# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 39 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 V 0.502 0.018 0.001 0.009 0.005 0.005 0.460 3 K 0.793 0.015 0.001 0.005 0.024 0.004 0.157 4 F 0.868 0.005 0.002 0.005 0.008 0.005 0.107 5 A 0.822 0.004 0.003 0.009 0.032 0.011 0.120 6 C 0.775 0.004 0.010 0.014 0.034 0.029 0.134 7 R 0.759 0.005 0.014 0.013 0.053 0.026 0.129 8 A 0.819 0.005 0.011 0.011 0.041 0.021 0.093 9 I 0.747 0.022 0.015 0.017 0.044 0.032 0.123 10 T 0.660 0.034 0.008 0.010 0.066 0.030 0.192 11 R 0.398 0.008 0.019 0.008 0.193 0.108 0.267 12 G 0.338 0.009 0.019 0.005 0.320 0.084 0.226 13 R 0.694 0.011 0.016 0.006 0.089 0.051 0.131 14 A 0.851 0.013 0.005 0.005 0.020 0.013 0.093 15 E 0.872 0.004 0.003 0.004 0.024 0.008 0.085 16 G 0.851 0.003 0.002 0.005 0.024 0.005 0.110 17 E 0.884 0.003 0.002 0.006 0.028 0.003 0.075 18 A 0.928 0.003 0.002 0.007 0.008 0.002 0.050 19 L 0.954 0.004 0.002 0.006 0.005 0.002 0.027 20 V 0.903 0.006 0.002 0.012 0.008 0.007 0.062 21 T 0.608 0.006 0.005 0.018 0.100 0.049 0.214 22 K 0.162 0.004 0.006 0.012 0.460 0.083 0.274 23 E 0.097 0.008 0.017 0.024 0.483 0.106 0.266 24 Y 0.199 0.016 0.040 0.033 0.235 0.114 0.364 25 I 0.430 0.023 0.075 0.034 0.081 0.067 0.290 26 S 0.568 0.014 0.071 0.034 0.070 0.069 0.174 27 F 0.511 0.036 0.094 0.051 0.079 0.085 0.144 28 L 0.392 0.014 0.067 0.046 0.130 0.079 0.271 29 G 0.251 0.005 0.048 0.029 0.234 0.118 0.316 30 G 0.320 0.011 0.023 0.018 0.176 0.081 0.373 31 I 0.415 0.075 0.010 0.028 0.089 0.023 0.360 32 D 0.185 0.029 0.016 0.022 0.053 0.018 0.679 33 K 0.020 0.005 0.220 0.075 0.052 0.575 0.054 34 E 0.006 0.001 0.136 0.039 0.042 0.758 0.019 35 T 0.042 0.009 0.124 0.076 0.133 0.462 0.155 36 G 0.083 0.009 0.009 0.012 0.241 0.122 0.523 37 I 0.255 0.055 0.009 0.007 0.103 0.031 0.540 38 V 0.402 0.209 0.009 0.011 0.038 0.009 0.322 39 K 0.100 0.014 0.018 0.012 0.040 0.022 0.794 40 E 0.023 0.004 0.061 0.032 0.095 0.705 0.081 41 D 0.011 0.008 0.039 0.030 0.107 0.743 0.062 42 C 0.033 0.027 0.108 0.079 0.250 0.149 0.353 43 E 0.025 0.020 0.165 0.074 0.115 0.435 0.166 44 I 0.021 0.009 0.169 0.037 0.093 0.586 0.086 45 K 0.041 0.024 0.114 0.046 0.103 0.563 0.109 46 G 0.054 0.012 0.027 0.014 0.153 0.522 0.220 47 E 0.264 0.042 0.017 0.013 0.153 0.039 0.472 48 S 0.407 0.071 0.014 0.012 0.051 0.022 0.424 49 V 0.455 0.021 0.050 0.014 0.048 0.132 0.280 50 A 0.186 0.005 0.043 0.010 0.077 0.628 0.050 51 G 0.205 0.005 0.027 0.005 0.242 0.408 0.108 52 R 0.548 0.009 0.006 0.004 0.071 0.018 0.344 53 I 0.870 0.017 0.002 0.001 0.018 0.004 0.088 54 L 0.927 0.008 0.001 0.001 0.009 0.003 0.051 55 V 0.927 0.009 0.001 0.001 0.010 0.004 0.047 56 F 0.801 0.028 0.001 0.002 0.022 0.006 0.139 57 P 0.385 0.015 0.009 0.004 0.101 0.085 0.401 58 G 0.094 0.011 0.017 0.006 0.363 0.279 0.229 59 G 0.098 0.048 0.030 0.008 0.305 0.180 0.331 60 K 0.030 0.019 0.043 0.012 0.338 0.383 0.174 61 G 0.021 0.023 0.035 0.017 0.430 0.299 0.175 62 S 0.034 0.033 0.046 0.051 0.220 0.115 0.502 63 T 0.020 0.031 0.061 0.207 0.183 0.255 0.243 64 V 0.010 0.014 0.033 0.446 0.161 0.222 0.114 65 G 0.006 0.003 0.014 0.709 0.078 0.098 0.091 66 S 0.002 0.001 0.004 0.941 0.012 0.022 0.018 67 Y 0.002 0.001 0.002 0.975 0.003 0.010 0.008 68 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 69 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.002 70 L 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 71 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 73 R 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.019 0.002 74 K 0.001 0.001 0.003 0.824 0.004 0.166 0.003 75 N 0.001 0.001 0.002 0.175 0.019 0.796 0.007 76 G 0.001 0.001 0.004 0.021 0.173 0.658 0.142 77 V 0.013 0.021 0.005 0.012 0.207 0.033 0.709 78 A 0.076 0.092 0.007 0.022 0.149 0.018 0.637 79 P 0.066 0.006 0.023 0.067 0.093 0.025 0.720 80 K 0.126 0.004 0.116 0.329 0.152 0.087 0.185 81 A 0.260 0.007 0.128 0.429 0.032 0.073 0.071 82 I 0.228 0.008 0.099 0.528 0.017 0.072 0.047 83 I 0.271 0.008 0.046 0.477 0.035 0.076 0.088 84 N 0.184 0.016 0.059 0.319 0.073 0.172 0.178 85 K 0.073 0.009 0.038 0.324 0.171 0.159 0.226 86 K 0.029 0.014 0.028 0.356 0.181 0.140 0.252 87 T 0.018 0.006 0.018 0.586 0.120 0.085 0.167 88 E 0.015 0.001 0.008 0.840 0.038 0.026 0.073 89 T 0.006 0.001 0.006 0.949 0.014 0.010 0.015 90 I 0.006 0.001 0.003 0.981 0.002 0.004 0.004 91 I 0.005 0.001 0.001 0.988 0.001 0.003 0.002 92 A 0.007 0.001 0.001 0.986 0.001 0.004 0.002 93 V 0.004 0.001 0.001 0.980 0.001 0.013 0.001 94 G 0.005 0.001 0.002 0.972 0.003 0.017 0.002 95 A 0.004 0.001 0.004 0.978 0.003 0.006 0.004 96 A 0.005 0.001 0.010 0.965 0.003 0.014 0.002 97 M 0.009 0.001 0.015 0.923 0.004 0.043 0.005 98 A 0.016 0.004 0.021 0.761 0.009 0.176 0.013 99 E 0.040 0.004 0.027 0.400 0.100 0.322 0.107 100 I 0.065 0.007 0.048 0.266 0.162 0.092 0.361 101 P 0.105 0.012 0.083 0.181 0.122 0.109 0.389 102 L 0.122 0.034 0.179 0.153 0.091 0.194 0.227 103 V 0.158 0.023 0.145 0.104 0.150 0.158 0.263 104 E 0.139 0.012 0.107 0.099 0.234 0.146 0.264 105 V 0.134 0.014 0.044 0.076 0.201 0.125 0.406 106 R 0.153 0.012 0.012 0.030 0.212 0.036 0.546 107 D 0.218 0.010 0.008 0.015 0.133 0.032 0.584 108 E 0.437 0.048 0.025 0.040 0.070 0.037 0.342 109 K 0.438 0.019 0.029 0.045 0.073 0.035 0.361 110 F 0.428 0.013 0.057 0.056 0.077 0.059 0.310 111 F 0.420 0.024 0.053 0.052 0.067 0.035 0.350 112 E 0.325 0.018 0.056 0.041 0.080 0.033 0.447 113 A 0.293 0.015 0.165 0.110 0.107 0.097 0.212 114 V 0.259 0.022 0.137 0.089 0.131 0.106 0.256 115 K 0.212 0.021 0.115 0.073 0.131 0.119 0.329 116 T 0.141 0.012 0.080 0.053 0.213 0.272 0.229 117 G 0.099 0.006 0.055 0.023 0.228 0.440 0.149 118 D 0.274 0.007 0.032 0.014 0.176 0.105 0.391 119 R 0.746 0.018 0.006 0.007 0.041 0.016 0.166 120 V 0.912 0.008 0.002 0.005 0.012 0.006 0.055 121 V 0.939 0.004 0.001 0.003 0.008 0.005 0.040 122 V 0.896 0.012 0.001 0.003 0.014 0.005 0.070 123 N 0.554 0.007 0.002 0.003 0.049 0.017 0.367 124 A 0.125 0.004 0.099 0.078 0.198 0.351 0.145 125 D 0.062 0.004 0.142 0.098 0.193 0.431 0.070 126 E 0.154 0.009 0.151 0.157 0.131 0.272 0.126 127 G 0.413 0.027 0.028 0.154 0.088 0.055 0.234 128 Y 0.684 0.020 0.010 0.087 0.037 0.025 0.138 129 V 0.758 0.006 0.015 0.102 0.020 0.012 0.085 130 E 0.791 0.004 0.026 0.094 0.020 0.011 0.053 131 L 0.780 0.006 0.034 0.098 0.022 0.013 0.047 132 I 0.731 0.008 0.032 0.111 0.020 0.016 0.082 133 E 0.560 0.014 0.032 0.149 0.045 0.028 0.171 134 L 0.324 0.011 0.041 0.179 0.120 0.074 0.252 135 E 0.137 0.010 0.029 0.089 0.210 0.074 0.451 136 H 0.056 0.028 0.019 0.053 0.246 0.045 0.553 137 H 0.021 0.011 0.037 0.074 0.171 0.096 0.590 138 H 0.010 0.004 0.083 0.096 0.213 0.290 0.304 139 H 0.010 0.008 0.100 0.096 0.193 0.314 0.278 140 H 0.009 0.014 0.052 0.080 0.031 0.172 0.642 141 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994