# TARGET T0357 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0357/T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.086 0.254 0.349 0.003 0.035 0.006 0.004 0.017 0.005 0.016 0.022 0.054 0.001 0.003 0.030 2 V 0.048 0.034 0.189 0.615 0.002 0.040 0.002 0.003 0.002 0.001 0.017 0.014 0.025 0.001 0.001 0.005 3 K 0.010 0.042 0.179 0.673 0.008 0.047 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.001 0.001 0.003 4 F 0.005 0.022 0.046 0.795 0.010 0.070 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 0.004 0.016 0.001 0.001 0.002 5 A 0.003 0.099 0.055 0.783 0.003 0.022 0.001 0.006 0.002 0.001 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.002 6 C 0.007 0.012 0.033 0.749 0.004 0.134 0.001 0.004 0.003 0.002 0.018 0.005 0.026 0.001 0.001 0.002 7 R 0.009 0.182 0.110 0.588 0.007 0.030 0.002 0.003 0.002 0.001 0.023 0.014 0.025 0.001 0.001 0.003 8 A 0.004 0.012 0.023 0.813 0.014 0.069 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.009 0.028 0.001 0.001 0.002 9 I 0.005 0.077 0.122 0.457 0.121 0.098 0.012 0.006 0.003 0.002 0.014 0.013 0.054 0.004 0.002 0.008 10 T 0.005 0.038 0.015 0.240 0.398 0.094 0.065 0.023 0.003 0.004 0.026 0.010 0.030 0.042 0.003 0.004 11 R 0.007 0.116 0.053 0.170 0.010 0.024 0.004 0.428 0.020 0.006 0.018 0.011 0.021 0.002 0.103 0.009 12 G 0.032 0.028 0.038 0.174 0.005 0.066 0.005 0.018 0.187 0.220 0.055 0.021 0.043 0.002 0.003 0.102 13 R 0.342 0.167 0.141 0.245 0.003 0.015 0.002 0.003 0.008 0.001 0.016 0.025 0.020 0.001 0.002 0.010 14 A 0.027 0.016 0.229 0.374 0.014 0.244 0.012 0.003 0.002 0.002 0.019 0.024 0.030 0.002 0.001 0.004 15 E 0.003 0.491 0.114 0.351 0.001 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 16 G 0.002 0.003 0.015 0.892 0.001 0.041 0.001 0.002 0.002 0.001 0.032 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 17 E 0.015 0.090 0.297 0.551 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.012 0.949 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 19 L 0.001 0.056 0.065 0.802 0.020 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 20 V 0.001 0.028 0.005 0.853 0.036 0.058 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 21 T 0.002 0.023 0.018 0.107 0.028 0.726 0.004 0.040 0.002 0.004 0.025 0.003 0.011 0.001 0.004 0.002 22 K 0.005 0.528 0.019 0.135 0.003 0.020 0.002 0.019 0.020 0.009 0.192 0.019 0.012 0.001 0.002 0.013 23 E 0.084 0.071 0.056 0.263 0.005 0.103 0.007 0.007 0.021 0.007 0.021 0.302 0.033 0.002 0.007 0.010 24 Y 0.015 0.085 0.601 0.091 0.004 0.039 0.010 0.004 0.003 0.001 0.039 0.009 0.068 0.002 0.003 0.024 25 I 0.018 0.097 0.137 0.451 0.011 0.073 0.013 0.008 0.006 0.002 0.026 0.077 0.066 0.003 0.003 0.008 26 S 0.013 0.043 0.103 0.288 0.030 0.289 0.012 0.010 0.007 0.006 0.027 0.033 0.125 0.002 0.004 0.008 27 F 0.008 0.030 0.029 0.087 0.290 0.066 0.059 0.012 0.005 0.003 0.186 0.031 0.076 0.102 0.003 0.013 28 L 0.007 0.058 0.047 0.067 0.111 0.022 0.119 0.134 0.007 0.002 0.021 0.072 0.043 0.157 0.124 0.009 29 G 0.007 0.021 0.053 0.079 0.001 0.013 0.010 0.195 0.079 0.066 0.017 0.017 0.067 0.002 0.255 0.118 30 G 0.170 0.052 0.050 0.056 0.002 0.023 0.008 0.001 0.111 0.039 0.011 0.013 0.033 0.001 0.001 0.428 31 I 0.275 0.073 0.359 0.251 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 0.009 0.001 0.002 0.003 32 D 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 33 K 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.046 0.002 0.007 0.002 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.880 0.002 0.044 0.001 0.001 35 T 0.003 0.005 0.224 0.022 0.001 0.003 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.131 0.001 0.529 0.016 36 G 0.009 0.011 0.231 0.046 0.001 0.006 0.010 0.002 0.029 0.011 0.006 0.002 0.040 0.001 0.002 0.592 37 I 0.698 0.016 0.052 0.180 0.002 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.013 0.002 0.001 0.010 38 V 0.008 0.043 0.359 0.513 0.008 0.038 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.004 39 K 0.002 0.011 0.017 0.126 0.057 0.730 0.012 0.004 0.001 0.004 0.015 0.004 0.013 0.002 0.001 0.001 40 E 0.003 0.237 0.011 0.087 0.005 0.045 0.001 0.075 0.005 0.002 0.497 0.014 0.011 0.001 0.003 0.002 41 D 0.012 0.193 0.042 0.173 0.003 0.024 0.005 0.005 0.110 0.016 0.016 0.357 0.016 0.004 0.004 0.020 42 C 0.047 0.015 0.167 0.052 0.008 0.349 0.033 0.005 0.003 0.005 0.031 0.058 0.200 0.002 0.017 0.009 43 E 0.005 0.048 0.046 0.016 0.011 0.077 0.006 0.010 0.002 0.002 0.571 0.040 0.144 0.005 0.002 0.015 44 I 0.012 0.031 0.010 0.026 0.087 0.012 0.084 0.007 0.007 0.002 0.040 0.221 0.031 0.421 0.003 0.005 45 K 0.002 0.020 0.067 0.025 0.001 0.005 0.006 0.081 0.002 0.001 0.004 0.012 0.063 0.001 0.706 0.008 46 G 0.005 0.006 0.051 0.026 0.001 0.010 0.004 0.002 0.112 0.047 0.013 0.003 0.068 0.002 0.002 0.649 47 E 0.749 0.022 0.049 0.081 0.001 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 0.022 0.041 0.001 0.001 0.002 48 S 0.007 0.027 0.114 0.050 0.024 0.599 0.008 0.003 0.003 0.003 0.012 0.037 0.102 0.002 0.002 0.007 49 V 0.003 0.021 0.016 0.024 0.360 0.027 0.176 0.005 0.001 0.001 0.177 0.007 0.028 0.151 0.001 0.003 50 A 0.001 0.108 0.020 0.046 0.001 0.005 0.002 0.346 0.006 0.001 0.002 0.029 0.007 0.001 0.423 0.003 51 G 0.007 0.006 0.037 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.304 0.031 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.550 52 R 0.864 0.007 0.074 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 I 0.007 0.003 0.586 0.384 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.010 0.035 0.941 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.001 0.002 0.004 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.005 0.147 0.734 0.103 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.070 0.002 0.129 0.128 0.081 0.001 0.523 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 G 0.001 0.133 0.002 0.125 0.011 0.051 0.001 0.077 0.401 0.114 0.023 0.054 0.001 0.001 0.002 0.003 59 G 0.135 0.030 0.032 0.059 0.230 0.065 0.103 0.011 0.054 0.081 0.100 0.064 0.017 0.010 0.002 0.008 60 K 0.037 0.134 0.152 0.072 0.009 0.025 0.007 0.286 0.008 0.004 0.073 0.084 0.018 0.003 0.082 0.007 61 G 0.015 0.023 0.067 0.100 0.012 0.043 0.006 0.016 0.230 0.196 0.033 0.101 0.055 0.004 0.006 0.093 62 S 0.219 0.039 0.054 0.075 0.010 0.135 0.008 0.006 0.010 0.015 0.078 0.116 0.224 0.001 0.003 0.007 63 T 0.013 0.020 0.043 0.037 0.013 0.102 0.008 0.005 0.002 0.005 0.218 0.237 0.287 0.003 0.001 0.006 64 V 0.005 0.012 0.016 0.039 0.002 0.033 0.001 0.009 0.002 0.002 0.175 0.390 0.307 0.001 0.004 0.002 65 G 0.001 0.002 0.004 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.002 0.071 0.108 0.787 0.001 0.001 0.002 66 S 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.104 0.873 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.952 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.006 72 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.006 0.005 0.005 73 R 0.001 0.002 0.008 0.002 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.884 0.049 0.013 0.020 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.908 0.003 0.004 75 N 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.936 0.005 76 G 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.087 0.028 0.001 0.002 0.017 0.001 0.002 0.839 77 V 0.935 0.017 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 78 A 0.013 0.017 0.616 0.069 0.002 0.233 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.023 0.001 0.001 0.004 79 P 0.005 0.051 0.041 0.114 0.001 0.578 0.001 0.004 0.001 0.001 0.152 0.014 0.038 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.478 0.017 0.327 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 0.001 0.027 0.123 0.013 0.001 0.001 0.001 81 A 0.005 0.003 0.114 0.748 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.085 0.001 0.001 0.003 82 I 0.003 0.009 0.600 0.275 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.086 0.001 0.001 0.005 83 I 0.001 0.015 0.018 0.885 0.008 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.002 84 N 0.002 0.040 0.028 0.476 0.040 0.332 0.007 0.009 0.001 0.002 0.009 0.003 0.040 0.002 0.002 0.006 85 K 0.008 0.231 0.037 0.387 0.015 0.095 0.005 0.032 0.008 0.007 0.107 0.012 0.037 0.002 0.004 0.013 86 K 0.028 0.107 0.049 0.132 0.029 0.310 0.025 0.014 0.014 0.014 0.087 0.111 0.052 0.007 0.005 0.015 87 T 0.025 0.388 0.183 0.137 0.001 0.033 0.004 0.019 0.006 0.001 0.077 0.032 0.056 0.001 0.018 0.017 88 E 0.037 0.109 0.193 0.323 0.002 0.089 0.008 0.002 0.023 0.008 0.015 0.088 0.065 0.001 0.002 0.034 89 T 0.059 0.101 0.371 0.346 0.001 0.027 0.002 0.002 0.002 0.001 0.020 0.014 0.048 0.001 0.001 0.005 90 I 0.007 0.014 0.182 0.587 0.003 0.088 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.017 0.054 0.001 0.001 0.003 91 I 0.001 0.085 0.101 0.715 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.049 0.001 0.001 0.001 92 A 0.002 0.003 0.011 0.538 0.192 0.152 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.055 0.007 0.001 0.001 93 V 0.002 0.235 0.052 0.301 0.003 0.047 0.001 0.201 0.001 0.001 0.024 0.025 0.088 0.001 0.021 0.001 94 G 0.001 0.011 0.006 0.718 0.001 0.024 0.001 0.003 0.038 0.012 0.092 0.006 0.069 0.001 0.001 0.019 95 A 0.117 0.020 0.054 0.430 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.053 0.270 0.001 0.001 0.001 96 A 0.002 0.023 0.036 0.339 0.021 0.229 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.303 0.002 0.001 0.002 97 M 0.001 0.095 0.009 0.344 0.106 0.143 0.028 0.005 0.001 0.001 0.028 0.016 0.196 0.021 0.005 0.002 98 A 0.001 0.138 0.020 0.349 0.006 0.077 0.009 0.052 0.007 0.003 0.017 0.028 0.223 0.002 0.052 0.017 99 E 0.015 0.168 0.081 0.271 0.001 0.005 0.005 0.002 0.038 0.006 0.005 0.007 0.056 0.004 0.008 0.329 100 I 0.279 0.006 0.332 0.295 0.002 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.033 0.002 0.005 0.012 101 P 0.016 0.048 0.491 0.199 0.003 0.174 0.003 0.004 0.001 0.002 0.011 0.005 0.037 0.001 0.001 0.005 102 L 0.006 0.096 0.012 0.717 0.003 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.069 0.011 0.017 0.001 0.001 0.003 103 V 0.008 0.066 0.099 0.721 0.006 0.025 0.003 0.002 0.002 0.001 0.008 0.033 0.023 0.001 0.001 0.003 104 E 0.008 0.032 0.163 0.543 0.014 0.126 0.011 0.005 0.002 0.003 0.012 0.011 0.057 0.002 0.002 0.010 105 V 0.010 0.109 0.070 0.475 0.032 0.150 0.012 0.010 0.004 0.004 0.058 0.012 0.036 0.004 0.002 0.013 106 R 0.010 0.220 0.055 0.340 0.009 0.153 0.007 0.031 0.003 0.005 0.048 0.061 0.041 0.002 0.008 0.006 107 D 0.006 0.026 0.023 0.029 0.005 0.631 0.004 0.011 0.007 0.013 0.090 0.047 0.095 0.001 0.004 0.008 108 E 0.011 0.054 0.019 0.020 0.001 0.015 0.002 0.005 0.002 0.002 0.686 0.081 0.093 0.002 0.003 0.005 109 K 0.007 0.017 0.011 0.014 0.001 0.061 0.002 0.002 0.002 0.001 0.019 0.670 0.183 0.001 0.005 0.004 110 F 0.002 0.004 0.017 0.004 0.001 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.106 0.024 0.790 0.003 0.002 0.010 111 F 0.001 0.009 0.011 0.007 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.027 0.161 0.763 0.002 0.002 0.002 112 E 0.001 0.003 0.006 0.011 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.939 0.002 0.003 0.006 113 A 0.003 0.003 0.024 0.021 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.802 0.031 0.005 0.064 114 V 0.005 0.006 0.118 0.019 0.005 0.015 0.038 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.730 0.008 0.023 0.017 115 K 0.002 0.007 0.025 0.007 0.067 0.006 0.159 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.062 0.618 0.004 0.030 116 T 0.006 0.014 0.013 0.012 0.002 0.010 0.005 0.152 0.002 0.001 0.007 0.003 0.032 0.004 0.729 0.008 117 G 0.010 0.028 0.037 0.010 0.001 0.014 0.009 0.003 0.136 0.058 0.027 0.004 0.035 0.007 0.008 0.613 118 D 0.865 0.049 0.025 0.018 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.019 0.005 0.001 0.003 0.004 119 R 0.026 0.028 0.777 0.130 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 120 V 0.015 0.004 0.432 0.540 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 121 V 0.001 0.002 0.056 0.930 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.001 0.005 0.006 0.980 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.001 0.005 0.001 0.146 0.029 0.810 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.001 0.061 0.001 0.029 0.031 0.177 0.001 0.024 0.001 0.002 0.664 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 125 D 0.002 0.128 0.005 0.017 0.093 0.024 0.022 0.015 0.018 0.005 0.113 0.509 0.003 0.044 0.002 0.001 126 E 0.005 0.032 0.051 0.026 0.001 0.005 0.005 0.119 0.006 0.001 0.013 0.028 0.023 0.001 0.674 0.008 127 G 0.016 0.015 0.111 0.030 0.001 0.015 0.003 0.004 0.144 0.071 0.012 0.012 0.038 0.001 0.004 0.523 128 Y 0.694 0.047 0.074 0.078 0.001 0.019 0.003 0.002 0.002 0.001 0.016 0.019 0.036 0.001 0.001 0.005 129 V 0.016 0.026 0.380 0.261 0.004 0.153 0.004 0.005 0.001 0.001 0.035 0.028 0.079 0.001 0.002 0.004 130 E 0.004 0.099 0.092 0.583 0.005 0.064 0.002 0.005 0.002 0.001 0.022 0.029 0.084 0.001 0.001 0.005 131 L 0.005 0.022 0.040 0.622 0.023 0.094 0.007 0.003 0.002 0.001 0.045 0.017 0.104 0.006 0.001 0.006 132 I 0.005 0.092 0.197 0.430 0.008 0.042 0.007 0.022 0.001 0.001 0.018 0.030 0.127 0.002 0.011 0.006 133 E 0.008 0.037 0.058 0.366 0.022 0.201 0.014 0.012 0.013 0.013 0.024 0.020 0.154 0.014 0.005 0.038 134 L 0.036 0.078 0.110 0.283 0.018 0.090 0.015 0.023 0.004 0.003 0.133 0.025 0.147 0.006 0.016 0.013 135 E 0.014 0.114 0.098 0.198 0.020 0.155 0.018 0.020 0.013 0.010 0.051 0.099 0.126 0.015 0.011 0.038 136 H 0.038 0.084 0.107 0.183 0.025 0.105 0.036 0.023 0.011 0.005 0.093 0.051 0.168 0.020 0.020 0.032 137 H 0.021 0.153 0.172 0.175 0.011 0.065 0.023 0.030 0.014 0.007 0.050 0.065 0.141 0.010 0.027 0.036 138 H 0.039 0.063 0.134 0.154 0.017 0.132 0.033 0.017 0.020 0.013 0.057 0.059 0.184 0.011 0.016 0.052 139 H 0.045 0.084 0.168 0.130 0.031 0.081 0.038 0.018 0.010 0.006 0.118 0.062 0.152 0.017 0.012 0.028 140 H 0.022 0.078 0.128 0.113 0.075 0.090 0.073 0.030 0.011 0.008 0.061 0.103 0.120 0.043 0.023 0.022 141 H 0.022 0.082 0.116 0.115 0.036 0.075 0.051 0.079 0.018 0.012 0.072 0.057 0.132 0.024 0.070 0.040