001 0.022 0.523 46 G 0.514 0.006 0.007 0.010 0.013 0.013 0.143 0.002 0.001 0.139 0.154 47 R 0.340 0.029 0.040 0.023 0.035 0.025 0.283 0.001 0.001 0.038 0.186 48 M 0.017 0.014 0.016 0.048 0.161 0.200 0.159 0.001 0.001 0.005 0.379 49 V 0.003 0.006 0.001 0.092 0.245 0.566 0.029 0.001 0.001 0.001 0.058 50 W 0.002 0.007 0.001 0.044 0.261 0.501 0.024 0.001 0.001 0.001 0.159 51 R 0.002 0.007 0.001 0.043 0.333 0.534 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.015 0.001 0.073 0.213 0.404 0.041 0.001 0.001 0.002 0.240 53 W 0.021 0.016 0.002 0.130 0.201 0.343 0.086 0.003 0.001 0.007 0.190 54 N 0.053 0.011 0.004 0.070 0.086 0.135 0.141 0.008 0.001 0.014 0.476 55 F 0.116 0.021 0.061 0.088 0.056 0.101 0.120 0.006 0.001 0.016 0.415 56 E 0.042 0.008 0.008 0.061 0.082 0.104 0.203 0.002 0.001 0.006 0.484 57 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.988 58 D 0.007 0.001 0.001 0.020 0.020 0.035 0.202 0.001 0.001 0.002 0.712 59 A 0.334 0.008 0.001 0.011 0.005 0.011 0.085 0.001 0.001 0.019 0.526 60 G 0.189 0.068 0.001 0.018 0.013 0.020 0.183 0.003 0.001 0.011 0.495 61 E 0.235 0.040 0.006 0.011 0.004 0.007 0.129 0.001 0.001 0.010 0.557 62 G 0.149 0.096 0.004 0.020 0.013 0.015 0.163 0.003 0.001 0.007 0.531 63 L 0.080 0.238 0.018 0.019 0.022 0.051 0.129 0.003 0.001 0.012 0.426 64 N 0.026 0.355 0.003 0.022 0.052 0.099 0.095 0.007 0.001 0.005 0.337 65 R 0.100 0.451 0.002 0.014 0.031 0.045 0.052 0.010 0.001 0.007 0.288 66 Y 0.152 0.571 0.006 0.008 0.021 0.026 0.037 0.011 0.001 0.003 0.166 67 I 0.052 0.619 0.012 0.038 0.048 0.088 0.026 0.011 0.001 0.003 0.105 68 R 0.028 0.579 0.006 0.057 0.063 0.114 0.024 0.017 0.001 0.002 0.110 69 T 0.145 0.500 0.008 0.014 0.015 0.035 0.021 0.024 0.001 0.002 0.235 70 S 0.192 0.395 0.014 0.019 0.021 0.026 0.039 0.041 0.001 0.004 0.249 71 G 0.250 0.127 0.035 0.016 0.017 0.019 0.143 0.025 0.001 0.017 0.350 72 I 0.090 0.114 0.208 0.026 0.037 0.051 0.118 0.005 0.001 0.007 0.344 73 R 0.031 0.116 0.006 0.069 0.078 0.143 0.112 0.005 0.001 0.004 0.438 74 T 0.097 0.098 0.004 0.026 0.031 0.056 0.061 0.004 0.001 0.005 0.617 75 D 0.122 0.149 0.005 0.017 0.026 0.035 0.076 0.005 0.001 0.005 0.559 76 T 0.130 0.105 0.007 0.017 0.029 0.040 0.200 0.009 0.001 0.016 0.447 77 A 0.174 0.140 0.016 0.029 0.029 0.050 0.154 0.008 0.001 0.021 0.381 78 T 0.090 0.173 0.012 0.029 0.053 0.061 0.179 0.006 0.001 0.011 0.387 79 R 0.083 0.173 0.010 0.020 0.032 0.048 0.108 0.004 0.001 0.007 0.514 80 L 0.082 0.229 0.008 0.028 0.073 0.122 0.088 0.005 0.001 0.006 0.359 81 E 0.065 0.240 0.006 0.034 0.082 0.146 0.089 0.007 0.001 0.006 0.326 82 H 0.095 0.208 0.005 0.018 0.060 0.103 0.069 0.011 0.001 0.005 0.425 83 H 0.191 0.203 0.009 0.024 0.045 0.056 0.053 0.016 0.001 0.005 0.398 84 H 0.139 0.136 0.013 0.020 0.031 0.046 0.104 0.012 0.001 0.008 0.491 85 H 0.104 0.076 0.019 0.021 0.025 0.043 0.110 0.009 0.001 0.008 0.586 86 H 0.139 0.057 0.012 0.019 0.023 0.034 0.110 0.006 0.001 0.007 0.592 87 H 0.091 0.038 0.008 0.015 0.015 0.023 0.092 0.003 0.001 0.006 0.709