# TARGET T0357 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0357.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.107 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.359 0.169 0.072 0.127 0.075 0.056 0.049 0.033 0.028 0.020 0.013 2 V 0.138 0.074 0.041 0.104 0.100 0.113 0.138 0.106 0.086 0.063 0.039 3 K 0.106 0.160 0.096 0.248 0.175 0.100 0.066 0.027 0.013 0.006 0.003 4 F 0.033 0.029 0.030 0.051 0.066 0.094 0.163 0.161 0.167 0.128 0.079 5 A 0.058 0.139 0.109 0.310 0.202 0.094 0.051 0.017 0.010 0.005 0.003 6 C 0.017 0.011 0.011 0.017 0.017 0.023 0.072 0.125 0.228 0.245 0.233 7 R 0.053 0.101 0.115 0.290 0.210 0.128 0.068 0.020 0.010 0.004 0.002 8 A 0.067 0.085 0.068 0.111 0.094 0.098 0.148 0.106 0.099 0.072 0.053 9 I 0.038 0.042 0.040 0.109 0.119 0.131 0.164 0.111 0.110 0.078 0.057 10 T 0.085 0.084 0.061 0.102 0.096 0.095 0.147 0.101 0.101 0.070 0.059 11 R 0.202 0.184 0.105 0.214 0.122 0.073 0.050 0.023 0.014 0.008 0.004 12 G 0.321 0.119 0.053 0.117 0.095 0.089 0.084 0.046 0.034 0.024 0.018 13 R 0.099 0.164 0.092 0.253 0.176 0.099 0.066 0.025 0.014 0.007 0.004 14 A 0.016 0.011 0.009 0.019 0.024 0.041 0.105 0.131 0.210 0.224 0.211 15 E 0.047 0.182 0.129 0.323 0.183 0.078 0.038 0.011 0.006 0.002 0.002 16 G 0.013 0.009 0.006 0.018 0.028 0.050 0.159 0.191 0.219 0.180 0.128 17 E 0.065 0.127 0.107 0.339 0.196 0.095 0.045 0.013 0.007 0.003 0.002 18 A 0.003 0.005 0.005 0.016 0.020 0.037 0.128 0.154 0.219 0.232 0.180 19 L 0.003 0.006 0.009 0.038 0.052 0.073 0.145 0.161 0.193 0.165 0.154 20 V 0.003 0.014 0.015 0.046 0.069 0.103 0.229 0.159 0.163 0.116 0.082 21 T 0.006 0.020 0.022 0.076 0.077 0.075 0.154 0.161 0.181 0.138 0.090 22 K 0.166 0.138 0.060 0.230 0.193 0.104 0.066 0.024 0.011 0.004 0.002 23 E 0.223 0.168 0.072 0.215 0.132 0.080 0.060 0.028 0.013 0.006 0.003 24 Y 0.026 0.052 0.033 0.135 0.158 0.188 0.193 0.102 0.066 0.033 0.015 25 I 0.002 0.002 0.002 0.005 0.006 0.012 0.048 0.099 0.206 0.281 0.336 26 S 0.007 0.018 0.016 0.062 0.085 0.109 0.188 0.190 0.163 0.101 0.062 27 F 0.011 0.016 0.014 0.039 0.038 0.063 0.150 0.176 0.200 0.169 0.122 28 L 0.011 0.013 0.011 0.056 0.068 0.099 0.164 0.159 0.149 0.140 0.130 29 G 0.024 0.033 0.015 0.078 0.090 0.116 0.186 0.151 0.143 0.105 0.060 30 G 0.054 0.075 0.037 0.131 0.138 0.123 0.142 0.102 0.095 0.066 0.037 31 I 0.003 0.005 0.003 0.011 0.014 0.020 0.065 0.107 0.209 0.246 0.316 32 D 0.008 0.033 0.020 0.120 0.199 0.176 0.205 0.113 0.068 0.033 0.025 33 K 0.156 0.153 0.075 0.260 0.166 0.090 0.055 0.026 0.011 0.005 0.002 34 E 0.446 0.141 0.064 0.170 0.091 0.050 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 35 T 0.002 0.003 0.002 0.014 0.023 0.048 0.136 0.194 0.222 0.209 0.148 36 G 0.023 0.063 0.019 0.083 0.105 0.126 0.193 0.128 0.110 0.081 0.069 37 I 0.006 0.014 0.013 0.032 0.042 0.068 0.165 0.156 0.185 0.182 0.137 38 V 0.001 0.002 0.001 0.007 0.015 0.024 0.082 0.114 0.190 0.236 0.327 39 K 0.034 0.154 0.078 0.281 0.225 0.108 0.071 0.025 0.015 0.005 0.002 40 E 0.407 0.126 0.048 0.191 0.119 0.058 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 41 D 0.528 0.236 0.076 0.101 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 42 C 0.005 0.009 0.004 0.022 0.043 0.128 0.278 0.196 0.163 0.099 0.052 43 E 0.308 0.247 0.110 0.201 0.080 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 44 I 0.013 0.028 0.058 0.048 0.073 0.128 0.210 0.131 0.147 0.096 0.069 45 K 0.022 0.079 0.081 0.246 0.219 0.134 0.107 0.053 0.031 0.016 0.011 46 G 0.476 0.128 0.032 0.091 0.069 0.060 0.060 0.031 0.022 0.016 0.016 47 E 0.048 0.113 0.136 0.232 0.190 0.145 0.083 0.027 0.014 0.007 0.004 48 S 0.172 0.235 0.083 0.218 0.120 0.078 0.056 0.018 0.010 0.005 0.004 49 V 0.004 0.003 0.002 0.007 0.011 0.021 0.072 0.099 0.192 0.234 0.356 50 A 0.059 0.139 0.079 0.228 0.198 0.114 0.110 0.036 0.020 0.010 0.007 51 G 0.144 0.112 0.064 0.177 0.125 0.107 0.111 0.066 0.049 0.028 0.018 52 R 0.004 0.015 0.015 0.078 0.129 0.206 0.248 0.134 0.080 0.054 0.038 53 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.065 0.140 0.212 0.271 0.278 54 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.033 0.135 0.200 0.258 0.195 0.155 55 V 0.001 0.003 0.005 0.011 0.010 0.016 0.064 0.122 0.205 0.256 0.306 56 F 0.001 0.002 0.001 0.008 0.014 0.027 0.089 0.155 0.237 0.235 0.230 57 P 0.042 0.067 0.034 0.171 0.150 0.142 0.165 0.102 0.072 0.035 0.020 58 G 0.171 0.107 0.038 0.154 0.149 0.112 0.123 0.070 0.042 0.023 0.010 59 G 0.085 0.051 0.020 0.082 0.082 0.084 0.120 0.127 0.131 0.111 0.108 60 K 0.071 0.131 0.037 0.141 0.154 0.138 0.134 0.074 0.056 0.037 0.027 61 G 0.082 0.060 0.015 0.071 0.082 0.108 0.143 0.132 0.126 0.101 0.081 62 S 0.054 0.034 0.009 0.046 0.058 0.073 0.140 0.150 0.165 0.144 0.127 63 T 0.063 0.047 0.023 0.081 0.094 0.101 0.132 0.110 0.136 0.110 0.104 64 V 0.015 0.025 0.012 0.050 0.067 0.082 0.147 0.157 0.174 0.153 0.117 65 G 0.002 0.008 0.004 0.020 0.040 0.075 0.168 0.173 0.197 0.174 0.138 66 S 0.006 0.009 0.009 0.030 0.043 0.070 0.166 0.151 0.191 0.180 0.146 67 Y 0.009 0.015 0.016 0.074 0.096 0.133 0.199 0.159 0.135 0.098 0.066 68 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.008 0.012 0.058 0.128 0.227 0.279 0.276 69 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.032 0.071 0.165 0.285 0.431 70 L 0.001 0.002 0.034 0.049 0.063 0.104 0.218 0.155 0.181 0.121 0.073 71 N 0.001 0.002 0.019 0.061 0.114 0.195 0.316 0.156 0.085 0.035 0.015 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.083 0.205 0.328 0.341 73 R 0.001 0.003 0.005 0.040 0.077 0.125 0.249 0.212 0.160 0.086 0.042 74 K 0.023 0.073 0.234 0.203 0.169 0.135 0.092 0.038 0.022 0.008 0.004 75 N 0.056 0.078 0.050 0.165 0.168 0.196 0.184 0.065 0.024 0.011 0.004 76 G 0.583 0.182 0.039 0.090 0.039 0.025 0.020 0.010 0.006 0.004 0.002 77 V 0.042 0.143 0.044 0.169 0.171 0.149 0.133 0.069 0.040 0.024 0.016 78 A 0.027 0.027 0.008 0.032 0.047 0.055 0.116 0.142 0.204 0.177 0.164 79 P 0.044 0.046 0.021 0.080 0.103 0.132 0.206 0.127 0.113 0.069 0.059 80 K 0.054 0.076 0.043 0.169 0.172 0.160 0.162 0.073 0.047 0.028 0.017 81 A 0.014 0.016 0.015 0.051 0.055 0.086 0.151 0.148 0.164 0.152 0.147 82 I 0.005 0.006 0.008 0.022 0.028 0.044 0.103 0.137 0.204 0.233 0.212 83 I 0.002 0.006 0.011 0.021 0.027 0.040 0.119 0.153 0.208 0.211 0.202 84 N 0.009 0.022 0.033 0.088 0.097 0.105 0.184 0.145 0.131 0.100 0.086 85 K 0.056 0.057 0.056 0.138 0.183 0.167 0.192 0.074 0.043 0.021 0.013 86 K 0.188 0.180 0.082 0.223 0.137 0.081 0.066 0.022 0.012 0.006 0.003 87 T 0.094 0.070 0.040 0.115 0.132 0.134 0.154 0.084 0.081 0.059 0.038 88 E 0.101 0.072 0.054 0.108 0.121 0.138 0.199 0.092 0.060 0.033 0.021 89 T 0.065 0.085 0.080 0.172 0.160 0.155 0.157 0.062 0.035 0.018 0.010 90 I 0.009 0.008 0.011 0.018 0.021 0.035 0.119 0.159 0.219 0.231 0.169 91 I 0.005 0.007 0.021 0.032 0.040 0.058 0.139 0.150 0.189 0.182 0.177 92 A 0.003 0.004 0.037 0.014 0.015 0.024 0.103 0.128 0.206 0.233 0.235 93 V 0.005 0.007 0.063 0.050 0.043 0.056 0.142 0.162 0.192 0.172 0.108 94 G 0.006 0.009 0.051 0.039 0.040 0.066 0.201 0.181 0.178 0.142 0.087 95 A 0.005 0.003 0.049 0.011 0.009 0.015 0.060 0.097 0.190 0.249 0.313 96 A 0.002 0.003 0.029 0.015 0.014 0.022 0.077 0.114 0.198 0.239 0.286 97 M 0.002 0.006 0.039 0.022 0.023 0.031 0.096 0.135 0.219 0.207 0.218 98 A 0.007 0.006 0.028 0.019 0.026 0.054 0.172 0.162 0.205 0.174 0.148 99 E 0.126 0.080 0.116 0.150 0.115 0.095 0.138 0.068 0.057 0.035 0.021 100 I 0.001 0.003 0.006 0.014 0.017 0.031 0.091 0.135 0.219 0.241 0.242 101 P 0.093 0.149 0.097 0.146 0.116 0.107 0.121 0.061 0.051 0.034 0.025 102 L 0.015 0.014 0.009 0.032 0.048 0.079 0.193 0.169 0.185 0.141 0.115 103 V 0.006 0.008 0.005 0.020 0.030 0.045 0.115 0.137 0.209 0.213 0.211 104 E 0.067 0.106 0.046 0.222 0.206 0.127 0.111 0.048 0.036 0.018 0.013 105 V 0.027 0.022 0.013 0.041 0.056 0.081 0.177 0.174 0.164 0.150 0.095 106 R 0.093 0.202 0.068 0.164 0.158 0.119 0.093 0.043 0.031 0.020 0.010 107 D 0.156 0.308 0.073 0.172 0.110 0.070 0.061 0.024 0.014 0.008 0.004 108 E 0.580 0.120 0.077 0.125 0.060 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 109 K 0.431 0.217 0.084 0.144 0.066 0.034 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 110 F 0.002 0.008 0.006 0.025 0.041 0.095 0.228 0.213 0.199 0.122 0.061 111 F 0.008 0.008 0.019 0.050 0.105 0.213 0.276 0.147 0.099 0.050 0.025 112 E 0.065 0.084 0.704 0.101 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 113 A 0.002 0.009 0.022 0.068 0.109 0.202 0.311 0.134 0.081 0.044 0.018 114 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.066 0.163 0.262 0.472 115 K 0.078 0.157 0.286 0.195 0.135 0.089 0.044 0.009 0.005 0.002 0.001 116 T 0.135 0.193 0.230 0.244 0.108 0.053 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 117 G 0.607 0.127 0.036 0.092 0.057 0.032 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 118 D 0.043 0.098 0.032 0.181 0.180 0.201 0.174 0.051 0.024 0.010 0.006 119 R 0.014 0.065 0.058 0.220 0.234 0.199 0.120 0.045 0.025 0.013 0.007 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.058 0.122 0.233 0.297 0.273 121 V 0.009 0.061 0.073 0.340 0.272 0.130 0.078 0.023 0.009 0.003 0.002 122 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.043 0.090 0.208 0.314 0.330 123 N 0.037 0.138 0.074 0.334 0.232 0.101 0.057 0.015 0.007 0.002 0.002 124 A 0.033 0.030 0.011 0.057 0.077 0.105 0.212 0.175 0.152 0.105 0.044 125 D 0.398 0.266 0.085 0.159 0.056 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 126 E 0.357 0.221 0.080 0.176 0.082 0.040 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 127 G 0.263 0.133 0.033 0.080 0.075 0.085 0.100 0.072 0.064 0.054 0.041 128 Y 0.051 0.159 0.057 0.212 0.180 0.148 0.104 0.042 0.027 0.013 0.006 129 V 0.051 0.035 0.037 0.072 0.088 0.115 0.181 0.133 0.146 0.092 0.051 130 E 0.099 0.145 0.219 0.280 0.144 0.060 0.033 0.011 0.005 0.002 0.001 131 L 0.024 0.029 0.042 0.076 0.081 0.097 0.176 0.159 0.145 0.108 0.062 132 I 0.022 0.022 0.044 0.078 0.108 0.150 0.199 0.139 0.119 0.076 0.042 133 E 0.128 0.176 0.376 0.183 0.074 0.034 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 134 L 0.037 0.043 0.068 0.097 0.107 0.133 0.204 0.124 0.092 0.065 0.030 135 E 0.352 0.210 0.104 0.114 0.070 0.044 0.044 0.023 0.019 0.012 0.007 136 H 0.171 0.107 0.094 0.118 0.093 0.095 0.138 0.075 0.056 0.035 0.019 137 H 0.205 0.159 0.103 0.143 0.110 0.084 0.085 0.047 0.033 0.021 0.009 138 H 0.283 0.189 0.093 0.138 0.093 0.064 0.059 0.035 0.026 0.014 0.006 139 H 0.338 0.106 0.064 0.103 0.078 0.068 0.090 0.057 0.046 0.033 0.018 140 H 0.365 0.168 0.082 0.114 0.079 0.058 0.055 0.031 0.025 0.015 0.007 141 H 0.452 0.197 0.054 0.106 0.065 0.040 0.033 0.022 0.017 0.010 0.005