# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.006 0.009 0.011 0.132 0.692 2 V 0.514 0.009 0.007 0.010 0.080 0.379 3 K 0.738 0.010 0.005 0.008 0.045 0.195 4 F 0.804 0.009 0.004 0.008 0.038 0.137 5 A 0.757 0.004 0.003 0.008 0.061 0.165 6 C 0.791 0.003 0.007 0.013 0.063 0.124 7 R 0.846 0.003 0.006 0.025 0.046 0.075 8 A 0.898 0.003 0.005 0.024 0.028 0.041 9 I 0.799 0.013 0.006 0.026 0.063 0.093 10 T 0.629 0.015 0.009 0.024 0.177 0.146 11 R 0.382 0.007 0.015 0.026 0.346 0.223 12 G 0.316 0.007 0.035 0.019 0.383 0.238 13 R 0.623 0.015 0.024 0.010 0.182 0.146 14 A 0.764 0.008 0.016 0.009 0.094 0.110 15 E 0.823 0.007 0.004 0.007 0.059 0.100 16 G 0.874 0.003 0.002 0.006 0.038 0.078 17 E 0.893 0.001 0.002 0.006 0.029 0.069 18 A 0.975 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 19 L 0.974 0.002 0.001 0.005 0.006 0.012 20 V 0.961 0.002 0.001 0.005 0.011 0.021 21 T 0.767 0.005 0.002 0.011 0.067 0.148 22 K 0.312 0.005 0.017 0.023 0.317 0.325 23 E 0.215 0.010 0.038 0.034 0.440 0.264 24 Y 0.224 0.031 0.081 0.073 0.348 0.243 25 I 0.388 0.025 0.071 0.066 0.256 0.194 26 S 0.411 0.033 0.076 0.052 0.217 0.210 27 F 0.370 0.042 0.075 0.044 0.255 0.214 28 L 0.294 0.018 0.080 0.039 0.342 0.227 29 G 0.256 0.006 0.056 0.012 0.364 0.306 30 G 0.366 0.021 0.038 0.015 0.273 0.286 31 I 0.417 0.200 0.014 0.012 0.132 0.224 32 D 0.198 0.134 0.004 0.005 0.498 0.161 33 K 0.013 0.005 0.061 0.008 0.898 0.015 34 E 0.012 0.002 0.076 0.006 0.886 0.017 35 T 0.006 0.002 0.091 0.008 0.879 0.014 36 G 0.055 0.023 0.014 0.004 0.683 0.222 37 I 0.310 0.208 0.004 0.005 0.095 0.377 38 V 0.411 0.294 0.002 0.005 0.072 0.216 39 K 0.294 0.023 0.007 0.010 0.606 0.060 40 E 0.028 0.002 0.122 0.054 0.768 0.026 41 D 0.008 0.002 0.148 0.063 0.761 0.018 42 C 0.049 0.063 0.087 0.051 0.729 0.021 43 E 0.105 0.057 0.078 0.130 0.348 0.283 44 I 0.104 0.056 0.081 0.160 0.479 0.120 45 K 0.055 0.007 0.069 0.137 0.600 0.132 46 G 0.113 0.005 0.024 0.034 0.525 0.298 47 E 0.483 0.025 0.020 0.020 0.223 0.230 48 S 0.717 0.041 0.011 0.014 0.082 0.135 49 V 0.712 0.018 0.017 0.010 0.213 0.030 50 A 0.455 0.006 0.012 0.004 0.465 0.058 51 G 0.289 0.002 0.009 0.003 0.614 0.083 52 R 0.853 0.006 0.001 0.001 0.099 0.040 53 I 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.016 54 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 55 V 0.979 0.003 0.001 0.001 0.004 0.013 56 F 0.861 0.009 0.001 0.002 0.071 0.056 57 P 0.382 0.009 0.004 0.002 0.414 0.188 58 G 0.058 0.010 0.008 0.002 0.739 0.183 59 G 0.049 0.053 0.007 0.003 0.729 0.159 60 K 0.055 0.067 0.009 0.012 0.531 0.325 61 G 0.065 0.063 0.021 0.030 0.558 0.264 62 S 0.061 0.040 0.037 0.124 0.509 0.229 63 T 0.026 0.040 0.052 0.380 0.312 0.189 64 V 0.013 0.024 0.038 0.645 0.147 0.131 65 G 0.004 0.006 0.019 0.844 0.053 0.075 66 S 0.001 0.001 0.006 0.971 0.012 0.010 67 Y 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.002 68 V 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.001 69 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 70 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 71 N 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 72 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 73 R 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.006 74 K 0.001 0.001 0.014 0.936 0.030 0.018 75 N 0.003 0.001 0.023 0.693 0.099 0.182 76 G 0.004 0.003 0.009 0.042 0.127 0.814 77 V 0.028 0.017 0.005 0.007 0.119 0.823 78 A 0.084 0.009 0.005 0.003 0.237 0.662 79 P 0.156 0.004 0.011 0.005 0.256 0.569 80 K 0.784 0.006 0.008 0.008 0.069 0.125 81 A 0.963 0.001 0.002 0.005 0.014 0.014 82 I 0.981 0.001 0.001 0.007 0.004 0.006 83 I 0.965 0.001 0.001 0.013 0.007 0.012 84 N 0.790 0.002 0.002 0.029 0.057 0.120 85 K 0.433 0.006 0.006 0.051 0.225 0.279 86 K 0.153 0.015 0.013 0.048 0.304 0.467 87 T 0.140 0.018 0.016 0.151 0.354 0.321 88 E 0.177 0.009 0.018 0.178 0.380 0.238 89 T 0.388 0.007 0.025 0.233 0.205 0.142 90 I 0.664 0.007 0.013 0.213 0.054 0.049 91 I 0.815 0.003 0.006 0.138 0.022 0.016 92 A 0.733 0.002 0.004 0.201 0.028 0.033 93 V 0.667 0.002 0.004 0.208 0.043 0.076 94 G 0.644 0.004 0.006 0.104 0.092 0.151 95 A 0.841 0.005 0.010 0.069 0.037 0.039 96 A 0.850 0.007 0.011 0.073 0.029 0.029 97 M 0.818 0.007 0.017 0.029 0.078 0.051 98 A 0.609 0.006 0.020 0.041 0.191 0.133 99 E 0.374 0.009 0.022 0.034 0.268 0.293 100 I 0.215 0.007 0.009 0.011 0.249 0.508 101 P 0.382 0.010 0.014 0.017 0.164 0.414 102 L 0.553 0.025 0.024 0.031 0.113 0.255 103 V 0.655 0.015 0.026 0.034 0.092 0.179 104 E 0.773 0.010 0.015 0.034 0.066 0.102 105 V 0.466 0.015 0.016 0.035 0.145 0.323 106 R 0.142 0.022 0.005 0.025 0.183 0.622 107 D 0.020 0.003 0.002 0.014 0.107 0.855 108 E 0.003 0.001 0.033 0.895 0.039 0.029 109 K 0.008 0.001 0.036 0.916 0.027 0.011 110 F 0.009 0.001 0.028 0.939 0.017 0.006 111 F 0.012 0.001 0.010 0.957 0.011 0.010 112 E 0.017 0.001 0.018 0.943 0.013 0.008 113 A 0.011 0.001 0.009 0.960 0.010 0.008 114 V 0.012 0.002 0.006 0.943 0.030 0.007 115 K 0.010 0.003 0.007 0.862 0.101 0.017 116 T 0.008 0.003 0.010 0.554 0.326 0.098 117 G 0.014 0.003 0.005 0.010 0.662 0.307 118 D 0.075 0.003 0.001 0.001 0.203 0.718 119 R 0.749 0.010 0.002 0.001 0.046 0.193 120 V 0.946 0.003 0.001 0.001 0.013 0.038 121 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 122 V 0.949 0.004 0.001 0.001 0.006 0.039 123 N 0.707 0.009 0.001 0.001 0.190 0.093 124 A 0.041 0.001 0.052 0.004 0.885 0.015 125 D 0.008 0.001 0.059 0.005 0.918 0.010 126 E 0.010 0.002 0.049 0.010 0.922 0.008 127 G 0.166 0.027 0.012 0.024 0.587 0.184 128 Y 0.564 0.068 0.008 0.067 0.070 0.223 129 V 0.759 0.014 0.017 0.084 0.047 0.079 130 E 0.830 0.003 0.018 0.060 0.032 0.058 131 L 0.734 0.004 0.047 0.111 0.043 0.061 132 I 0.603 0.006 0.049 0.171 0.068 0.103 133 E 0.464 0.007 0.054 0.188 0.110 0.176 134 L 0.307 0.011 0.062 0.189 0.169 0.261 135 E 0.241 0.017 0.056 0.126 0.222 0.338 136 H 0.136 0.024 0.064 0.150 0.264 0.362 137 H 0.067 0.014 0.061 0.119 0.317 0.422 138 H 0.049 0.012 0.047 0.053 0.330 0.509 139 H 0.027 0.014 0.032 0.046 0.253 0.628 140 H 0.023 0.019 0.011 0.033 0.158 0.755 141 H 0.011 0.004 0.001 0.005 0.063 0.915