# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.010 0.008 0.025 0.031 0.046 0.050 0.002 0.001 0.005 0.754 2 V 0.044 0.006 0.007 0.051 0.069 0.078 0.076 0.001 0.001 0.004 0.664 3 K 0.051 0.005 0.005 0.065 0.067 0.105 0.101 0.001 0.001 0.006 0.595 4 F 0.034 0.008 0.005 0.130 0.120 0.213 0.083 0.001 0.001 0.005 0.402 5 A 0.019 0.008 0.002 0.157 0.158 0.246 0.089 0.001 0.001 0.004 0.316 6 C 0.020 0.008 0.002 0.146 0.117 0.210 0.060 0.001 0.001 0.005 0.430 7 R 0.015 0.009 0.001 0.200 0.173 0.273 0.077 0.001 0.001 0.004 0.248 8 A 0.024 0.011 0.002 0.147 0.133 0.212 0.066 0.001 0.001 0.005 0.399 9 I 0.017 0.020 0.002 0.185 0.188 0.310 0.076 0.001 0.001 0.004 0.198 10 T 0.023 0.024 0.002 0.096 0.182 0.311 0.092 0.002 0.001 0.005 0.265 11 R 0.022 0.020 0.003 0.051 0.091 0.147 0.059 0.002 0.001 0.004 0.602 12 G 0.061 0.016 0.003 0.031 0.070 0.108 0.145 0.003 0.001 0.014 0.549 13 R 0.223 0.031 0.020 0.034 0.063 0.082 0.126 0.003 0.001 0.020 0.399 14 A 0.033 0.048 0.007 0.064 0.126 0.143 0.102 0.002 0.001 0.006 0.469 15 E 0.033 0.034 0.003 0.078 0.160 0.293 0.095 0.002 0.001 0.009 0.291 16 G 0.067 0.039 0.007 0.071 0.125 0.236 0.052 0.003 0.001 0.009 0.390 17 E 0.036 0.025 0.007 0.113 0.212 0.262 0.061 0.002 0.001 0.005 0.276 18 A 0.029 0.015 0.006 0.111 0.203 0.307 0.068 0.002 0.001 0.005 0.253 19 L 0.012 0.015 0.002 0.221 0.280 0.338 0.028 0.001 0.001 0.002 0.100 20 V 0.006 0.019 0.001 0.221 0.201 0.381 0.048 0.001 0.001 0.002 0.120 21 T 0.022 0.022 0.002 0.143 0.217 0.370 0.064 0.002 0.001 0.004 0.154 22 K 0.018 0.017 0.005 0.083 0.069 0.157 0.068 0.002 0.001 0.006 0.575 23 E 0.021 0.009 0.004 0.044 0.077 0.152 0.233 0.002 0.001 0.013 0.447 24 Y 0.061 0.011 0.011 0.029 0.031 0.052 0.130 0.001 0.001 0.016 0.657 25 I 0.047 0.049 0.004 0.065 0.116 0.160 0.155 0.002 0.001 0.009 0.392 26 S 0.065 0.072 0.002 0.055 0.093 0.157 0.125 0.002 0.001 0.007 0.421 27 F 0.068 0.205 0.002 0.030 0.099 0.100 0.053 0.004 0.001 0.004 0.434 28 L 0.110 0.238 0.006 0.024 0.087 0.159 0.084 0.005 0.001 0.016 0.271 29 G 0.115 0.110 0.012 0.019 0.073 0.145 0.211 0.021 0.001 0.020 0.274 30 G 0.288 0.040 0.022 0.027 0.135 0.088 0.064 0.034 0.001 0.018 0.285 31 I 0.094 0.023 0.168 0.042 0.101 0.122 0.094 0.005 0.001 0.012 0.339 32 D 0.006 0.005 0.003 0.064 0.317 0.246 0.160 0.002 0.001 0.002 0.196 33 K 0.003 0.001 0.001 0.021 0.023 0.022 0.021 0.001 0.001 0.002 0.904 34 E 0.012 0.002 0.001 0.014 0.025 0.051 0.645 0.001 0.001 0.023 0.227 35 T 0.596 0.003 0.002 0.018 0.008 0.012 0.136 0.002 0.001 0.133 0.089 36 G 0.472 0.013 0.015 0.067 0.024 0.015 0.211 0.004 0.001 0.039 0.141 37 I 0.042 0.002 0.060 0.097 0.067 0.062 0.156 0.001 0.001 0.012 0.501 38 V 0.004 0.001 0.003 0.177 0.104 0.213 0.115 0.001 0.001 0.002 0.380 39 K 0.004 0.001 0.001 0.064 0.057 0.133 0.082 0.001 0.001 0.002 0.658 40 E 0.004 0.001 0.001 0.020 0.031 0.080 0.077 0.001 0.001 0.003 0.785 41 D 0.018 0.002 0.001 0.024 0.030 0.062 0.341 0.001 0.001 0.012 0.510 42 C 0.120 0.009 0.001 0.054 0.019 0.038 0.230 0.001 0.001 0.017 0.511 43 E 0.054 0.064 0.001 0.036 0.019 0.027 0.182 0.001 0.001 0.009 0.606 44 I 0.105 0.164 0.004 0.013 0.027 0.056 0.172 0.002 0.001 0.018 0.439 45 K 0.106 0.324 0.003 0.008 0.028 0.051 0.111 0.007 0.001 0.004 0.358 46 G 0.303 0.162 0.005 0.006 0.029 0.019 0.041 0.034 0.001 0.011 0.391 47 E 0.311 0.115 0.191 0.003 0.016 0.028 0.051 0.002 0.001 0.015 0.268 48 S 0.022 0.048 0.009 0.021 0.132 0.104 0.167 0.012 0.001 0.003 0.481 49 V 0.065 0.085 0.005 0.035 0.074 0.065 0.069 0.006 0.001 0.008 0.587 50 A 0.046 0.117 0.002 0.041 0.077 0.120 0.211 0.010 0.001 0.017 0.358 51 G 0.168 0.042 0.007 0.038 0.065 0.086 0.201 0.026 0.001 0.059 0.309 52 R 0.456 0.018 0.042 0.209 0.062 0.054 0.049 0.007 0.001 0.020 0.083 53 I 0.025 0.005 0.042 0.276 0.234 0.185 0.062 0.002 0.001 0.004 0.165 54 L 0.001 0.001 0.001 0.341 0.303 0.317 0.012 0.001 0.001 0.001 0.025 55 V 0.001 0.001 0.001 0.378 0.158 0.340 0.022 0.001 0.001 0.001 0.100 56 F 0.002 0.001 0.001 0.315 0.317 0.256 0.024 0.001 0.001 0.001 0.084 57 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.953 58 G 0.001 0.001 0.001 0.117 0.077 0.291 0.183 0.001 0.001 0.006 0.325 59 G 0.107 0.001 0.001 0.041 0.021 0.041 0.117 0.001 0.001 0.049 0.623 60 K 0.075 0.004 0.001 0.034 0.032 0.034 0.144 0.001 0.001 0.011 0.664 61 G 0.107 0.004 0.003 0.040 0.050 0.066 0.123 0.001 0.001 0.013 0.594 62 S 0.097 0.016 0.003 0.046 0.063 0.089 0.151 0.001 0.001 0.008 0.526 63 T 0.025 0.019 0.002 0.021 0.067 0.112 0.131 0.001 0.001 0.003 0.620 64 V 0.028 0.037 0.003 0.032 0.083 0.179 0.113 0.001 0.001 0.006 0.519 65 G 0.046 0.062 0.002 0.028 0.056 0.127 0.203 0.002 0.001 0.015 0.459 66 S 0.094 0.122 0.006 0.023 0.025 0.071 0.185 0.003 0.001 0.016 0.456 67 Y 0.050 0.231 0.003 0.022 0.021 0.022 0.134 0.003 0.001 0.004 0.512 68 V 0.020 0.626 0.004 0.012 0.016 0.033 0.076 0.001 0.001 0.004 0.207 69 L 0.005 0.899 0.001 0.006 0.011 0.032 0.012 0.001 0.001 0.001 0.032 70 L 0.003 0.938 0.001 0.002 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.034 71 N 0.014 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.037 72 L 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 73 R 0.005 0.970 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 74 K 0.035 0.895 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.054 75 N 0.069 0.837 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.045 76 G 0.532 0.257 0.032 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 0.001 0.004 0.125 77 V 0.019 0.032 0.910 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.030 78 A 0.015 0.156 0.030 0.185 0.063 0.144 0.066 0.009 0.001 0.002 0.328 79 P 0.010 0.025 0.004 0.021 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.929 80 K 0.028 0.163 0.001 0.298 0.100 0.143 0.030 0.003 0.001 0.002 0.233 81 A 0.036 0.260 0.002 0.229 0.047 0.112 0.023 0.004 0.001 0.002 0.286 82 I 0.022 0.386 0.001 0.247 0.114 0.126 0.010 0.003 0.001 0.001 0.091 83 I 0.021 0.430 0.001 0.095 0.109 0.259 0.015 0.004 0.001 0.001 0.064 84 N 0.056 0.423 0.004 0.078 0.084 0.215 0.023 0.017 0.001 0.002 0.099 85 K 0.097 0.337 0.027 0.048 0.076 0.095 0.048 0.028 0.001 0.003 0.241 86 K 0.085 0.197 0.042 0.050 0.060 0.100 0.102 0.023 0.001 0.010 0.331 87 T 0.041 0.041 0.035 0.021 0.032 0.040 0.090 0.007 0.001 0.008 0.685 88 E 0.066 0.043 0.019 0.053 0.035 0.061 0.155 0.004 0.001 0.015 0.548 89 T 0.160 0.044 0.015 0.044 0.041 0.048 0.115 0.003 0.001 0.013 0.515 90 I 0.091 0.085 0.011 0.182 0.152 0.146 0.102 0.001 0.001 0.006 0.224 91 I 0.011 0.085 0.004 0.232 0.176 0.317 0.047 0.001 0.001 0.002 0.124 92 A 0.006 0.078 0.002 0.224 0.232 0.390 0.019 0.001 0.001 0.001 0.048 93 V 0.004 0.109 0.001 0.156 0.176 0.414 0.029 0.001 0.001 0.001 0.109 94 G 0.028 0.104 0.004 0.160 0.160 0.306 0.030 0.005 0.001 0.004 0.198 95 A 0.016 0.070 0.012 0.201 0.253 0.319 0.034 0.002 0.001 0.003 0.090 96 A 0.006 0.045 0.002 0.278 0.228 0.268 0.036 0.002 0.001 0.002 0.133 97 M 0.034 0.076 0.006 0.159 0.226 0.308 0.037 0.004 0.001 0.002 0.149 98 A 0.021 0.119 0.002 0.163 0.147 0.371 0.050 0.008 0.001 0.003 0.115 99 E 0.092 0.054 0.011 0.067 0.059 0.134 0.077 0.029 0.001 0.014 0.464 100 I 0.150 0.016 0.112 0.101 0.084 0.100 0.072 0.008 0.001 0.010 0.348 101 P 0.001 0.001 0.005 0.016 0.009 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.951 102 L 0.007 0.001 0.003 0.083 0.059 0.119 0.095 0.001 0.001 0.003 0.629 103 V 0.076 0.003 0.002 0.157 0.112 0.170 0.057 0.001 0.001 0.007 0.416 104 E 0.040 0.013 0.001 0.172 0.063 0.120 0.090 0.001 0.001 0.004 0.497 105 V 0.034 0.007 0.002 0.162 0.093 0.164 0.082 0.001 0.001 0.004 0.451 106 R 0.028 0.009 0.001 0.139 0.062 0.128 0.180 0.001 0.001 0.006 0.446 107 D 0.039 0.009 0.002 0.032 0.017 0.037 0.189 0.001 0.001 0.008 0.664 108 E 0.058 0.017 0.003 0.023 0.011 0.014 0.160 0.001 0.001 0.014 0.699 109 K 0.068 0.018 0.002 0.004 0.004 0.006 0.481 0.001 0.001 0.016 0.400 110 F 0.069 0.102 0.007 0.008 0.007 0.016 0.225 0.001 0.001 0.009 0.555 111 F 0.034 0.406 0.002 0.009 0.017 0.037 0.074 0.002 0.001 0.006 0.412 112 E 0.062 0.396 0.002 0.002 0.025 0.048 0.103 0.004 0.001 0.007 0.350 113 A 0.132 0.650 0.001 0.002 0.025 0.019 0.009 0.008 0.001 0.001 0.153 114 V 0.079 0.797 0.001 0.004 0.035 0.029 0.004 0.017 0.001 0.001 0.031 115 K 0.053 0.749 0.006 0.002 0.026 0.034 0.023 0.017 0.001 0.003 0.088 116 T 0.141 0.405 0.005 0.006 0.020 0.030 0.040 0.161 0.001 0.004 0.187 117 G 0.705 0.058 0.030 0.008 0.005 0.005 0.026 0.077 0.001 0.020 0.065 118 D 0.228 0.006 0.286 0.027 0.021 0.009 0.151 0.012 0.001 0.021 0.238 119 R 0.012 0.001 0.335 0.080 0.033 0.039 0.095 0.001 0.001 0.004 0.399 120 V 0.003 0.001 0.003 0.374 0.229 0.286 0.053 0.001 0.001 0.001 0.050 121 V 0.002 0.001 0.001 0.231 0.245 0.285 0.046 0.001 0.001 0.001 0.189 122 V 0.001 0.001 0.001 0.255 0.263 0.370 0.014 0.001 0.001 0.001 0.098 123 N 0.001 0.001 0.001 0.247 0.253 0.335 0.057 0.001 0.001 0.001 0.107 124 A 0.002 0.001 0.001 0.134 0.078 0.116 0.072 0.001 0.001 0.005 0.592 125 D 0.004 0.001 0.001 0.060 0.048 0.086 0.469 0.001 0.001 0.016 0.317 126 E 0.194 0.002 0.001 0.027 0.013 0.020 0.256 0.001 0.001 0.139 0.349 127 G 0.264 0.012 0.004 0.027 0.028 0.023 0.369 0.001 0.001 0.066 0.205 128 Y 0.111 0.013 0.016 0.026 0.049 0.061 0.310 0.001 0.001 0.021 0.393 129 V 0.014 0.012 0.007 0.045 0.148 0.260 0.082 0.001 0.001 0.003 0.427 130 E 0.005 0.007 0.001 0.032 0.222 0.447 0.071 0.001 0.001 0.002 0.214 131 L 0.017 0.013 0.001 0.016 0.173 0.366 0.040 0.001 0.001 0.003 0.371 132 I 0.015 0.021 0.001 0.046 0.238 0.459 0.049 0.001 0.001 0.003 0.166 133 E 0.032 0.020 0.002 0.031 0.081 0.177 0.100 0.003 0.001 0.007 0.548 134 L 0.084 0.037 0.006 0.093 0.090 0.153 0.094 0.005 0.001 0.011 0.426 135 E 0.058 0.026 0.005 0.033 0.046 0.056 0.123 0.004 0.001 0.005 0.642 136 H 0.078 0.024 0.006 0.024 0.030 0.052 0.098 0.003 0.001 0.008 0.677 137 H 0.104 0.027 0.006 0.030 0.044 0.077 0.137 0.004 0.001 0.007 0.565 138 H 0.097 0.018 0.004 0.010 0.014 0.019 0.083 0.001 0.001 0.004 0.750 139 H 0.056 0.019 0.004 0.014 0.017 0.034 0.066 0.001 0.001 0.004 0.784 140 H 0.071 0.017 0.002 0.016 0.022 0.038 0.143 0.002 0.001 0.006 0.683 141 H 0.125 0.022 0.003 0.011 0.010 0.019 0.099 0.002 0.001 0.007 0.703