# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.019 0.009 0.012 0.188 0.704 2 T 0.148 0.019 0.011 0.016 0.173 0.634 3 Q 0.218 0.018 0.021 0.018 0.179 0.545 4 S 0.364 0.044 0.045 0.023 0.175 0.349 5 V 0.437 0.037 0.026 0.014 0.142 0.344 6 L 0.332 0.023 0.018 0.008 0.146 0.473 7 L 0.156 0.032 0.005 0.004 0.129 0.674 8 P 0.095 0.018 0.004 0.003 0.407 0.473 9 P 0.044 0.014 0.017 0.012 0.611 0.302 10 G 0.017 0.007 0.016 0.013 0.692 0.256 11 P 0.043 0.025 0.033 0.041 0.658 0.201 12 F 0.038 0.034 0.024 0.094 0.278 0.532 13 T 0.050 0.036 0.016 0.194 0.157 0.547 14 R 0.002 0.001 0.021 0.952 0.013 0.012 15 R 0.007 0.001 0.026 0.929 0.018 0.019 16 Q 0.004 0.001 0.017 0.964 0.009 0.006 17 A 0.009 0.001 0.008 0.960 0.013 0.010 18 Q 0.016 0.001 0.011 0.941 0.021 0.010 19 A 0.039 0.001 0.016 0.911 0.023 0.009 20 V 0.054 0.001 0.013 0.894 0.025 0.013 21 T 0.104 0.004 0.032 0.771 0.060 0.029 22 T 0.158 0.005 0.040 0.611 0.089 0.097 23 T 0.155 0.010 0.020 0.165 0.131 0.520 24 Y 0.222 0.025 0.033 0.159 0.383 0.178 25 S 0.314 0.008 0.015 0.098 0.354 0.211 26 N 0.289 0.008 0.013 0.102 0.336 0.252 27 I 0.664 0.027 0.005 0.040 0.129 0.135 28 T 0.772 0.024 0.004 0.022 0.030 0.149 29 L 0.785 0.013 0.017 0.057 0.080 0.048 30 E 0.649 0.015 0.026 0.077 0.145 0.088 31 D 0.280 0.018 0.030 0.103 0.464 0.106 32 D 0.082 0.029 0.021 0.047 0.741 0.081 33 Q 0.060 0.009 0.048 0.052 0.677 0.155 34 G 0.052 0.012 0.109 0.024 0.664 0.139 35 S 0.107 0.007 0.109 0.013 0.594 0.170 36 H 0.355 0.017 0.056 0.006 0.252 0.314 37 F 0.825 0.011 0.007 0.003 0.060 0.094 38 R 0.940 0.001 0.001 0.002 0.017 0.039 39 L 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 40 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 41 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 42 R 0.948 0.002 0.001 0.001 0.008 0.042 43 D 0.548 0.008 0.001 0.001 0.401 0.041 44 T 0.029 0.002 0.010 0.002 0.944 0.013 45 E 0.006 0.001 0.012 0.004 0.968 0.010 46 G 0.041 0.007 0.007 0.002 0.928 0.015 47 R 0.499 0.016 0.002 0.003 0.159 0.322 48 M 0.931 0.013 0.001 0.001 0.012 0.041 49 V 0.975 0.003 0.001 0.002 0.006 0.013 50 W 0.975 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 51 R 0.921 0.003 0.007 0.004 0.022 0.044 52 A 0.685 0.008 0.039 0.014 0.120 0.134 53 W 0.447 0.014 0.076 0.023 0.247 0.194 54 N 0.199 0.029 0.058 0.024 0.349 0.340 55 F 0.138 0.050 0.032 0.045 0.354 0.382 56 E 0.047 0.021 0.021 0.044 0.474 0.393 57 P 0.012 0.012 0.131 0.148 0.456 0.241 58 D 0.010 0.019 0.112 0.181 0.519 0.159 59 A 0.006 0.013 0.141 0.438 0.325 0.077 60 G 0.004 0.006 0.055 0.517 0.266 0.151 61 E 0.006 0.004 0.045 0.721 0.164 0.060 62 G 0.016 0.007 0.048 0.764 0.112 0.052 63 L 0.029 0.008 0.032 0.829 0.066 0.035 64 N 0.023 0.002 0.029 0.861 0.053 0.032 65 R 0.022 0.001 0.023 0.908 0.028 0.018 66 Y 0.023 0.002 0.015 0.927 0.018 0.015 67 I 0.019 0.003 0.013 0.921 0.023 0.021 68 R 0.027 0.004 0.015 0.877 0.045 0.032 69 T 0.023 0.003 0.016 0.808 0.081 0.068 70 S 0.013 0.002 0.021 0.602 0.184 0.178 71 G 0.041 0.006 0.015 0.068 0.315 0.555 72 I 0.218 0.040 0.015 0.070 0.183 0.474 73 R 0.317 0.037 0.020 0.068 0.218 0.340 74 T 0.204 0.019 0.033 0.080 0.309 0.355 75 D 0.127 0.012 0.049 0.066 0.377 0.369 76 T 0.124 0.012 0.093 0.128 0.364 0.278 77 A 0.179 0.017 0.076 0.176 0.301 0.253 78 T 0.215 0.017 0.071 0.170 0.247 0.279 79 R 0.215 0.025 0.066 0.203 0.207 0.284 80 L 0.229 0.020 0.079 0.211 0.213 0.248 81 E 0.235 0.014 0.088 0.205 0.231 0.228 82 H 0.187 0.019 0.081 0.269 0.223 0.220 83 H 0.140 0.016 0.071 0.173 0.310 0.289 84 H 0.129 0.015 0.049 0.095 0.326 0.385 85 H 0.081 0.017 0.033 0.087 0.278 0.504 86 H 0.061 0.024 0.011 0.055 0.177 0.672 87 H 0.018 0.004 0.001 0.006 0.057 0.913