# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.015 0.638 0.015 0.005 0.011 0.003 0.001 0.018 0.084 0.016 0.031 0.156 2 V 0.025 0.028 0.417 0.007 0.004 0.011 0.014 0.002 0.068 0.034 0.008 0.218 0.164 3 K 0.064 0.028 0.201 0.020 0.003 0.011 0.036 0.005 0.105 0.022 0.007 0.097 0.401 4 F 0.081 0.015 0.192 0.029 0.003 0.009 0.039 0.007 0.090 0.022 0.008 0.339 0.165 5 A 0.062 0.009 0.222 0.053 0.006 0.012 0.026 0.006 0.086 0.036 0.024 0.140 0.317 6 C 0.093 0.006 0.201 0.041 0.015 0.016 0.021 0.003 0.053 0.052 0.036 0.169 0.294 7 R 0.137 0.006 0.110 0.100 0.013 0.018 0.029 0.005 0.058 0.075 0.026 0.250 0.174 8 A 0.155 0.011 0.083 0.010 0.009 0.013 0.042 0.008 0.071 0.021 0.013 0.163 0.398 9 I 0.173 0.021 0.096 0.053 0.009 0.019 0.043 0.008 0.046 0.032 0.029 0.149 0.322 10 T 0.093 0.015 0.176 0.048 0.008 0.018 0.015 0.002 0.025 0.054 0.044 0.314 0.188 11 R 0.039 0.008 0.141 0.065 0.020 0.026 0.004 0.001 0.010 0.120 0.330 0.058 0.177 12 G 0.054 0.005 0.157 0.036 0.016 0.016 0.005 0.001 0.009 0.163 0.309 0.126 0.102 13 R 0.147 0.016 0.179 0.010 0.011 0.014 0.017 0.001 0.010 0.050 0.045 0.103 0.397 14 A 0.282 0.015 0.086 0.007 0.002 0.005 0.035 0.002 0.010 0.023 0.010 0.314 0.210 15 E 0.342 0.006 0.076 0.036 0.002 0.004 0.033 0.002 0.007 0.015 0.007 0.117 0.352 16 G 0.369 0.002 0.063 0.017 0.005 0.015 0.026 0.002 0.008 0.021 0.011 0.294 0.167 17 E 0.516 0.001 0.034 0.052 0.006 0.018 0.048 0.004 0.012 0.025 0.011 0.089 0.184 18 A 0.614 0.001 0.008 0.005 0.002 0.007 0.098 0.005 0.011 0.003 0.002 0.100 0.143 19 L 0.620 0.003 0.016 0.013 0.002 0.011 0.100 0.010 0.013 0.003 0.006 0.085 0.117 20 V 0.428 0.009 0.055 0.028 0.003 0.012 0.112 0.012 0.028 0.011 0.012 0.092 0.197 21 T 0.126 0.009 0.226 0.074 0.008 0.019 0.027 0.010 0.041 0.054 0.056 0.186 0.162 22 K 0.039 0.006 0.304 0.033 0.025 0.027 0.007 0.002 0.026 0.262 0.106 0.034 0.128 23 E 0.015 0.013 0.302 0.014 0.032 0.046 0.004 0.002 0.025 0.296 0.074 0.137 0.040 24 Y 0.020 0.041 0.314 0.021 0.040 0.042 0.012 0.011 0.056 0.073 0.070 0.020 0.281 25 I 0.044 0.063 0.313 0.028 0.045 0.046 0.020 0.016 0.057 0.076 0.047 0.153 0.090 26 S 0.031 0.064 0.296 0.014 0.077 0.064 0.017 0.012 0.074 0.093 0.068 0.056 0.134 27 F 0.023 0.029 0.228 0.008 0.217 0.128 0.007 0.011 0.030 0.071 0.140 0.045 0.064 28 L 0.021 0.020 0.161 0.011 0.271 0.080 0.004 0.003 0.014 0.072 0.261 0.021 0.063 29 G 0.008 0.017 0.163 0.009 0.193 0.061 0.002 0.002 0.011 0.161 0.319 0.026 0.028 30 G 0.004 0.024 0.234 0.004 0.071 0.034 0.001 0.001 0.008 0.322 0.257 0.016 0.023 31 I 0.001 0.064 0.407 0.008 0.006 0.011 0.001 0.001 0.004 0.431 0.040 0.011 0.016 32 D 0.001 0.022 0.720 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.207 0.021 0.006 0.006 33 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.133 0.037 0.001 0.001 0.001 0.037 0.775 0.001 0.001 34 E 0.001 0.002 0.017 0.001 0.133 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 0.819 0.001 0.001 35 T 0.003 0.013 0.395 0.009 0.168 0.028 0.002 0.001 0.012 0.158 0.195 0.004 0.012 36 G 0.024 0.052 0.317 0.009 0.048 0.023 0.011 0.012 0.113 0.148 0.147 0.059 0.035 37 I 0.072 0.068 0.350 0.008 0.015 0.010 0.046 0.051 0.069 0.057 0.027 0.056 0.170 38 V 0.070 0.111 0.371 0.016 0.006 0.005 0.026 0.038 0.069 0.030 0.010 0.126 0.123 39 K 0.013 0.012 0.623 0.021 0.012 0.010 0.007 0.008 0.047 0.055 0.012 0.061 0.122 40 E 0.002 0.008 0.144 0.011 0.064 0.048 0.001 0.002 0.012 0.137 0.534 0.017 0.020 41 D 0.002 0.012 0.142 0.022 0.050 0.041 0.001 0.001 0.006 0.183 0.516 0.005 0.018 42 C 0.001 0.044 0.414 0.009 0.024 0.031 0.001 0.001 0.011 0.353 0.054 0.036 0.022 43 E 0.002 0.018 0.276 0.004 0.081 0.107 0.001 0.001 0.007 0.080 0.369 0.004 0.050 44 I 0.013 0.031 0.107 0.003 0.107 0.098 0.002 0.002 0.004 0.099 0.454 0.061 0.018 45 K 0.003 0.006 0.017 0.003 0.047 0.038 0.001 0.001 0.001 0.031 0.839 0.007 0.007 46 G 0.007 0.003 0.127 0.040 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.085 0.687 0.007 0.022 47 E 0.063 0.041 0.505 0.007 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.054 0.008 0.188 0.120 48 S 0.048 0.075 0.218 0.004 0.004 0.002 0.007 0.001 0.006 0.014 0.007 0.039 0.576 49 V 0.094 0.023 0.190 0.093 0.031 0.010 0.018 0.002 0.008 0.023 0.045 0.362 0.100 50 A 0.013 0.006 0.076 0.124 0.044 0.007 0.008 0.002 0.008 0.095 0.521 0.053 0.041 51 G 0.012 0.001 0.133 0.060 0.013 0.001 0.003 0.001 0.005 0.229 0.454 0.058 0.030 52 R 0.117 0.002 0.370 0.024 0.002 0.001 0.028 0.003 0.025 0.072 0.011 0.082 0.263 53 I 0.389 0.007 0.023 0.006 0.001 0.001 0.214 0.035 0.052 0.006 0.001 0.100 0.167 54 L 0.419 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.301 0.110 0.037 0.001 0.001 0.067 0.046 55 V 0.328 0.003 0.020 0.008 0.001 0.001 0.320 0.120 0.074 0.002 0.001 0.036 0.088 56 F 0.095 0.005 0.155 0.034 0.001 0.001 0.083 0.055 0.207 0.021 0.003 0.271 0.071 57 P 0.023 0.008 0.385 0.037 0.008 0.003 0.014 0.012 0.074 0.132 0.114 0.020 0.169 58 G 0.008 0.013 0.294 0.021 0.014 0.003 0.003 0.003 0.020 0.300 0.261 0.037 0.023 59 G 0.003 0.017 0.268 0.007 0.027 0.006 0.001 0.001 0.009 0.462 0.160 0.012 0.028 60 K 0.005 0.033 0.278 0.004 0.035 0.014 0.001 0.001 0.008 0.344 0.222 0.018 0.037 61 G 0.006 0.049 0.287 0.008 0.036 0.046 0.002 0.001 0.006 0.334 0.160 0.022 0.041 62 S 0.007 0.047 0.404 0.006 0.032 0.092 0.002 0.001 0.007 0.179 0.154 0.019 0.050 63 T 0.008 0.055 0.217 0.002 0.034 0.309 0.003 0.001 0.008 0.174 0.138 0.017 0.034 64 V 0.008 0.028 0.077 0.001 0.018 0.685 0.001 0.001 0.003 0.068 0.079 0.008 0.024 65 G 0.002 0.001 0.023 0.001 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.003 66 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 73 R 0.001 0.002 0.016 0.001 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.003 74 K 0.003 0.004 0.014 0.001 0.019 0.810 0.001 0.001 0.001 0.007 0.133 0.007 0.004 75 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.106 0.001 0.001 0.001 0.024 0.853 0.001 0.001 76 G 0.001 0.001 0.085 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.072 0.832 0.001 0.001 77 V 0.001 0.026 0.726 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.165 0.031 0.012 0.029 78 A 0.005 0.078 0.485 0.004 0.009 0.009 0.005 0.001 0.038 0.129 0.052 0.075 0.112 79 P 0.025 0.008 0.500 0.108 0.023 0.015 0.016 0.004 0.033 0.073 0.054 0.038 0.105 80 K 0.119 0.004 0.238 0.119 0.025 0.017 0.065 0.012 0.047 0.140 0.018 0.099 0.096 81 A 0.383 0.002 0.034 0.006 0.009 0.010 0.177 0.041 0.050 0.016 0.003 0.096 0.173 82 I 0.597 0.002 0.012 0.004 0.002 0.010 0.164 0.031 0.018 0.002 0.001 0.090 0.066 83 I 0.549 0.003 0.021 0.009 0.002 0.009 0.149 0.022 0.016 0.002 0.002 0.074 0.141 84 N 0.255 0.003 0.136 0.085 0.005 0.010 0.050 0.013 0.030 0.026 0.024 0.192 0.170 85 K 0.061 0.006 0.327 0.038 0.013 0.013 0.011 0.003 0.026 0.193 0.071 0.082 0.157 86 K 0.007 0.010 0.437 0.018 0.024 0.027 0.002 0.001 0.015 0.288 0.072 0.035 0.066 87 T 0.006 0.015 0.355 0.027 0.082 0.077 0.002 0.001 0.012 0.219 0.119 0.021 0.064 88 E 0.017 0.013 0.331 0.043 0.049 0.083 0.004 0.002 0.010 0.242 0.055 0.102 0.049 89 T 0.051 0.012 0.312 0.056 0.033 0.090 0.011 0.003 0.025 0.106 0.028 0.045 0.228 90 I 0.125 0.007 0.112 0.013 0.008 0.156 0.060 0.061 0.120 0.020 0.010 0.160 0.149 91 I 0.341 0.006 0.033 0.033 0.005 0.081 0.161 0.074 0.076 0.024 0.013 0.084 0.069 92 A 0.399 0.003 0.024 0.006 0.002 0.030 0.148 0.095 0.100 0.003 0.005 0.058 0.128 93 V 0.335 0.003 0.041 0.103 0.004 0.050 0.078 0.062 0.081 0.012 0.022 0.135 0.074 94 G 0.294 0.002 0.051 0.129 0.006 0.047 0.037 0.036 0.068 0.089 0.045 0.069 0.127 95 A 0.373 0.004 0.052 0.009 0.006 0.035 0.088 0.061 0.075 0.012 0.012 0.116 0.157 96 A 0.362 0.008 0.029 0.005 0.006 0.025 0.136 0.156 0.080 0.006 0.012 0.111 0.065 97 M 0.381 0.006 0.054 0.028 0.008 0.010 0.134 0.110 0.039 0.009 0.023 0.030 0.167 98 A 0.176 0.005 0.178 0.047 0.014 0.011 0.054 0.068 0.042 0.050 0.075 0.209 0.071 99 E 0.047 0.007 0.162 0.083 0.017 0.008 0.011 0.004 0.022 0.416 0.137 0.020 0.068 100 I 0.005 0.004 0.502 0.019 0.002 0.002 0.003 0.001 0.035 0.348 0.015 0.044 0.022 101 P 0.010 0.014 0.723 0.020 0.004 0.001 0.008 0.006 0.054 0.038 0.012 0.019 0.092 102 L 0.095 0.026 0.128 0.009 0.007 0.004 0.122 0.040 0.253 0.021 0.007 0.130 0.158 103 V 0.097 0.011 0.121 0.027 0.007 0.005 0.124 0.051 0.309 0.019 0.005 0.075 0.150 104 E 0.049 0.011 0.188 0.027 0.007 0.007 0.055 0.018 0.302 0.047 0.009 0.124 0.156 105 V 0.008 0.027 0.390 0.008 0.005 0.007 0.010 0.004 0.212 0.090 0.014 0.073 0.153 106 R 0.001 0.033 0.621 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.035 0.168 0.050 0.024 0.044 107 D 0.001 0.008 0.572 0.001 0.022 0.148 0.001 0.001 0.005 0.167 0.058 0.003 0.015 108 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.049 0.891 0.001 0.001 0.001 0.009 0.043 0.001 0.001 109 K 0.001 0.002 0.010 0.001 0.071 0.885 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 110 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 111 F 0.001 0.002 0.008 0.001 0.045 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.002 112 E 0.003 0.001 0.012 0.001 0.052 0.892 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.005 0.005 113 A 0.004 0.002 0.014 0.001 0.038 0.861 0.001 0.001 0.001 0.015 0.052 0.002 0.011 114 V 0.005 0.009 0.113 0.001 0.020 0.706 0.001 0.001 0.002 0.050 0.063 0.010 0.018 115 K 0.001 0.030 0.149 0.009 0.029 0.298 0.001 0.001 0.002 0.062 0.391 0.013 0.015 116 T 0.001 0.002 0.057 0.003 0.012 0.055 0.001 0.001 0.001 0.088 0.780 0.002 0.002 117 G 0.001 0.001 0.116 0.005 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.190 0.662 0.002 0.002 118 D 0.003 0.008 0.633 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.013 0.168 0.068 0.032 0.057 119 R 0.053 0.026 0.185 0.018 0.004 0.001 0.015 0.002 0.048 0.046 0.008 0.070 0.525 120 V 0.232 0.005 0.074 0.018 0.001 0.001 0.049 0.003 0.042 0.011 0.002 0.463 0.100 121 V 0.362 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.027 0.002 0.001 0.151 0.367 122 V 0.344 0.010 0.046 0.019 0.001 0.001 0.069 0.003 0.020 0.004 0.001 0.165 0.318 123 N 0.086 0.008 0.245 0.019 0.002 0.001 0.012 0.001 0.017 0.020 0.010 0.288 0.293 124 A 0.016 0.003 0.173 0.015 0.034 0.005 0.002 0.001 0.003 0.139 0.442 0.019 0.150 125 D 0.006 0.004 0.106 0.010 0.074 0.010 0.001 0.001 0.002 0.243 0.474 0.052 0.018 126 E 0.002 0.004 0.117 0.006 0.091 0.016 0.001 0.001 0.001 0.299 0.436 0.015 0.012 127 G 0.013 0.012 0.340 0.008 0.033 0.024 0.003 0.001 0.006 0.187 0.268 0.025 0.080 128 Y 0.101 0.064 0.218 0.008 0.013 0.034 0.025 0.004 0.013 0.045 0.025 0.158 0.293 129 V 0.210 0.020 0.133 0.018 0.009 0.047 0.042 0.003 0.019 0.027 0.009 0.128 0.335 130 E 0.141 0.008 0.125 0.030 0.006 0.057 0.027 0.003 0.025 0.017 0.006 0.454 0.101 131 L 0.105 0.015 0.094 0.009 0.013 0.070 0.021 0.002 0.021 0.012 0.009 0.047 0.582 132 I 0.071 0.009 0.216 0.091 0.031 0.117 0.015 0.002 0.020 0.045 0.043 0.249 0.092 133 E 0.061 0.013 0.237 0.012 0.052 0.127 0.009 0.001 0.014 0.084 0.056 0.088 0.245 134 L 0.020 0.014 0.271 0.011 0.090 0.211 0.004 0.001 0.010 0.096 0.103 0.069 0.099 135 E 0.011 0.016 0.295 0.010 0.086 0.215 0.002 0.001 0.005 0.100 0.164 0.045 0.050 136 H 0.010 0.018 0.244 0.006 0.108 0.205 0.002 0.001 0.005 0.117 0.199 0.023 0.063 137 H 0.007 0.014 0.293 0.005 0.083 0.147 0.001 0.001 0.003 0.192 0.175 0.047 0.032 138 H 0.004 0.014 0.443 0.004 0.069 0.083 0.001 0.001 0.002 0.158 0.171 0.014 0.037 139 H 0.002 0.016 0.530 0.002 0.050 0.062 0.001 0.001 0.002 0.139 0.160 0.012 0.025 140 H 0.001 0.014 0.722 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.122 0.078 0.007 0.013 141 H 0.001 0.005 0.925 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.048 0.008 0.002 0.003