# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.017 0.086 0.041 0.080 0.102 0.014 0.571 2 T 0.058 0.019 0.067 0.061 0.092 0.145 0.011 0.546 3 Q 0.061 0.019 0.089 0.056 0.098 0.106 0.012 0.558 4 S 0.080 0.025 0.053 0.043 0.070 0.134 0.010 0.585 5 V 0.142 0.028 0.165 0.129 0.125 0.083 0.025 0.304 6 L 0.047 0.020 0.079 0.047 0.074 0.048 0.016 0.670 7 L 0.079 0.013 0.179 0.128 0.190 0.056 0.017 0.338 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 10 G 0.077 0.001 0.020 0.020 0.034 0.084 0.004 0.758 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 F 0.075 0.008 0.028 0.031 0.057 0.168 0.002 0.630 13 T 0.188 0.042 0.027 0.023 0.034 0.124 0.004 0.559 14 R 0.065 0.080 0.015 0.021 0.061 0.072 0.004 0.682 15 R 0.053 0.142 0.009 0.016 0.025 0.270 0.007 0.478 16 Q 0.136 0.415 0.009 0.013 0.018 0.166 0.017 0.226 17 A 0.036 0.851 0.005 0.014 0.013 0.013 0.006 0.062 18 Q 0.059 0.609 0.016 0.033 0.052 0.044 0.016 0.171 19 A 0.052 0.638 0.025 0.069 0.074 0.028 0.009 0.104 20 V 0.041 0.660 0.018 0.090 0.104 0.014 0.014 0.059 21 T 0.036 0.508 0.059 0.118 0.172 0.018 0.010 0.079 22 T 0.029 0.389 0.044 0.205 0.180 0.022 0.016 0.114 23 T 0.059 0.230 0.058 0.144 0.196 0.047 0.027 0.239 24 Y 0.048 0.228 0.070 0.176 0.252 0.053 0.019 0.155 25 S 0.071 0.137 0.091 0.203 0.250 0.075 0.031 0.142 26 N 0.145 0.033 0.062 0.153 0.188 0.066 0.059 0.294 27 I 0.109 0.017 0.186 0.264 0.205 0.047 0.019 0.153 28 T 0.013 0.009 0.191 0.228 0.260 0.077 0.007 0.214 29 L 0.015 0.004 0.189 0.218 0.345 0.045 0.004 0.178 30 E 0.016 0.004 0.175 0.193 0.238 0.174 0.004 0.197 31 D 0.018 0.007 0.085 0.108 0.230 0.097 0.006 0.449 32 D 0.022 0.004 0.044 0.026 0.066 0.169 0.007 0.660 33 Q 0.008 0.001 0.002 0.003 0.006 0.848 0.005 0.126 34 G 0.181 0.009 0.010 0.022 0.020 0.312 0.054 0.392 35 S 0.251 0.010 0.018 0.030 0.048 0.445 0.012 0.186 36 H 0.039 0.008 0.036 0.113 0.137 0.242 0.009 0.416 37 F 0.036 0.005 0.027 0.219 0.551 0.076 0.004 0.081 38 R 0.010 0.002 0.016 0.357 0.574 0.015 0.001 0.025 39 L 0.003 0.002 0.019 0.370 0.538 0.010 0.001 0.058 40 V 0.002 0.001 0.028 0.382 0.557 0.009 0.001 0.021 41 V 0.003 0.002 0.029 0.396 0.507 0.012 0.001 0.050 42 R 0.002 0.003 0.033 0.370 0.527 0.014 0.001 0.050 43 D 0.006 0.004 0.026 0.211 0.485 0.040 0.005 0.223 44 T 0.032 0.004 0.025 0.068 0.165 0.125 0.012 0.568 45 E 0.029 0.002 0.006 0.023 0.031 0.448 0.017 0.443 46 G 0.116 0.016 0.022 0.107 0.048 0.121 0.125 0.444 47 R 0.462 0.002 0.026 0.034 0.081 0.279 0.010 0.105 48 M 0.005 0.001 0.018 0.090 0.069 0.047 0.001 0.770 49 V 0.005 0.001 0.033 0.330 0.590 0.016 0.001 0.025 50 W 0.006 0.002 0.038 0.269 0.439 0.014 0.001 0.231 51 R 0.001 0.002 0.058 0.381 0.521 0.009 0.001 0.027 52 A 0.003 0.007 0.040 0.263 0.507 0.026 0.001 0.154 53 W 0.005 0.022 0.051 0.292 0.521 0.024 0.003 0.082 54 N 0.056 0.027 0.052 0.176 0.285 0.066 0.022 0.316 55 F 0.164 0.032 0.093 0.096 0.161 0.048 0.061 0.344 56 E 0.130 0.012 0.029 0.060 0.103 0.214 0.008 0.444 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 D 0.010 0.010 0.009 0.021 0.057 0.173 0.004 0.715 59 A 0.449 0.020 0.018 0.009 0.013 0.049 0.014 0.427 60 G 0.197 0.065 0.020 0.018 0.029 0.167 0.012 0.494 61 E 0.323 0.080 0.024 0.015 0.027 0.187 0.008 0.337 62 G 0.090 0.336 0.027 0.018 0.022 0.081 0.007 0.419 63 L 0.098 0.374 0.038 0.026 0.060 0.103 0.019 0.283 64 N 0.054 0.504 0.038 0.029 0.037 0.075 0.018 0.245 65 R 0.065 0.591 0.035 0.025 0.031 0.048 0.015 0.189 66 Y 0.061 0.625 0.030 0.023 0.038 0.049 0.012 0.163 67 I 0.051 0.653 0.042 0.041 0.057 0.041 0.016 0.099 68 R 0.031 0.729 0.045 0.035 0.045 0.026 0.013 0.077 69 T 0.053 0.579 0.047 0.028 0.042 0.027 0.033 0.192 70 S 0.134 0.339 0.057 0.046 0.038 0.043 0.059 0.284 71 G 0.264 0.110 0.047 0.034 0.032 0.064 0.066 0.383 72 I 0.151 0.067 0.227 0.059 0.080 0.091 0.022 0.303 73 R 0.060 0.073 0.103 0.106 0.147 0.143 0.014 0.354 74 T 0.044 0.058 0.062 0.045 0.081 0.065 0.010 0.635 75 D 0.046 0.050 0.071 0.044 0.063 0.117 0.014 0.596 76 T 0.098 0.033 0.033 0.024 0.034 0.199 0.017 0.561 77 A 0.089 0.047 0.064 0.035 0.067 0.143 0.012 0.543 78 T 0.042 0.076 0.037 0.061 0.076 0.204 0.010 0.493 79 R 0.065 0.095 0.034 0.031 0.071 0.119 0.009 0.577 80 L 0.085 0.255 0.049 0.051 0.122 0.108 0.009 0.322 81 E 0.081 0.248 0.035 0.057 0.092 0.186 0.022 0.280 82 H 0.162 0.290 0.027 0.037 0.053 0.053 0.026 0.351 83 H 0.204 0.235 0.037 0.035 0.057 0.062 0.029 0.342 84 H 0.146 0.143 0.039 0.038 0.049 0.080 0.033 0.471 85 H 0.143 0.103 0.046 0.035 0.056 0.086 0.033 0.498 86 H 0.115 0.061 0.042 0.029 0.048 0.092 0.020 0.593 87 H 0.076 0.044 0.035 0.029 0.044 0.091 0.013 0.668