# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.027 0.003 0.047 0.103 0.155 0.091 0.003 0.001 0.042 0.509 2 V 0.022 0.014 0.003 0.069 0.275 0.231 0.060 0.003 0.001 0.043 0.279 3 K 0.029 0.016 0.003 0.101 0.125 0.193 0.074 0.003 0.001 0.045 0.409 4 F 0.033 0.004 0.002 0.060 0.170 0.182 0.075 0.005 0.001 0.051 0.416 5 A 0.021 0.012 0.001 0.143 0.133 0.178 0.095 0.004 0.001 0.032 0.381 6 C 0.006 0.002 0.001 0.088 0.113 0.253 0.081 0.002 0.001 0.071 0.383 7 R 0.001 0.005 0.001 0.196 0.231 0.373 0.030 0.001 0.001 0.058 0.103 8 A 0.010 0.003 0.005 0.122 0.207 0.273 0.048 0.001 0.002 0.063 0.266 9 I 0.008 0.005 0.003 0.124 0.305 0.227 0.036 0.001 0.001 0.026 0.264 10 T 0.099 0.020 0.001 0.052 0.097 0.207 0.060 0.006 0.001 0.078 0.379 11 R 0.045 0.008 0.003 0.040 0.073 0.136 0.092 0.006 0.002 0.074 0.521 12 G 0.025 0.008 0.002 0.038 0.132 0.223 0.096 0.004 0.002 0.038 0.431 13 R 0.041 0.004 0.002 0.040 0.152 0.211 0.102 0.002 0.001 0.043 0.402 14 A 0.022 0.006 0.001 0.069 0.233 0.191 0.086 0.002 0.001 0.037 0.352 15 E 0.022 0.011 0.001 0.089 0.146 0.227 0.111 0.004 0.001 0.047 0.341 16 G 0.005 0.011 0.001 0.090 0.141 0.280 0.084 0.003 0.001 0.041 0.343 17 E 0.003 0.005 0.001 0.145 0.248 0.406 0.024 0.001 0.001 0.088 0.079 18 A 0.002 0.004 0.001 0.224 0.211 0.263 0.034 0.001 0.001 0.044 0.215 19 L 0.003 0.004 0.002 0.215 0.319 0.301 0.026 0.001 0.001 0.036 0.094 20 V 0.028 0.011 0.004 0.192 0.170 0.201 0.054 0.003 0.003 0.057 0.277 21 T 0.205 0.062 0.003 0.080 0.065 0.107 0.076 0.018 0.003 0.066 0.316 22 K 0.243 0.056 0.004 0.034 0.012 0.024 0.087 0.009 0.004 0.061 0.466 23 E 0.041 0.050 0.004 0.055 0.047 0.074 0.120 0.006 0.002 0.046 0.554 24 Y 0.050 0.082 0.003 0.047 0.080 0.115 0.117 0.008 0.001 0.058 0.440 25 I 0.079 0.045 0.007 0.103 0.122 0.081 0.104 0.009 0.003 0.121 0.325 26 S 0.078 0.034 0.007 0.112 0.065 0.099 0.141 0.008 0.003 0.102 0.351 27 F 0.130 0.025 0.003 0.083 0.036 0.086 0.127 0.008 0.001 0.087 0.412 28 L 0.085 0.019 0.002 0.090 0.023 0.061 0.159 0.005 0.001 0.083 0.471 29 G 0.025 0.011 0.002 0.080 0.025 0.073 0.165 0.002 0.001 0.059 0.557 30 G 0.023 0.007 0.002 0.047 0.050 0.096 0.156 0.002 0.001 0.071 0.546 31 I 0.025 0.009 0.002 0.042 0.050 0.065 0.153 0.003 0.001 0.064 0.586 32 D 0.169 0.059 0.009 0.045 0.019 0.032 0.166 0.010 0.006 0.128 0.355 33 K 0.309 0.026 0.008 0.019 0.007 0.012 0.085 0.012 0.003 0.083 0.437 34 E 0.135 0.007 0.001 0.014 0.012 0.025 0.111 0.011 0.001 0.051 0.634 35 T 0.025 0.005 0.001 0.025 0.021 0.053 0.127 0.002 0.001 0.027 0.716 36 G 0.019 0.005 0.001 0.044 0.040 0.072 0.105 0.001 0.001 0.035 0.677 37 I 0.009 0.003 0.001 0.019 0.111 0.079 0.147 0.003 0.001 0.025 0.602 38 V 0.024 0.013 0.001 0.024 0.037 0.043 0.129 0.009 0.001 0.017 0.701 39 K 0.565 0.069 0.002 0.010 0.011 0.011 0.045 0.008 0.001 0.029 0.248 40 E 0.047 0.035 0.001 0.012 0.011 0.027 0.089 0.007 0.001 0.028 0.743 41 D 0.028 0.176 0.005 0.014 0.010 0.029 0.080 0.003 0.002 0.026 0.628 42 C 0.167 0.099 0.035 0.019 0.076 0.060 0.080 0.015 0.011 0.084 0.352 43 E 0.285 0.059 0.002 0.008 0.025 0.028 0.064 0.011 0.002 0.042 0.474 44 I 0.221 0.029 0.001 0.011 0.018 0.025 0.070 0.004 0.001 0.043 0.578 45 K 0.021 0.031 0.001 0.014 0.012 0.024 0.105 0.003 0.001 0.028 0.761 46 G 0.033 0.035 0.002 0.016 0.040 0.068 0.125 0.006 0.001 0.047 0.626 47 E 0.060 0.010 0.005 0.030 0.143 0.102 0.109 0.005 0.002 0.086 0.448 48 S 0.060 0.007 0.003 0.068 0.052 0.120 0.138 0.003 0.002 0.084 0.463 49 V 0.204 0.004 0.004 0.053 0.057 0.073 0.125 0.004 0.002 0.084 0.390 50 A 0.016 0.002 0.001 0.166 0.028 0.047 0.208 0.002 0.001 0.018 0.513 51 G 0.002 0.001 0.001 0.102 0.045 0.116 0.130 0.002 0.001 0.043 0.559 52 R 0.001 0.001 0.001 0.501 0.143 0.179 0.030 0.001 0.001 0.058 0.088 53 I 0.001 0.001 0.001 0.547 0.110 0.151 0.019 0.001 0.001 0.049 0.124 54 L 0.001 0.001 0.001 0.597 0.214 0.108 0.007 0.001 0.001 0.031 0.043 55 V 0.001 0.001 0.001 0.780 0.044 0.056 0.015 0.001 0.001 0.040 0.064 56 F 0.034 0.001 0.001 0.490 0.065 0.082 0.054 0.001 0.001 0.135 0.137 57 P 0.046 0.001 0.001 0.229 0.010 0.025 0.156 0.001 0.001 0.065 0.465 58 G 0.025 0.001 0.001 0.043 0.013 0.029 0.194 0.002 0.001 0.036 0.655 59 G 0.025 0.002 0.001 0.049 0.024 0.041 0.244 0.004 0.001 0.065 0.546 60 K 0.043 0.013 0.001 0.050 0.023 0.041 0.229 0.004 0.001 0.119 0.476 61 G 0.049 0.055 0.002 0.035 0.027 0.055 0.167 0.005 0.001 0.106 0.498 62 S 0.040 0.128 0.002 0.020 0.031 0.061 0.141 0.004 0.001 0.148 0.424 63 T 0.031 0.305 0.003 0.018 0.029 0.075 0.097 0.003 0.001 0.159 0.279 64 V 0.027 0.538 0.002 0.011 0.023 0.052 0.052 0.003 0.001 0.140 0.152 65 G 0.012 0.723 0.002 0.006 0.022 0.041 0.027 0.002 0.001 0.089 0.076 66 S 0.008 0.758 0.001 0.007 0.024 0.046 0.015 0.001 0.001 0.095 0.045 67 Y 0.004 0.513 0.002 0.017 0.056 0.067 0.014 0.001 0.001 0.282 0.045 68 V 0.002 0.928 0.001 0.005 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.008 0.019 69 L 0.006 0.935 0.002 0.004 0.013 0.012 0.003 0.003 0.001 0.007 0.016 70 L 0.024 0.714 0.005 0.013 0.020 0.019 0.012 0.008 0.001 0.124 0.061 71 N 0.054 0.279 0.012 0.016 0.014 0.017 0.035 0.007 0.008 0.434 0.124 72 L 0.088 0.088 0.151 0.019 0.009 0.011 0.071 0.014 0.093 0.297 0.159 73 R 0.266 0.029 0.022 0.017 0.012 0.016 0.097 0.014 0.019 0.075 0.432 74 K 0.108 0.026 0.001 0.009 0.004 0.008 0.077 0.004 0.002 0.032 0.729 75 N 0.043 0.006 0.001 0.008 0.003 0.008 0.114 0.002 0.001 0.053 0.761 76 G 0.026 0.012 0.004 0.021 0.006 0.023 0.145 0.004 0.002 0.091 0.664 77 V 0.124 0.031 0.003 0.014 0.010 0.019 0.126 0.003 0.001 0.058 0.611 78 A 0.081 0.074 0.003 0.039 0.014 0.029 0.134 0.008 0.001 0.065 0.550 79 P 0.054 0.131 0.001 0.051 0.023 0.050 0.127 0.005 0.001 0.071 0.486 80 K 0.012 0.053 0.002 0.141 0.099 0.189 0.087 0.004 0.001 0.138 0.276 81 A 0.005 0.050 0.002 0.195 0.122 0.242 0.062 0.002 0.001 0.113 0.205 82 I 0.011 0.018 0.005 0.260 0.181 0.196 0.043 0.002 0.001 0.087 0.195 83 I 0.017 0.003 0.003 0.202 0.189 0.166 0.037 0.001 0.001 0.211 0.171 84 N 0.030 0.008 0.003 0.137 0.069 0.141 0.080 0.002 0.002 0.138 0.390 85 K 0.151 0.011 0.006 0.080 0.037 0.063 0.117 0.004 0.005 0.097 0.429 86 K 0.039 0.020 0.003 0.035 0.031 0.056 0.142 0.006 0.002 0.068 0.598 87 T 0.046 0.095 0.001 0.016 0.020 0.023 0.096 0.003 0.001 0.026 0.673 88 E 0.020 0.072 0.002 0.068 0.094 0.083 0.119 0.009 0.001 0.073 0.458 89 T 0.010 0.154 0.002 0.113 0.072 0.121 0.071 0.003 0.001 0.127 0.327 90 I 0.012 0.132 0.004 0.195 0.117 0.152 0.042 0.002 0.001 0.154 0.188 91 I 0.010 0.111 0.003 0.340 0.133 0.115 0.031 0.001 0.001 0.142 0.113 92 A 0.012 0.146 0.003 0.291 0.111 0.167 0.035 0.003 0.001 0.119 0.112 93 V 0.026 0.115 0.004 0.249 0.113 0.152 0.052 0.005 0.001 0.116 0.166 94 G 0.024 0.113 0.004 0.163 0.139 0.211 0.058 0.004 0.002 0.097 0.186 95 A 0.041 0.058 0.009 0.115 0.168 0.192 0.088 0.004 0.004 0.089 0.233 96 A 0.048 0.052 0.005 0.157 0.135 0.171 0.083 0.010 0.002 0.078 0.259 97 M 0.264 0.032 0.004 0.066 0.080 0.099 0.087 0.005 0.003 0.090 0.270 98 A 0.032 0.032 0.006 0.090 0.077 0.128 0.125 0.003 0.003 0.031 0.473 99 E 0.034 0.069 0.004 0.025 0.029 0.061 0.102 0.006 0.002 0.021 0.646 100 I 0.173 0.099 0.006 0.022 0.097 0.078 0.108 0.032 0.003 0.069 0.313 101 P 0.156 0.139 0.007 0.023 0.025 0.051 0.097 0.009 0.004 0.041 0.447 102 L 0.130 0.087 0.009 0.022 0.038 0.078 0.071 0.013 0.003 0.046 0.502 103 V 0.143 0.039 0.005 0.020 0.037 0.049 0.085 0.006 0.002 0.043 0.572 104 E 0.056 0.034 0.004 0.026 0.042 0.067 0.107 0.005 0.002 0.035 0.621 105 V 0.066 0.044 0.004 0.023 0.023 0.035 0.090 0.005 0.002 0.028 0.682 106 R 0.111 0.063 0.003 0.019 0.040 0.037 0.103 0.012 0.001 0.038 0.571 107 D 0.062 0.114 0.002 0.022 0.035 0.046 0.108 0.009 0.001 0.028 0.573 108 E 0.051 0.092 0.003 0.032 0.045 0.062 0.091 0.006 0.001 0.024 0.593 109 K 0.036 0.205 0.003 0.045 0.078 0.077 0.085 0.007 0.001 0.027 0.436 110 F 0.060 0.350 0.003 0.032 0.041 0.049 0.062 0.012 0.001 0.023 0.366 111 F 0.082 0.360 0.005 0.039 0.039 0.047 0.054 0.016 0.001 0.043 0.313 112 E 0.068 0.183 0.007 0.039 0.051 0.083 0.070 0.007 0.003 0.129 0.360 113 A 0.065 0.082 0.048 0.033 0.038 0.067 0.095 0.006 0.019 0.149 0.398 114 V 0.178 0.022 0.017 0.020 0.044 0.057 0.078 0.010 0.010 0.073 0.492 115 K 0.280 0.013 0.003 0.011 0.021 0.031 0.070 0.006 0.002 0.055 0.508 116 T 0.035 0.007 0.001 0.013 0.010 0.027 0.109 0.003 0.001 0.027 0.767 117 G 0.013 0.006 0.001 0.019 0.017 0.046 0.124 0.003 0.001 0.036 0.734 118 D 0.012 0.008 0.001 0.056 0.133 0.198 0.109 0.004 0.001 0.083 0.396 119 R 0.012 0.007 0.001 0.085 0.066 0.170 0.081 0.002 0.001 0.067 0.509 120 V 0.008 0.004 0.001 0.142 0.207 0.203 0.055 0.001 0.001 0.049 0.331 121 V 0.010 0.004 0.001 0.092 0.159 0.196 0.081 0.001 0.001 0.055 0.401 122 V 0.007 0.006 0.002 0.082 0.100 0.127 0.095 0.004 0.002 0.031 0.545 123 N 0.447 0.067 0.005 0.031 0.034 0.044 0.059 0.016 0.006 0.056 0.235 124 A 0.303 0.066 0.008 0.017 0.009 0.014 0.064 0.009 0.004 0.057 0.450 125 D 0.090 0.046 0.002 0.012 0.030 0.051 0.077 0.008 0.001 0.022 0.662 126 E 0.062 0.100 0.003 0.040 0.063 0.082 0.086 0.003 0.001 0.019 0.542 127 G 0.032 0.121 0.003 0.038 0.152 0.136 0.092 0.005 0.001 0.028 0.393 128 Y 0.034 0.318 0.002 0.038 0.147 0.104 0.058 0.011 0.001 0.017 0.270 129 V 0.067 0.409 0.003 0.024 0.097 0.104 0.046 0.009 0.001 0.009 0.232 130 E 0.027 0.404 0.004 0.056 0.139 0.211 0.026 0.008 0.001 0.017 0.107 131 L 0.040 0.192 0.015 0.042 0.115 0.231 0.046 0.008 0.006 0.046 0.260 132 I 0.076 0.142 0.012 0.051 0.253 0.206 0.040 0.010 0.004 0.047 0.160 133 E 0.082 0.089 0.009 0.035 0.103 0.168 0.069 0.008 0.006 0.032 0.399 134 L 0.059 0.025 0.005 0.022 0.088 0.126 0.057 0.004 0.003 0.023 0.589 135 E 0.033 0.036 0.004 0.015 0.067 0.131 0.069 0.004 0.002 0.028 0.610 136 H 0.043 0.025 0.008 0.006 0.028 0.044 0.064 0.006 0.004 0.030 0.741 137 H 0.220 0.020 0.005 0.006 0.019 0.022 0.052 0.011 0.002 0.054 0.589 138 H 0.079 0.004 0.001 0.004 0.006 0.010 0.055 0.002 0.001 0.037 0.801 139 H 0.023 0.004 0.001 0.008 0.008 0.013 0.071 0.001 0.001 0.022 0.850 140 H 0.019 0.006 0.001 0.011 0.020 0.019 0.107 0.002 0.001 0.027 0.788 141 H 0.026 0.005 0.001 0.009 0.032 0.027 0.140 0.007 0.001 0.036 0.718