# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0358/T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.041 0.170 0.233 0.025 0.092 0.050 0.006 0.019 0.017 0.036 0.042 0.123 0.015 0.005 0.045 2 T 0.047 0.123 0.208 0.201 0.007 0.152 0.012 0.032 0.004 0.003 0.037 0.049 0.094 0.002 0.020 0.009 3 Q 0.013 0.109 0.117 0.396 0.004 0.062 0.003 0.014 0.021 0.009 0.093 0.034 0.076 0.004 0.005 0.039 4 S 0.070 0.054 0.150 0.440 0.012 0.064 0.012 0.004 0.007 0.003 0.023 0.050 0.090 0.005 0.004 0.013 5 V 0.018 0.052 0.252 0.385 0.016 0.049 0.020 0.012 0.003 0.002 0.037 0.018 0.107 0.008 0.009 0.013 6 L 0.012 0.078 0.113 0.534 0.022 0.059 0.023 0.012 0.011 0.005 0.012 0.019 0.055 0.009 0.006 0.028 7 L 0.023 0.062 0.136 0.615 0.012 0.042 0.010 0.006 0.008 0.005 0.010 0.011 0.040 0.001 0.005 0.013 8 P 0.014 0.020 0.059 0.138 0.407 0.148 0.114 0.003 0.003 0.009 0.022 0.011 0.018 0.024 0.001 0.010 9 P 0.011 0.224 0.059 0.336 0.005 0.015 0.001 0.254 0.003 0.001 0.029 0.011 0.010 0.001 0.037 0.003 10 G 0.005 0.014 0.019 0.100 0.034 0.268 0.014 0.005 0.129 0.300 0.020 0.044 0.024 0.003 0.001 0.020 11 P 0.183 0.132 0.046 0.089 0.005 0.038 0.004 0.034 0.003 0.002 0.365 0.031 0.057 0.001 0.007 0.004 12 F 0.010 0.043 0.060 0.115 0.009 0.074 0.006 0.008 0.022 0.017 0.047 0.516 0.055 0.004 0.002 0.013 13 T 0.026 0.021 0.054 0.060 0.011 0.199 0.008 0.017 0.003 0.004 0.095 0.124 0.362 0.002 0.010 0.004 14 R 0.004 0.024 0.018 0.036 0.004 0.068 0.004 0.008 0.007 0.003 0.320 0.091 0.395 0.004 0.002 0.011 15 R 0.008 0.048 0.017 0.050 0.001 0.014 0.003 0.003 0.003 0.001 0.033 0.404 0.402 0.001 0.006 0.006 16 Q 0.008 0.014 0.069 0.053 0.001 0.021 0.007 0.001 0.003 0.001 0.015 0.030 0.739 0.003 0.004 0.032 17 A 0.007 0.013 0.091 0.048 0.001 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.738 0.001 0.003 0.004 18 Q 0.003 0.134 0.063 0.251 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.463 0.001 0.002 0.014 19 A 0.012 0.008 0.051 0.506 0.002 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.340 0.002 0.001 0.008 20 V 0.003 0.115 0.193 0.307 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.319 0.001 0.001 0.003 21 T 0.001 0.024 0.023 0.809 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.091 0.002 0.001 0.004 22 T 0.005 0.032 0.083 0.629 0.013 0.061 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.145 0.001 0.003 0.004 23 T 0.005 0.052 0.062 0.602 0.050 0.076 0.005 0.006 0.002 0.003 0.017 0.007 0.086 0.005 0.002 0.019 24 Y 0.007 0.023 0.016 0.148 0.513 0.087 0.061 0.007 0.001 0.001 0.016 0.006 0.022 0.084 0.003 0.003 25 S 0.004 0.135 0.030 0.133 0.003 0.032 0.004 0.473 0.005 0.003 0.012 0.008 0.018 0.001 0.133 0.005 26 N 0.010 0.068 0.033 0.266 0.001 0.008 0.001 0.003 0.362 0.042 0.007 0.007 0.010 0.001 0.002 0.180 27 I 0.613 0.005 0.147 0.215 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 28 T 0.008 0.008 0.518 0.415 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.017 0.010 0.596 0.168 0.179 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.001 0.171 0.007 0.400 0.056 0.170 0.003 0.105 0.006 0.003 0.047 0.017 0.008 0.002 0.003 0.002 31 D 0.006 0.108 0.020 0.088 0.065 0.219 0.014 0.044 0.092 0.079 0.112 0.090 0.042 0.003 0.006 0.013 32 D 0.034 0.041 0.039 0.016 0.165 0.046 0.158 0.025 0.009 0.010 0.252 0.072 0.031 0.082 0.011 0.009 33 Q 0.010 0.060 0.053 0.019 0.001 0.007 0.002 0.235 0.007 0.002 0.032 0.041 0.014 0.002 0.501 0.014 34 G 0.031 0.017 0.059 0.029 0.002 0.015 0.005 0.001 0.281 0.053 0.007 0.014 0.019 0.003 0.003 0.461 35 S 0.689 0.054 0.106 0.058 0.001 0.032 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.013 0.023 0.001 0.001 0.004 36 H 0.010 0.224 0.437 0.244 0.001 0.038 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.014 0.012 0.001 0.001 0.007 37 F 0.009 0.013 0.133 0.786 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 38 R 0.001 0.017 0.195 0.770 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 40 V 0.001 0.009 0.027 0.937 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.016 0.004 0.902 0.029 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.072 0.017 0.711 0.031 0.118 0.002 0.032 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.022 0.002 0.022 0.024 0.864 0.001 0.010 0.004 0.013 0.025 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 44 T 0.003 0.029 0.002 0.004 0.029 0.006 0.011 0.008 0.002 0.001 0.869 0.015 0.004 0.017 0.001 0.001 45 E 0.004 0.079 0.019 0.016 0.001 0.006 0.001 0.098 0.008 0.001 0.008 0.357 0.009 0.001 0.390 0.003 46 G 0.013 0.006 0.077 0.017 0.001 0.008 0.002 0.001 0.125 0.025 0.012 0.006 0.063 0.001 0.003 0.641 47 R 0.551 0.094 0.152 0.132 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.026 0.001 0.001 0.007 48 M 0.015 0.007 0.426 0.426 0.001 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.029 0.001 0.001 0.002 49 V 0.001 0.095 0.121 0.700 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.007 0.007 0.947 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 51 R 0.003 0.019 0.058 0.682 0.054 0.092 0.005 0.004 0.001 0.001 0.011 0.007 0.058 0.002 0.001 0.002 52 A 0.005 0.055 0.028 0.558 0.082 0.108 0.012 0.020 0.003 0.003 0.030 0.008 0.065 0.012 0.004 0.008 53 W 0.009 0.103 0.035 0.427 0.040 0.111 0.022 0.054 0.014 0.009 0.044 0.032 0.051 0.014 0.020 0.015 54 N 0.024 0.192 0.080 0.295 0.009 0.116 0.016 0.027 0.035 0.015 0.020 0.030 0.062 0.003 0.016 0.061 55 F 0.070 0.105 0.194 0.426 0.003 0.021 0.004 0.007 0.019 0.009 0.038 0.021 0.034 0.001 0.004 0.043 56 E 0.053 0.019 0.138 0.121 0.116 0.358 0.058 0.002 0.003 0.006 0.016 0.037 0.047 0.017 0.001 0.006 57 P 0.007 0.102 0.054 0.135 0.011 0.084 0.003 0.136 0.001 0.002 0.338 0.022 0.079 0.002 0.020 0.003 58 D 0.002 0.052 0.008 0.062 0.084 0.134 0.040 0.008 0.067 0.042 0.055 0.312 0.067 0.043 0.002 0.023 59 A 0.040 0.042 0.040 0.039 0.003 0.028 0.007 0.116 0.003 0.002 0.139 0.080 0.315 0.002 0.139 0.006 60 G 0.008 0.018 0.073 0.018 0.017 0.042 0.054 0.006 0.067 0.057 0.058 0.147 0.224 0.068 0.005 0.141 61 E 0.149 0.019 0.037 0.036 0.002 0.016 0.007 0.042 0.002 0.002 0.096 0.082 0.408 0.003 0.094 0.008 62 G 0.006 0.022 0.066 0.021 0.005 0.061 0.016 0.003 0.028 0.023 0.037 0.114 0.419 0.018 0.003 0.156 63 L 0.038 0.012 0.023 0.023 0.002 0.056 0.012 0.006 0.001 0.001 0.057 0.080 0.671 0.003 0.013 0.004 64 N 0.003 0.024 0.047 0.022 0.001 0.038 0.004 0.006 0.003 0.003 0.053 0.113 0.656 0.003 0.008 0.016 65 R 0.010 0.009 0.013 0.053 0.001 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.078 0.048 0.755 0.002 0.003 0.012 66 Y 0.007 0.013 0.052 0.033 0.001 0.017 0.010 0.001 0.002 0.001 0.008 0.058 0.777 0.006 0.002 0.015 67 I 0.002 0.015 0.067 0.058 0.002 0.024 0.036 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.760 0.002 0.005 0.007 68 R 0.002 0.032 0.056 0.080 0.017 0.066 0.023 0.006 0.001 0.001 0.015 0.015 0.638 0.014 0.008 0.027 69 T 0.005 0.009 0.012 0.017 0.069 0.018 0.104 0.008 0.002 0.002 0.024 0.005 0.079 0.625 0.008 0.013 70 S 0.004 0.036 0.034 0.017 0.001 0.004 0.006 0.084 0.003 0.001 0.012 0.011 0.050 0.003 0.723 0.011 71 G 0.019 0.011 0.042 0.022 0.001 0.011 0.010 0.001 0.084 0.037 0.011 0.013 0.078 0.004 0.004 0.651 72 I 0.717 0.028 0.097 0.061 0.001 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.018 0.039 0.001 0.002 0.009 73 R 0.012 0.066 0.367 0.164 0.017 0.210 0.020 0.005 0.002 0.004 0.013 0.037 0.062 0.006 0.003 0.012 74 T 0.010 0.072 0.065 0.260 0.010 0.273 0.007 0.027 0.003 0.003 0.142 0.021 0.091 0.002 0.010 0.004 75 D 0.007 0.188 0.050 0.179 0.006 0.111 0.006 0.010 0.021 0.009 0.161 0.146 0.087 0.002 0.003 0.015 76 T 0.043 0.122 0.119 0.226 0.003 0.050 0.007 0.006 0.008 0.002 0.056 0.167 0.162 0.003 0.008 0.019 77 A 0.016 0.027 0.326 0.131 0.011 0.103 0.028 0.004 0.003 0.002 0.036 0.047 0.234 0.007 0.005 0.018 78 T 0.012 0.124 0.116 0.229 0.004 0.093 0.008 0.019 0.002 0.002 0.054 0.049 0.265 0.002 0.011 0.011 79 R 0.011 0.060 0.041 0.297 0.009 0.135 0.009 0.006 0.016 0.006 0.060 0.060 0.246 0.008 0.004 0.033 80 L 0.020 0.036 0.123 0.168 0.014 0.065 0.020 0.009 0.003 0.001 0.088 0.060 0.366 0.006 0.010 0.009 81 E 0.008 0.075 0.117 0.191 0.019 0.060 0.022 0.020 0.005 0.004 0.037 0.066 0.310 0.023 0.013 0.030 82 H 0.017 0.033 0.070 0.222 0.022 0.077 0.026 0.024 0.009 0.005 0.043 0.032 0.334 0.023 0.031 0.033 83 H 0.018 0.060 0.129 0.131 0.023 0.066 0.040 0.024 0.012 0.009 0.062 0.036 0.291 0.022 0.027 0.050 84 H 0.044 0.062 0.097 0.142 0.023 0.074 0.035 0.033 0.016 0.010 0.063 0.066 0.235 0.022 0.029 0.048 85 H 0.043 0.078 0.137 0.130 0.033 0.071 0.043 0.024 0.019 0.011 0.058 0.059 0.185 0.029 0.025 0.055 86 H 0.037 0.068 0.134 0.104 0.053 0.090 0.076 0.031 0.013 0.010 0.060 0.060 0.156 0.036 0.033 0.039 87 H 0.030 0.089 0.122 0.095 0.028 0.094 0.045 0.066 0.017 0.014 0.088 0.069 0.136 0.019 0.050 0.039