# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.051 0.009 0.047 0.041 0.074 0.122 0.012 0.003 0.094 0.502 2 T 0.108 0.033 0.002 0.014 0.022 0.039 0.114 0.006 0.001 0.040 0.621 3 Q 0.045 0.022 0.003 0.084 0.082 0.122 0.107 0.022 0.001 0.069 0.442 4 S 0.033 0.008 0.001 0.054 0.028 0.061 0.136 0.002 0.001 0.045 0.631 5 V 0.010 0.001 0.001 0.094 0.091 0.109 0.116 0.002 0.001 0.054 0.522 6 L 0.004 0.002 0.001 0.134 0.032 0.059 0.154 0.002 0.001 0.032 0.581 7 L 0.138 0.005 0.002 0.084 0.036 0.039 0.109 0.005 0.002 0.079 0.502 8 P 0.078 0.008 0.002 0.046 0.013 0.016 0.149 0.004 0.001 0.080 0.602 9 P 0.014 0.004 0.001 0.010 0.006 0.011 0.118 0.002 0.001 0.036 0.797 10 G 0.121 0.099 0.002 0.019 0.022 0.032 0.124 0.015 0.001 0.066 0.500 11 P 0.103 0.128 0.006 0.011 0.011 0.015 0.090 0.008 0.002 0.060 0.565 12 F 0.096 0.201 0.009 0.008 0.018 0.028 0.079 0.013 0.004 0.053 0.490 13 T 0.181 0.475 0.001 0.004 0.009 0.014 0.039 0.009 0.001 0.031 0.237 14 R 0.102 0.364 0.009 0.011 0.010 0.022 0.060 0.006 0.004 0.055 0.358 15 R 0.041 0.363 0.005 0.019 0.029 0.061 0.082 0.004 0.002 0.053 0.342 16 Q 0.030 0.383 0.002 0.013 0.037 0.059 0.075 0.003 0.001 0.074 0.323 17 A 0.017 0.268 0.002 0.032 0.073 0.095 0.071 0.002 0.001 0.271 0.167 18 Q 0.006 0.136 0.001 0.040 0.041 0.104 0.031 0.001 0.001 0.559 0.080 19 A 0.003 0.148 0.003 0.044 0.103 0.103 0.031 0.001 0.001 0.410 0.152 20 V 0.008 0.483 0.012 0.045 0.095 0.132 0.021 0.008 0.001 0.079 0.115 21 T 0.053 0.125 0.008 0.041 0.080 0.090 0.024 0.007 0.002 0.373 0.197 22 T 0.037 0.044 0.021 0.046 0.050 0.061 0.061 0.005 0.016 0.367 0.291 23 T 0.254 0.047 0.010 0.034 0.029 0.053 0.104 0.014 0.008 0.108 0.340 24 Y 0.095 0.024 0.012 0.077 0.025 0.032 0.127 0.013 0.010 0.067 0.517 25 S 0.038 0.016 0.001 0.053 0.033 0.035 0.201 0.004 0.001 0.038 0.581 26 N 0.011 0.013 0.001 0.114 0.027 0.049 0.173 0.004 0.001 0.068 0.540 27 I 0.017 0.009 0.002 0.148 0.058 0.081 0.180 0.006 0.001 0.107 0.392 28 T 0.017 0.010 0.002 0.385 0.032 0.080 0.100 0.002 0.001 0.111 0.261 29 L 0.063 0.019 0.005 0.257 0.041 0.078 0.097 0.001 0.003 0.117 0.318 30 E 0.031 0.013 0.006 0.144 0.033 0.082 0.142 0.003 0.005 0.072 0.468 31 D 0.172 0.029 0.004 0.037 0.014 0.027 0.117 0.006 0.004 0.073 0.517 32 D 0.233 0.043 0.005 0.020 0.011 0.022 0.117 0.010 0.003 0.124 0.412 33 Q 0.065 0.010 0.004 0.014 0.014 0.037 0.140 0.004 0.002 0.061 0.649 34 G 0.030 0.005 0.003 0.015 0.086 0.194 0.129 0.003 0.001 0.066 0.468 35 S 0.016 0.001 0.001 0.021 0.156 0.261 0.117 0.002 0.001 0.066 0.358 36 H 0.002 0.001 0.001 0.040 0.140 0.441 0.078 0.001 0.001 0.052 0.244 37 F 0.001 0.001 0.001 0.036 0.210 0.562 0.032 0.001 0.001 0.058 0.100 38 R 0.001 0.001 0.001 0.039 0.273 0.561 0.014 0.001 0.001 0.044 0.067 39 L 0.001 0.001 0.001 0.055 0.316 0.556 0.007 0.001 0.001 0.029 0.036 40 V 0.001 0.001 0.001 0.068 0.377 0.457 0.008 0.001 0.001 0.042 0.048 41 V 0.001 0.001 0.001 0.078 0.419 0.402 0.012 0.001 0.001 0.037 0.051 42 R 0.015 0.001 0.002 0.069 0.246 0.356 0.045 0.001 0.003 0.058 0.203 43 D 0.324 0.011 0.003 0.034 0.056 0.071 0.070 0.011 0.005 0.078 0.338 44 T 0.212 0.013 0.003 0.015 0.012 0.024 0.090 0.006 0.003 0.060 0.563 45 E 0.029 0.019 0.002 0.023 0.024 0.058 0.115 0.003 0.001 0.029 0.697 46 G 0.031 0.037 0.002 0.022 0.142 0.196 0.103 0.005 0.001 0.047 0.415 47 R 0.018 0.029 0.002 0.039 0.235 0.201 0.074 0.003 0.001 0.084 0.315 48 M 0.009 0.040 0.002 0.048 0.205 0.324 0.058 0.003 0.001 0.069 0.242 49 V 0.021 0.038 0.003 0.044 0.269 0.363 0.039 0.002 0.001 0.048 0.172 50 W 0.020 0.031 0.005 0.068 0.229 0.334 0.048 0.002 0.002 0.055 0.205 51 R 0.038 0.039 0.004 0.063 0.215 0.305 0.059 0.008 0.003 0.077 0.191 52 A 0.112 0.045 0.004 0.063 0.102 0.178 0.084 0.014 0.003 0.076 0.319 53 W 0.088 0.008 0.001 0.053 0.090 0.149 0.111 0.005 0.001 0.061 0.433 54 N 0.009 0.008 0.001 0.069 0.066 0.165 0.120 0.001 0.001 0.034 0.527 55 F 0.011 0.013 0.004 0.069 0.039 0.055 0.115 0.001 0.002 0.037 0.655 56 E 0.180 0.027 0.005 0.024 0.062 0.041 0.136 0.012 0.004 0.122 0.385 57 P 0.083 0.032 0.002 0.013 0.005 0.008 0.103 0.006 0.001 0.058 0.689 58 D 0.303 0.075 0.003 0.009 0.004 0.009 0.089 0.008 0.002 0.056 0.440 59 A 0.084 0.118 0.003 0.014 0.005 0.012 0.099 0.008 0.001 0.070 0.586 60 G 0.090 0.116 0.003 0.010 0.014 0.022 0.118 0.003 0.001 0.103 0.518 61 E 0.026 0.249 0.002 0.031 0.075 0.084 0.093 0.007 0.001 0.063 0.369 62 G 0.052 0.500 0.003 0.015 0.028 0.044 0.066 0.006 0.001 0.029 0.254 63 L 0.027 0.700 0.003 0.016 0.044 0.050 0.029 0.010 0.001 0.009 0.112 64 N 0.040 0.450 0.002 0.026 0.033 0.085 0.045 0.011 0.001 0.065 0.243 65 R 0.023 0.089 0.008 0.036 0.067 0.082 0.036 0.004 0.002 0.529 0.124 66 Y 0.032 0.081 0.031 0.084 0.065 0.117 0.082 0.005 0.011 0.284 0.208 67 I 0.103 0.035 0.060 0.061 0.074 0.092 0.081 0.008 0.028 0.127 0.330 68 R 0.153 0.028 0.005 0.051 0.059 0.071 0.075 0.009 0.003 0.064 0.483 69 T 0.117 0.033 0.001 0.017 0.013 0.033 0.104 0.006 0.001 0.049 0.626 70 S 0.026 0.006 0.002 0.025 0.015 0.051 0.139 0.009 0.001 0.069 0.658 71 G 0.029 0.023 0.004 0.058 0.024 0.063 0.144 0.004 0.002 0.095 0.555 72 I 0.075 0.012 0.004 0.058 0.046 0.065 0.105 0.003 0.001 0.092 0.540 73 R 0.059 0.045 0.003 0.080 0.051 0.076 0.117 0.006 0.001 0.086 0.476 74 T 0.136 0.026 0.003 0.030 0.025 0.037 0.106 0.004 0.001 0.088 0.544 75 D 0.038 0.063 0.003 0.042 0.027 0.053 0.143 0.018 0.002 0.074 0.537 76 T 0.149 0.152 0.003 0.014 0.013 0.025 0.087 0.009 0.002 0.035 0.511 77 A 0.110 0.142 0.009 0.030 0.034 0.049 0.085 0.015 0.003 0.054 0.468 78 T 0.084 0.172 0.002 0.015 0.041 0.064 0.095 0.009 0.001 0.042 0.473 79 R 0.096 0.200 0.014 0.023 0.035 0.059 0.078 0.012 0.006 0.053 0.425 80 L 0.161 0.142 0.008 0.019 0.048 0.052 0.092 0.012 0.004 0.043 0.418 81 E 0.116 0.090 0.005 0.015 0.036 0.065 0.090 0.008 0.003 0.042 0.530 82 H 0.062 0.045 0.007 0.020 0.020 0.039 0.093 0.006 0.003 0.038 0.667 83 H 0.131 0.026 0.006 0.018 0.027 0.046 0.087 0.010 0.003 0.064 0.582 84 H 0.085 0.009 0.002 0.012 0.016 0.026 0.081 0.003 0.001 0.043 0.722 85 H 0.033 0.005 0.001 0.012 0.017 0.025 0.085 0.002 0.001 0.030 0.789 86 H 0.023 0.006 0.001 0.012 0.018 0.020 0.113 0.002 0.001 0.028 0.777 87 H 0.037 0.008 0.001 0.012 0.027 0.028 0.145 0.008 0.001 0.040 0.693