# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.048 0.022 0.049 0.096 0.088 0.050 0.614 2 V 0.029 0.076 0.033 0.149 0.189 0.085 0.062 0.377 3 K 0.030 0.065 0.041 0.080 0.153 0.087 0.061 0.483 4 F 0.050 0.087 0.048 0.123 0.140 0.072 0.104 0.376 5 A 0.065 0.095 0.048 0.099 0.143 0.083 0.109 0.358 6 C 0.024 0.035 0.043 0.078 0.132 0.067 0.230 0.392 7 R 0.011 0.029 0.078 0.174 0.261 0.069 0.150 0.228 8 A 0.016 0.018 0.091 0.130 0.241 0.069 0.119 0.316 9 I 0.055 0.013 0.085 0.173 0.157 0.086 0.076 0.354 10 T 0.114 0.017 0.039 0.072 0.096 0.077 0.087 0.498 11 R 0.034 0.010 0.030 0.033 0.079 0.120 0.038 0.656 12 G 0.028 0.013 0.055 0.067 0.177 0.125 0.046 0.488 13 R 0.017 0.013 0.057 0.115 0.126 0.129 0.053 0.490 14 A 0.014 0.027 0.087 0.133 0.177 0.095 0.041 0.426 15 E 0.049 0.050 0.074 0.102 0.200 0.069 0.079 0.377 16 G 0.063 0.047 0.052 0.180 0.210 0.067 0.087 0.294 17 E 0.012 0.008 0.094 0.201 0.339 0.048 0.112 0.186 18 A 0.005 0.007 0.073 0.193 0.437 0.042 0.068 0.176 19 L 0.005 0.005 0.081 0.297 0.448 0.027 0.025 0.113 20 V 0.014 0.004 0.092 0.286 0.322 0.048 0.038 0.196 21 T 0.079 0.017 0.032 0.138 0.216 0.061 0.065 0.392 22 K 0.087 0.012 0.024 0.049 0.089 0.118 0.049 0.570 23 E 0.021 0.017 0.033 0.053 0.099 0.150 0.047 0.580 24 Y 0.020 0.018 0.044 0.058 0.103 0.116 0.046 0.595 25 I 0.029 0.024 0.069 0.107 0.121 0.102 0.086 0.462 26 S 0.067 0.019 0.103 0.116 0.152 0.078 0.144 0.322 27 F 0.316 0.014 0.040 0.069 0.068 0.071 0.049 0.373 28 L 0.065 0.005 0.034 0.047 0.089 0.095 0.028 0.636 29 G 0.018 0.006 0.023 0.031 0.085 0.116 0.015 0.707 30 G 0.005 0.004 0.037 0.093 0.210 0.159 0.031 0.460 31 I 0.007 0.001 0.038 0.039 0.036 0.095 0.052 0.732 32 D 0.482 0.023 0.018 0.056 0.025 0.039 0.273 0.084 33 K 0.135 0.006 0.017 0.009 0.014 0.130 0.041 0.647 34 E 0.026 0.005 0.049 0.022 0.097 0.126 0.040 0.635 35 T 0.006 0.003 0.063 0.036 0.133 0.077 0.041 0.640 36 G 0.008 0.003 0.128 0.204 0.216 0.121 0.039 0.281 37 I 0.006 0.003 0.134 0.140 0.174 0.079 0.046 0.419 38 V 0.052 0.007 0.086 0.078 0.082 0.117 0.059 0.519 39 K 0.422 0.035 0.034 0.026 0.026 0.082 0.088 0.287 40 E 0.056 0.035 0.016 0.015 0.023 0.109 0.025 0.721 41 D 0.052 0.039 0.021 0.013 0.030 0.110 0.026 0.709 42 C 0.097 0.081 0.033 0.073 0.084 0.106 0.127 0.398 43 E 0.196 0.039 0.012 0.029 0.049 0.106 0.043 0.525 44 I 0.165 0.035 0.014 0.047 0.049 0.093 0.107 0.490 45 K 0.019 0.022 0.010 0.025 0.057 0.110 0.026 0.732 46 G 0.067 0.046 0.014 0.047 0.113 0.074 0.078 0.560 47 E 0.014 0.023 0.030 0.209 0.203 0.106 0.081 0.334 48 S 0.109 0.011 0.053 0.047 0.093 0.152 0.096 0.440 49 V 0.516 0.018 0.019 0.065 0.042 0.057 0.072 0.211 50 A 0.012 0.007 0.026 0.016 0.079 0.142 0.022 0.696 51 G 0.003 0.002 0.050 0.038 0.275 0.100 0.034 0.498 52 R 0.002 0.001 0.093 0.524 0.288 0.027 0.033 0.034 53 I 0.003 0.001 0.196 0.216 0.251 0.037 0.050 0.246 54 L 0.001 0.001 0.357 0.212 0.361 0.012 0.026 0.032 55 V 0.003 0.001 0.295 0.199 0.300 0.041 0.030 0.132 56 F 0.097 0.001 0.212 0.205 0.159 0.086 0.120 0.119 57 P 0.019 0.001 0.049 0.042 0.087 0.167 0.059 0.577 58 G 0.042 0.001 0.069 0.008 0.033 0.198 0.059 0.589 59 G 0.080 0.004 0.044 0.025 0.037 0.169 0.138 0.503 60 K 0.022 0.006 0.072 0.029 0.051 0.216 0.062 0.542 61 G 0.018 0.011 0.063 0.024 0.073 0.164 0.049 0.598 62 S 0.039 0.031 0.075 0.045 0.057 0.158 0.108 0.488 63 T 0.067 0.267 0.070 0.031 0.037 0.100 0.142 0.286 64 V 0.044 0.611 0.025 0.022 0.036 0.056 0.034 0.173 65 G 0.017 0.801 0.011 0.012 0.030 0.018 0.033 0.077 66 S 0.006 0.897 0.004 0.010 0.023 0.007 0.033 0.020 67 Y 0.005 0.705 0.016 0.050 0.072 0.011 0.112 0.029 68 V 0.003 0.865 0.005 0.040 0.046 0.004 0.028 0.009 69 L 0.009 0.907 0.012 0.011 0.026 0.004 0.022 0.009 70 L 0.016 0.778 0.016 0.070 0.052 0.005 0.043 0.021 71 N 0.036 0.330 0.081 0.088 0.089 0.019 0.258 0.099 72 L 0.184 0.072 0.112 0.067 0.057 0.047 0.305 0.155 73 R 0.854 0.004 0.009 0.009 0.007 0.014 0.026 0.076 74 K 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.879 75 N 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.066 0.004 0.924 76 G 0.004 0.002 0.007 0.005 0.008 0.127 0.016 0.831 77 V 0.031 0.027 0.016 0.027 0.010 0.138 0.019 0.734 78 A 0.244 0.240 0.044 0.015 0.012 0.060 0.042 0.343 79 P 0.196 0.402 0.020 0.013 0.021 0.043 0.057 0.250 80 K 0.028 0.136 0.137 0.029 0.063 0.056 0.262 0.289 81 A 0.017 0.154 0.138 0.075 0.151 0.063 0.195 0.206 82 I 0.063 0.117 0.187 0.126 0.172 0.068 0.079 0.188 83 I 0.030 0.034 0.165 0.114 0.145 0.062 0.197 0.255 84 N 0.035 0.046 0.092 0.054 0.124 0.082 0.216 0.353 85 K 0.034 0.016 0.035 0.037 0.050 0.137 0.196 0.494 86 K 0.069 0.047 0.021 0.026 0.033 0.135 0.087 0.582 87 T 0.073 0.087 0.012 0.013 0.024 0.122 0.097 0.571 88 E 0.015 0.140 0.038 0.027 0.062 0.133 0.068 0.517 89 T 0.013 0.172 0.184 0.065 0.167 0.063 0.156 0.180 90 I 0.006 0.091 0.219 0.136 0.118 0.059 0.153 0.218 91 I 0.015 0.069 0.403 0.168 0.161 0.033 0.092 0.059 92 A 0.027 0.080 0.216 0.079 0.130 0.067 0.246 0.156 93 V 0.017 0.115 0.272 0.116 0.196 0.055 0.081 0.148 94 G 0.024 0.066 0.190 0.099 0.248 0.062 0.095 0.215 95 A 0.010 0.017 0.301 0.151 0.168 0.058 0.143 0.152 96 A 0.067 0.018 0.189 0.231 0.310 0.033 0.061 0.090 97 M 0.107 0.006 0.111 0.070 0.110 0.098 0.110 0.389 98 A 0.009 0.004 0.100 0.068 0.116 0.166 0.034 0.504 99 E 0.022 0.004 0.034 0.019 0.060 0.109 0.025 0.727 100 I 0.036 0.009 0.042 0.054 0.055 0.132 0.061 0.611 101 P 0.025 0.015 0.192 0.122 0.221 0.093 0.069 0.262 102 L 0.024 0.016 0.098 0.067 0.159 0.070 0.068 0.498 103 V 0.015 0.015 0.247 0.222 0.155 0.050 0.046 0.250 104 E 0.057 0.048 0.137 0.087 0.110 0.078 0.054 0.430 105 V 0.065 0.058 0.077 0.050 0.051 0.101 0.062 0.536 106 R 0.077 0.121 0.040 0.021 0.021 0.079 0.066 0.576 107 D 0.194 0.427 0.010 0.006 0.007 0.033 0.082 0.242 108 E 0.054 0.475 0.012 0.010 0.010 0.051 0.039 0.349 109 K 0.024 0.591 0.008 0.012 0.013 0.039 0.030 0.283 110 F 0.046 0.770 0.005 0.006 0.009 0.020 0.048 0.096 111 F 0.120 0.640 0.010 0.014 0.017 0.025 0.067 0.108 112 E 0.057 0.112 0.023 0.077 0.070 0.042 0.358 0.261 113 A 0.025 0.022 0.036 0.039 0.062 0.076 0.443 0.296 114 V 0.238 0.011 0.048 0.036 0.055 0.097 0.188 0.328 115 K 0.264 0.002 0.010 0.009 0.012 0.066 0.023 0.613 116 T 0.022 0.001 0.004 0.002 0.007 0.071 0.009 0.883 117 G 0.006 0.001 0.024 0.009 0.050 0.187 0.023 0.701 118 D 0.012 0.001 0.089 0.175 0.295 0.076 0.055 0.298 119 R 0.002 0.001 0.086 0.250 0.236 0.028 0.029 0.370 120 V 0.001 0.001 0.190 0.305 0.289 0.025 0.009 0.181 121 V 0.001 0.001 0.133 0.363 0.339 0.019 0.010 0.135 122 V 0.004 0.001 0.127 0.196 0.123 0.042 0.023 0.484 123 N 0.238 0.008 0.087 0.099 0.081 0.066 0.129 0.291 124 A 0.467 0.009 0.016 0.015 0.019 0.069 0.034 0.371 125 D 0.097 0.019 0.015 0.016 0.038 0.084 0.023 0.708 126 E 0.010 0.011 0.025 0.022 0.118 0.113 0.020 0.680 127 G 0.007 0.021 0.052 0.169 0.391 0.068 0.045 0.246 128 Y 0.016 0.031 0.053 0.288 0.272 0.043 0.045 0.252 129 V 0.015 0.037 0.120 0.284 0.235 0.035 0.039 0.234 130 E 0.022 0.079 0.095 0.206 0.292 0.041 0.039 0.226 131 L 0.061 0.093 0.121 0.132 0.152 0.053 0.078 0.309 132 I 0.076 0.152 0.059 0.150 0.119 0.057 0.077 0.310 133 E 0.153 0.134 0.030 0.042 0.063 0.057 0.075 0.446 134 L 0.139 0.093 0.023 0.041 0.041 0.083 0.075 0.505 135 E 0.121 0.071 0.016 0.028 0.032 0.083 0.052 0.597 136 H 0.086 0.031 0.012 0.013 0.020 0.087 0.046 0.705 137 H 0.080 0.021 0.018 0.026 0.028 0.110 0.053 0.663 138 H 0.176 0.014 0.012 0.013 0.020 0.085 0.051 0.629 139 H 0.108 0.008 0.011 0.012 0.016 0.103 0.040 0.701 140 H 0.039 0.006 0.013 0.012 0.023 0.110 0.030 0.767 141 H 0.030 0.006 0.012 0.013 0.027 0.093 0.031 0.787