# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 2 T 0.100 0.020 0.016 0.030 0.009 0.027 0.798 3 Q 0.221 0.012 0.066 0.058 0.157 0.088 0.398 4 S 0.362 0.012 0.073 0.036 0.084 0.062 0.370 5 V 0.548 0.032 0.022 0.035 0.059 0.029 0.275 6 L 0.521 0.082 0.006 0.015 0.072 0.019 0.285 7 L 0.143 0.027 0.003 0.004 0.146 0.013 0.665 8 P 0.045 0.018 0.003 0.002 0.158 0.075 0.699 9 P 0.028 0.017 0.010 0.007 0.378 0.222 0.338 10 G 0.028 0.009 0.014 0.016 0.504 0.098 0.330 11 P 0.030 0.012 0.040 0.127 0.196 0.174 0.422 12 F 0.069 0.059 0.030 0.198 0.144 0.103 0.398 13 T 0.092 0.033 0.025 0.269 0.115 0.046 0.420 14 R 0.017 0.002 0.025 0.816 0.031 0.073 0.034 15 R 0.038 0.003 0.024 0.815 0.021 0.063 0.036 16 Q 0.086 0.005 0.031 0.760 0.014 0.032 0.072 17 A 0.142 0.003 0.012 0.749 0.016 0.015 0.064 18 Q 0.273 0.003 0.008 0.633 0.028 0.021 0.034 19 A 0.374 0.003 0.006 0.542 0.022 0.030 0.022 20 V 0.476 0.006 0.003 0.450 0.015 0.023 0.028 21 T 0.628 0.006 0.004 0.279 0.022 0.025 0.036 22 T 0.622 0.003 0.008 0.203 0.031 0.045 0.088 23 T 0.621 0.010 0.015 0.115 0.054 0.084 0.101 24 Y 0.636 0.010 0.022 0.066 0.051 0.049 0.166 25 S 0.613 0.007 0.019 0.019 0.100 0.104 0.139 26 N 0.526 0.009 0.024 0.010 0.096 0.106 0.229 27 I 0.562 0.010 0.008 0.005 0.040 0.024 0.351 28 T 0.660 0.027 0.009 0.004 0.024 0.023 0.254 29 L 0.675 0.023 0.012 0.006 0.034 0.018 0.232 30 E 0.493 0.023 0.016 0.009 0.093 0.037 0.329 31 D 0.245 0.031 0.020 0.009 0.224 0.056 0.416 32 D 0.083 0.016 0.025 0.007 0.255 0.193 0.421 33 Q 0.039 0.011 0.035 0.010 0.255 0.471 0.179 34 G 0.051 0.011 0.036 0.008 0.357 0.314 0.223 35 S 0.166 0.020 0.028 0.008 0.229 0.096 0.454 36 H 0.469 0.044 0.011 0.003 0.140 0.037 0.296 37 F 0.817 0.009 0.004 0.001 0.024 0.006 0.140 38 R 0.933 0.002 0.002 0.002 0.016 0.002 0.043 39 L 0.980 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 40 V 0.985 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 41 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 42 R 0.938 0.007 0.001 0.003 0.008 0.004 0.040 43 D 0.421 0.008 0.002 0.002 0.060 0.014 0.492 44 T 0.053 0.002 0.028 0.007 0.216 0.616 0.078 45 E 0.010 0.002 0.021 0.003 0.127 0.806 0.031 46 G 0.054 0.004 0.022 0.003 0.395 0.315 0.207 47 R 0.235 0.013 0.004 0.004 0.151 0.027 0.566 48 M 0.889 0.013 0.001 0.002 0.013 0.003 0.079 49 V 0.964 0.005 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 50 W 0.964 0.002 0.001 0.006 0.004 0.001 0.022 51 R 0.919 0.002 0.003 0.008 0.011 0.003 0.055 52 A 0.813 0.007 0.005 0.009 0.016 0.010 0.140 53 W 0.464 0.010 0.014 0.014 0.098 0.060 0.341 54 N 0.214 0.033 0.013 0.013 0.191 0.135 0.402 55 F 0.085 0.032 0.007 0.009 0.447 0.069 0.351 56 E 0.029 0.017 0.005 0.004 0.201 0.018 0.727 57 P 0.012 0.010 0.037 0.024 0.231 0.377 0.309 58 D 0.007 0.018 0.043 0.036 0.161 0.348 0.386 59 A 0.007 0.017 0.078 0.195 0.176 0.330 0.197 60 G 0.009 0.010 0.036 0.244 0.131 0.291 0.279 61 E 0.014 0.008 0.038 0.475 0.191 0.096 0.179 62 G 0.025 0.016 0.031 0.679 0.037 0.064 0.147 63 L 0.023 0.006 0.031 0.814 0.011 0.036 0.078 64 N 0.018 0.002 0.027 0.867 0.012 0.022 0.052 65 R 0.021 0.001 0.020 0.921 0.009 0.014 0.014 66 Y 0.039 0.002 0.020 0.903 0.006 0.018 0.012 67 I 0.084 0.011 0.017 0.836 0.010 0.024 0.017 68 R 0.067 0.004 0.028 0.756 0.020 0.093 0.033 69 T 0.035 0.003 0.024 0.641 0.047 0.224 0.027 70 S 0.014 0.002 0.018 0.253 0.057 0.612 0.043 71 G 0.032 0.010 0.019 0.055 0.219 0.434 0.231 72 I 0.125 0.038 0.016 0.031 0.139 0.060 0.590 73 R 0.229 0.063 0.022 0.037 0.070 0.046 0.532 74 T 0.117 0.021 0.108 0.154 0.141 0.139 0.321 75 D 0.063 0.006 0.101 0.106 0.177 0.283 0.263 76 T 0.100 0.015 0.105 0.147 0.190 0.206 0.238 77 A 0.158 0.020 0.051 0.190 0.172 0.059 0.350 78 T 0.185 0.015 0.062 0.210 0.095 0.079 0.355 79 R 0.217 0.025 0.083 0.303 0.068 0.082 0.222 80 L 0.189 0.022 0.090 0.324 0.052 0.065 0.258 81 E 0.186 0.013 0.088 0.275 0.063 0.107 0.268 82 H 0.142 0.011 0.097 0.254 0.090 0.161 0.245 83 H 0.110 0.012 0.067 0.200 0.118 0.157 0.336 84 H 0.079 0.016 0.077 0.141 0.171 0.182 0.335 85 H 0.054 0.015 0.051 0.101 0.179 0.222 0.378 86 H 0.030 0.016 0.023 0.050 0.046 0.126 0.710 87 H 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.984