# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.073 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.134 0.098 0.528 2 T 0.086 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.053 0.086 0.681 3 Q 0.044 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.213 0.053 0.065 0.588 4 S 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.027 0.086 0.794 5 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.198 0.038 0.093 0.636 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.108 0.838 7 L 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.027 0.122 0.774 8 P 0.044 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.024 0.131 0.765 9 P 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 0.089 0.798 10 G 0.062 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.127 0.107 0.549 11 P 0.094 0.179 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.042 0.102 0.540 12 F 0.020 0.258 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.067 0.081 0.510 13 T 0.037 0.798 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.043 0.014 0.095 14 R 0.041 0.621 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.126 0.026 0.155 15 R 0.016 0.724 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.041 0.026 0.160 16 Q 0.045 0.661 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.025 0.199 17 A 0.025 0.278 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.392 0.059 0.174 18 Q 0.011 0.158 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.514 0.077 0.162 19 A 0.019 0.124 0.046 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.348 0.092 0.189 20 V 0.061 0.177 0.013 0.006 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 0.092 0.074 0.323 21 T 0.061 0.035 0.023 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.208 0.064 0.336 22 T 0.014 0.023 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.096 0.138 0.545 23 T 0.034 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.406 0.057 0.089 0.387 24 Y 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.103 0.132 0.558 25 S 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.332 0.109 0.104 0.427 26 N 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.542 0.098 0.051 0.284 27 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.697 0.078 0.036 0.132 28 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.661 0.064 0.029 0.201 29 L 0.021 0.003 0.003 0.004 0.069 0.234 0.159 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.208 0.094 0.029 0.123 30 E 0.017 0.006 0.003 0.005 0.012 0.017 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.067 0.111 0.490 31 D 0.123 0.004 0.003 0.002 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.061 0.106 0.597 32 D 0.098 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.103 0.139 0.593 33 Q 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.119 0.738 34 G 0.033 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.055 0.153 0.632 35 S 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.200 0.003 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.168 0.062 0.100 0.411 36 H 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.012 0.128 0.013 0.076 0.007 0.006 0.001 0.228 0.097 0.068 0.289 37 F 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.024 0.019 0.182 0.015 0.016 0.308 0.100 0.052 0.259 38 R 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 0.047 0.187 0.043 0.452 0.087 0.018 0.081 39 L 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.015 0.812 0.054 0.015 0.059 40 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.728 0.116 0.018 0.087 41 V 0.003 0.003 0.002 0.005 0.063 0.627 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.061 0.015 0.051 42 R 0.017 0.015 0.012 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.116 0.070 0.332 43 D 0.436 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.119 0.060 0.332 44 T 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.109 0.703 45 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.106 0.841 46 G 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.063 0.133 0.632 47 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.584 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.067 0.022 0.113 48 M 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.051 0.005 0.002 0.001 0.431 0.067 0.051 0.328 49 V 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.379 0.017 0.009 0.414 0.035 0.017 0.099 50 W 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.022 0.560 0.129 0.029 0.134 51 R 0.032 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.573 0.136 0.044 0.186 52 A 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.483 0.040 0.066 0.339 53 W 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.049 0.132 0.491 54 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.057 0.147 0.651 55 F 0.058 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.046 0.137 0.671 56 E 0.272 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.081 0.096 0.465 57 P 0.143 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.038 0.113 0.632 58 D 0.095 0.174 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.076 0.084 0.544 59 A 0.058 0.379 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.064 0.068 0.418 60 G 0.107 0.319 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.361 0.035 0.167 61 E 0.015 0.724 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.031 0.130 62 G 0.037 0.785 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.018 0.093 63 L 0.026 0.818 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.016 0.091 64 N 0.041 0.734 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.023 0.121 65 R 0.024 0.242 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.488 0.063 0.142 66 Y 0.019 0.207 0.022 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.472 0.085 0.153 67 I 0.042 0.050 0.240 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.376 0.063 0.191 68 R 0.405 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.052 0.069 0.411 69 T 0.026 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.103 0.784 70 S 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.053 0.158 0.699 71 G 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.107 0.163 0.591 72 I 0.035 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.131 0.140 0.604 73 R 0.077 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.123 0.091 0.509 74 T 0.115 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.049 0.077 0.105 0.625 75 D 0.006 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.131 0.052 0.103 0.613 76 T 0.045 0.221 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.036 0.082 0.536 77 A 0.081 0.261 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.061 0.072 0.381 78 T 0.044 0.333 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.065 0.072 0.371 79 R 0.089 0.237 0.018 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.109 0.115 0.064 0.353 80 L 0.128 0.181 0.020 0.004 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.127 0.074 0.382 81 E 0.119 0.112 0.008 0.006 0.004 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.072 0.073 0.525 82 H 0.095 0.060 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.079 0.072 0.626 83 H 0.112 0.028 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.077 0.076 0.648 84 H 0.090 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.076 0.751 85 H 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.084 0.841 86 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.094 0.848 87 H 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.025 0.113 0.809