# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.3204 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.035 0.041 0.095 0.252 0.077 0.059 0.427 2 V 0.013 0.038 0.041 0.369 0.297 0.042 0.052 0.148 3 K 0.024 0.043 0.070 0.127 0.272 0.065 0.070 0.330 4 F 0.035 0.053 0.067 0.199 0.227 0.056 0.107 0.256 5 A 0.040 0.050 0.074 0.163 0.230 0.069 0.084 0.290 6 C 0.019 0.020 0.058 0.098 0.178 0.061 0.185 0.381 7 R 0.008 0.017 0.085 0.237 0.310 0.054 0.117 0.172 8 A 0.013 0.012 0.096 0.143 0.257 0.063 0.104 0.313 9 I 0.052 0.010 0.091 0.192 0.162 0.082 0.077 0.334 10 T 0.102 0.014 0.043 0.080 0.102 0.078 0.083 0.500 11 R 0.036 0.010 0.032 0.033 0.085 0.118 0.037 0.648 12 G 0.028 0.013 0.056 0.072 0.192 0.124 0.046 0.469 13 R 0.016 0.012 0.059 0.120 0.135 0.129 0.052 0.476 14 A 0.015 0.027 0.084 0.140 0.188 0.093 0.040 0.412 15 E 0.049 0.049 0.073 0.104 0.210 0.070 0.079 0.366 16 G 0.062 0.046 0.050 0.187 0.222 0.065 0.084 0.283 17 E 0.012 0.008 0.089 0.209 0.351 0.047 0.106 0.178 18 A 0.004 0.007 0.071 0.193 0.449 0.041 0.065 0.171 19 L 0.004 0.005 0.074 0.306 0.463 0.025 0.023 0.100 20 V 0.011 0.005 0.098 0.292 0.323 0.046 0.036 0.188 21 T 0.091 0.024 0.035 0.150 0.223 0.059 0.076 0.342 22 K 0.107 0.017 0.026 0.049 0.084 0.115 0.062 0.540 23 E 0.021 0.021 0.034 0.050 0.095 0.151 0.055 0.573 24 Y 0.020 0.024 0.046 0.053 0.100 0.110 0.051 0.595 25 I 0.043 0.041 0.058 0.099 0.110 0.102 0.083 0.464 26 S 0.042 0.023 0.128 0.127 0.148 0.077 0.140 0.316 27 F 0.199 0.020 0.051 0.068 0.080 0.088 0.049 0.446 28 L 0.146 0.010 0.049 0.051 0.080 0.092 0.051 0.521 29 G 0.024 0.009 0.027 0.033 0.074 0.125 0.018 0.690 30 G 0.007 0.007 0.040 0.058 0.168 0.138 0.035 0.547 31 I 0.009 0.003 0.045 0.052 0.047 0.109 0.078 0.657 32 D 0.348 0.028 0.030 0.074 0.041 0.059 0.285 0.135 33 K 0.171 0.008 0.017 0.011 0.019 0.114 0.040 0.619 34 E 0.023 0.006 0.043 0.025 0.093 0.125 0.037 0.648 35 T 0.007 0.005 0.062 0.036 0.128 0.082 0.036 0.643 36 G 0.012 0.006 0.098 0.195 0.199 0.121 0.041 0.329 37 I 0.008 0.005 0.121 0.142 0.149 0.080 0.050 0.445 38 V 0.089 0.014 0.066 0.075 0.086 0.107 0.079 0.484 39 K 0.385 0.042 0.030 0.029 0.029 0.081 0.086 0.319 40 E 0.043 0.034 0.014 0.016 0.025 0.098 0.021 0.748 41 D 0.054 0.044 0.020 0.016 0.035 0.109 0.030 0.692 42 C 0.081 0.077 0.031 0.083 0.092 0.108 0.124 0.404 43 E 0.197 0.036 0.013 0.029 0.050 0.103 0.046 0.526 44 I 0.195 0.036 0.013 0.048 0.048 0.089 0.115 0.456 45 K 0.018 0.020 0.010 0.023 0.054 0.107 0.024 0.744 46 G 0.061 0.041 0.014 0.044 0.112 0.075 0.071 0.582 47 E 0.014 0.022 0.031 0.213 0.198 0.107 0.081 0.333 48 S 0.111 0.011 0.054 0.050 0.094 0.152 0.092 0.436 49 V 0.503 0.017 0.020 0.068 0.045 0.059 0.073 0.215 50 A 0.011 0.006 0.027 0.017 0.082 0.143 0.022 0.692 51 G 0.003 0.002 0.051 0.039 0.279 0.098 0.034 0.495 52 R 0.002 0.001 0.094 0.531 0.280 0.027 0.033 0.033 53 I 0.003 0.001 0.206 0.215 0.256 0.036 0.052 0.232 54 L 0.001 0.001 0.361 0.209 0.361 0.011 0.027 0.030 55 V 0.003 0.001 0.305 0.202 0.303 0.038 0.030 0.119 56 F 0.093 0.001 0.218 0.204 0.164 0.087 0.115 0.118 57 P 0.019 0.001 0.048 0.042 0.089 0.169 0.060 0.572 58 G 0.038 0.001 0.066 0.008 0.031 0.202 0.054 0.600 59 G 0.083 0.004 0.043 0.024 0.036 0.171 0.137 0.500 60 K 0.022 0.006 0.070 0.029 0.049 0.220 0.060 0.545 61 G 0.018 0.013 0.061 0.023 0.071 0.164 0.048 0.602 62 S 0.039 0.041 0.071 0.044 0.056 0.154 0.113 0.481 63 T 0.061 0.348 0.061 0.029 0.033 0.087 0.135 0.247 64 V 0.034 0.704 0.019 0.019 0.030 0.041 0.029 0.126 65 G 0.012 0.860 0.008 0.009 0.023 0.012 0.028 0.049 66 S 0.004 0.915 0.003 0.008 0.019 0.005 0.031 0.014 67 Y 0.004 0.727 0.013 0.043 0.062 0.008 0.123 0.020 68 V 0.003 0.887 0.004 0.031 0.037 0.003 0.028 0.007 69 L 0.008 0.917 0.010 0.010 0.023 0.003 0.022 0.007 70 L 0.014 0.791 0.016 0.068 0.049 0.005 0.040 0.018 71 N 0.036 0.352 0.081 0.082 0.085 0.019 0.247 0.098 72 L 0.188 0.072 0.118 0.066 0.053 0.046 0.311 0.146 73 R 0.861 0.004 0.008 0.008 0.006 0.014 0.023 0.076 74 K 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.879 75 N 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.068 0.004 0.921 76 G 0.004 0.002 0.006 0.004 0.007 0.121 0.015 0.840 77 V 0.029 0.029 0.014 0.024 0.008 0.136 0.017 0.743 78 A 0.246 0.287 0.038 0.013 0.010 0.055 0.039 0.313 79 P 0.228 0.440 0.015 0.009 0.014 0.036 0.050 0.207 80 K 0.033 0.155 0.121 0.023 0.048 0.055 0.283 0.282 81 A 0.020 0.179 0.124 0.059 0.121 0.066 0.212 0.218 82 I 0.073 0.123 0.181 0.107 0.152 0.077 0.085 0.202 83 I 0.032 0.034 0.164 0.095 0.128 0.068 0.205 0.275 84 N 0.041 0.047 0.087 0.045 0.106 0.086 0.209 0.379 85 K 0.034 0.016 0.032 0.032 0.045 0.141 0.174 0.526 86 K 0.052 0.047 0.021 0.023 0.032 0.140 0.078 0.607 87 T 0.068 0.102 0.013 0.014 0.024 0.124 0.104 0.551 88 E 0.017 0.200 0.037 0.026 0.054 0.123 0.078 0.464 89 T 0.014 0.278 0.147 0.055 0.134 0.055 0.146 0.170 90 I 0.006 0.166 0.200 0.117 0.109 0.054 0.155 0.193 91 I 0.013 0.141 0.358 0.152 0.155 0.030 0.098 0.053 92 A 0.027 0.168 0.213 0.073 0.124 0.052 0.227 0.116 93 V 0.017 0.246 0.236 0.096 0.157 0.045 0.090 0.112 94 G 0.028 0.146 0.187 0.091 0.206 0.058 0.105 0.181 95 A 0.017 0.053 0.274 0.123 0.158 0.060 0.175 0.140 96 A 0.078 0.060 0.182 0.184 0.263 0.041 0.078 0.113 97 M 0.159 0.024 0.103 0.074 0.103 0.096 0.089 0.353 98 A 0.013 0.019 0.071 0.063 0.103 0.137 0.043 0.552 99 E 0.034 0.026 0.027 0.018 0.041 0.095 0.030 0.729 100 I 0.164 0.062 0.033 0.046 0.038 0.121 0.084 0.453 101 P 0.073 0.069 0.048 0.045 0.061 0.115 0.079 0.511 102 L 0.094 0.063 0.029 0.023 0.048 0.086 0.087 0.569 103 V 0.095 0.049 0.049 0.061 0.054 0.102 0.110 0.480 104 E 0.061 0.064 0.025 0.030 0.042 0.088 0.053 0.636 105 V 0.070 0.058 0.020 0.016 0.029 0.091 0.043 0.673 106 R 0.103 0.072 0.031 0.033 0.032 0.104 0.072 0.554 107 D 0.119 0.176 0.017 0.018 0.028 0.069 0.067 0.506 108 E 0.056 0.143 0.025 0.020 0.032 0.084 0.040 0.599 109 K 0.035 0.203 0.032 0.060 0.065 0.100 0.039 0.464 110 F 0.051 0.299 0.025 0.031 0.048 0.065 0.071 0.409 111 F 0.114 0.327 0.031 0.043 0.053 0.058 0.089 0.287 112 E 0.069 0.085 0.036 0.109 0.100 0.052 0.287 0.262 113 A 0.031 0.039 0.034 0.047 0.078 0.092 0.276 0.403 114 V 0.125 0.031 0.045 0.059 0.087 0.121 0.103 0.431 115 K 0.169 0.015 0.013 0.025 0.033 0.085 0.031 0.630 116 T 0.054 0.022 0.006 0.007 0.020 0.075 0.019 0.797 117 G 0.034 0.017 0.023 0.030 0.102 0.138 0.045 0.610 118 D 0.045 0.009 0.027 0.176 0.258 0.073 0.051 0.360 119 R 0.008 0.002 0.036 0.226 0.279 0.047 0.034 0.367 120 V 0.004 0.002 0.048 0.233 0.322 0.059 0.014 0.318 121 V 0.004 0.002 0.040 0.296 0.353 0.045 0.017 0.243 122 V 0.010 0.003 0.041 0.110 0.095 0.064 0.028 0.648 123 N 0.393 0.057 0.022 0.082 0.076 0.045 0.131 0.194 124 A 0.331 0.064 0.012 0.020 0.026 0.071 0.055 0.422 125 D 0.049 0.108 0.017 0.026 0.069 0.090 0.034 0.607 126 E 0.013 0.084 0.023 0.037 0.122 0.090 0.034 0.596 127 G 0.009 0.176 0.040 0.154 0.234 0.075 0.056 0.256 128 Y 0.028 0.431 0.039 0.098 0.144 0.034 0.081 0.144 129 V 0.030 0.534 0.044 0.111 0.089 0.020 0.064 0.108 130 E 0.013 0.573 0.046 0.099 0.128 0.018 0.030 0.094 131 L 0.049 0.478 0.073 0.063 0.100 0.028 0.078 0.132 132 I 0.069 0.335 0.061 0.160 0.110 0.031 0.122 0.112 133 E 0.116 0.213 0.037 0.064 0.082 0.043 0.109 0.336 134 L 0.109 0.134 0.020 0.039 0.046 0.071 0.093 0.489 135 E 0.077 0.045 0.023 0.042 0.039 0.094 0.068 0.613 136 H 0.124 0.024 0.010 0.015 0.018 0.082 0.053 0.674 137 H 0.124 0.018 0.009 0.012 0.015 0.092 0.045 0.685 138 H 0.102 0.009 0.008 0.009 0.013 0.097 0.032 0.730 139 H 0.071 0.008 0.008 0.011 0.016 0.102 0.037 0.746 140 H 0.029 0.007 0.012 0.012 0.022 0.111 0.032 0.774 141 H 0.042 0.011 0.025 0.029 0.049 0.116 0.046 0.681