# TARGET T0357 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1717 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.379 0.249 0.064 0.101 0.026 0.019 0.008 0.021 0.005 0.001 2 V 0.057 0.569 0.233 0.027 0.066 0.021 0.005 0.002 0.017 0.002 0.001 3 K 0.045 0.655 0.185 0.012 0.025 0.038 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 4 F 0.034 0.477 0.343 0.013 0.035 0.050 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 5 A 0.056 0.595 0.198 0.026 0.039 0.039 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 6 C 0.054 0.317 0.347 0.013 0.181 0.040 0.015 0.006 0.014 0.009 0.002 7 R 0.114 0.589 0.113 0.069 0.053 0.022 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 8 A 0.050 0.476 0.317 0.010 0.085 0.039 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 9 I 0.120 0.593 0.127 0.064 0.028 0.030 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 10 T 0.053 0.551 0.150 0.032 0.124 0.030 0.008 0.002 0.047 0.004 0.001 11 R 0.095 0.187 0.385 0.074 0.057 0.033 0.100 0.009 0.039 0.020 0.001 12 G 0.052 0.046 0.095 0.034 0.239 0.011 0.077 0.286 0.004 0.153 0.001 13 R 0.098 0.439 0.180 0.142 0.086 0.021 0.009 0.003 0.019 0.003 0.001 14 A 0.026 0.487 0.236 0.021 0.174 0.021 0.006 0.004 0.017 0.008 0.001 15 E 0.054 0.653 0.133 0.062 0.054 0.021 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 16 G 0.010 0.291 0.115 0.005 0.527 0.004 0.009 0.005 0.014 0.018 0.001 17 E 0.025 0.513 0.359 0.006 0.026 0.041 0.002 0.001 0.024 0.001 0.003 18 A 0.025 0.548 0.354 0.004 0.015 0.035 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 19 L 0.026 0.773 0.118 0.007 0.026 0.029 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 20 V 0.011 0.712 0.153 0.010 0.030 0.046 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 21 T 0.043 0.441 0.178 0.031 0.208 0.043 0.006 0.001 0.045 0.004 0.001 22 K 0.512 0.057 0.088 0.258 0.019 0.026 0.021 0.004 0.008 0.004 0.002 23 E 0.133 0.457 0.118 0.092 0.130 0.017 0.020 0.002 0.029 0.002 0.001 24 Y 0.142 0.315 0.344 0.031 0.041 0.059 0.017 0.005 0.038 0.003 0.005 25 I 0.092 0.510 0.204 0.056 0.048 0.040 0.007 0.002 0.038 0.001 0.001 26 S 0.091 0.371 0.171 0.025 0.257 0.028 0.007 0.006 0.023 0.022 0.001 27 F 0.340 0.199 0.180 0.127 0.056 0.046 0.015 0.005 0.026 0.004 0.002 28 L 0.296 0.154 0.157 0.270 0.018 0.033 0.034 0.002 0.032 0.002 0.002 29 G 0.137 0.019 0.061 0.073 0.078 0.005 0.228 0.298 0.004 0.096 0.001 30 G 0.122 0.046 0.136 0.082 0.069 0.015 0.116 0.326 0.007 0.078 0.002 31 I 0.050 0.589 0.270 0.022 0.042 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 32 D 0.016 0.113 0.656 0.003 0.042 0.118 0.003 0.001 0.043 0.005 0.001 33 K 0.985 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.872 0.001 0.005 0.117 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 T 0.240 0.013 0.024 0.708 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 G 0.081 0.030 0.135 0.030 0.061 0.006 0.215 0.333 0.007 0.102 0.001 37 I 0.082 0.365 0.434 0.036 0.035 0.030 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 38 V 0.085 0.372 0.391 0.042 0.021 0.062 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 39 K 0.042 0.191 0.592 0.017 0.043 0.075 0.004 0.001 0.032 0.002 0.001 40 E 0.836 0.021 0.073 0.033 0.011 0.006 0.005 0.006 0.002 0.006 0.001 41 D 0.356 0.030 0.049 0.472 0.009 0.026 0.024 0.012 0.020 0.001 0.001 42 C 0.075 0.174 0.481 0.066 0.049 0.041 0.010 0.001 0.099 0.002 0.001 43 E 0.739 0.023 0.152 0.046 0.006 0.013 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 44 I 0.556 0.071 0.117 0.214 0.007 0.016 0.005 0.003 0.009 0.002 0.001 45 K 0.217 0.072 0.245 0.333 0.018 0.016 0.064 0.005 0.025 0.005 0.001 46 G 0.038 0.003 0.023 0.023 0.022 0.003 0.123 0.671 0.002 0.092 0.001 47 E 0.099 0.301 0.464 0.046 0.034 0.032 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 48 S 0.038 0.192 0.646 0.013 0.022 0.057 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 49 V 0.386 0.283 0.118 0.119 0.030 0.033 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 50 A 0.195 0.216 0.344 0.148 0.031 0.015 0.018 0.002 0.026 0.003 0.001 51 G 0.029 0.008 0.033 0.033 0.143 0.003 0.155 0.456 0.003 0.135 0.001 52 R 0.026 0.438 0.403 0.027 0.052 0.026 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 53 I 0.008 0.734 0.202 0.003 0.012 0.018 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 54 L 0.015 0.569 0.363 0.003 0.003 0.037 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 55 V 0.005 0.759 0.134 0.004 0.022 0.036 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 56 F 0.002 0.403 0.164 0.001 0.029 0.025 0.007 0.001 0.370 0.001 0.001 57 P 0.109 0.002 0.699 0.013 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 58 G 0.107 0.064 0.226 0.075 0.128 0.017 0.073 0.155 0.017 0.137 0.001 59 G 0.182 0.065 0.303 0.084 0.133 0.026 0.047 0.077 0.009 0.067 0.006 60 K 0.183 0.206 0.177 0.324 0.040 0.018 0.023 0.006 0.021 0.002 0.001 61 G 0.099 0.026 0.142 0.043 0.147 0.009 0.040 0.174 0.007 0.311 0.001 62 S 0.261 0.064 0.441 0.077 0.071 0.039 0.007 0.014 0.006 0.014 0.006 63 T 0.515 0.053 0.119 0.204 0.028 0.026 0.010 0.021 0.012 0.010 0.001 64 V 0.718 0.049 0.081 0.110 0.013 0.006 0.009 0.006 0.003 0.002 0.001 65 G 0.871 0.010 0.042 0.010 0.019 0.002 0.004 0.021 0.001 0.020 0.001 66 S 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 N 0.918 0.002 0.003 0.061 0.001 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 72 L 0.919 0.014 0.029 0.025 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 R 0.940 0.007 0.006 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.821 0.030 0.019 0.111 0.006 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 75 N 0.053 0.005 0.015 0.795 0.003 0.003 0.105 0.008 0.009 0.004 0.001 76 G 0.006 0.001 0.018 0.005 0.010 0.012 0.536 0.380 0.003 0.029 0.001 77 V 0.106 0.368 0.245 0.212 0.031 0.023 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 78 A 0.053 0.177 0.566 0.003 0.080 0.013 0.010 0.003 0.066 0.029 0.001 79 P 0.211 0.008 0.694 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 80 K 0.387 0.195 0.286 0.061 0.026 0.023 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 81 A 0.075 0.632 0.123 0.010 0.137 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 82 I 0.103 0.583 0.232 0.008 0.019 0.038 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 83 I 0.063 0.682 0.099 0.028 0.027 0.056 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 84 N 0.134 0.349 0.201 0.065 0.091 0.089 0.011 0.002 0.054 0.003 0.001 85 K 0.452 0.115 0.103 0.215 0.026 0.029 0.031 0.006 0.018 0.002 0.001 86 K 0.261 0.245 0.230 0.093 0.048 0.040 0.033 0.003 0.041 0.004 0.001 87 T 0.472 0.102 0.253 0.087 0.020 0.029 0.013 0.005 0.011 0.004 0.005 88 E 0.356 0.247 0.163 0.057 0.085 0.021 0.032 0.004 0.028 0.004 0.002 89 T 0.339 0.185 0.358 0.037 0.009 0.047 0.004 0.001 0.011 0.001 0.009 90 I 0.155 0.565 0.179 0.014 0.026 0.030 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 91 I 0.140 0.612 0.146 0.017 0.020 0.039 0.002 0.001 0.022 0.001 0.002 92 A 0.065 0.554 0.220 0.009 0.058 0.059 0.003 0.002 0.029 0.001 0.001 93 V 0.151 0.593 0.072 0.061 0.060 0.023 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 94 G 0.068 0.363 0.110 0.013 0.391 0.010 0.023 0.009 0.006 0.007 0.001 95 A 0.153 0.636 0.072 0.009 0.094 0.014 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 96 A 0.127 0.607 0.177 0.008 0.020 0.045 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 M 0.125 0.440 0.172 0.070 0.009 0.100 0.003 0.001 0.080 0.001 0.001 98 A 0.189 0.284 0.184 0.137 0.144 0.012 0.020 0.010 0.010 0.010 0.001 99 E 0.121 0.171 0.113 0.209 0.055 0.048 0.237 0.005 0.035 0.006 0.001 100 I 0.003 0.514 0.288 0.001 0.024 0.014 0.012 0.001 0.145 0.001 0.001 101 P 0.017 0.012 0.833 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.060 102 L 0.021 0.493 0.386 0.004 0.009 0.059 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 103 V 0.026 0.759 0.092 0.009 0.027 0.039 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 104 E 0.032 0.465 0.387 0.014 0.017 0.063 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 105 V 0.068 0.515 0.197 0.037 0.085 0.051 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 106 R 0.114 0.248 0.397 0.060 0.053 0.079 0.008 0.001 0.028 0.010 0.001 107 D 0.145 0.087 0.383 0.069 0.069 0.120 0.027 0.004 0.079 0.013 0.003 108 E 0.915 0.007 0.016 0.043 0.002 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 109 K 0.896 0.009 0.025 0.048 0.002 0.006 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 110 F 0.970 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.970 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.977 0.006 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.941 0.004 0.009 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 V 0.848 0.028 0.049 0.057 0.002 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 115 K 0.863 0.020 0.025 0.076 0.004 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 116 T 0.339 0.050 0.159 0.415 0.012 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 117 G 0.022 0.002 0.020 0.020 0.017 0.001 0.051 0.773 0.003 0.090 0.001 118 D 0.015 0.111 0.707 0.029 0.014 0.082 0.022 0.001 0.019 0.001 0.001 119 R 0.006 0.485 0.428 0.008 0.030 0.028 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 120 V 0.002 0.854 0.081 0.003 0.032 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 121 V 0.001 0.737 0.207 0.001 0.009 0.030 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 122 V 0.004 0.779 0.133 0.004 0.025 0.037 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 123 N 0.003 0.237 0.413 0.004 0.036 0.173 0.007 0.001 0.126 0.001 0.001 124 A 0.819 0.018 0.070 0.048 0.011 0.007 0.008 0.005 0.006 0.009 0.001 125 D 0.754 0.011 0.034 0.175 0.004 0.011 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 126 E 0.340 0.061 0.093 0.451 0.019 0.006 0.014 0.003 0.010 0.001 0.001 127 G 0.057 0.012 0.059 0.031 0.052 0.002 0.112 0.510 0.002 0.163 0.001 128 Y 0.180 0.312 0.277 0.085 0.060 0.047 0.011 0.002 0.020 0.003 0.002 129 V 0.052 0.663 0.134 0.024 0.087 0.014 0.003 0.001 0.021 0.002 0.001 130 E 0.060 0.593 0.199 0.010 0.071 0.031 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 131 L 0.194 0.315 0.352 0.020 0.017 0.066 0.003 0.001 0.031 0.001 0.002 132 I 0.280 0.383 0.181 0.046 0.032 0.033 0.005 0.001 0.038 0.002 0.001 133 E 0.231 0.183 0.364 0.050 0.041 0.060 0.031 0.004 0.030 0.003 0.003 134 L 0.272 0.279 0.278 0.071 0.041 0.023 0.008 0.002 0.023 0.002 0.001 135 E 0.320 0.123 0.318 0.080 0.035 0.051 0.031 0.008 0.020 0.011 0.002 136 H 0.353 0.168 0.166 0.179 0.034 0.042 0.018 0.003 0.033 0.003 0.001 137 H 0.336 0.121 0.188 0.203 0.043 0.042 0.028 0.006 0.026 0.006 0.001 138 H 0.279 0.131 0.248 0.195 0.032 0.048 0.027 0.005 0.029 0.004 0.002 139 H 0.304 0.143 0.244 0.185 0.027 0.039 0.024 0.008 0.020 0.004 0.001 140 H 0.215 0.153 0.229 0.192 0.041 0.052 0.054 0.015 0.038 0.009 0.001 141 H 0.203 0.189 0.255 0.103 0.078 0.035 0.053 0.025 0.030 0.028 0.001