# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.417 0.228 0.136 0.110 0.068 0.035 0.007 2 T 0.325 0.265 0.195 0.126 0.064 0.021 0.003 3 Q 0.329 0.302 0.184 0.114 0.049 0.019 0.003 4 S 0.120 0.150 0.203 0.251 0.196 0.072 0.010 5 V 0.150 0.211 0.230 0.203 0.133 0.064 0.010 6 L 0.147 0.252 0.246 0.205 0.109 0.037 0.004 7 L 0.096 0.106 0.168 0.277 0.253 0.092 0.008 8 P 0.506 0.279 0.128 0.059 0.022 0.006 0.001 9 P 0.690 0.226 0.058 0.019 0.005 0.001 0.001 10 G 0.323 0.309 0.216 0.109 0.034 0.009 0.001 11 P 0.370 0.247 0.160 0.121 0.070 0.028 0.004 12 F 0.152 0.145 0.173 0.220 0.189 0.102 0.020 13 T 0.161 0.157 0.177 0.226 0.180 0.083 0.017 14 R 0.225 0.285 0.243 0.156 0.064 0.022 0.004 15 R 0.283 0.310 0.216 0.122 0.052 0.014 0.003 16 Q 0.101 0.102 0.145 0.198 0.229 0.186 0.040 17 A 0.137 0.083 0.101 0.202 0.273 0.183 0.022 18 Q 0.132 0.292 0.305 0.189 0.060 0.020 0.002 19 A 0.164 0.125 0.132 0.208 0.197 0.145 0.029 20 V 0.059 0.064 0.072 0.111 0.190 0.326 0.178 21 T 0.078 0.125 0.161 0.199 0.173 0.181 0.084 22 T 0.133 0.143 0.178 0.200 0.162 0.118 0.066 23 T 0.080 0.129 0.153 0.198 0.215 0.180 0.045 24 Y 0.105 0.088 0.121 0.190 0.239 0.192 0.066 25 S 0.224 0.309 0.206 0.146 0.069 0.036 0.010 26 N 0.206 0.215 0.205 0.191 0.127 0.047 0.010 27 I 0.092 0.086 0.108 0.199 0.237 0.230 0.049 28 T 0.124 0.183 0.209 0.245 0.161 0.069 0.009 29 L 0.158 0.149 0.147 0.208 0.206 0.113 0.018 30 E 0.339 0.279 0.188 0.133 0.049 0.011 0.001 31 D 0.446 0.325 0.135 0.061 0.024 0.009 0.001 32 D 0.363 0.217 0.170 0.148 0.072 0.026 0.003 33 Q 0.412 0.229 0.172 0.107 0.055 0.021 0.003 34 G 0.383 0.224 0.172 0.117 0.069 0.029 0.006 35 S 0.263 0.210 0.178 0.155 0.108 0.066 0.019 36 H 0.090 0.098 0.137 0.194 0.250 0.186 0.045 37 F 0.048 0.062 0.107 0.185 0.223 0.266 0.109 38 R 0.086 0.147 0.157 0.174 0.167 0.188 0.081 39 L 0.093 0.074 0.111 0.180 0.240 0.222 0.080 40 V 0.143 0.094 0.090 0.182 0.223 0.222 0.046 41 V 0.065 0.081 0.089 0.189 0.240 0.285 0.051 42 R 0.060 0.105 0.160 0.246 0.255 0.151 0.022 43 D 0.261 0.307 0.232 0.125 0.052 0.019 0.003 44 T 0.441 0.258 0.139 0.099 0.043 0.016 0.003 45 E 0.599 0.197 0.079 0.052 0.039 0.026 0.007 46 G 0.335 0.211 0.199 0.144 0.080 0.027 0.005 47 R 0.281 0.285 0.202 0.125 0.061 0.036 0.009 48 M 0.143 0.127 0.151 0.178 0.214 0.141 0.044 49 V 0.085 0.091 0.141 0.228 0.211 0.170 0.074 50 W 0.095 0.067 0.058 0.109 0.188 0.296 0.187 51 R 0.048 0.066 0.071 0.123 0.154 0.267 0.270 52 A 0.045 0.050 0.079 0.123 0.157 0.252 0.294 53 W 0.044 0.069 0.103 0.169 0.191 0.245 0.178 54 N 0.073 0.056 0.062 0.109 0.176 0.287 0.237 55 F 0.053 0.068 0.067 0.118 0.201 0.318 0.176 56 E 0.096 0.142 0.157 0.195 0.198 0.160 0.053 57 P 0.210 0.260 0.198 0.161 0.106 0.051 0.013 58 D 0.130 0.283 0.248 0.202 0.091 0.038 0.008 59 A 0.065 0.067 0.098 0.199 0.283 0.236 0.051 60 G 0.189 0.227 0.232 0.190 0.106 0.047 0.009 61 E 0.225 0.336 0.242 0.127 0.052 0.016 0.003 62 G 0.091 0.147 0.212 0.247 0.195 0.093 0.015 63 L 0.019 0.030 0.062 0.139 0.287 0.376 0.086 64 N 0.045 0.117 0.195 0.284 0.225 0.115 0.018 65 R 0.106 0.287 0.272 0.191 0.097 0.041 0.006 66 Y 0.024 0.072 0.168 0.303 0.290 0.130 0.014 67 I 0.020 0.025 0.053 0.168 0.344 0.348 0.042 68 R 0.107 0.234 0.271 0.234 0.116 0.034 0.004 69 T 0.315 0.319 0.187 0.107 0.049 0.019 0.003 70 S 0.214 0.275 0.251 0.165 0.069 0.024 0.003 71 G 0.224 0.205 0.193 0.192 0.129 0.051 0.006 72 I 0.143 0.124 0.149 0.227 0.232 0.114 0.011 73 R 0.248 0.274 0.237 0.153 0.067 0.019 0.002 74 T 0.421 0.307 0.164 0.077 0.025 0.005 0.001 75 D 0.557 0.253 0.111 0.055 0.019 0.004 0.001 76 T 0.390 0.274 0.180 0.103 0.040 0.012 0.001 77 A 0.282 0.205 0.203 0.191 0.094 0.023 0.001 78 T 0.484 0.298 0.133 0.061 0.019 0.005 0.001 79 R 0.303 0.276 0.208 0.140 0.056 0.016 0.002 80 L 0.216 0.149 0.169 0.219 0.175 0.067 0.005 81 E 0.472 0.301 0.143 0.059 0.019 0.006 0.001 82 H 0.391 0.249 0.172 0.122 0.051 0.014 0.001 83 H 0.395 0.236 0.171 0.121 0.059 0.016 0.001 84 H 0.515 0.233 0.133 0.081 0.031 0.007 0.001 85 H 0.582 0.232 0.110 0.052 0.018 0.005 0.001 86 H 0.632 0.197 0.100 0.050 0.018 0.004 0.001 87 H 0.717 0.169 0.070 0.031 0.010 0.002 0.001