# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.002 0.004 0.051 0.061 0.831 2 V 0.176 0.003 0.003 0.025 0.056 0.736 3 K 0.491 0.008 0.006 0.031 0.054 0.409 4 F 0.633 0.009 0.011 0.025 0.064 0.257 5 A 0.653 0.003 0.009 0.022 0.088 0.224 6 C 0.735 0.002 0.012 0.037 0.083 0.131 7 R 0.817 0.003 0.008 0.046 0.046 0.081 8 A 0.877 0.003 0.007 0.043 0.031 0.039 9 I 0.790 0.009 0.007 0.057 0.060 0.077 10 T 0.672 0.012 0.011 0.047 0.171 0.087 11 R 0.380 0.005 0.016 0.041 0.376 0.183 12 G 0.257 0.004 0.030 0.033 0.468 0.208 13 R 0.633 0.012 0.015 0.011 0.198 0.131 14 A 0.776 0.008 0.008 0.013 0.073 0.121 15 E 0.852 0.007 0.003 0.005 0.038 0.095 16 G 0.884 0.002 0.002 0.005 0.027 0.079 17 E 0.870 0.002 0.002 0.010 0.030 0.087 18 A 0.954 0.001 0.002 0.010 0.010 0.022 19 L 0.957 0.002 0.001 0.011 0.008 0.021 20 V 0.946 0.003 0.002 0.011 0.011 0.027 21 T 0.762 0.005 0.004 0.023 0.068 0.138 22 K 0.391 0.004 0.017 0.039 0.214 0.334 23 E 0.312 0.012 0.047 0.042 0.313 0.275 24 Y 0.294 0.023 0.081 0.052 0.279 0.270 25 I 0.338 0.030 0.121 0.063 0.236 0.213 26 S 0.339 0.028 0.090 0.049 0.274 0.221 27 F 0.308 0.033 0.072 0.045 0.344 0.199 28 L 0.225 0.018 0.055 0.038 0.455 0.209 29 G 0.217 0.005 0.034 0.011 0.529 0.204 30 G 0.339 0.013 0.039 0.009 0.371 0.229 31 I 0.446 0.230 0.011 0.007 0.112 0.194 32 D 0.146 0.071 0.004 0.002 0.761 0.016 33 K 0.005 0.001 0.054 0.003 0.930 0.008 34 E 0.002 0.001 0.070 0.003 0.919 0.006 35 T 0.026 0.016 0.126 0.003 0.822 0.007 36 G 0.174 0.035 0.018 0.003 0.248 0.522 37 I 0.644 0.155 0.010 0.002 0.042 0.146 38 V 0.551 0.143 0.011 0.003 0.064 0.228 39 K 0.212 0.030 0.007 0.002 0.707 0.042 40 E 0.011 0.002 0.079 0.010 0.882 0.017 41 D 0.005 0.001 0.083 0.025 0.870 0.016 42 C 0.037 0.041 0.052 0.021 0.829 0.021 43 E 0.077 0.054 0.067 0.092 0.397 0.313 44 I 0.118 0.058 0.117 0.146 0.441 0.120 45 K 0.060 0.010 0.119 0.156 0.546 0.109 46 G 0.115 0.009 0.059 0.081 0.518 0.218 47 E 0.331 0.024 0.030 0.038 0.251 0.327 48 S 0.543 0.036 0.029 0.041 0.129 0.222 49 V 0.451 0.026 0.066 0.044 0.346 0.068 50 A 0.303 0.008 0.019 0.013 0.569 0.087 51 G 0.180 0.002 0.011 0.007 0.681 0.119 52 R 0.779 0.009 0.002 0.003 0.133 0.074 53 I 0.952 0.004 0.001 0.001 0.010 0.033 54 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 55 V 0.956 0.006 0.001 0.001 0.006 0.030 56 F 0.760 0.010 0.002 0.002 0.137 0.089 57 P 0.303 0.007 0.005 0.003 0.480 0.203 58 G 0.059 0.012 0.010 0.004 0.721 0.194 59 G 0.101 0.091 0.009 0.005 0.659 0.134 60 K 0.108 0.063 0.010 0.018 0.390 0.410 61 G 0.093 0.055 0.016 0.032 0.467 0.337 62 S 0.063 0.023 0.023 0.100 0.432 0.358 63 T 0.048 0.035 0.028 0.205 0.398 0.286 64 V 0.031 0.017 0.015 0.548 0.219 0.170 65 G 0.012 0.007 0.006 0.789 0.073 0.113 66 S 0.003 0.001 0.002 0.969 0.013 0.012 67 Y 0.004 0.001 0.003 0.982 0.006 0.004 68 V 0.006 0.001 0.003 0.983 0.005 0.002 69 L 0.005 0.001 0.004 0.984 0.004 0.002 70 L 0.004 0.001 0.005 0.984 0.005 0.001 71 N 0.003 0.001 0.006 0.980 0.008 0.003 72 L 0.001 0.001 0.007 0.969 0.015 0.007 73 R 0.002 0.001 0.010 0.954 0.024 0.009 74 K 0.001 0.001 0.011 0.928 0.037 0.021 75 N 0.002 0.002 0.018 0.658 0.142 0.178 76 G 0.004 0.001 0.012 0.055 0.229 0.698 77 V 0.037 0.033 0.013 0.025 0.257 0.636 78 A 0.096 0.022 0.011 0.018 0.329 0.523 79 P 0.142 0.007 0.026 0.037 0.323 0.466 80 K 0.512 0.006 0.031 0.068 0.167 0.216 81 A 0.755 0.004 0.031 0.083 0.066 0.061 82 I 0.879 0.005 0.011 0.061 0.020 0.024 83 I 0.882 0.006 0.007 0.059 0.018 0.028 84 N 0.681 0.007 0.007 0.069 0.078 0.159 85 K 0.367 0.009 0.019 0.117 0.280 0.208 86 K 0.189 0.018 0.026 0.107 0.376 0.284 87 T 0.106 0.009 0.035 0.158 0.459 0.232 88 E 0.177 0.012 0.029 0.112 0.471 0.199 89 T 0.363 0.006 0.028 0.144 0.215 0.244 90 I 0.781 0.008 0.016 0.081 0.057 0.058 91 I 0.907 0.003 0.006 0.042 0.023 0.018 92 A 0.870 0.002 0.006 0.055 0.035 0.032 93 V 0.864 0.001 0.003 0.059 0.030 0.043 94 G 0.806 0.002 0.006 0.058 0.043 0.085 95 A 0.864 0.003 0.016 0.055 0.027 0.034 96 A 0.845 0.004 0.025 0.076 0.023 0.027 97 M 0.793 0.004 0.054 0.062 0.063 0.024 98 A 0.692 0.006 0.027 0.077 0.124 0.073 99 E 0.446 0.015 0.033 0.057 0.231 0.218 100 I 0.352 0.010 0.005 0.006 0.274 0.352 101 P 0.371 0.005 0.008 0.011 0.170 0.435 102 L 0.632 0.016 0.017 0.020 0.125 0.190 103 V 0.773 0.015 0.011 0.018 0.067 0.115 104 E 0.768 0.010 0.010 0.024 0.064 0.125 105 V 0.469 0.011 0.016 0.027 0.148 0.329 106 R 0.203 0.017 0.010 0.029 0.197 0.544 107 D 0.057 0.007 0.013 0.079 0.199 0.646 108 E 0.006 0.001 0.065 0.793 0.084 0.051 109 K 0.010 0.002 0.059 0.834 0.071 0.024 110 F 0.007 0.001 0.072 0.864 0.042 0.014 111 F 0.015 0.002 0.036 0.891 0.037 0.019 112 E 0.016 0.002 0.037 0.895 0.032 0.019 113 A 0.020 0.002 0.017 0.918 0.023 0.020 114 V 0.029 0.004 0.009 0.902 0.036 0.019 115 K 0.031 0.005 0.009 0.782 0.142 0.031 116 T 0.027 0.007 0.016 0.430 0.354 0.166 117 G 0.020 0.001 0.004 0.004 0.537 0.434 118 D 0.099 0.002 0.005 0.001 0.358 0.535 119 R 0.716 0.014 0.003 0.001 0.072 0.195 120 V 0.943 0.003 0.001 0.001 0.013 0.040 121 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 122 V 0.941 0.007 0.001 0.001 0.007 0.045 123 N 0.715 0.016 0.001 0.001 0.197 0.070 124 A 0.040 0.002 0.037 0.002 0.902 0.018 125 D 0.008 0.001 0.033 0.002 0.943 0.013 126 E 0.009 0.001 0.031 0.002 0.948 0.009 127 G 0.185 0.018 0.008 0.004 0.610 0.174 128 Y 0.765 0.034 0.002 0.006 0.032 0.162 129 V 0.923 0.008 0.005 0.008 0.016 0.041 130 E 0.949 0.001 0.004 0.007 0.009 0.031 131 L 0.897 0.004 0.017 0.023 0.018 0.042 132 I 0.770 0.004 0.015 0.050 0.051 0.109 133 E 0.622 0.007 0.021 0.082 0.094 0.175 134 L 0.365 0.012 0.046 0.131 0.188 0.259 135 E 0.253 0.014 0.046 0.143 0.235 0.309 136 H 0.105 0.014 0.084 0.188 0.256 0.354 137 H 0.051 0.010 0.076 0.136 0.252 0.476 138 H 0.030 0.010 0.059 0.072 0.217 0.612 139 H 0.018 0.007 0.039 0.057 0.175 0.704 140 H 0.012 0.008 0.011 0.044 0.088 0.837 141 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.987