# TARGET T0357 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 39 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.639 0.228 0.092 0.033 0.006 0.001 0.001 2 V 0.546 0.254 0.105 0.065 0.025 0.004 0.001 3 K 0.329 0.339 0.192 0.098 0.033 0.008 0.001 4 F 0.181 0.122 0.146 0.224 0.218 0.099 0.009 5 A 0.201 0.304 0.245 0.161 0.066 0.021 0.002 6 C 0.262 0.166 0.143 0.178 0.157 0.081 0.013 7 R 0.257 0.311 0.207 0.143 0.061 0.019 0.002 8 A 0.212 0.214 0.183 0.199 0.137 0.051 0.003 9 I 0.186 0.271 0.230 0.196 0.089 0.027 0.002 10 T 0.164 0.180 0.178 0.218 0.184 0.070 0.006 11 R 0.240 0.331 0.236 0.149 0.037 0.007 0.001 12 G 0.220 0.255 0.182 0.172 0.125 0.042 0.004 13 R 0.137 0.333 0.302 0.172 0.048 0.008 0.001 14 A 0.032 0.054 0.090 0.253 0.373 0.188 0.010 15 E 0.089 0.319 0.343 0.196 0.044 0.009 0.001 16 G 0.047 0.105 0.124 0.207 0.273 0.209 0.035 17 E 0.032 0.156 0.278 0.314 0.160 0.052 0.008 18 A 0.019 0.038 0.066 0.151 0.284 0.389 0.053 19 L 0.017 0.045 0.091 0.179 0.269 0.343 0.055 20 V 0.031 0.077 0.128 0.236 0.277 0.226 0.025 21 T 0.034 0.091 0.132 0.228 0.315 0.181 0.019 22 K 0.071 0.243 0.342 0.256 0.074 0.013 0.001 23 E 0.140 0.319 0.215 0.185 0.104 0.034 0.004 24 Y 0.030 0.126 0.248 0.298 0.202 0.085 0.012 25 I 0.015 0.026 0.052 0.137 0.291 0.394 0.085 26 S 0.040 0.062 0.107 0.164 0.228 0.299 0.100 27 F 0.032 0.060 0.083 0.154 0.198 0.307 0.167 28 L 0.033 0.050 0.083 0.143 0.210 0.306 0.175 29 G 0.020 0.037 0.060 0.136 0.252 0.326 0.169 30 G 0.042 0.140 0.215 0.239 0.190 0.124 0.050 31 I 0.026 0.060 0.120 0.237 0.289 0.211 0.059 32 D 0.137 0.280 0.231 0.197 0.110 0.039 0.007 33 K 0.279 0.276 0.208 0.149 0.062 0.021 0.005 34 E 0.453 0.304 0.129 0.068 0.029 0.014 0.003 35 T 0.135 0.206 0.243 0.219 0.135 0.054 0.008 36 G 0.153 0.151 0.168 0.225 0.189 0.103 0.012 37 I 0.090 0.113 0.138 0.196 0.217 0.202 0.044 38 V 0.063 0.099 0.157 0.267 0.258 0.138 0.017 39 K 0.127 0.247 0.273 0.196 0.109 0.042 0.006 40 E 0.218 0.289 0.223 0.167 0.075 0.024 0.003 41 D 0.424 0.381 0.124 0.051 0.016 0.004 0.001 42 C 0.064 0.126 0.223 0.330 0.205 0.050 0.003 43 E 0.335 0.384 0.189 0.072 0.017 0.003 0.001 44 I 0.106 0.126 0.170 0.258 0.245 0.088 0.008 45 K 0.264 0.272 0.216 0.157 0.070 0.019 0.002 46 G 0.178 0.243 0.209 0.210 0.115 0.040 0.005 47 E 0.192 0.308 0.200 0.152 0.094 0.045 0.009 48 S 0.089 0.207 0.238 0.227 0.153 0.074 0.011 49 V 0.016 0.030 0.066 0.187 0.354 0.304 0.043 50 A 0.054 0.197 0.275 0.275 0.139 0.054 0.006 51 G 0.031 0.096 0.150 0.246 0.278 0.176 0.024 52 R 0.004 0.025 0.076 0.203 0.335 0.285 0.071 53 I 0.008 0.014 0.030 0.071 0.192 0.462 0.223 54 L 0.003 0.005 0.011 0.036 0.092 0.368 0.485 55 V 0.007 0.010 0.019 0.044 0.122 0.426 0.372 56 F 0.019 0.035 0.040 0.097 0.194 0.360 0.255 57 P 0.058 0.095 0.147 0.217 0.221 0.187 0.075 58 G 0.081 0.139 0.210 0.235 0.188 0.112 0.034 59 G 0.052 0.112 0.197 0.215 0.200 0.173 0.051 60 K 0.032 0.067 0.103 0.228 0.290 0.199 0.080 61 G 0.025 0.042 0.081 0.117 0.238 0.345 0.152 62 S 0.010 0.015 0.026 0.070 0.154 0.368 0.357 63 T 0.015 0.030 0.042 0.060 0.128 0.330 0.395 64 V 0.007 0.013 0.021 0.075 0.120 0.304 0.459 65 G 0.007 0.014 0.029 0.063 0.148 0.273 0.466 66 S 0.003 0.010 0.017 0.039 0.100 0.270 0.561 67 Y 0.003 0.009 0.015 0.049 0.120 0.314 0.490 68 V 0.003 0.011 0.024 0.071 0.128 0.315 0.448 69 L 0.002 0.004 0.007 0.022 0.066 0.324 0.575 70 L 0.006 0.019 0.030 0.097 0.225 0.394 0.229 71 N 0.005 0.022 0.070 0.191 0.308 0.324 0.080 72 L 0.004 0.017 0.038 0.114 0.303 0.430 0.095 73 R 0.017 0.079 0.166 0.297 0.283 0.138 0.019 74 K 0.084 0.244 0.244 0.232 0.140 0.049 0.006 75 N 0.116 0.255 0.286 0.216 0.095 0.029 0.004 76 G 0.145 0.234 0.213 0.197 0.142 0.061 0.008 77 V 0.053 0.158 0.232 0.256 0.204 0.084 0.014 78 A 0.029 0.055 0.085 0.175 0.266 0.303 0.087 79 P 0.022 0.053 0.080 0.164 0.239 0.285 0.157 80 K 0.024 0.048 0.076 0.139 0.206 0.281 0.226 81 A 0.013 0.018 0.031 0.066 0.150 0.385 0.336 82 I 0.005 0.009 0.019 0.055 0.123 0.350 0.439 83 I 0.007 0.017 0.034 0.082 0.170 0.412 0.279 84 N 0.012 0.039 0.072 0.197 0.335 0.268 0.077 85 K 0.049 0.139 0.211 0.269 0.207 0.098 0.026 86 K 0.206 0.348 0.222 0.136 0.061 0.023 0.005 87 T 0.067 0.155 0.209 0.270 0.204 0.086 0.009 88 E 0.060 0.184 0.239 0.273 0.174 0.066 0.005 89 T 0.030 0.104 0.185 0.259 0.245 0.156 0.019 90 I 0.005 0.013 0.032 0.097 0.288 0.433 0.131 91 I 0.006 0.011 0.020 0.047 0.144 0.420 0.351 92 A 0.003 0.004 0.008 0.025 0.054 0.248 0.659 93 V 0.003 0.006 0.011 0.030 0.066 0.218 0.666 94 G 0.001 0.004 0.006 0.018 0.049 0.232 0.690 95 A 0.002 0.003 0.006 0.024 0.087 0.280 0.598 96 A 0.003 0.006 0.015 0.029 0.089 0.293 0.565 97 M 0.005 0.010 0.024 0.057 0.105 0.329 0.470 98 A 0.008 0.015 0.032 0.080 0.169 0.369 0.327 99 E 0.017 0.043 0.084 0.163 0.224 0.324 0.145 100 I 0.027 0.047 0.078 0.158 0.290 0.314 0.085 101 P 0.031 0.075 0.112 0.177 0.260 0.273 0.073 102 L 0.038 0.057 0.085 0.174 0.251 0.335 0.061 103 V 0.078 0.102 0.139 0.228 0.273 0.161 0.020 104 E 0.126 0.197 0.218 0.228 0.155 0.068 0.008 105 V 0.180 0.248 0.235 0.188 0.104 0.040 0.005 106 R 0.080 0.120 0.172 0.273 0.247 0.097 0.010 107 D 0.256 0.356 0.215 0.115 0.042 0.014 0.002 108 E 0.126 0.187 0.235 0.232 0.153 0.062 0.006 109 K 0.106 0.194 0.212 0.244 0.167 0.072 0.006 110 F 0.088 0.210 0.252 0.232 0.153 0.061 0.005 111 F 0.020 0.030 0.072 0.212 0.369 0.269 0.028 112 E 0.176 0.354 0.256 0.147 0.052 0.014 0.001 113 A 0.176 0.300 0.248 0.171 0.077 0.025 0.003 114 V 0.083 0.150 0.199 0.275 0.209 0.078 0.006 115 K 0.213 0.319 0.218 0.151 0.071 0.025 0.003 116 T 0.152 0.186 0.206 0.229 0.160 0.061 0.007 117 G 0.288 0.267 0.198 0.146 0.072 0.026 0.003 118 D 0.225 0.296 0.215 0.146 0.081 0.033 0.003 119 R 0.095 0.193 0.239 0.261 0.157 0.051 0.004 120 V 0.045 0.077 0.126 0.244 0.309 0.186 0.014 121 V 0.115 0.297 0.297 0.198 0.073 0.019 0.001 122 V 0.064 0.093 0.156 0.289 0.276 0.114 0.009 123 N 0.333 0.361 0.173 0.091 0.034 0.008 0.001 124 A 0.249 0.258 0.229 0.180 0.069 0.014 0.001 125 D 0.448 0.341 0.129 0.058 0.018 0.005 0.001 126 E 0.333 0.398 0.190 0.060 0.015 0.003 0.001 127 G 0.048 0.108 0.191 0.322 0.252 0.074 0.004 128 Y 0.103 0.249 0.251 0.226 0.128 0.040 0.002 129 V 0.059 0.088 0.152 0.300 0.287 0.105 0.008 130 E 0.287 0.419 0.197 0.075 0.019 0.003 0.001 131 L 0.112 0.251 0.298 0.233 0.088 0.016 0.001 132 I 0.066 0.085 0.157 0.313 0.302 0.075 0.002 133 E 0.351 0.361 0.182 0.084 0.020 0.002 0.001 134 L 0.527 0.324 0.113 0.031 0.005 0.001 0.001 135 E 0.477 0.316 0.140 0.051 0.013 0.002 0.001 136 H 0.342 0.261 0.224 0.127 0.041 0.004 0.001 137 H 0.649 0.209 0.091 0.040 0.010 0.001 0.001 138 H 0.752 0.176 0.047 0.018 0.006 0.001 0.001 139 H 0.581 0.215 0.120 0.062 0.018 0.003 0.001 140 H 0.580 0.224 0.101 0.064 0.025 0.006 0.001 141 H 0.644 0.187 0.082 0.052 0.026 0.008 0.001