# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.003 0.019 0.024 0.034 0.043 0.003 0.858 2 V 0.019 0.007 0.054 0.114 0.130 0.054 0.004 0.618 3 K 0.015 0.004 0.038 0.067 0.104 0.046 0.003 0.723 4 F 0.022 0.010 0.084 0.207 0.248 0.055 0.004 0.370 5 A 0.030 0.008 0.076 0.153 0.230 0.083 0.005 0.414 6 C 0.030 0.011 0.091 0.157 0.224 0.073 0.006 0.409 7 R 0.039 0.013 0.170 0.276 0.291 0.057 0.005 0.148 8 A 0.020 0.011 0.096 0.183 0.241 0.045 0.005 0.399 9 I 0.020 0.013 0.171 0.197 0.341 0.046 0.008 0.203 10 T 0.019 0.025 0.153 0.228 0.251 0.062 0.007 0.254 11 R 0.011 0.022 0.079 0.126 0.210 0.057 0.009 0.487 12 G 0.038 0.024 0.061 0.105 0.148 0.088 0.022 0.514 13 R 0.152 0.010 0.055 0.066 0.096 0.153 0.023 0.445 14 A 0.059 0.017 0.061 0.247 0.178 0.097 0.012 0.330 15 E 0.055 0.008 0.058 0.191 0.380 0.095 0.009 0.203 16 G 0.028 0.009 0.071 0.310 0.329 0.043 0.007 0.202 17 E 0.019 0.004 0.094 0.296 0.358 0.035 0.003 0.192 18 A 0.006 0.003 0.052 0.236 0.351 0.035 0.002 0.316 19 L 0.009 0.004 0.103 0.279 0.540 0.019 0.002 0.045 20 V 0.010 0.008 0.099 0.361 0.363 0.028 0.003 0.128 21 T 0.010 0.011 0.130 0.242 0.414 0.027 0.005 0.160 22 K 0.018 0.008 0.087 0.103 0.246 0.086 0.010 0.443 23 E 0.038 0.008 0.045 0.054 0.079 0.178 0.012 0.586 24 Y 0.026 0.008 0.043 0.037 0.056 0.106 0.008 0.716 25 I 0.122 0.027 0.123 0.141 0.185 0.118 0.018 0.266 26 S 0.048 0.050 0.215 0.137 0.189 0.126 0.015 0.219 27 F 0.052 0.055 0.137 0.135 0.240 0.054 0.014 0.313 28 L 0.033 0.035 0.071 0.092 0.160 0.091 0.007 0.512 29 G 0.117 0.016 0.049 0.149 0.162 0.166 0.040 0.302 30 G 0.138 0.021 0.150 0.090 0.100 0.082 0.014 0.403 31 I 0.044 0.018 0.122 0.171 0.231 0.092 0.009 0.314 32 D 0.024 0.012 0.059 0.119 0.221 0.120 0.006 0.438 33 K 0.010 0.008 0.022 0.031 0.083 0.045 0.003 0.797 34 E 0.022 0.007 0.024 0.014 0.030 0.687 0.010 0.204 35 T 0.504 0.011 0.016 0.017 0.016 0.273 0.050 0.113 36 G 0.388 0.045 0.189 0.129 0.045 0.043 0.042 0.119 37 I 0.006 0.003 0.388 0.050 0.072 0.040 0.004 0.437 38 V 0.010 0.003 0.150 0.162 0.391 0.062 0.002 0.219 39 K 0.011 0.006 0.065 0.085 0.263 0.084 0.002 0.484 40 E 0.011 0.006 0.061 0.037 0.103 0.108 0.004 0.670 41 D 0.036 0.009 0.024 0.017 0.030 0.243 0.010 0.632 42 C 0.267 0.012 0.016 0.023 0.029 0.105 0.021 0.527 43 E 0.037 0.023 0.037 0.030 0.043 0.191 0.013 0.625 44 I 0.072 0.032 0.026 0.036 0.077 0.240 0.015 0.503 45 K 0.160 0.067 0.038 0.059 0.095 0.197 0.014 0.370 46 G 0.133 0.074 0.034 0.118 0.137 0.071 0.021 0.412 47 E 0.152 0.030 0.101 0.128 0.180 0.086 0.009 0.314 48 S 0.015 0.023 0.025 0.145 0.186 0.058 0.007 0.542 49 V 0.057 0.030 0.051 0.163 0.342 0.065 0.013 0.278 50 A 0.033 0.018 0.059 0.125 0.150 0.217 0.017 0.380 51 G 0.120 0.013 0.069 0.142 0.127 0.100 0.057 0.372 52 R 0.349 0.003 0.146 0.053 0.088 0.183 0.014 0.164 53 I 0.006 0.003 0.370 0.287 0.166 0.033 0.002 0.133 54 L 0.002 0.001 0.234 0.263 0.457 0.010 0.002 0.032 55 V 0.003 0.001 0.337 0.137 0.326 0.011 0.002 0.181 56 F 0.002 0.001 0.470 0.216 0.244 0.016 0.001 0.051 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 G 0.002 0.001 0.078 0.060 0.315 0.108 0.003 0.434 59 G 0.148 0.001 0.021 0.012 0.018 0.135 0.007 0.658 60 K 0.074 0.002 0.052 0.032 0.031 0.139 0.007 0.662 61 G 0.044 0.006 0.038 0.041 0.046 0.123 0.007 0.694 62 S 0.128 0.011 0.094 0.044 0.072 0.138 0.011 0.502 63 T 0.030 0.013 0.049 0.040 0.054 0.216 0.007 0.591 64 V 0.047 0.021 0.037 0.034 0.058 0.215 0.008 0.581 65 G 0.031 0.063 0.043 0.050 0.050 0.215 0.011 0.537 66 S 0.131 0.041 0.019 0.022 0.057 0.223 0.009 0.497 67 Y 0.027 0.120 0.037 0.070 0.078 0.104 0.003 0.562 68 V 0.031 0.258 0.015 0.093 0.166 0.155 0.006 0.277 69 L 0.028 0.609 0.020 0.055 0.145 0.045 0.004 0.093 70 L 0.013 0.841 0.005 0.025 0.062 0.011 0.002 0.041 71 N 0.009 0.922 0.003 0.015 0.014 0.004 0.003 0.031 72 L 0.063 0.838 0.007 0.009 0.022 0.006 0.016 0.039 73 R 0.031 0.915 0.003 0.008 0.011 0.003 0.008 0.021 74 K 0.060 0.823 0.011 0.009 0.011 0.006 0.030 0.049 75 N 0.142 0.599 0.019 0.011 0.007 0.009 0.109 0.104 76 G 0.642 0.060 0.017 0.005 0.003 0.007 0.166 0.100 77 V 0.113 0.054 0.326 0.020 0.019 0.110 0.052 0.305 78 A 0.048 0.021 0.079 0.047 0.070 0.161 0.012 0.562 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 80 K 0.011 0.006 0.108 0.091 0.131 0.224 0.004 0.424 81 A 0.156 0.029 0.280 0.099 0.129 0.092 0.006 0.208 82 I 0.033 0.028 0.177 0.312 0.374 0.024 0.005 0.048 83 I 0.025 0.029 0.198 0.264 0.364 0.025 0.003 0.091 84 N 0.012 0.027 0.251 0.236 0.356 0.022 0.004 0.092 85 K 0.019 0.031 0.118 0.262 0.265 0.054 0.011 0.241 86 K 0.027 0.020 0.099 0.083 0.189 0.145 0.018 0.419 87 T 0.033 0.014 0.046 0.035 0.083 0.163 0.013 0.612 88 E 0.055 0.025 0.037 0.036 0.042 0.219 0.014 0.572 89 T 0.037 0.021 0.024 0.016 0.020 0.139 0.010 0.732 90 I 0.084 0.095 0.170 0.081 0.084 0.127 0.021 0.338 91 I 0.034 0.154 0.260 0.135 0.124 0.086 0.011 0.195 92 A 0.013 0.147 0.240 0.127 0.212 0.059 0.006 0.194 93 V 0.009 0.164 0.195 0.173 0.227 0.045 0.005 0.181 94 G 0.024 0.155 0.161 0.160 0.215 0.058 0.016 0.211 95 A 0.046 0.157 0.235 0.136 0.173 0.055 0.014 0.184 96 A 0.038 0.186 0.146 0.185 0.219 0.064 0.022 0.141 97 M 0.102 0.211 0.088 0.105 0.216 0.066 0.020 0.191 98 A 0.060 0.254 0.127 0.194 0.199 0.032 0.035 0.099 99 E 0.102 0.081 0.072 0.074 0.097 0.041 0.159 0.372 100 I 0.199 0.010 0.116 0.076 0.083 0.046 0.038 0.432 101 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.994 102 L 0.004 0.001 0.035 0.056 0.158 0.048 0.002 0.696 103 V 0.038 0.005 0.179 0.173 0.185 0.042 0.004 0.374 104 E 0.032 0.006 0.119 0.164 0.223 0.055 0.003 0.398 105 V 0.024 0.006 0.116 0.117 0.140 0.041 0.002 0.554 106 R 0.031 0.013 0.089 0.086 0.167 0.150 0.003 0.460 107 D 0.029 0.011 0.024 0.023 0.067 0.092 0.006 0.749 108 E 0.033 0.020 0.012 0.008 0.022 0.134 0.005 0.766 109 K 0.039 0.028 0.004 0.004 0.007 0.511 0.008 0.400 110 F 0.116 0.202 0.007 0.007 0.014 0.224 0.013 0.417 111 F 0.033 0.663 0.012 0.010 0.025 0.044 0.004 0.208 112 E 0.015 0.724 0.007 0.014 0.022 0.061 0.006 0.152 113 A 0.042 0.780 0.004 0.008 0.015 0.015 0.008 0.129 114 V 0.058 0.857 0.005 0.014 0.020 0.005 0.009 0.032 115 K 0.085 0.644 0.021 0.047 0.039 0.028 0.042 0.094 116 T 0.122 0.372 0.040 0.047 0.047 0.024 0.097 0.250 117 G 0.254 0.103 0.052 0.049 0.038 0.035 0.175 0.294 118 D 0.247 0.013 0.078 0.042 0.037 0.180 0.061 0.341 119 R 0.030 0.004 0.116 0.080 0.079 0.093 0.009 0.589 120 V 0.029 0.002 0.131 0.310 0.404 0.051 0.002 0.071 121 V 0.006 0.001 0.108 0.228 0.272 0.022 0.001 0.363 122 V 0.002 0.001 0.130 0.330 0.394 0.014 0.001 0.130 123 N 0.002 0.001 0.053 0.297 0.408 0.027 0.001 0.210 124 A 0.007 0.002 0.035 0.106 0.370 0.046 0.002 0.433 125 D 0.014 0.002 0.018 0.032 0.086 0.385 0.006 0.458 126 E 0.175 0.003 0.011 0.019 0.027 0.353 0.025 0.388 127 G 0.249 0.029 0.046 0.085 0.049 0.175 0.027 0.339 128 Y 0.114 0.007 0.104 0.091 0.217 0.178 0.014 0.276 129 V 0.019 0.008 0.064 0.216 0.277 0.047 0.002 0.366 130 E 0.008 0.009 0.069 0.276 0.476 0.028 0.002 0.132 131 L 0.014 0.014 0.057 0.153 0.348 0.035 0.003 0.376 132 I 0.022 0.024 0.108 0.227 0.434 0.041 0.005 0.140 133 E 0.031 0.034 0.035 0.120 0.197 0.088 0.009 0.484 134 L 0.126 0.053 0.083 0.066 0.190 0.083 0.017 0.383 135 E 0.083 0.043 0.020 0.032 0.052 0.171 0.017 0.582 136 H 0.130 0.038 0.026 0.021 0.038 0.073 0.021 0.653 137 H 0.115 0.077 0.032 0.028 0.039 0.128 0.017 0.564 138 H 0.083 0.049 0.021 0.015 0.026 0.084 0.016 0.705 139 H 0.099 0.067 0.027 0.016 0.033 0.074 0.011 0.672 140 H 0.074 0.048 0.020 0.013 0.026 0.149 0.013 0.656 141 H 0.088 0.043 0.015 0.012 0.017 0.083 0.013 0.728